Reconstructing human cortex development and malformation with single-cell transcriptomics

Informations projet

ORGANOMICS

N° de convention de subvention: 758877

DOI

10.3030/758877

Projet clôturé

Date de signature de la CE 12 Decembre 2017

Date de début 1 Janvier 2018

Date de fin 30 Juin 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 500 000,00

Contribution de l’UE

€ 1 500 000,00

Coordonné par

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (16)

Human organomics: a fresh approach to understanding human development using single-cell transcriptomics

Auteurs: J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publié dans: Development, Numéro 144/9, 2017, Page(s) 1584-1587, ISSN 0950-1991
Éditeur: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.150458

Mapping human cell phenotypes to genotypes with single-cell genomics

Auteurs: J. Gray Camp, Randall Platt, Barbara Treutlein
Publié dans: Science, Numéro 365/6460, 2019, Page(s) 1401-1405, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aax6648

Multimodal spatiotemporal phenotyping of human retinal organoid development

Auteurs: Philipp Wahle; Giovanna Brancati; Christoph Harmel; Zhisong He; Gabriele Gut; Jacobo Sarabia del Castillo; Aline Xavier da Silveira dos Santos; Qianhui Yu; Pascal Noser; Jonas Simon Fleck; Bruno Gjeta; Dinko Pavlinić; Simone Picelli; Max Hess; Gregor W. Schmidt; Tom T. A. Lummen; Yanyan Hou; Patricia Galliker; David Goldblum; Marton Balogh; Cameron S. Cowan; Hendrik P. N. Scholl; Botond Roska; Ma
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 9, 2023, ISSN 1546-1696
Éditeur: Nature Publishing group
DOI: 10.1038/s41587-023-01747-2

Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids

Auteurs: Fleck, Jonas Simon Jansen, Sophie Martina Johanna Wollny, Damian Zenk, Fides Seimiya, Makiko Jain, Akanksha Okamoto, Ryoko Santel, Malgorzata He, Zhisong Camp, J. Gray Treutlein, Barbara
Publié dans: Nature, 2022, ISSN 1476-4687
Éditeur: NAture Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05279-8

Single-cell brain organoid screening identifies developmental defects in autism

Auteurs: Li, Chong Fleck, Jonas Simon Martins-Costa, Catarina Burkard, Thomas R. Themann, Jan Stuempflen, Marlene Peer, Angela Maria Vertesy, Ábel Littleboy, Jamie B. Esk, Christopher Elling, Ulrich Kasprian, Gregor Corsini, Nina S. Treutlein, Barbara Knoblich, Juergen A.
Publié dans: Nature, 2023, ISSN 1476-4687
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06473-y

Altered neuronal migratory trajectories in human cerebral organoids derived from individuals with neuronal heterotopia

Auteurs: Johannes Klaus, Sabina Kanton, Christina Kyrousi, Ane Cristina Ayo-Martin, Rossella Di Giaimo, Stephan Riesenberg, Adam C O'Neill, J Gray Camp, Chiara Tocco, Malgorzata Santel, Ejona Rusha, Micha Drukker, Mariana Schroeder, Magdalena Götz, Stephen P Robertson, Barbara Treutlein, Silvia Cappello
Publié dans: Nature Medicine, 2019, ISSN 1078-8956
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-019-0371-0

Lineage recording in human cerebral organoids

Auteurs: Zhisong He; Ashley Maynard; Akanksha Jain; Tobias Gerber; Rebecca Petri; Hsiu-Chuan Lin; Malgorzata Santel; Kevin Ly; Jean-Samuel Dupré; Leila Sidow; Fatima Sanchis Calleja; Sophie M. J. Jansen; Stephan Riesenberg; J. Gray Camp; Barbara Treutlein
Publié dans: Nature Methods, Numéro 12, 2021, ISSN 1548-7105
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01344-8

Single-cell genomics to guide human stem cell and tissue engineering

Auteurs: J. Gray Camp, Damian Wollny, Barbara Treutlein
Publié dans: Nature Methods, Numéro 15/9, 2018, Page(s) 661-667, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-018-0113-0

Direct pericyte-to-neuron reprogramming via unfolding of a neural stem cell-like program

Auteurs: Marisa Karow, J. Gray Camp, Sven Falk, Tobias Gerber, Abhijeet Pataskar, Malgorzata Gac-Santel, Jorge Kageyama, Agnieska Brazovskaja, Angela Garding, Wenqiang Fan, Therese Riedemann, Antonella Casamassa, Andrej Smiyakin, Christian Schichor, Magdalena Götz, Vijay K. Tiwari, Barbara Treutlein, Benedikt Berninger
Publié dans: Nature Neuroscience, Numéro 21/7, 2018, Page(s) 932-940, ISSN 1097-6256
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41593-018-0168-3

Single-cell analysis uncovers convergence of cell identities during axolotl limb regeneration

Auteurs: Tobias Gerber, Prayag Murawala, Dunja Knapp, Wouter Masselink, Maritta Schuez, Sarah Hermann, Malgorzata Gac-Santel, Sergej Nowoshilow, Jorge Kageyama, Shahryar Khattak, Joshua D. Currie, J. Gray Camp, Elly M. Tanaka, Barbara Treutlein
Publié dans: Science, Numéro 362/6413, 2018, Page(s) eaaq0681, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aaq0681

What is a cell type?

Auteurs: Fleck, Jonas Simon; Camp, J. Gray; Treutlein, Barbara; id_orcid0000-0002-3299-5597
Publié dans: Science, 381 (6659), Numéro 4, 2023, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adf6162

Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models

Auteurs: Qianhui Yu; Umut Kilik; Emily M. Holloway; Yu-Hwai Tsai; Christoph Harmel; Angeline Wu; Joshua H. Wu; Michael Czerwinski; Charlie Childs; Zhisong He; Meghan M. Capeling; Sha Huang; Ian A. Glass; Peter D.R. Higgins; Barbara Treutlein; Jason R. Spence; J. Gray Camp
Publié dans: Cell, 184 (12), Numéro 4, 2021, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.028

Resolving organoid brain region identities by mapping single-cell genomic data to reference atlases

Auteurs: Fleck, Jonas S. Sanchís-Calleja, Fátima He, Zhisong Santel, Malgorzata Boyle, Michael J. Camp, J. Gray Treutlein, Barbara
Publié dans: Cell Stem Cell, 2021, ISSN 1934-5909
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2021.02.015

Resolving Neurodevelopmental and Vision Disorders Using Organoid Single-Cell Multi-omics

Auteurs: Giovanna Brancati, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Publié dans: Neuron, Numéro 107/6, 2020, Page(s) 1000-1013, ISSN 0896-6273
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.neuron.2020.09.001

CSS: cluster similarity spectrum integration of single-cell genomics data

Auteurs: Zhisong He, Agnieska Brazovskaja, Sebastian Ebert, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publié dans: Genome Biology, Numéro 21/1, 2020, ISSN 1474-760X
Éditeur: BMC Genome Biology
DOI: 10.1186/s13059-020-02147-4

Organoid single-cell genomic atlas uncovers human-specific features of brain development

Auteurs: Sabina Kanton, Michael James Boyle, Zhisong He, Malgorzata Santel, Anne Weigert, Fátima Sanchís-Calleja, Patricia Guijarro, Leila Sidow, Jonas Simon Fleck, Dingding Han, Zhengzong Qian, Michael Heide, Wieland B. Huttner, Philipp Khaitovich, Svante Pääbo, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Publié dans: Nature, Numéro 574/7778, 2019, Page(s) 418-422, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1654-9

Other (1)

Lineage recording reveals dynamics of cerebral organoid regionalization

Auteurs: Zhisong He, Tobias Gerber, Ashley Maynard, Akanksha Jain, Rebecca Petri, Malgorzata Santel, Kevin Ly, Leila Sidow, Fatima Sanchis Callejal, Stephan Riesenberg, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publié dans: bioRxiv, 2020
Éditeur: www.biorxiv.org
DOI: 10.1101/2020.06.19.162032

Book chapters (1)

Single-cell genomic analysis of human cerebral organoids

Auteurs: Sabina Kanton, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Publié dans: Human Pluripotent Stem Cell Derived Organoid Models, Numéro 159, 2020, Page(s) 229-256, ISBN 9780128215319
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mcb.2020.03.013