Reconstructing human cortex development and malformation with single-cell transcriptomics

Projektinformationen

ORGANOMICS

ID Finanzhilfevereinbarung: 758877

DOI

10.3030/758877

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 12 Dezember 2017

Startdatum 1 Januar 2018

Enddatum 30 Juni 2023

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 500 000,00

EU-Beitrag

€ 1 500 000,00

Koordiniert durch

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Switzerland

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (16)

Human organomics: a fresh approach to understanding human development using single-cell transcriptomics

Autoren: J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Veröffentlicht in: Development, Ausgabe 144/9, 2017, Seite(n) 1584-1587, ISSN 0950-1991
Herausgeber: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.150458

Mapping human cell phenotypes to genotypes with single-cell genomics

Autoren: J. Gray Camp, Randall Platt, Barbara Treutlein
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 365/6460, 2019, Seite(n) 1401-1405, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aax6648

Multimodal spatiotemporal phenotyping of human retinal organoid development

Autoren: Philipp Wahle; Giovanna Brancati; Christoph Harmel; Zhisong He; Gabriele Gut; Jacobo Sarabia del Castillo; Aline Xavier da Silveira dos Santos; Qianhui Yu; Pascal Noser; Jonas Simon Fleck; Bruno Gjeta; Dinko Pavlinić; Simone Picelli; Max Hess; Gregor W. Schmidt; Tom T. A. Lummen; Yanyan Hou; Patricia Galliker; David Goldblum; Marton Balogh; Cameron S. Cowan; Hendrik P. N. Scholl; Botond Roska; Ma
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 9, 2023, ISSN 1546-1696
Herausgeber: Nature Publishing group
DOI: 10.1038/s41587-023-01747-2

Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids

Autoren: Fleck, Jonas Simon Jansen, Sophie Martina Johanna Wollny, Damian Zenk, Fides Seimiya, Makiko Jain, Akanksha Okamoto, Ryoko Santel, Malgorzata He, Zhisong Camp, J. Gray Treutlein, Barbara
Veröffentlicht in: Nature, 2022, ISSN 1476-4687
Herausgeber: NAture Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05279-8

Single-cell brain organoid screening identifies developmental defects in autism

Autoren: Li, Chong Fleck, Jonas Simon Martins-Costa, Catarina Burkard, Thomas R. Themann, Jan Stuempflen, Marlene Peer, Angela Maria Vertesy, Ábel Littleboy, Jamie B. Esk, Christopher Elling, Ulrich Kasprian, Gregor Corsini, Nina S. Treutlein, Barbara Knoblich, Juergen A.
Veröffentlicht in: Nature, 2023, ISSN 1476-4687
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06473-y

Altered neuronal migratory trajectories in human cerebral organoids derived from individuals with neuronal heterotopia

Autoren: Johannes Klaus, Sabina Kanton, Christina Kyrousi, Ane Cristina Ayo-Martin, Rossella Di Giaimo, Stephan Riesenberg, Adam C O'Neill, J Gray Camp, Chiara Tocco, Malgorzata Santel, Ejona Rusha, Micha Drukker, Mariana Schroeder, Magdalena Götz, Stephen P Robertson, Barbara Treutlein, Silvia Cappello
Veröffentlicht in: Nature Medicine, 2019, ISSN 1078-8956
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-019-0371-0

Lineage recording in human cerebral organoids

Autoren: Zhisong He; Ashley Maynard; Akanksha Jain; Tobias Gerber; Rebecca Petri; Hsiu-Chuan Lin; Malgorzata Santel; Kevin Ly; Jean-Samuel Dupré; Leila Sidow; Fatima Sanchis Calleja; Sophie M. J. Jansen; Stephan Riesenberg; J. Gray Camp; Barbara Treutlein
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 12, 2021, ISSN 1548-7105
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01344-8

Single-cell genomics to guide human stem cell and tissue engineering

Autoren: J. Gray Camp, Damian Wollny, Barbara Treutlein
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 15/9, 2018, Seite(n) 661-667, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-018-0113-0

Direct pericyte-to-neuron reprogramming via unfolding of a neural stem cell-like program

Autoren: Marisa Karow, J. Gray Camp, Sven Falk, Tobias Gerber, Abhijeet Pataskar, Malgorzata Gac-Santel, Jorge Kageyama, Agnieska Brazovskaja, Angela Garding, Wenqiang Fan, Therese Riedemann, Antonella Casamassa, Andrej Smiyakin, Christian Schichor, Magdalena Götz, Vijay K. Tiwari, Barbara Treutlein, Benedikt Berninger
Veröffentlicht in: Nature Neuroscience, Ausgabe 21/7, 2018, Seite(n) 932-940, ISSN 1097-6256
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41593-018-0168-3

Single-cell analysis uncovers convergence of cell identities during axolotl limb regeneration

Autoren: Tobias Gerber, Prayag Murawala, Dunja Knapp, Wouter Masselink, Maritta Schuez, Sarah Hermann, Malgorzata Gac-Santel, Sergej Nowoshilow, Jorge Kageyama, Shahryar Khattak, Joshua D. Currie, J. Gray Camp, Elly M. Tanaka, Barbara Treutlein
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 362/6413, 2018, Seite(n) eaaq0681, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aaq0681

What is a cell type?

Autoren: Fleck, Jonas Simon; Camp, J. Gray; Treutlein, Barbara; id_orcid0000-0002-3299-5597
Veröffentlicht in: Science, 381 (6659), Ausgabe 4, 2023, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adf6162

Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models

Autoren: Qianhui Yu; Umut Kilik; Emily M. Holloway; Yu-Hwai Tsai; Christoph Harmel; Angeline Wu; Joshua H. Wu; Michael Czerwinski; Charlie Childs; Zhisong He; Meghan M. Capeling; Sha Huang; Ian A. Glass; Peter D.R. Higgins; Barbara Treutlein; Jason R. Spence; J. Gray Camp
Veröffentlicht in: Cell, 184 (12), Ausgabe 4, 2021, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.028

Resolving organoid brain region identities by mapping single-cell genomic data to reference atlases

Autoren: Fleck, Jonas S. Sanchís-Calleja, Fátima He, Zhisong Santel, Malgorzata Boyle, Michael J. Camp, J. Gray Treutlein, Barbara
Veröffentlicht in: Cell Stem Cell, 2021, ISSN 1934-5909
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2021.02.015

Resolving Neurodevelopmental and Vision Disorders Using Organoid Single-Cell Multi-omics

Autoren: Giovanna Brancati, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Veröffentlicht in: Neuron, Ausgabe 107/6, 2020, Seite(n) 1000-1013, ISSN 0896-6273
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.neuron.2020.09.001

CSS: cluster similarity spectrum integration of single-cell genomics data

Autoren: Zhisong He, Agnieska Brazovskaja, Sebastian Ebert, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 21/1, 2020, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BMC Genome Biology
DOI: 10.1186/s13059-020-02147-4

Organoid single-cell genomic atlas uncovers human-specific features of brain development

Autoren: Sabina Kanton, Michael James Boyle, Zhisong He, Malgorzata Santel, Anne Weigert, Fátima Sanchís-Calleja, Patricia Guijarro, Leila Sidow, Jonas Simon Fleck, Dingding Han, Zhengzong Qian, Michael Heide, Wieland B. Huttner, Philipp Khaitovich, Svante Pääbo, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 574/7778, 2019, Seite(n) 418-422, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1654-9

Other (1)

Lineage recording reveals dynamics of cerebral organoid regionalization

Autoren: Zhisong He, Tobias Gerber, Ashley Maynard, Akanksha Jain, Rebecca Petri, Malgorzata Santel, Kevin Ly, Leila Sidow, Fatima Sanchis Callejal, Stephan Riesenberg, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2020
Herausgeber: www.biorxiv.org
DOI: 10.1101/2020.06.19.162032

Book chapters (1)

Single-cell genomic analysis of human cerebral organoids

Autoren: Sabina Kanton, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Veröffentlicht in: Human Pluripotent Stem Cell Derived Organoid Models, Ausgabe 159, 2020, Seite(n) 229-256, ISBN 9780128215319
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mcb.2020.03.013