Reconstructing human cortex development and malformation with single-cell transcriptomics

Informacje na temat projektu

ORGANOMICS

Identyfikator umowy o grant: 758877

DOI

10.3030/758877

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 12 Grudnia 2017

Data rozpoczęcia 1 Stycznia 2018

Data zakończenia 30 Czerwca 2023

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 500 000,00

Wkład UE

€ 1 500 000,00

Koordynowany przez

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Switzerland

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (16)

Human organomics: a fresh approach to understanding human development using single-cell transcriptomics

Autorzy: J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Opublikowane w: Development, Numer 144/9, 2017, Strona(/y) 1584-1587, ISSN 0950-1991
Wydawca: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.150458

Mapping human cell phenotypes to genotypes with single-cell genomics

Autorzy: J. Gray Camp, Randall Platt, Barbara Treutlein
Opublikowane w: Science, Numer 365/6460, 2019, Strona(/y) 1401-1405, ISSN 0036-8075
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aax6648

Multimodal spatiotemporal phenotyping of human retinal organoid development

Autorzy: Philipp Wahle; Giovanna Brancati; Christoph Harmel; Zhisong He; Gabriele Gut; Jacobo Sarabia del Castillo; Aline Xavier da Silveira dos Santos; Qianhui Yu; Pascal Noser; Jonas Simon Fleck; Bruno Gjeta; Dinko Pavlinić; Simone Picelli; Max Hess; Gregor W. Schmidt; Tom T. A. Lummen; Yanyan Hou; Patricia Galliker; David Goldblum; Marton Balogh; Cameron S. Cowan; Hendrik P. N. Scholl; Botond Roska; Ma
Opublikowane w: Nature Biotechnology, Numer 9, 2023, ISSN 1546-1696
Wydawca: Nature Publishing group
DOI: 10.1038/s41587-023-01747-2

Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids

Autorzy: Fleck, Jonas Simon Jansen, Sophie Martina Johanna Wollny, Damian Zenk, Fides Seimiya, Makiko Jain, Akanksha Okamoto, Ryoko Santel, Malgorzata He, Zhisong Camp, J. Gray Treutlein, Barbara
Opublikowane w: Nature, 2022, ISSN 1476-4687
Wydawca: NAture Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05279-8

Single-cell brain organoid screening identifies developmental defects in autism

Autorzy: Li, Chong Fleck, Jonas Simon Martins-Costa, Catarina Burkard, Thomas R. Themann, Jan Stuempflen, Marlene Peer, Angela Maria Vertesy, Ábel Littleboy, Jamie B. Esk, Christopher Elling, Ulrich Kasprian, Gregor Corsini, Nina S. Treutlein, Barbara Knoblich, Juergen A.
Opublikowane w: Nature, 2023, ISSN 1476-4687
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06473-y

Altered neuronal migratory trajectories in human cerebral organoids derived from individuals with neuronal heterotopia

Autorzy: Johannes Klaus, Sabina Kanton, Christina Kyrousi, Ane Cristina Ayo-Martin, Rossella Di Giaimo, Stephan Riesenberg, Adam C O'Neill, J Gray Camp, Chiara Tocco, Malgorzata Santel, Ejona Rusha, Micha Drukker, Mariana Schroeder, Magdalena Götz, Stephen P Robertson, Barbara Treutlein, Silvia Cappello
Opublikowane w: Nature Medicine, 2019, ISSN 1078-8956
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-019-0371-0

Lineage recording in human cerebral organoids

Autorzy: Zhisong He; Ashley Maynard; Akanksha Jain; Tobias Gerber; Rebecca Petri; Hsiu-Chuan Lin; Malgorzata Santel; Kevin Ly; Jean-Samuel Dupré; Leila Sidow; Fatima Sanchis Calleja; Sophie M. J. Jansen; Stephan Riesenberg; J. Gray Camp; Barbara Treutlein
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 12, 2021, ISSN 1548-7105
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01344-8

Single-cell genomics to guide human stem cell and tissue engineering

Autorzy: J. Gray Camp, Damian Wollny, Barbara Treutlein
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 15/9, 2018, Strona(/y) 661-667, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-018-0113-0

Direct pericyte-to-neuron reprogramming via unfolding of a neural stem cell-like program

Autorzy: Marisa Karow, J. Gray Camp, Sven Falk, Tobias Gerber, Abhijeet Pataskar, Malgorzata Gac-Santel, Jorge Kageyama, Agnieska Brazovskaja, Angela Garding, Wenqiang Fan, Therese Riedemann, Antonella Casamassa, Andrej Smiyakin, Christian Schichor, Magdalena Götz, Vijay K. Tiwari, Barbara Treutlein, Benedikt Berninger
Opublikowane w: Nature Neuroscience, Numer 21/7, 2018, Strona(/y) 932-940, ISSN 1097-6256
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41593-018-0168-3

Single-cell analysis uncovers convergence of cell identities during axolotl limb regeneration

Autorzy: Tobias Gerber, Prayag Murawala, Dunja Knapp, Wouter Masselink, Maritta Schuez, Sarah Hermann, Malgorzata Gac-Santel, Sergej Nowoshilow, Jorge Kageyama, Shahryar Khattak, Joshua D. Currie, J. Gray Camp, Elly M. Tanaka, Barbara Treutlein
Opublikowane w: Science, Numer 362/6413, 2018, Strona(/y) eaaq0681, ISSN 0036-8075
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aaq0681

What is a cell type?

Autorzy: Fleck, Jonas Simon; Camp, J. Gray; Treutlein, Barbara; id_orcid0000-0002-3299-5597
Opublikowane w: Science, 381 (6659), Numer 4, 2023, ISSN 0036-8075
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adf6162

Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models

Autorzy: Qianhui Yu; Umut Kilik; Emily M. Holloway; Yu-Hwai Tsai; Christoph Harmel; Angeline Wu; Joshua H. Wu; Michael Czerwinski; Charlie Childs; Zhisong He; Meghan M. Capeling; Sha Huang; Ian A. Glass; Peter D.R. Higgins; Barbara Treutlein; Jason R. Spence; J. Gray Camp
Opublikowane w: Cell, 184 (12), Numer 4, 2021, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.028

Resolving organoid brain region identities by mapping single-cell genomic data to reference atlases

Autorzy: Fleck, Jonas S. Sanchís-Calleja, Fátima He, Zhisong Santel, Malgorzata Boyle, Michael J. Camp, J. Gray Treutlein, Barbara
Opublikowane w: Cell Stem Cell, 2021, ISSN 1934-5909
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2021.02.015

Resolving Neurodevelopmental and Vision Disorders Using Organoid Single-Cell Multi-omics

Autorzy: Giovanna Brancati, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Opublikowane w: Neuron, Numer 107/6, 2020, Strona(/y) 1000-1013, ISSN 0896-6273
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.neuron.2020.09.001

CSS: cluster similarity spectrum integration of single-cell genomics data

Autorzy: Zhisong He, Agnieska Brazovskaja, Sebastian Ebert, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Opublikowane w: Genome Biology, Numer 21/1, 2020, ISSN 1474-760X
Wydawca: BMC Genome Biology
DOI: 10.1186/s13059-020-02147-4

Organoid single-cell genomic atlas uncovers human-specific features of brain development

Autorzy: Sabina Kanton, Michael James Boyle, Zhisong He, Malgorzata Santel, Anne Weigert, Fátima Sanchís-Calleja, Patricia Guijarro, Leila Sidow, Jonas Simon Fleck, Dingding Han, Zhengzong Qian, Michael Heide, Wieland B. Huttner, Philipp Khaitovich, Svante Pääbo, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Opublikowane w: Nature, Numer 574/7778, 2019, Strona(/y) 418-422, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1654-9

Other (1)

Lineage recording reveals dynamics of cerebral organoid regionalization

Autorzy: Zhisong He, Tobias Gerber, Ashley Maynard, Akanksha Jain, Rebecca Petri, Malgorzata Santel, Kevin Ly, Leila Sidow, Fatima Sanchis Callejal, Stephan Riesenberg, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Opublikowane w: bioRxiv, 2020
Wydawca: www.biorxiv.org
DOI: 10.1101/2020.06.19.162032

Book chapters (1)

Single-cell genomic analysis of human cerebral organoids

Autorzy: Sabina Kanton, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Opublikowane w: Human Pluripotent Stem Cell Derived Organoid Models, Numer 159, 2020, Strona(/y) 229-256, ISBN 9780128215319
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mcb.2020.03.013