Reconstructing human cortex development and malformation with single-cell transcriptomics

Informazioni relative al progetto

ORGANOMICS

ID dell’accordo di sovvenzione: 758877

DOI

10.3030/758877

Progetto chiuso

Data della firma CE 12 Dicembre 2017

Data di avvio 1 Gennaio 2018

Data di completamento 30 Giugno 2023

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 500 000,00

Contributo UE

€ 1 500 000,00

Coordinato da

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Switzerland

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I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (16)

Human organomics: a fresh approach to understanding human development using single-cell transcriptomics

Autori: J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Pubblicato in: Development, Numero 144/9, 2017, Pagina/e 1584-1587, ISSN 0950-1991
Editore: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.150458

Mapping human cell phenotypes to genotypes with single-cell genomics

Autori: J. Gray Camp, Randall Platt, Barbara Treutlein
Pubblicato in: Science, Numero 365/6460, 2019, Pagina/e 1401-1405, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aax6648

Multimodal spatiotemporal phenotyping of human retinal organoid development

Autori: Philipp Wahle; Giovanna Brancati; Christoph Harmel; Zhisong He; Gabriele Gut; Jacobo Sarabia del Castillo; Aline Xavier da Silveira dos Santos; Qianhui Yu; Pascal Noser; Jonas Simon Fleck; Bruno Gjeta; Dinko Pavlinić; Simone Picelli; Max Hess; Gregor W. Schmidt; Tom T. A. Lummen; Yanyan Hou; Patricia Galliker; David Goldblum; Marton Balogh; Cameron S. Cowan; Hendrik P. N. Scholl; Botond Roska; Ma
Pubblicato in: Nature Biotechnology, Numero 9, 2023, ISSN 1546-1696
Editore: Nature Publishing group
DOI: 10.1038/s41587-023-01747-2

Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids

Autori: Fleck, Jonas Simon Jansen, Sophie Martina Johanna Wollny, Damian Zenk, Fides Seimiya, Makiko Jain, Akanksha Okamoto, Ryoko Santel, Malgorzata He, Zhisong Camp, J. Gray Treutlein, Barbara
Pubblicato in: Nature, 2022, ISSN 1476-4687
Editore: NAture Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05279-8

Single-cell brain organoid screening identifies developmental defects in autism

Autori: Li, Chong Fleck, Jonas Simon Martins-Costa, Catarina Burkard, Thomas R. Themann, Jan Stuempflen, Marlene Peer, Angela Maria Vertesy, Ábel Littleboy, Jamie B. Esk, Christopher Elling, Ulrich Kasprian, Gregor Corsini, Nina S. Treutlein, Barbara Knoblich, Juergen A.
Pubblicato in: Nature, 2023, ISSN 1476-4687
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06473-y

Altered neuronal migratory trajectories in human cerebral organoids derived from individuals with neuronal heterotopia

Autori: Johannes Klaus, Sabina Kanton, Christina Kyrousi, Ane Cristina Ayo-Martin, Rossella Di Giaimo, Stephan Riesenberg, Adam C O'Neill, J Gray Camp, Chiara Tocco, Malgorzata Santel, Ejona Rusha, Micha Drukker, Mariana Schroeder, Magdalena Götz, Stephen P Robertson, Barbara Treutlein, Silvia Cappello
Pubblicato in: Nature Medicine, 2019, ISSN 1078-8956
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-019-0371-0

Lineage recording in human cerebral organoids

Autori: Zhisong He; Ashley Maynard; Akanksha Jain; Tobias Gerber; Rebecca Petri; Hsiu-Chuan Lin; Malgorzata Santel; Kevin Ly; Jean-Samuel Dupré; Leila Sidow; Fatima Sanchis Calleja; Sophie M. J. Jansen; Stephan Riesenberg; J. Gray Camp; Barbara Treutlein
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 12, 2021, ISSN 1548-7105
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01344-8

Single-cell genomics to guide human stem cell and tissue engineering

Autori: J. Gray Camp, Damian Wollny, Barbara Treutlein
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 15/9, 2018, Pagina/e 661-667, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-018-0113-0

Direct pericyte-to-neuron reprogramming via unfolding of a neural stem cell-like program

Autori: Marisa Karow, J. Gray Camp, Sven Falk, Tobias Gerber, Abhijeet Pataskar, Malgorzata Gac-Santel, Jorge Kageyama, Agnieska Brazovskaja, Angela Garding, Wenqiang Fan, Therese Riedemann, Antonella Casamassa, Andrej Smiyakin, Christian Schichor, Magdalena Götz, Vijay K. Tiwari, Barbara Treutlein, Benedikt Berninger
Pubblicato in: Nature Neuroscience, Numero 21/7, 2018, Pagina/e 932-940, ISSN 1097-6256
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41593-018-0168-3

Single-cell analysis uncovers convergence of cell identities during axolotl limb regeneration

Autori: Tobias Gerber, Prayag Murawala, Dunja Knapp, Wouter Masselink, Maritta Schuez, Sarah Hermann, Malgorzata Gac-Santel, Sergej Nowoshilow, Jorge Kageyama, Shahryar Khattak, Joshua D. Currie, J. Gray Camp, Elly M. Tanaka, Barbara Treutlein
Pubblicato in: Science, Numero 362/6413, 2018, Pagina/e eaaq0681, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aaq0681

What is a cell type?

Autori: Fleck, Jonas Simon; Camp, J. Gray; Treutlein, Barbara; id_orcid0000-0002-3299-5597
Pubblicato in: Science, 381 (6659), Numero 4, 2023, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adf6162

Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models

Autori: Qianhui Yu; Umut Kilik; Emily M. Holloway; Yu-Hwai Tsai; Christoph Harmel; Angeline Wu; Joshua H. Wu; Michael Czerwinski; Charlie Childs; Zhisong He; Meghan M. Capeling; Sha Huang; Ian A. Glass; Peter D.R. Higgins; Barbara Treutlein; Jason R. Spence; J. Gray Camp
Pubblicato in: Cell, 184 (12), Numero 4, 2021, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.028

Resolving organoid brain region identities by mapping single-cell genomic data to reference atlases

Autori: Fleck, Jonas S. Sanchís-Calleja, Fátima He, Zhisong Santel, Malgorzata Boyle, Michael J. Camp, J. Gray Treutlein, Barbara
Pubblicato in: Cell Stem Cell, 2021, ISSN 1934-5909
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2021.02.015

Resolving Neurodevelopmental and Vision Disorders Using Organoid Single-Cell Multi-omics

Autori: Giovanna Brancati, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Pubblicato in: Neuron, Numero 107/6, 2020, Pagina/e 1000-1013, ISSN 0896-6273
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.neuron.2020.09.001

CSS: cluster similarity spectrum integration of single-cell genomics data

Autori: Zhisong He, Agnieska Brazovskaja, Sebastian Ebert, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 21/1, 2020, ISSN 1474-760X
Editore: BMC Genome Biology
DOI: 10.1186/s13059-020-02147-4

Organoid single-cell genomic atlas uncovers human-specific features of brain development

Autori: Sabina Kanton, Michael James Boyle, Zhisong He, Malgorzata Santel, Anne Weigert, Fátima Sanchís-Calleja, Patricia Guijarro, Leila Sidow, Jonas Simon Fleck, Dingding Han, Zhengzong Qian, Michael Heide, Wieland B. Huttner, Philipp Khaitovich, Svante Pääbo, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Pubblicato in: Nature, Numero 574/7778, 2019, Pagina/e 418-422, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1654-9

Other (1)

Lineage recording reveals dynamics of cerebral organoid regionalization

Autori: Zhisong He, Tobias Gerber, Ashley Maynard, Akanksha Jain, Rebecca Petri, Malgorzata Santel, Kevin Ly, Leila Sidow, Fatima Sanchis Callejal, Stephan Riesenberg, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Pubblicato in: bioRxiv, 2020
Editore: www.biorxiv.org
DOI: 10.1101/2020.06.19.162032

Book chapters (1)

Single-cell genomic analysis of human cerebral organoids

Autori: Sabina Kanton, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Pubblicato in: Human Pluripotent Stem Cell Derived Organoid Models, Numero 159, 2020, Pagina/e 229-256, ISBN 9780128215319
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mcb.2020.03.013