Biophysical mechanisms of long-range transcriptional regulation

Información del proyecto

BioMeTRe

Identificador del acuerdo de subvención: 759366

DOI

10.3030/759366

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 4 Septiembre 2017

Fecha de inicio 1 Enero 2018

Fecha de finalización 31 Diciembre 2023

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 500 000,00

Aportación de la UE

€ 1 500 000,00

Coordinado por

FRIEDRICH MIESCHER INSTITUTE FOR BIOMEDICAL RESEARCH FONDATION
Switzerland

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Publicaciones

Peer reviewed articles (12)

Cohesin and CTCF control the dynamics of chromosome folding

Autores: Pia Mach, Pavel I. Kos, Yinxiu Zhan, Julie Cramard, Simon Gaudin, Jana Tünnermann, Edoardo Marchi, Jan Eglinger, Jessica Zuin, Mariya Kryzhanovska, Sebastien Smallwood, Laurent Gelman, Gregory Roth, Elphège P. Nora, Guido Tiana & Luca Giorgetti
Publicado en: Nature Genetics, 2022, ISSN 1061-4036
Editor: Nature Publishing Group

deepBlink: Threshold-independent detection and localization of diffraction-limited spots

Autores: Bastian Th. Eichenberger; Bastian Th. Eichenberger; Yinxiu Zhan; Markus Rempfler; Luca Giorgetti; Jeffrey A. Chao
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición 2, 2021, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2020.12.14.422631

DamC reveals principles of chromatin folding in vivo without crosslinking and ligation

Autores: Josef Redolfi, Yinxiu Zhan, Christian Valdes-Quezada, Mariya Kryzhanovska, Isabel Guerreiro, Vytautas Iesmantavicius, Tim Pollex, Ralph S. Grand, Eskeatnaf Mulugeta, Jop Kind, Guido Tiana, Sebastien A. Smallwood, Wouter de Laat, Luca Giorgetti
Publicado en: Nature Structural & Molecular Biology, Edición 26/6, 2019, Página(s) 471-480, ISSN 1545-9993
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-019-0231-0

The bipartite TAD organization of the X-inactivation center ensures opposing developmental regulation of Tsix and Xist

Autores: Joke G. van Bemmel, Rafael Galupa, Chris Gard, Nicolas Servant, Christel Picard, James Davies, Anthony James Szempruch, Yinxiu Zhan, Jan J. Żylicz, Elphège P. Nora, Sonia Lameiras, Elzo de Wit, David Gentien, Sylvain Baulande, Luca Giorgetti, Mitchell Guttman, Jim R. Hughes, Douglas R. Higgs, Joost Gribnau, Edith Heard
Publicado en: Nature Genetics, Edición 51/6, 2019, Página(s) 1024-1034, ISSN 1061-4036
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-019-0412-0

A symmetric toggle switch explains the onset of random X inactivation in different mammals

Autores: Verena Mutzel, Ikuhiro Okamoto, Ilona Dunkel, Mitinori Saitou, Luca Giorgetti, Edith Heard, Edda G. Schulz
Publicado en: Nature Structural & Molecular Biology, Edición 26/5, 2019, Página(s) 350-360, ISSN 1545-9993
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-019-0214-1

A Conserved Noncoding Locus Regulates Random Monoallelic Xist Expression across a Topological Boundary

Autores: Rafael Galupa, Elphège Pierre Nora, Rebecca Worsley-Hunt, Christel Picard, Chris Gard, Joke Gerarda van Bemmel, Nicolas Servant, Yinxiu Zhan, Fatima El Marjou, Colin Johanneau, Patricia Diabangouaya, Agnès Le Saux, Sonia Lameiras, Juliana Pipoli da Fonseca, Friedemann Loos, Joost Gribnau, Sylvain Baulande, Uwe Ohler, Luca Giorgetti, Edith Heard
Publicado en: Molecular Cell, Edición 77/2, 2020, Página(s) 352-367.e8, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.10.030

Chromosome Conformation Capture and Beyond: Toward an Integrative View of Chromosome Structure and Function

Autores: Rachel Patton McCord, Noam Kaplan, Luca Giorgetti
Publicado en: Molecular Cell, Edición 77/4, 2020, Página(s) 688-708, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.12.021

Challenges and guidelines toward 4D nucleome data and model standards

Autores: Marc A. Marti-Renom, Genevieve Almouzni, Wendy A. Bickmore, Kerstin Bystricky, Giacomo Cavalli, Peter Fraser, Susan M. Gasser, Luca Giorgetti, Edith Heard, Mario Nicodemi, Marcelo Nollmann, Modesto Orozco, Ana Pombo & Maria-Elena Torres-Padilla
Publicado en: Nature Genetics, 2018, ISSN 1061-4036
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-018-0236-3

HP1 drives de novo 3D genome reorganization in early Drosophila embryos

Autores: Fides Zenk, Yinxiu Zhan, Pavel Kos, Eva Löser, Nazerke Atinbayeva, Melanie Schächtle, Guido Tiana, Luca Giorgetti & Nicola Iovino
Publicado en: Nature, 2021, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-03460-z

Integrative approaches to study enhancer–promoter communication

Autores: Pia Mach, Luca Giorgetti
Publicado en: Current Opinion in Genetics & Development, 2023, ISSN 0959-437X
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2023.102052

Integrating experiment, theory and simulation to determine the structure and dynamics of mammalian chromosomes

Autores: g tiana, l giorgetti
Publicado en: Elsevier, 2017, ISSN 0959-440X
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2017.10.016

Nonlinear control of transcription through enhancer–promoter interactions

Autores: Jessica Zuin; Gregory Roth; Yinxiu Zhan; Julie Cramard; Josef Redolfi; Ewa Piskadlo; Pia Mach; Mariya Kryzhanovska; Gergely Tihanyi; Hubertus Kohler; Mathias Eder; Christ Leemans; Bas van Steensel; Peter Meister; Sebastien Smallwood; Luca Giorgetti
Publicado en: Zuin, Jessica; Roth, Gregory; Zhan, Yinxiu; Cramard, Julie; Redolfi, Josef; Piskadlo, Ewa; Mach, Pia; Kryzhanovska, Mariya; Tihanyi, Gergely; Kohler, Hubertus; Eder, Mathias; Leemans, Christ; van Steensel, Bas; Meister, Peter; Smallwood, Sebastien; Giorgetti, Luca (2022). Nonlinear control of transcription through enhancer-promoter interactions. Nature, 604(7906), pp. 571-577. Springer Nature 10.1, Edición 5, 2022, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-04570-y