Biophysical mechanisms of long-range transcriptional regulation

Informations projet

BioMeTRe

N° de convention de subvention: 759366

DOI

10.3030/759366

Projet clôturé

Date de signature de la CE 4 Septembre 2017

Date de début 1 Janvier 2018

Date de fin 31 Decembre 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 500 000,00

Contribution de l’UE

€ 1 500 000,00

Coordonné par

FRIEDRICH MIESCHER INSTITUTE FOR BIOMEDICAL RESEARCH FONDATION
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (12)

Cohesin and CTCF control the dynamics of chromosome folding

Auteurs: Pia Mach, Pavel I. Kos, Yinxiu Zhan, Julie Cramard, Simon Gaudin, Jana Tünnermann, Edoardo Marchi, Jan Eglinger, Jessica Zuin, Mariya Kryzhanovska, Sebastien Smallwood, Laurent Gelman, Gregory Roth, Elphège P. Nora, Guido Tiana & Luca Giorgetti
Publié dans: Nature Genetics, 2022, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group

deepBlink: Threshold-independent detection and localization of diffraction-limited spots

Auteurs: Bastian Th. Eichenberger; Bastian Th. Eichenberger; Yinxiu Zhan; Markus Rempfler; Luca Giorgetti; Jeffrey A. Chao
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 2, 2021, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2020.12.14.422631

DamC reveals principles of chromatin folding in vivo without crosslinking and ligation

Auteurs: Josef Redolfi, Yinxiu Zhan, Christian Valdes-Quezada, Mariya Kryzhanovska, Isabel Guerreiro, Vytautas Iesmantavicius, Tim Pollex, Ralph S. Grand, Eskeatnaf Mulugeta, Jop Kind, Guido Tiana, Sebastien A. Smallwood, Wouter de Laat, Luca Giorgetti
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, Numéro 26/6, 2019, Page(s) 471-480, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-019-0231-0

The bipartite TAD organization of the X-inactivation center ensures opposing developmental regulation of Tsix and Xist

Auteurs: Joke G. van Bemmel, Rafael Galupa, Chris Gard, Nicolas Servant, Christel Picard, James Davies, Anthony James Szempruch, Yinxiu Zhan, Jan J. Żylicz, Elphège P. Nora, Sonia Lameiras, Elzo de Wit, David Gentien, Sylvain Baulande, Luca Giorgetti, Mitchell Guttman, Jim R. Hughes, Douglas R. Higgs, Joost Gribnau, Edith Heard
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 51/6, 2019, Page(s) 1024-1034, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-019-0412-0

A symmetric toggle switch explains the onset of random X inactivation in different mammals

Auteurs: Verena Mutzel, Ikuhiro Okamoto, Ilona Dunkel, Mitinori Saitou, Luca Giorgetti, Edith Heard, Edda G. Schulz
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, Numéro 26/5, 2019, Page(s) 350-360, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-019-0214-1

A Conserved Noncoding Locus Regulates Random Monoallelic Xist Expression across a Topological Boundary

Auteurs: Rafael Galupa, Elphège Pierre Nora, Rebecca Worsley-Hunt, Christel Picard, Chris Gard, Joke Gerarda van Bemmel, Nicolas Servant, Yinxiu Zhan, Fatima El Marjou, Colin Johanneau, Patricia Diabangouaya, Agnès Le Saux, Sonia Lameiras, Juliana Pipoli da Fonseca, Friedemann Loos, Joost Gribnau, Sylvain Baulande, Uwe Ohler, Luca Giorgetti, Edith Heard
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 77/2, 2020, Page(s) 352-367.e8, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.10.030

Chromosome Conformation Capture and Beyond: Toward an Integrative View of Chromosome Structure and Function

Auteurs: Rachel Patton McCord, Noam Kaplan, Luca Giorgetti
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 77/4, 2020, Page(s) 688-708, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.12.021

Challenges and guidelines toward 4D nucleome data and model standards

Auteurs: Marc A. Marti-Renom, Genevieve Almouzni, Wendy A. Bickmore, Kerstin Bystricky, Giacomo Cavalli, Peter Fraser, Susan M. Gasser, Luca Giorgetti, Edith Heard, Mario Nicodemi, Marcelo Nollmann, Modesto Orozco, Ana Pombo & Maria-Elena Torres-Padilla
Publié dans: Nature Genetics, 2018, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-018-0236-3

HP1 drives de novo 3D genome reorganization in early Drosophila embryos

Auteurs: Fides Zenk, Yinxiu Zhan, Pavel Kos, Eva Löser, Nazerke Atinbayeva, Melanie Schächtle, Guido Tiana, Luca Giorgetti & Nicola Iovino
Publié dans: Nature, 2021, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-03460-z

Integrative approaches to study enhancer–promoter communication

Auteurs: Pia Mach, Luca Giorgetti
Publié dans: Current Opinion in Genetics & Development, 2023, ISSN 0959-437X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2023.102052

Integrating experiment, theory and simulation to determine the structure and dynamics of mammalian chromosomes

Auteurs: g tiana, l giorgetti
Publié dans: Elsevier, 2017, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2017.10.016

Nonlinear control of transcription through enhancer–promoter interactions

Auteurs: Jessica Zuin; Gregory Roth; Yinxiu Zhan; Julie Cramard; Josef Redolfi; Ewa Piskadlo; Pia Mach; Mariya Kryzhanovska; Gergely Tihanyi; Hubertus Kohler; Mathias Eder; Christ Leemans; Bas van Steensel; Peter Meister; Sebastien Smallwood; Luca Giorgetti
Publié dans: Zuin, Jessica; Roth, Gregory; Zhan, Yinxiu; Cramard, Julie; Redolfi, Josef; Piskadlo, Ewa; Mach, Pia; Kryzhanovska, Mariya; Tihanyi, Gergely; Kohler, Hubertus; Eder, Mathias; Leemans, Christ; van Steensel, Bas; Meister, Peter; Smallwood, Sebastien; Giorgetti, Luca (2022). Nonlinear control of transcription through enhancer-promoter interactions. Nature, 604(7906), pp. 571-577. Springer Nature 10.1, Numéro 5, 2022, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-04570-y