The role of cell-to-cell variability in pneumococcal virulence and antibiotic resistance

Informations projet

PneumoCaTChER

N° de convention de subvention: 771534

DOI

10.3030/771534

Projet clôturé

Date de signature de la CE 13 Avril 2018

Date de début 1 Novembre 2018

Date de fin 31 Octobre 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 735,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 735,00

Coordonné par

UNIVERSITE DE LAUSANNE
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (17)

Amoxicillin-resistant Streptococcus pneumoniae can be resensitized by targeting the mevalonate pathway as indicated by sCRilecs-seq

Auteurs: Liselot Dewachter, Julien Dénéréaz, Xue Liu, Vincent de Bakker, Charlotte Costa, Mara Baldry, Jean-Claude Sirard, Jan-Willem Veening
Publié dans: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.75607

Harnessing CRISPR-Cas9 for Genome Editing in Streptococcus pneumoniae D39V

Auteurs: Dimitra Synefiaridou, Jan-Willem Veening
Publié dans: Applied and Environmental Microbiology, Numéro 87/6, 2021, ISSN 0099-2240
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aem.02762-20

CcrZ is a pneumococcal spatiotemporal cell cycle regulator that interacts with FtsZ and controls DNA replication by modulating the activity of DnaA

Auteurs: Clement Gallay, Stefano Sanselicio, Mary E. Anderson, Young Min Soh, Xue Liu, Gro A. Stamsås, Simone Pelliciari, Renske van Raaphorst, Julien Dénéréaz, Morten Kjos, Heath Murray, Stephan Gruber, Alan D. Grossman, Jan-Willem Veening
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 6/9, 2021, Page(s) 1175-1187, ISSN 2058-5276
Éditeur: NPG
DOI: 10.1038/s41564-021-00949-1

Switching off: The phenotypic transition to the uninduced state of the lactose uptake pathway

Auteurs: Prasanna M Bhogale, Robin A Sorg, Jan-Willem Veening, Johannes Berg
Publié dans: Biophys J ., 2022, ISSN 0006-3495
Éditeur: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2021.12.027

Exploration of Bacterial Bottlenecks and Streptococcus pneumoniae Pathogenesis by CRISPRi-Seq

Auteurs: Xue Liu, Jacqueline M Kimmey, Laura Matarazzo, Vincent de Bakker, Laurye Van Maele, Jean-Claude Sirard, Victor Nizet, Jan-Willem Veening
Publié dans: Cell Host & Microbe, 2021, ISSN 1931-3128
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2020.10.001

The acquisition of clinically relevant amoxicillin resistance in Streptococcus pneumoniae requires ordered horizontal gene transfer of four loci

Auteurs: Paddy S Gibson, Evan Bexkens, Sylvia Zuber, Lauren A Cowley , Jan-Willem Veening
Publié dans: Plos Pathogens, 2022, ISSN 1553-7366
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.ppat.1010727

2FAST2Q: a general-purpose sequence search and counting program for FASTQ files

Auteurs: Afonso M Bravo, Athanasios Typas, Jan-Willem Veening
Publié dans: PeerJ, 2022, ISSN 2167-8359
Éditeur: PeerJ
DOI: 10.7717/peerj.14041

Unbiased homeologous recombination during pneumococcal transformation allows for multiple chromosomal integration events

Auteurs: Jun Kurushima, Nathalie Campo, Renske van Raaphorst, Guillaume Cerckel, Patrice Polard, Jan-Willem Veening
Publié dans: eLife, Numéro 9, 2020, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.58771

Mechanistic basis of choline import involved in teichoic acids and lipopolysaccharide modification

Auteurs: Natalie Bärland, Anne-Stéphanie Rueff, Gonzalo Cebrero, Cedric A J Hutter, Markus A Seeger, Jan-Willem Veening, Camilo Perez
Publié dans: Science Advances, 2022, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abm1122

RocS drives chromosome segregation and nucleoid protection in Streptococcus pneumoniae

Auteurs: Chryslène Mercy, Adrien Ducret, Jelle Slager, Jean-Pierre Lavergne, Céline Freton, Sathya Narayanan Nagarajan, Pierre Simon Garcia, Marie-Francoise Noirot-Gros, Nelly Dubarry, Julien Nourikyan, Jan-Willem Veening, Christophe Grangeasse
Publié dans: Nature Microbiology, 2019, ISSN 2058-5276
Éditeur: Nature
DOI: 10.1038/s41564-019-0472-z

Three New Integration Vectors and Fluorescent Proteins for Use in the Opportunistic Human Pathogen Streptococcus pneumoniae

Auteurs: Lance E. Keller, Anne-Stéphanie Rueff, Jun Kurushima, Jan-Willem Veening
Publié dans: Genes, Numéro 10/5, 2019, Page(s) 394, ISSN 2073-4425
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/genes10050394

Refining the Pneumococcal Competence Regulon by RNA Sequencing

Auteurs: Jelle Slager, Rieza Aprianto, Jan-Willem Veening
Publié dans: Journal of Bacteriology, Numéro 201/13, 2019, ISSN 0021-9193
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/jb.00780-18

BactMAP: An R package for integrating, analyzing and visualizing bacterial microscopy data

Auteurs: Renske Raaphorst, Morten Kjos, Jan‐Willem Veening
Publié dans: Molecular Microbiology, Numéro 113/1, 2019, Page(s) 297-308, ISSN 0950-382X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/mmi.14417

Structure of a proton-dependent lipid transporter involved in lipoteichoic acids biosynthesis

Auteurs: Bing Zhang, Xue Liu, Elisabeth Lambert, Guillaume Mas, Sebastian Hiller, Jan-Willem Veening, Camilo Perez
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, 2020, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-020-0425-5

Gaps in the wall: understanding cell wall biology to tackle amoxicillin resistance in Streptococcus pneumoniae

Auteurs: Paddy S Gibson, Jan-Willem Veening
Publié dans: Curr Opin Microbiol., 2023, ISSN 1369-5274
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2022.102261

Synthetic genetic oscillators demonstrate the functional importance of phenotypic variation in pneumococcal-host interactions

Auteurs: Anne-Stéphanie Rueff, Renske van Raaphorst, Surya D Aggarwal, Javier Santos-Moreno, Géraldine Laloux, Yolanda Schaerli, Jeffrey N Weiser, Jan-Willem Veening
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14(1):7454, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43241-y

Competence remodels the pneumococcal cell wall exposing key surface virulence factors that mediate increased host adherence

Auteurs: Vikrant Minhas, Arnau Domenech, Dimitra Synefiaridou, Daniel Straume, Max Brendel, Gonzalo Cebrero, Xue Liu, Charlotte Costa, Mara Baldry, Jean-Claude Sirard, Camilo Perez, Nicolas Gisch, Sven Hammerschmidt, Leiv Sigve Håvarstein, Jan-Willem Veening
Publié dans: Plos Biology, 2023, ISSN 1544-9173
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001990