Cohesin-mediated chromosomal looping: From linear paths to 3D effects

Información del proyecto

CohesinLooping

Identificador del acuerdo de subvención: 772471

DOI

10.3030/772471

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 6 Febrero 2018

Fecha de inicio 1 Abril 2018

Fecha de finalización 31 Marzo 2023

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 998 375,00

Aportación de la UE

€ 1 998 375,00

Coordinado por

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

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Resultado final

Open Research Data Pilot (1)

Data management plan

A data managemnet plan will be written as part of the pilot on open research data

Publicaciones

Peer reviewed articles (6)

The cohesin acetylation cycle controls chromatin loop length through a PDS5A brake mechanism

Autores: Marjon S. van Ruiten, Démi van Gent, Ángela Sedeño Cacciatore, Astrid Fauster, Laureen Willems, Maarten L. Hekkelman, Liesbeth Hoekman, Maarten Altelaar, Judith H. I. Haarhuis, Thijn R. Brummelkamp, Elzo de Wit & Benjamin D. Rowland
Publicado en: Nature Structural & Molecular Biology, Edición 29, 2022, Página(s) 586–591, ISSN 1545-9985
Editor: Springer - Nature
DOI: 10.1038/s41594-022-00773-z

3D genomics across the tree of life reveals condensin II as a determinant of architecture type

Autores: Claire Hoencamp, Olga Dudchenko, Ahmed M. O. Elbatsh, Sumitabha Brahmachari, Jonne A. Raaijmakers, Tom van Schaik, Ángela Sedeño Cacciatore, Vinícius G. Contessoto, Roy G. H. P. van Heesbeen, Bram van den Broek, Aditya N. Mhaskar, Hans Teunissen, Brian Glenn St Hilaire, David Weisz, Arina D. Omer, Melanie Pham, Zane Colaric, Zhenzhen Yang, Suhas S. P. Rao, Namita Mitra, Christopher Lui, Weijie
Publicado en: Science, Edición 372/6545, 2021, Página(s) 984-989, ISSN 0036-8075
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.abe2218

Structural basis of centromeric cohesion protection

Autores: Alberto García-Nieto, Amrita Patel, Yan Li, Roel Oldenkamp, Leonardo Feletto, Joshua J. Graham, Laureen Willems, Kyle W. Muir, Daniel Panne, Benjamin D. Rowland
Publicado en: Nature Structural & Molecular Biology, Edición 853-859, 2023, Página(s) 853-859, ISSN 1545-9993
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-023-00968-y

A Mediator-cohesin axis controls heterochromatin domain formation

Autores: Judith H. I. Haarhuis, Robin H. van der Weide, Vincent A. Blomen, Koen D. Flach, Hans Teunissen, Laureen Willems, Thijn R. Brummelkamp, Benjamin D. Rowland & Elzo de Wit
Publicado en: Nature Communications, Edición 13/754, 2022, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-28377-7

The structural basis for cohesin–CTCF-anchored loops

Autores: Yan Li, Judith H. I. Haarhuis, Ángela Sedeño Cacciatore, Roel Oldenkamp, Marjon S. van Ruiten, Laureen Willems, Hans Teunissen, Kyle W. Muir, Elzo de Wit, Benjamin D. Rowland, Daniel Panne
Publicado en: Nature, Edición 578/7795, 2020, Página(s) 472-476, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1910-z

Hi-C analyses with GENOVA: a case study with cohesin variants

Autores: Robin H van der Weide, Teun van den Brand, Judith H I Haarhuis, Hans Teunissen, Benjamin D Rowland, Elzo de Wit
Publicado en: NAR Genomics and Bioinformatics, Edición 3/2, 2021, ISSN 2631-9268
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nargab/lqab040