Dissection of Glycan Function by Engineered Tissue Models

Informations projet

GlycoSkin

N° de convention de subvention: 772735

DOI

10.3030/772735

Projet clôturé

Date de signature de la CE 7 Février 2018

Date de début 1 Mars 2018

Date de fin 30 Novembre 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 995 199,00

Contribution de l’UE

€ 1 995 199,00

Coordonné par

KOBENHAVNS UNIVERSITET
Denmark

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Publications

Peer reviewed articles (20)

CRISPR-screen identifies ZIP9 and dysregulated Zn2+ homeostasis as a cause of cancer-associated changes in glycosylation

Auteurs: Troels Boldt Rømer; Fawzi Khoder-Agha; Mikkel Koed Møller Aasted; Noortje de Haan; Sabrina Horn; August Dylander; Tao Zhang; Emil Marek Heymans Pallesen; Sally Dabelsteen; Manfred Wuhrer; Christine Flodgaard Høgsbro; Emil Aagaard Thomsen; Jacob Giehm Mikkelsen; Hans H Wandall
Publié dans: Glycobiology, Numéro 2, 2023, ISSN 1460-2423
Éditeur: Oxford Journals
DOI: 10.1093/glycob/cwad003

O‐glycan initiation directs distinct biological pathways and controls epithelial differentiation

Auteurs: Ieva Bagdonaite, Emil MH Pallesen, Zilu Ye, Sergey Y Vakhrushev, Irina N Marinova, Mathias I Nielsen, Signe H Kramer, Stine F Pedersen, Hiren J Joshi, Eric P Bennett, Sally Dabelsteen, Hans H Wandall
Publié dans: EMBO reports, Numéro 21/6, 2020, ISSN 1469-221X
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.201948885

Global aspects of viral glycosylation

Auteurs: Ieva Bagdonaite, Hans H Wandall
Publié dans: Glycobiology, Numéro 28/7, 2018, Page(s) 443-467, ISSN 1460-2423
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/glycob/cwy021

Reading and Writing the Human Glycocode

Auteurs: Noortje de Haan, Mathias I. Nielsen, Hans H. Wandall
Publié dans: Annual Review of Biochemistry, Numéro 93, 2024, Page(s) 529-564, ISSN 0066-4154
Éditeur: Annual Reviews, Inc.
DOI: 10.1146/annurev-biochem-030122-044347

Developments and perspectives in high-throughput protein glycomics: enabling the analysis of thousands of samples

Auteurs: Noortje de Haan, Maja Pučić-Baković, Mislav Novokmet, David Falck, Guinevere Lageveen-Kammeijer, Genadij Razdorov, Frano Vučković, Irena Trbojević-Akmačić, Olga Gornik, Maja Hanić, Manfred Wuhrer, Gordan Lauc, null null, Andras Guttman, Richard Cummings, Samia Mora, Yoann Rombouts, Andad Mehta
Publié dans: Glycobiology, Numéro 32, 2022, Page(s) 651-663, ISSN 1460-2423
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/glycob/cwac026

Global mapping of GalNAc-T isoform-specificities and O-glycosylation site-occupancy in a tissue-forming human cell line

Auteurs: Mathias I. Nielsen, Noortje de Haan, Weston Kightlinger, Zilu Ye, Sally Dabelsteen, Minyan Li, Michael C. Jewett, Ieva Bagdonaite, Sergey Y. Vakhrushev, Hans H. Wandall
Publié dans: Nature Communications, Numéro 13, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-33806-8

Binding of Akkermansia muciniphila to mucin is O-glycan specific

Auteurs: Janneke Elzinga, Yoshiki Narimatsu, Noortje de Haan, Henrik Clausen, Willem M. de Vos, Hanne L. P. Tytgat
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-48770-8

Cytoplasmic Citrate Flux Modulates the Immune Stimulatory NKG2D Ligand MICA in Cancer Cells

Auteurs: Sofie H. Møller, Maiken Mellergaard, Mikkel Madsen, Amaia V. Bermejo, Stine D. Jepsen, Marie H. Hansen, Rikke I. Høgh, Blanca I. Aldana, Claus Desler, Lene Juel Rasmussen, Elahu G. Sustarsic, Zachary Gerhart-Hines, Evangelia Daskalaki, Craig E. Wheelock, Thomas K. Hiron, Da Lin, Christopher A. O’Callaghan, Hans H. Wandall, Lars Andresen, Søren Skov
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 11, 2020, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fimmu.2020.01968

Role of N-Glycosylation in FcγRIIIa interaction with IgG

Auteurs: Julie Van Coillie, Morten A. Schulz, Arthur E. H. Bentlage, Noortje de Haan, Zilu Ye, Dionne M. Geerdes, Wim J. E. van Esch, Lise Hafkenscheid, Rebecca L. Miller, Yoshiki Narimatsu, Sergey Y. Vakhrushev, Zhang Yang, Gestur Vidarsson, Henrik Clausen
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 13, 2023, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fimmu.2022.987151

Glycoproteomics

Auteurs: Ieva Bagdonaite, Stacy A. Malaker, Daniel A. Polasky, Nicholas M. Riley, Katrine Schjoldager, Sergey Y. Vakhrushev, Adnan Halim, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Alexey I. Nesvizhskii, Carolyn R. Bertozzi, Hans H. Wandall, Benjamin L. Parker, Morten Thaysen-Andersen, Nichollas E. Scott
Publié dans: Nature Reviews Methods Primers, Numéro 2, 2024, ISSN 2662-8449
Éditeur: Nature
DOI: 10.1038/s43586-022-00128-4

Sensitive and Specific Global Cell Surface <i>N</i>-Glycoproteomics Shows Profound Differences Between Glycosylation Sites and Subcellular Components

Auteurs: Noortje de Haan; Ming Song; Oliver C. Grant; Zilu Ye; Fawzi Khoder Agha; Mikkel Koed Møller Aasted; Robert J. Woods; Sergey Y. Vakhrushev; Hans H. Wandall
Publié dans: Analytical Chemistry, Numéro 3, 2023, ISSN 0003-2700
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.3c03626

INDEL detection, the ‘Achilles heel’ of precise genome editing: a survey of methods for accurate profiling of gene editing induced indels

Auteurs: Eric Paul Bennett, Bent Larsen Petersen, Ida Elisabeth Johansen, Yiyuan Niu, Zhang Yang, Christopher Aled Chamberlain, Özcan Met, Hans H Wandall, Morten Frödin
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48/21, 2020, Page(s) 11958-11981, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa975

Site-Specific O-Glycosylation Analysis of SARS-CoV-2 Spike Protein Produced in Insect and Human Cells

Auteurs: Ieva Bagdonaite, Andrew J. Thompson, Xiaoning Wang, Max Søgaard, Cyrielle Fougeroux, Martin Frank, Jolene K. Diedrich, John R. Yates, Ali Salanti, Sergey Y. Vakhrushev, James C. Paulson, Hans H. Wandall
Publié dans: Viruses, Numéro 13/4, 2021, Page(s) 551, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v13040551

Genetic glycoengineering in mammalian cells

Auteurs: Yoshiki Narimatsu, Christian Büll, Yen-Hsi Chen, Hans H. Wandall, Zhang Yang, Henrik Clausen
Publié dans: Journal of Biological Chemistry, Numéro 296, 2021, Page(s) 100448, ISSN 0021-9258
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.jbc.2021.100448

Galectin binding to cells and glycoproteins with genetically modified glycosylation reveals galectin–glycan specificities in a natural context

Auteurs: Mathias Ingemann Nielsen, John Stegmayr, Oliver C. Grant, Zhang Yang, Ulf J. Nilsson, Irene Boos, Michael C. Carlsson, Robert J. Woods, Carlo Unverzagt, Hakon Leffler, Hans H. Wandall
Publié dans: Journal of Biological Chemistry, Numéro 293/52, 2018, Page(s) 20249-20262, ISSN 0021-9258
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/jbc.ra118.004636

Quantitative characterization of O-GalNAc glycosylation

Auteurs: Tomislav Čaval, Noortje de Haan, Andriana Konstantinidi, Sergey Y Vakhrushev
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 68, 2023, Page(s) 135-141, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2020.12.010

Twin Prime Editing Mediated Exon Skipping/Reinsertion for Restored Collagen VII Expression in Recessive Dystrophic Epidermolysis Bullosa

Auteurs: Benjamin J. Steinbeck, Xin D. Gao, Amber N. McElroy, Smriti Pandey, Jordan L. Doman, Megan J. Riddle, Lily Xia, Weili Chen, Cindy R. Eide, Andre H. Lengert, Sang Won Han, Bruce R. Blazar, Hans H. Wandall, Sally Dabelsteen, David R. Liu, Jakub Tolar, Mark J. Osborn
Publié dans: Journal of Investigative Dermatology, Numéro 144, 2024, Page(s) 2764-2777.e9, ISSN 0022-202X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1016/j.jid.2024.04.013

Essential Functions of Glycans in Human Epithelia Dissected by a CRISPR-Cas9-Engineered Human Organotypic Skin Model

Auteurs: Sally Dabelsteen, Emil M.H. Pallesen, Irina N. Marinova, Mathias I. Nielsen, Maria Adamopoulou, Troels B. Rømer, Asha Levann, Mikkel M. Andersen, Zilu Ye, David Thein, Eric P. Bennett, Christian Büll, Sam J. Moons, Thomas Boltje, Henrik Clausen, Sergey Y. Vakhrushev, Ieva Bagdonaite, Hans H. Wandall
Publié dans: Developmental Cell, Numéro 54/5, 2020, Page(s) 669-684.e7, ISSN 1534-5807
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2020.06.039

In-Depth Profiling of <i>O</i>-Glycan Isomers in Human Cells Using C18 Nanoliquid Chromatography–Mass Spectrometry and Glycogenomics

Auteurs: Noortje de Haan; Yoshiki Narimatsu; Mikkel Koed Møller Aasted; Ida S. B. Larsen; Irina N. Marinova; Sally Dabelsteen; Sergey Y. Vakhrushev; Hans H. Wandall
Publié dans: Analytical Chemistry, Numéro 2, 2022, ISSN 0003-2700
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c05068

Golgi fragmentation – One of the earliest organelle phenotypes in Alzheimer’s disease neurons

Auteurs: Henriette Haukedal, Giulia I. Corsi, Veerendra P. Gadekar, Nadezhda T. Doncheva, Shekhar Kedia, Noortje de Haan, Abinaya Chandrasekaran, Pia Jensen, Pernille Schiønning, Sarah Vallin, Frederik Ravnkilde Marlet, Anna Poon, Carlota Pires, Fawzi Khoder Agha, Hans H. Wandall, Susanna Cirera, Anja Hviid Simonsen, Troels Tolstrup Nielsen, Jørgen Erik Nielsen, Poul Hyttel, Ravi Muddashetty, Blanca I. A
Publié dans: Frontiers in Neuroscience, Numéro 17, 2024, ISSN 1662-453X
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fnins.2023.1120086