An in silico-based approach to improve the efficacy and precision of drug REPurpOsing TRIALs for a mechanism-based patient cohort with predominant cerebro-cardiovascular phenotypes

Leistungen

Publish an open pre-clinical biobank for pre-clinical animal models related commROCG and other disease phenotypes for both genders

Publish an open preclinical biobank for preclinical animal models related commROCG and other disease phenotypes for both genders

Project brochure and professional templates
Communication and dissemination plan

Software for detection of pathway co-enrichment for extracting of patient(group)-specific pathways also enriched in target sites of effective drugs
Drugome 1.0 network

Drugome 10 network

Diseasome 2.0 network

Veröffentlichungen

Non-canonical chemical feedback self-limits nitric oxide-cyclic GMP signaling in health and disease

Autoren: Vu Thao-Vi Dao, Mahmoud H. Elbatreek, Martin Deile, Pavel I. Nedvetsky, Andreas Güldner, César Ibarra-Alvarado, Axel Gödecke, Harald H. H. W. Schmidt
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-66639-w

On the Clinical Pharmacology of Reactive Oxygen Species

Autoren: Ana I. Casas, Cristian Nogales, Hermann A. M. Mucke, Alexandra Petraina, Antonio Cuadrado, Ana I. Rojo, Pietro Ghezzi, Vincent Jaquet, Fiona Augsburger, Francois Dufrasne, Jalal Soubhye, Soni Deshwal, Moises Di Sante, Nina Kaludercic, Fabio Di Lisa, Harald H. H. W. Schmidt
Veröffentlicht in: Pharmacological Reviews, Ausgabe 72/4, 2020, Seite(n) 801-828, ISSN 0031-6997
Herausgeber: American Society for Pharmacology and Experimental Therapeutics
DOI: 10.1124/pr.120.019422

De Novo and Supervised Endophenotyping Using Network-Guided Ensemble Learning

Autoren: Simon J. Larsen, Harald H.H.W. Schmidt, Jan Baumbach
Veröffentlicht in: Systems Medicine, Ausgabe 3/1, 2020, Seite(n) 8-21, ISSN 2573-3370
Herausgeber: Network and Systems Medicine
DOI: 10.1089/sysm.2019.0008

Cyclic GMP modulating drugs in cardiovascular diseases: mechanism-based network pharmacology

Autoren: Alexandra Petraina, Cristian Nogales, Thomas Krahn, Hermann Mucke, Thomas F Lüscher, Rodolphe Fischmeister, David A Kass, John C Burnett, Jr, Adrian J Hobbs, Harald H H W Schmidt
Veröffentlicht in: Cardivascular Research, 2021, ISSN 1755-3245
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/cvr/cvab240

Online bias-aware disease module mining with ROBUST-Web

Autoren: Suryadipto Sarkar, Marta Lucchetta, Andreas Maier, Mohamed M Abdrabbou, Jan Baumbach, Markus List, Martin H Schaefer, David B Blumenthal
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe Volume 39, Ausgabe 6, 2023, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad345

Un-biased housekeeping gene panel selection for high-validity gene expression analysis

Autoren: Casas, A.I., Hassan, A.A., Manz, Q. et al.
Veröffentlicht in: Sci Rep 12, 12324, 2022, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-15989-8

Re-Addressing Dementia by Network Medicine and Mechanism-Based Molecular Endotypes

Autoren: Pacheco Pachado, Mayra; Casas, Ana I.; Elbatreek, Mahmoud H.; Nogales, Cristian; Guney, Emre; Espay, Alberto J.; Schmidt, Harald H.H.W.
Veröffentlicht in: Journal of Alzheimer's Disease, Ausgabe vol. 96, no. 1, 2023, Seite(n) pp. 47-56, 2023, ISSN 1387-2877
Herausgeber: IOS Press
DOI: 10.3233/jad-230694

netDx: Software for building interpretable patient classifiers by multi-'omic data integration using patient similarity networks

Autoren: Shraddha Pai, Philipp Weber, Ruth Isserlin, Hussam Kaka, Shirley Hui, Muhammad Ahmad Shah, Luca Giudice, Rosalba Giugno, Anne Krogh Nøhr, Jan Baumbach, Gary D. Bader
Veröffentlicht in: F1000Research, Ausgabe 9, 2020, Seite(n) 1239, ISSN 2046-1402
Herausgeber: F1000 Research Ltd.
DOI: 10.12688/f1000research.26429.2

Endothelial reactive oxygen-forming NADPH oxidase 5 is a possible player in diabetic aortic aneurysm but not atherosclerosis

Autoren: Florence Ho; Anna M. D. Watson; Mahmoud H. Elbatreek; Pamela W. M. Kleikers; Waheed Khan; Karly C. Sourris; Aozhi Dai; Jay Jha; Harald H. H. W. Schmidt; Karin A. M. Jandeleit-Dahm
Veröffentlicht in: Sci Rep 12, 11570, 2022, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-15706-5

NOX5-induced uncoupling of endothelial NO synthase is a causal mechanism and theragnostic target of an age-related hypertension endotype

Autoren: Mahmoud H. Elbatreek, Sepideh Sadegh, Elisa Anastasi, Emre Guney, Cristian Nogales, Tim Kacprowski, Ahmed A. Hassan, Andreas Teubner, Po-Hsun Huang, Chien-Yi Hsu, Paul M. H. Schiffers, Ger M. Janssen, Pamela W. M. Kleikers, Anil Wipat, Jan Baumbach, Jo G. R. De Mey, Harald H. H. W. Schmidt
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 18/11, 2020, Seite(n) e3000885, ISSN 1545-7885
Herausgeber: PLOS Biology
DOI: 10.1371/journal.pbio.3000885

Exploring the SARS-CoV-2 virus-host-drug interactome for drug repurposing

Autoren: Sepideh Sadegh, Julian Matschinske, David B. Blumenthal, Gihanna Galindez, Tim Kacprowski, Markus List, Reza Nasirigerdeh, Mhaned Oubounyt, Andreas Pichlmair, Tim Daniel Rose, Marisol Salgado-Albarrán, Julian Späth, Alexey Stukalov, Nina K. Wenke, Kevin Yuan, Josch K. Pauling, Jan Baumbach
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-17189-2

Robust disease module mining via enumeration of diverse prize-collecting Steiner trees

Autoren: Judith Bernett, Dominik Krupke, Sepideh Sadegh, Jan Baumbach, Sándor P Fekete, Tim Kacprowski, Markus List, David B Blumenthal
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2022, ISSN 1460-2059
Herausgeber: Oxford Academics

Online in silico validation of disease and gene sets, clusterings, or subnetworks with DIGEST

Autoren: Klaudia Adamowicz; Andreas Maier; Jan Baumbach; David Blumenthal
Veröffentlicht in: Briefings in Bioinformatics, Ausgabe Volume 23, Ausgabe 4, 2022, ISSN 1477-4054
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.14293/s2199-1006.1.sor-.ppp32eqz.v1

Lacking mechanistic disease definitions and corresponding association data hamper progress in network medicine and beyond

Autoren: Sepideh Sadegh; James Skelton; Elisa Anastasi; Andreas Maier; Klaudia Adamowicz; Anna Möller; Nils M. Kriege; Jaanika Kronberg; Toomas Haller; Tim Kacprowski; Anil Wipat; Jan Baumbach; David B. Blumenthal
Veröffentlicht in: Nat Commun, Ausgabe 14, 1662, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-37349-4

Network and Systems Medicine: Position Paper of the European Collaboration on Science and Technology Action on Open Multiscale Systems Medicine

Autoren: Blandine Comte, Jan Baumbach, Arriel Benis, José Basílio, Nataša Debeljak, Åsmund Flobak, Christian Franken, Nissim Harel, Feng He, Martin Kuiper, Juan Albino Méndez Pérez, Estelle Pujos-Guillot, Tadeja Režen, Damjana Rozman, Johannes A. Schmid, Jeanesse Scerri, Paolo Tieri, Kristel Van Steen, Sona Vasudevan, Steven Watterson, Harald H.H.W. Schmidt
Veröffentlicht in: Network and Systems Medicine, Ausgabe 3/1, 2020, Seite(n) 67-90, ISSN 2690-5949
Herausgeber: Mary Ann Liebert, Inc.
DOI: 10.1089/nsm.2020.0004

Network medicine for disease module identification and drug repurposing with the NeDRex platform

Autoren: Sepideh Sadegh, James Skelton, Elisa Anastasi, Judith Bernett, David B. Blumenthal, Gihanna Galindez, Marisol Salgado-Albarrán, Olga Lazareva, Keith Flanagan, Simon Cockell, Cristian Nogales, Ana I. Casas, Harald H. H. W. Schmidt, Jan Baumbach, Anil Wipat & Tim Kacprowski
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27138-2

Molecular networks in Network Medicine: Development and applications

Autoren: Edwin K. Silverman, Harald H. H. W. Schmidt, Eleni Anastasiadou, Lucia Altucci, Marco Angelini, Lina Badimon, Jean-Luc Balligand, Giuditta Benincasa, Giovambattista Capasso, Federica Conte, Antonella Di Costanzo, Lorenzo Farina, Giulia Fiscon, Laurent Gatto, Michele Gentili, Joseph Loscalzo, Cinzia Marchese, Claudio Napoli, Paola Paci, Manuela Petti, John Quackenbush, Paolo Tieri, Davide Viggiano,
Veröffentlicht in: Wiley Interdisciplinary Reviews: Systems Biology and Medicine, 2020, Seite(n) e1489, ISSN 1939-5094
Herausgeber: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1002/wsbm.1489

Isoform-selective NADPH oxidase inhibitor panel for pharmacological target validation

Autoren: Vu Thao-Vi Dao, Mahmoud H. Elbatreek, Sebastian Altenhöfer, Ana I. Casas, Mayra P. Pachado, Christopher T. Neullens, Ulla G. Knaus, Harald H.H.W. Schmidt
Veröffentlicht in: Free Radical Biology and Medicine, Ausgabe 148, 2020, Seite(n) 60-69, ISSN 0891-5849
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.freeradbiomed.2019.12.038

Cancer driver drug interaction explorer

Autoren: Michael Hartung; Elisa Anastasi; Zeinab M Mamdouh; Cristian Nogales; Harald H H W Schmidt; Jan Baumbach; Olga Zolotareva; Markus List
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe Volume 50, Ausgabe W1, 5 July 2022,, 2022, Seite(n) Pages W138–W144, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac384

Thromboinflammation in Brain Ischemia: Recent Updates and Future Perspectives

Autoren: Simon F. De Meyer, PhD, Friederike Langhauser, PhD, Steffen Haupeltshofer, PhD, Christoph Kleinschnitz, MD, PhD, Ana I. Casas, PhD
Veröffentlicht in: Stroke, Ausgabe 53(5), 2022, Seite(n) 1487-1499, ISSN 1524-4628
Herausgeber: AHA/ASA Journals
DOI: 10.1161/strokeaha.122.038733

Network pharmacology: curing causal mechanisms instead of treating symptoms.

Autoren: Nogales C, Mamdouh ZM, List M, Kiel C, Casas AI, and Schmidt HHHW.
Veröffentlicht in: Trends in Pharmacological Sciences, Ausgabe Vol. 43, No. 2, 2021, ISSN 1873-3735
Herausgeber: Cell Press - Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.tips.2021.11.004

NeDRex - an integrative and interactive network medicine platform for drug repurposing

Autoren: Sadegh S et al.
Veröffentlicht in: Drgu Repurposing Central - Science Open, Ausgabe Conference name: RExPO22 Conference date: 2-3 September, 2022, 2022
Herausgeber: Drgu Repurposing Central - Science Open
DOI: 10.14293/s2199-1006.1.sor-.pppy90r8.v1

A plug-and-play solution to bring network exploration and drug repurposing to biomedical web platforms

Autoren: Maier A et al.
Veröffentlicht in: Drug Repurposing Central - Science Open, Ausgabe Conference name: RExPO22 Conference date: 2-3 September, 2022, 2022
Herausgeber: Drug Repurposing Central - Science Open
DOI: 10.14293/s2199-1006.1.sor-.pppvbd8w.v1

Network pharmacology and drug repurposing pave the way for precision oncology

Autoren: Mamdouh Z et al.
Veröffentlicht in: Drug Repurposing Central - Science Open, Ausgabe Conference name: RExPO22 Conference date: 2-3 September, 2022, 2022
Herausgeber: Drug Repurposing Central - Science Open
DOI: 10.14293/s2199-1006.1.sor-.pppdgtlb.v1

Repurposing soluble guanylate cyclase stimulators from one to another isoform within the ROCG signalling module

Autoren: Alexandra Petraina, Mahmoud H Elbatreek and Christin Elgert et al.
Veröffentlicht in: Drug Repurposing Central - ScienceOpen, Ausgabe Conference name: RExPO22 Conference date: 2-3 September, 2022, 2022
Herausgeber: Drug Repurposing Central - ScienceOpen
DOI: 10.14293/s2199-1006.1.sor-.pppux7cj.v1

Nitric Oxide Synthase Inhibitors into the Clinic at Last

Autoren: Vu Thao-Vi Dao, Mahmoud H. Elbatreek, Thomas Fuchß, Ulrich Grädler, Harald H. H. W. Schmidt, Ajay M. Shah, Alan Wallace, Richard Knowles
Veröffentlicht in: Reactive Oxygen Species - Network Pharmacology and Therapeutic Applications, Ausgabe 264, 2021, Seite(n) 169-204, ISBN 978-3-030-68509-6
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/164_2020_382

NOX Inhibitors: From Bench to Naxibs to Bedside

Autoren: Mahmoud H. Elbatreek, Hermann Mucke, Harald H. H. W. Schmidt
Veröffentlicht in: Reactive Oxygen Species - Network Pharmacology and Therapeutic Applications, Ausgabe 264, 2021, Seite(n) 145-168, ISBN 978-3-030-68509-6
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/164_2020_387

Leistungen

Veröffentlichungen

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