Research empowerment on solute carriers (ReSOLUTE)

Projektinformationen

ReSOLUTE

ID Finanzhilfevereinbarung: 777372

DOI

10.3030/777372

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 22 Juni 2018

Startdatum 1 Juli 2018

Enddatum 31 Dezember 2023

Finanziert unter

• SOCIETAL CHALLENGES - Health, demographic change and well-being

Gesamtkosten

€ 24 140 172,00

EU-Beitrag

€ 12 000 000,00

Koordiniert durch

CEMM - FORSCHUNGSZENTRUM FUER MOLEKULARE MEDIZIN GMBH
Austria

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Documents, reports (34)

Assays for SLCs based on fluorescent ligands, fluorescence-labelling of SLCs or fluorogenic probes

A report summarizing results from fluorescence-based assays.

Constructs and protocols for priority SLCs

Set of expression vectors and protein purification protocols for SLCs on the priority list.

Transcriptome and metabolome for priority SLCs

Quantitative differential transcriptome, metabolome data within a cell line that naturally expresses each SLC in the priority list in both basal and stimuli challenged states.

Data Management Plan 2

Initial version of DMP after 6 months, an updated version latest mid-term and a final version

Vector generation

Collection of lentiviral and Flp-In compatible vectors carrying CRISPR-based Cas9 and sgRNAs targeting all SLCs, together with vectors carrying tagged and untagged cDNAs for >80% of the SLC family

ReSOLUTE knowledgebase

Concept for database of integrated publicly available knowledge and ReSOLUTE web portal.

Data Mining

Data mining support for priority ranking of SLC family members for target selection in WP4.

Informatic anylysis of metabolomic data

Development and deployment of workflows for QSAR analysis of the ability of particular overexpressed SLCs to take up different substrates, and judicious variation of those substrates.

SLC overexpression in HEK293

Collection of >300 HEK293 isogenic cell lines, each overexpressing a SLC gene, quality-controlled and characterized with a multi-parameter approach

DEP implemented (stepwise, up to M60)
Subcellular localization of target SLCs

Based on optical imaging experiments with tagged SLCs.

SLC overexpressing cell lines

Collection of 600 cell lines each overexpressing a specific SLC in untagged and tagged versions qualitycontrolled and characterized with a multiparameter approach

SLC interactome

Physical measurement (by proteomics) of coexpression/copurification of SLCs with partners.

Signature metabolic profiles using targeted metabolomics

Robust identification and quantification using LCGCMS for some 180 central metabolites

SLC Interactome for priority SLCs

Condition dependent protein interaction network data in response to on-target and orthogonal pathway stimuli modulating SLC function.

Profile of plasma metabolite changes for each SLC cell line

Use of methods of Task 2.2 to assess the largest changes between cells lines upregulated/knocked out for particular SLCs

Assays for SLCs based on SSM-electrophysiology

A report summarizing results and protocols obtained with the SURFE2R approach.

Production of validated SLC antibodies

Large set of validated antibodies targeting SLCs, together with tissue localization data.

Assays for SLCs based on fluorescent sensor proteins

A report summarizing results and protocols on measuring SLC-dependent metabolic states through fluorescent sensor proteins.

Production of antigens and high-affinity binders

Antigens for animal immunization for priority SLCs, together with DARPins or monobodies for priority SLCS and a panel of relevant SLCs.

SLC k.o. cell lines

Collection of 600 cell lines each carrying frameshift mutations in one SLC gene qualitycontrolled and characterized with a multiparameter approach

Assays for SLCs based on cell lines that couple growth to SLC function

A report summarizing results and protocols on assay based on genetic engineering of cell lines dependent on specific SLCs for survival.

Assays for SLCs based on mass spectrometry, thermal shift, radiolabelled or fluorescent compounds

A report summarizing results from classical transport assays.

Assays for (electrogenic) transporters

A report summarizing results and protocols obtained using fluorescent sensitive dyes and impedance measurements.

Physiological and physical network map for priority SLCs

Condition-dependent regulatory models integrating transcriptomics, metabolomics and proteomics data for priority SLCs.

Data Management Plan 3

Initial version of DMP after 6 months, an updated version latest mid-term and a final version

Methodology for general detection of plasma metabolites and drug/dietary components

LC/GC-MS coupled to novel deconvolution routines for determining the approximately 3,000 molecules typically observable in serum

Protein expression screen

A family-wide assessment of protein expression yields in recombinant expression systems.

Determination of SLCs using ions as (co-)substrates

The recognition that many substrates are symporters or antiporters means that one can detect this by assessing the movement of co-ions when transport substrates are added to suitable cell lines.

SLC genetic interaction map

Production of ‘synthetic phenotypes’, based on the principle that knocking out both variants of a transporter with redundant function (e.g. loss of ability to transport X) thereby causes a phenotype from which one can infer function.

SLC k.o. in HEK293

Collection of 300 HEK293 isogenic cell lines each carrying frameshift mutations in a SLC gene qualitycontrolled and characterized with a multiparameter approach

Reconstitution of SLCs in proteoliposomes and nanodiscs

Nanodisc- and liposome-reconstituted SLCs for in vitro assays of successfully purified SLCs of the priority list.

Data Management Plan 1

Initial version of DMP after 6 months, an updated version latest mid-term and a final version.

Protein production for the SLCs in the priority list

Production of milligram quantities of highly pure (>90%) and stable protein samples for >30% of the priority SLCs.

Websites, patent fillings, videos etc. (2)

ReSOLUTE web portal

Data sharing and approval process, and prototype of interface for data access at public web portal up and running

ReSOLUTE database

Infrastructure and data warehouse for sharing annotated raw data files and analysis results; prototype ready after first year and annual releases of new versions.

Veröffentlichungen

Other (44)

Immunofluorescence for protein binder validation

Autoren: Gelová, Zuzana; Ingles-Prieto, Alvaro
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.7462234

Data Management Plan 2

Autoren: Ulrich Goldmann, Gerhard Ecker, Vitaly Sedlyarov, Lia Scarabottolo, Vania Manolova, Claire Colas
Veröffentlicht in: 2020
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.5179816

Assays for (electrogenic) transporters

Autoren: Lia Scarabottolo; Juergen Reinhardt; Huub Sijben
Veröffentlicht in: 2020
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.5179859

ReSOLUTE knowledgebase

Autoren: Ulrich Goldmann; Vitaly Sedlyarov; Daniela Digles; Barbara Füzi
Veröffentlicht in: 2018
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.5179834

RESOLUTE: Data Management Plan

Autoren: Goldmann, Ulrich; Ecker, Gerhard; Sedlyarov, Vitaly; Scarabottolo, Lia; Manolova, Vania; Colas, Claire
Veröffentlicht in: Ausgabe 1, 2019
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.4309586

SLC k.o. cell lines

Autoren: Gernot Wolf; Klaus Seuwen; Barbara Barbosa; Eirini Christodoulaki; Alvaro Ingles-Prieto; Ulrich Goldmann; Christoph Klimek; Svenja Onstein; Vitaly Sedlyarov; Tabea Wiedmer; Diana Santacruz; Coralie Viollet; Florence Massey; Veeranagouda Yaligara
Veröffentlicht in: 2021
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.10419148

RNA-Seq Transcriptomic Profiling

Autoren: Viollet, Coralie; Santacruz, Diana; Knebel, Dagmar; Rust, Werner; Acker, Susanne; Dick, Alec
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.7462292

General protocol for SLC protein purification

Autoren: David B. Sauer; Huanyu Li; Sagar Raturi; Andreea Scacioc; Tina Bohstedt; Abilasha Balakrishnan
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.7462714

Western Blotting of WT-OE cell lines

Autoren: Svenja Onstein; Eva Liñeiro; Christoph Klimek; Barbara Barbosa; Gernot Wolf
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7457377

Antibody Characterization Report for Reduced folate transporter SLC19A1 (FOLT)

Autoren: Ayoubi, Riham; McPherson, Peter S.; Laflamme, Carl
Veröffentlicht in: 2021
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.4733107

Ligation Independent Cloning of transporter gene into BacMam vector

Autoren: Sauer, David B.; Huanyu Li; Raturi, Sagar; Scacioc, Andreea; Bohstedt, Tina; Abilasha Balakrishnan
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7462743

Data mining

Autoren: Daniela Digles; Jiani Li; Ulrich Goldmann
Veröffentlicht in: 2018
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.5179841

High-throughput immunofluorescence to validate high-affinity binders

Autoren: Alvaro Ingles-Prieto; Felix Kartnig
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.7457392

Mitochondrial enrichment followed by Affinity Purification couple to Mass Spectrometry (AP-MS)

Autoren: Eva Liñeiro; Alvaro Ingles-Prieto; Fabian Frommelt; André C. Mueller
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.7462207

SLC overexpression in HEK293

Autoren: Wolf, Gernot; Seuwen, Klaus
Veröffentlicht in: 2021
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.5566804

Large Scale Transduction of Expi293F Cells with BacMam Virus

Autoren: Sauer, David B.; Huanyu Li; Raturi, Sagar; Scacioc, Andreea; Bohstedt, Tina; Abilasha Balakrishnan
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.7462911

Expression analysis and co-localization imaging of Jump In T-REx HEK293 WT-OE cell pools

Autoren: Pfeifer, Martin; Kohlbrenner, Mariah; Chang, Lena; Lambrigger, Pascal; Ingles-Prieto, Alvaro; Reinhardt, Jürgen
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.7457345

Generation of Jump-In T-REx HEK293 wild type-overexpression cell lines

Autoren: Klimek, Christoph; Onstein, Svenja; Barbosa, Barbara; Ingles-Prieto, Alvaro; Skucha, Anna; Ibig, Yvonne; Seuwen, Klaus; Wolf, Gernot
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7457220

Construction of a Bacmid (BacMam) vector containing the SLC gene

Autoren: David B. Sauer; Huanyu Li; Sagar Raturi; Andreea Scacioc; Tina Bohstedt; Abilasha Balakrishnan
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.7462780

Antibody Characterization Report for Equilibrative nucleoside transporter 1 SLC29A1 (ENT1)

Autoren: Alshafie, Walaa; Ayoubi, Riham; McPherson, Peter S.; Laflamme, Carl
Veröffentlicht in: 2021
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.4733134

Transfection to Generate BacMam Virus containing SLC transporter and small scale expression testing

Autoren: David B. Sauer; Huanyu Li; Sagar Raturi; Andreea Scacioc; Tina Bohstedt; Abilasha Balakrishnan
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.7462876

Vector generation

Autoren: Gernot Wolf; Alvaro Ingles-Prieto; Enrico Girardi; Vitaly Sedlyarov; Svenja Onstein; Christoph Klimek; Barbara Barbosa
Veröffentlicht in: 2019
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.5179824

Assays for SLCs based on fluorescent sensor proteins

Autoren: Philipp Leippe; Lia Scarabottolo
Veröffentlicht in: 2020
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.5179857

Antibody Characterization Report for Very long-chain acyl-CoA synthetase SLC27A2 (VLCS)

Autoren: Ayoubi, Riham; McPherson, Peter S.; Laflamme, Carl
Veröffentlicht in: 2021
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.4733132

RNA extraction and purification

Autoren: Klimek, Christoph; Onstein, Svenja; Barbosa, Barbara; Wolf, Gernot
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.7462188

SLC overexpressing cell lines

Autoren: Gernot Wolf; Klaus Seuwen; Barbara Barbosa; Eirini Christodoulaki; Alvaro Ingles-Prieto; Ulrich Goldmann; Christoph Klimek; Svenja Onstein; Vitaly Sedlyarov; Tabea Wiedmer; Diana Santacruz; Coralie Viollet
Veröffentlicht in: 2021
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.10419229

Targeted Metabolomics Sample Preparation

Autoren: Tabea Wiedmer; Abigail Jarret; Sabrina Lindinger
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.7462174

Antibody Characterization Report for Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 6 SLC2A6 (GLUT-6)

Autoren: Ayoubi, Riham; McPherson, Peter S.; Laflamme, Carl
Veröffentlicht in: 2021
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.4733123

Generation of Single Cell Knockout Clones

Autoren: Svenja Onstein; Christoph Klimek; Barbara Barbosa; Anna Skucha; Gernot Wolf
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7457297

Affinity Purification couple to Mass Spectrometry (AP-MS)

Autoren: Alvaro Ingles-Prieto; Eva Liñeiro; Ariel Bensimon; Fabian Frommelt; André C. Mueller
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.7457416

Proteomics characterization of RESOLUTE parental cell lines

Autoren: Eva Liñeiro; André C. Mueller
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7462271

Methodology for general detection of plasma metabolites and drug/dietary components

Autoren: Claire Steppan; Marina Wright Muelas; Douglas Kell; Tabea Wiedmer; Mary Piotrowski
Veröffentlicht in: 2019
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.5179870

Purification of SPNS2 from Expi293FTM Cells

Autoren: David B. Sauer; Huanyu Li; Sagar Raturi; Andreea Scacioc; Tina Bohstedt; Abilasha Balakrishnan
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7468558

ReSOLUTE web portal

Autoren: Ulrich Goldmann; Vitaly Sedlyarov
Veröffentlicht in: 2019
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.5179880

Antibody Characterization Report for Excitatory amino acid transporter 1 SLC1A3 (EAAT1)

Autoren: Ayoubi, Riham; McPherson, Peter S.; Laflamme, Carl
Veröffentlicht in: 2021
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.4733103

Spatial proteomics couple to Mass Spectrometry (BioID-MS)

Autoren: Ingles-Prieto, Alvaro; Liñeiro, Eva; Frommelt, Fabian
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7457436

ReSOLUTE database

Autoren: Ulrich Goldmann; Vitaly Sedlyarov
Veröffentlicht in: 2019
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.5179889

Signature metabolic profiles using targeted metabolomics

Autoren: Tabea Wiedmer, Eirini Christodoulaki, Sabrina Lindinger, Iciar Serrano, Christoph Bueschl, Thomas Hannich
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.10419241

SLC k.o. in HEK293

Autoren: Gernot Wolf; Klaus Seuwen; Barbara Barbosa; Eirini Christodoulaki; Alvaro Ingles-Prieto; Ulrich Goldmann; Christoph Klimek; Svenja Onstein; Vitaly Sedlyarov; Tabea Wiedmer; Diana Santacruz; Coralie Viollet; Florence Massey; Veeranagouda Yaligara
Veröffentlicht in: 2021
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.10419196

Mass Spectrometry analysis (data acquisition)

Autoren: Mueller, André C.; Liñeiro, Eva
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.7462252

SLC4A4 antibody characterization report

Autoren: Garcia, Julio; Gelova, Zuzana
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.10033541

Protein production of SLC63A2

Autoren: Vera Pütter; Yung-Ning Chang
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.7468532

Generation of Knockout-Overexpression Cell Lines

Autoren: Christoph Klimek; Svenja Onstein; Barbara Barbosa; Alvaro Ingles-Prieto; Anna Skucha; Gernot Wolf
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: n/a
DOI: 10.5281/zenodo.7457295

Antibody Characterization Report for Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A4 (G6PT)

Autoren: Ayoubi, Riham; McPherson, Peter S.; Laflamme, Carl
Veröffentlicht in: 2021
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.4733121

Peer reviewed articles (23)

Automation of high-throughput mRNA-seq library preparation: a robust, hands-free and time efficient methodology

Autoren: Diana Santacruz, Francis O Enane, Katrin Fundel-Clemens, Martin Giner, Gernot Wolf, Svenja Onstein, Christoph Klimek, Zachary Smith, Bhagya Wijayawardena, Coralie Viollet
Veröffentlicht in: SLAS Discovery, 2022, ISSN 2472-5552
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.slasd.2022.01.002

The macrocycle inhibitor landscape of SLC-transporter

Autoren: Granulo N, Sosnin S, Digles D, Ecker G.
Veröffentlicht in: Molecular Informatics, 2024, ISSN 1868-1743
Herausgeber: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/minf.202300287

MPP+-Induced Changes in Cellular Impedance as a Measure for Organic Cation Transporter (SLC22A1-3) Activity and Inhibition

Autoren: Mocking TAM, Sijben HJ, Vermeulen YW, IJzerman AP, Heitman LH
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2022, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23031203

Development of a live cell assay for the zinc transporter ZnT8.

Autoren: Azzollini L, Prete DD, Wolf G, Klimek C, Saggioro M, Ricci F, Christodoulaki E, Wiedmer T, Ingles-Prieto A, Superti-Furga G, Scarabottolo L.
Veröffentlicht in: SLAS Discovery, 2024, ISSN 2472-5560
Herausgeber: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.slasd.2024.100166

Experimental and Computational Analysis of Newly Identified Pathogenic Mutations in the Creatine Transporter SLC6A8

Autoren: Evandro Ferrada, Tabea Wiedmer, Wen-An Wang, Fabian Frommelt, Barbara Steurer, Christoph Klimek, Sabrina Lindinger, Tanja Osthushenrich, Andrea Garofoli, Silvia Brocchetti, Samuel Bradberry, Jiahui Huang, Aidan MacNamara, Lia Scarabottolo, Gerhard F. Ecker, Anders Malarstig, Giulio Superti-Furga
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, 2024, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2023.168383

Functional characterization of SLC39 family members ZIP5 and ZIP10 in overexpressing HEK293 cells reveals selective copper transport activity

Autoren: Polesel M, Ingles-Prieto A, Christodoulaki E, Ferrada E, Doucerain C, Altermatt P, Knecht M, Kuhn M, Steck AL, Wilhelm M, Manolova V.
Veröffentlicht in: Biometals, 2023, ISSN 0966-0844
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10534-022-00474-6

High-throughput expression and purification of human solute carriers for structural and biochemical studies

Autoren: Raturi S, Li H, Chang YN, Scacioc A, Bohstedt T, Fernandez-Cid A, Evans A, Abrusci P, Balakrishnan A, Pascoa TC, He D, Chi G, Kaur Singh N, Ye M, Li A, Shrestha L, Wang D, Williams EP, Burgess-Brown NA, Dürr KL, Puetter V, Ingles-Prieto A, Sauer DB.
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, 2023, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/65878

An Overview of Cell-Based Assay Platforms for the Solute Carrier Family of Transporters

Autoren: Vojtech Dvorak, Tabea Wiedmer, Alvaro Ingles-Prieto, Patrick Altermatt, Helena Batoulis, Felix Bärenz, Eckhard Bender, Daniela Digles, Franz Dürrenberger, Laura H. Heitman, Adriaan P. IJzerman, Douglas B. Kell, Stefanie Kickinger, Daniel Körzö, Philipp Leippe, Thomas Licher, Vania Manolova, Riccardo Rizzetto, Francesca Sassone, Lia Scarabottolo, Avner Schlessinger, Vanessa Schneider, Hubert J.
Veröffentlicht in: Frontiers in Pharmacology, Ausgabe 12, 2021, ISSN 1663-9812
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fphar.2021.722889

Structural and functional annotation of solute carrier transporters: implication for drug discovery

Autoren: Vojtech Dvorak & Giulio Superti-Furga
Veröffentlicht in: Expert Opinion on Drug Discovery, 2023, ISSN 1746-0441
Herausgeber: Informa Healthcare
DOI: 10.1080/17460441.2023.2244760

A substrate‐based ontology for human solute carriers

Autoren: Eva Meixner, Ulrich Goldmann, Vitaly Sedlyarov, Stefania Scorzoni, Manuele Rebsamen, Enrico Girardi, Giulio Superti‐Furga
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 16/7, 2020, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20209652

Label-free high-throughput screening assay for the identification of norepinephrine transporter (NET/SLC6A2) inhibitors

Autoren: Hubert J. Sijben, Wieke M. van Oostveen, Peter B. R. Hartog, Laura Stucchi, Andrea Rossignoli, Giovanna Maresca, Lia Scarabottolo, Adriaan P. IJzerman, Laura H. Heitman
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 11/1, 2021, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-91700-7

Targeting solute carriers to modulate receptor–ligand interactions

Autoren: Hubert J. Sijben, Giulio Superti-Furga, Adriaan P. IJzerman, Laura H. Heitman
Veröffentlicht in: Trends in Pharmacological Sciences, 2022, ISSN 0165-6147
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tips.2022.02.004

Accelerating SLC Transporter Research: Streamlining Knowledge and Validated Tools

Autoren: Tabea Wiedmer, Alvaro Ingles-Prieto, Ulrich Goldmann, Claire M. Steppan, Giulio Superti-Furga, the RESOLUTE, REsolution consortia
Veröffentlicht in: Clinical Pharmacology & Therapeutics, Ausgabe 00099236, 2022, ISSN 0009-9236
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1002/cpt.2639

Image-based quantification of mitochondrial iron uptake via Mitoferrin-2

Autoren: Polesel M, Wildschut MHE, Doucerain C, Kuhn M, Flace A, Steck AL, Wilhelm M, Ingles-Prieto A, Wiedmer T, Superti-Furga G, Manolova V, Dürrenberger F.
Veröffentlicht in: Mitochondrion, 2024, ISSN 1567-7249
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mito.2024.101889

Solid-supported membrane (SSM)-based electrophysiology assays using surface electrogenic event reader technology (SURFE²R) in early drug discovery

Autoren: Pommereau, A., Licher, T., & Bärenz, F.
Veröffentlicht in: Current Protocols, 2023, ISSN 2691-1299
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/cpz1.650

Label-free detection of prostaglandin transporter (SLCO2A1) function and inhibition: insights by wound healing and TRACT assays

Autoren: Mocking TAM, van Oostveen W, Van Veldhoven JP, Minnee H, Fehres C, Whitehurst C, IJzerman AP, Heitman LH.
Veröffentlicht in: Front. Pharmacol., 2024, ISSN 1663-9812
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fphar.2024.1372109

Proteochemometric Modeling Identifies Chemically Diverse Norepinephrine Transporter Inhibitors

Autoren: Brandon J. Bongers, Huub J. Sijben, Peter B. R. Hartog, Andrey Tarnovskiy, Adriaan P. IJzerman, Laura H. Heitman, and Gerard J. P. van Westen
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Information and Modeling, 2023, ISSN 1549-9596
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.2c01645

Studies of structural determinants of substrate binding in the Creatine Transporter (CreaT, SLC6A8) using molecular models

Autoren: Claire Colas, Giulia Banci, Riccardo Martini, Gerhard F. Ecker
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-63189-z

Toward a Systematic Structural and Functional Annotation of Solute Carriers Transporters-Example of the SLC6 and SLC7 Families.

Autoren: Claire Colas
Veröffentlicht in: Frontiers in Pharmacology, 2020, ISSN 1663-9812
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fphar.2020.01229

Impedance-Based Phenotypic Readout of Transporter Function: A Case for Glutamate Transporters

Autoren: Sijben HJ, Dall’ Acqua L, Liu R, Jarret A, Christodoulaki E, Onstein S, Wolf G, Verburgt SJ, Le Dévédec SE, Wiedmer T, Superti-Furga G, IJzerman AP and Heitman LH
Veröffentlicht in: Frontiers in Pharmacology, 2022, ISSN 1663-9812
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fphar.2022.872335

A study of the dopamine transporter using the TRACT assay, a novel in vitro tool for solute carrier drug discovery

Autoren: Hubert J. Sijben, Julie J. E. van den Berg, Jeremy D. Broekhuis, Adriaan P. IJzerman, Laura H. Heitman
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 11/1, 2021, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-79218-w

Gain-of-function genetic screens in human cells identify SLC transporters overcoming environmental nutrient restrictions

Autoren: Manuele Rebsamen, Enrico Girardi, Vitaly Sedlyarov, Stefania Scorzoni, Konstantinos Papakostas, Manuela Vollert, Justyna Konecka, Bettina Guertl, Kristaps Klavins, Tabea Wiedmer, Giulio Superti-Furga
Veröffentlicht in: Life Science Alliance, Ausgabe 25751077, 2022, ISSN 2575-1077
Herausgeber: Life Science Alliance, LLC
DOI: 10.26508/lsa.202201404

Still in Search for an EAAT Activator: GT949 Does Not Activate EAAT2, nor EAAT3 in Impedance and Radioligand Uptake Assays

Autoren: Lieve van Veggel, Tamara A.M. Mocking, Hubert J. Sijben, Rongfang Liu, Marina Gorostiola González, Majlen A. Dilweg, Jeroen Royakkers, Anna Li, Vijay Kumar, Yin Yao Dong, Alex Bullock, David B. Sauer, Hanne Diliën, Gerard J.P. van Westen, Rudy Schreiber, Laura H. Heitman, and Tim Vanmierlo
Veröffentlicht in: ACS Chemical Neuroscience, 2024, ISSN 1948-7193
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschemneuro.3c00731

Non-peer reviewed articles (1)

The RESOLUTE consortium: unlocking SLC transporters for drug discovery

Autoren: Giulio Superti-Furga, Daniel Lackner, Tabea Wiedmer, Alvaro Ingles-Prieto, Barbara Barbosa, Enrico Girardi, Ulrich Goldmann, Bettina Gürtl, Kristaps Klavins, Christoph Klimek, Sabrina Lindinger, Eva Liñeiro-Retes, André C. Müller, Svenja Onstein, Gregor Redinger, Daniela Reil, Vitaly Sedlyarov, Gernot Wolf, Matthew Crawford, Robert Everley, David Hepworth, Shenping Liu, Stephen Noell, Mary Pio
Veröffentlicht in: Nature Reviews Drug Discovery, Ausgabe 19/7, 2020, Seite(n) 429-430, ISSN 1474-1776
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/d41573-020-00056-6