Transgenerational epigenetic inheritance of chromatin states : the role of Polycomb and 3D chromosome architecture

Informations projet

3DEpi

N° de convention de subvention: 788972

DOI

10.3030/788972

Projet clôturé

Date de signature de la CE 5 Juin 2018

Date de début 1 Novembre 2018

Date de fin 31 Octobre 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 500 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 500 000,00

Coordonné par

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

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Publications

Peer reviewed articles (14)

Higher-Order Chromosomal Structures Mediate Genome Function

Auteurs: Ivana Jerković, Quentin Szabo, Frédéric Bantignies, Giacomo Cavalli
Publié dans: Journal of Molecular Biology, Numéro 432/3, 2020, Page(s) 676-681, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2019.10.014

Sustained inactivation of the Polycomb PRC1 complex induces DNA repair defects and genomic instability in epigenetic tumors

Auteurs: Chetan C. Rawal, Vincent Loubiere, Nadejda L. Butova, Juliette Gracia, Victoria Parreno, Chiara Merigliano, Anne-Marie Martinez, Giacomo Cavalli, Irene Chiolo
Publié dans: Histochemistry and Cell Biology, Numéro 162, 2024, Page(s) 133-147, ISSN 0948-6143
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00418-024-02302-z

Principles of genome folding into topologically associating domains

Auteurs: Quentin Szabo, Frédéric Bantignies, Giacomo Cavalli
Publié dans: Science Advances, Numéro 5/4, 2019, Page(s) eaaw1668, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.aaw1668

Repression and 3D-restructuring resolves regulatory conflicts in evolutionarily rearranged genomes

Auteurs: Alessa R. Ringel, Quentin Szabo, Andrea M. Chiariello, Konrad Chudzik, Robert Schöpflin, Patricia Rothe, Alexandra L. Mattei, Tobias Zehnder, Dermot Harnett, Verena Laupert, Simona Bianco, Sara Hetzel, Juliane Glaser, Mai H.Q. Phan, Magdalena Schindler, Daniel M. Ibrahim, Christina Paliou, Andrea Esposito, Cesar A. Prada-Medina, Stefan A. Haas, Peter Giere, Martin Vingron, Lars Wittler, Alexander
Publié dans: Cell, Numéro 185, 2022, Page(s) 3689-3704.e21, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2022.09.006

Transient loss of Polycomb components induces an epigenetic cancer fate

Auteurs: V. Parreno, V. Loubiere, B. Schuettengruber, L. Fritsch, C. C. Rawal, M. Erokhin, B. Győrffy, D. Normanno, M. Di Stefano, J. Moreaux, N. L. Butova, I. Chiolo, D. Chetverina, A.-M. Martinez, G. Cavalli
Publié dans: Nature, Numéro 629, 2024, Page(s) 688-696, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-07328-w

HiCmapTools: a tool to access HiC contact maps

Auteurs: Jia-Ming Chang, Yi-Fu Weng, Wei-Ting Chang, Fu-An Lin, Giacomo Cavalli
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 23, 2022, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-022-04589-y

Interchromosomal contacts between regulatory regions trigger stable transgenerational epigenetic inheritance in Drosophila

Auteurs: Maximilian H. Fitz-James, Gonzalo Sabarís, Peter Sarkies, Frédéric Bantignies, Giacomo Cavalli
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 85, 2025, Page(s) 677-691.e6, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.11.021

A mechanistic basis for genetic assimilation in natural fly populations

Auteurs: Gonzalo Sabarís, Bernd Schuettengruber, Giorgio L. Papadopoulos, Marta Coronado-Zamora, Maximilian H. Fitz-James, Josefa González, Giacomo Cavalli
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 122, 2025, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2415982122

Widespread activation of developmental gene expression characterized by PRC1-dependent chromatin looping

Auteurs: V. Loubiere, G. L. Papadopoulos, Q. Szabo, A-M. Martinez, G. Cavalli
Publié dans: Science Advances, Numéro 6/2, 2020, Page(s) eaax4001, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.aax4001

Advances in epigenetics link genetics to the environment and disease

Auteurs: Giacomo Cavalli, Edith Heard
Publié dans: Nature, Numéro 571/7766, 2019, Page(s) 489-499, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1411-0

4D Genome Rewiring during Oncogene-Induced and Replicative Senescence

Auteurs: Satish Sati, Boyan Bonev, Quentin Szabo, Daniel Jost, Paul Bensadoun, Francois Serra, Vincent Loubiere, Giorgio Lucio Papadopoulos, Juan-Carlos Rivera-Mulia, Lauriane Fritsch, Pauline Bouret, David Castillo, Josep Ll. Gelpi, Modesto Orozco, Cedric Vaillant, Franck Pellestor, Frederic Bantignies, Marc A. Marti-Renom, David M. Gilbert, Jean-Marc Lemaitre, Giacomo Cavalli
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 78/3, 2020, Page(s) 522-538.e9, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2020.03.007

Regulation of single-cell genome organization into TADs and chromatin nanodomains

Auteurs: Quentin Szabo, Axelle Donjon, Ivana Jerković, Giorgio L. Papadopoulos, Thierry Cheutin, Boyan Bonev, Elphège P. Nora, Benoit G. Bruneau, Frédéric Bantignies, Giacomo Cavalli
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 52/11, 2020, Page(s) 1151-1157, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-020-00716-8

Understanding 3D genome organization by multidisciplinary methods

Auteurs: Ivana Jerkovic´, Giacomo Cavalli
Publié dans: Nature Reviews Molecular Cell Biology, 2021, ISSN 1471-0072
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41580-021-00362-w

Mechanisms of Polycomb group protein function in cancer

Auteurs: Victoria Parreno, Anne-Marie Martinez, Giacomo Cavalli
Publié dans: Cell Research, Numéro 32, 2022, Page(s) 231-253, ISSN 1001-0602
Éditeur: Kexue Chubaneshe/Science Press
DOI: 10.1038/s41422-021-00606-6