Elucidating the causes and consequences of the global pattern of epigenetic variation in Arabidopsis thaliana

Información del proyecto

EPICLINES

Identificador del acuerdo de subvención: 789037

DOI

10.3030/789037

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 15 Mayo 2018

Fecha de inicio 1 Junio 2018

Fecha de finalización 31 Mayo 2024

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 498 468,00

Aportación de la UE

€ 2 498 468,00

Coordinado por

GREGOR MENDEL INSTITUT FUR MOLEKULARE PFLANZENBIOLOGIE GMBH
Austria

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Publicaciones

Non-peer reviewed articles (3)

Towards an unbiased characterization of genetic polymorphism

Autores: Anna A. Igolkina, Sebastian Vorbrugg, Fernando A. Rabanal, Hai-Jun Liu, Haim Ashkenazy, Aleksandra E. Kornienko, Joffrey Fitz, Max Collenberg, Christian Kubica, Almudena Mollá Morales, Benjamin Jaegle, Travis Wrightsman, Vitaly Voloshin, Victor Llaca, Viktoria Nizhynska, Ilka Reichardt, Christa Lanz, Felix Bemm, Pádraic J. Flood, Sileshi Nemomissa, Angela Hancock, Ya-Long Guo, Paul Kersey, Detle
Publicado en: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.05.30.596703

Alternative silencing states of Transposable Elements in Arabidopsis

Autores: Valentin Hure, Florence Piron-Prunier, Tamara Yehouessi, Clémentine Vitte, Aleksandra E. Kornienko, Gabrielle Adam, Magnus Nordborg, Angélique Déléris
Publicado en: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.03.16.585326

Bisulphite sequencing in the presence of cytosine-conversion errors

Autores: Thomas James Ellis, Viktoria Nyzhynska, Rahul Pisupati, Almudena Mollá-Morales, Magnus Nordborg
Publicado en: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.09.16.613193

Peer reviewed articles (6)

Extensive sequence duplication in Arabidopsis revealed by pseudo-heterozygosity

Autores: Benjamin Jaegle, Rahul Pisupati, Luz Mayela Soto-Jiménez, Robin Burns, Fernando A. Rabanal, Magnus Nordborg
Publicado en: Genome Biology, Edición 24, 2023, ISSN 1474-760X
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-023-02875-3

Population-level annotation of lncRNAs in Arabidopsis reveals extensive expression variation associated with transposable element–like silencing

Autores: Aleksandra E Kornienko, Viktoria Nizhynska, Almudena Molla Morales, Rahul Pisupati, Magnus Nordborg
Publicado en: The Plant Cell, Edición 36, 2023, Página(s) 85-111, ISSN 1040-4651
Editor: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koad233

Conditional GWAS of non-CG transposon methylation in Arabidopsis thaliana reveals major polymorphisms in five genes

Autores: Eriko Sasaki; Joanna Gunis; Ilka Reichardt-Gomez; Viktoria Nizhynska; Magnus Nordborg
Publicado en: PLOS Genetics, Edición 18(9), 2022, Página(s) 1-24, ISSN 1553-7390
Editor: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010345

Common alleles of CMT2 and NRPE1 are major determinants of CHH methylation variation in Arabidopsis thaliana

Autores: Eriko Sasaki, Taiji Kawakatsu, Joseph R. Ecker, Magnus Nordborg
Publicado en: PLOS Genetics, Edición 15/12, 2019, Página(s) e1008492, ISSN 1553-7390
Editor: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1008492

On the causes of gene-body methylation variation in Arabidopsis thaliana

Autores: Rahul Pisupati, Viktoria Nizhynska, Almudena Mollá Morales, Magnus Nordborg
Publicado en: PLOS Genetics, Edición 19, 2023, Página(s) e1010728, ISSN 1553-7390
Editor: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010728

Genetic basis of Arabidopsis thaliana responses to infection by naïve and adapted isolates of turnip mosaic virus

Autores: Anamarija Butkovic, Thomas James Ellis, Ruben Gonzalez, Benjamin Jaegle, Magnus Nordborg, Santiago F Elena
Publicado en: eLife, Edición 12, 2024, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.89749