Elucidating the causes and consequences of the global pattern of epigenetic variation in Arabidopsis thaliana

Informazioni relative al progetto

EPICLINES

ID dell’accordo di sovvenzione: 789037

DOI

10.3030/789037

Progetto chiuso

Data della firma CE 15 Maggio 2018

Data di avvio 1 Giugno 2018

Data di completamento 31 Maggio 2024

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 498 468,00

Contributo UE

€ 2 498 468,00

Coordinato da

GREGOR MENDEL INSTITUT FUR MOLEKULARE PFLANZENBIOLOGIE GMBH
Austria

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I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Non-peer reviewed articles (3)

Towards an unbiased characterization of genetic polymorphism

Autori: Anna A. Igolkina, Sebastian Vorbrugg, Fernando A. Rabanal, Hai-Jun Liu, Haim Ashkenazy, Aleksandra E. Kornienko, Joffrey Fitz, Max Collenberg, Christian Kubica, Almudena Mollá Morales, Benjamin Jaegle, Travis Wrightsman, Vitaly Voloshin, Victor Llaca, Viktoria Nizhynska, Ilka Reichardt, Christa Lanz, Felix Bemm, Pádraic J. Flood, Sileshi Nemomissa, Angela Hancock, Ya-Long Guo, Paul Kersey, Detle
Pubblicato in: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.05.30.596703

Alternative silencing states of Transposable Elements in Arabidopsis

Autori: Valentin Hure, Florence Piron-Prunier, Tamara Yehouessi, Clémentine Vitte, Aleksandra E. Kornienko, Gabrielle Adam, Magnus Nordborg, Angélique Déléris
Pubblicato in: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.03.16.585326

Bisulphite sequencing in the presence of cytosine-conversion errors

Autori: Thomas James Ellis, Viktoria Nyzhynska, Rahul Pisupati, Almudena Mollá-Morales, Magnus Nordborg
Pubblicato in: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.09.16.613193

Peer reviewed articles (6)

Extensive sequence duplication in Arabidopsis revealed by pseudo-heterozygosity

Autori: Benjamin Jaegle, Rahul Pisupati, Luz Mayela Soto-Jiménez, Robin Burns, Fernando A. Rabanal, Magnus Nordborg
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 24, 2023, ISSN 1474-760X
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-023-02875-3

Population-level annotation of lncRNAs in Arabidopsis reveals extensive expression variation associated with transposable element–like silencing

Autori: Aleksandra E Kornienko, Viktoria Nizhynska, Almudena Molla Morales, Rahul Pisupati, Magnus Nordborg
Pubblicato in: The Plant Cell, Numero 36, 2023, Pagina/e 85-111, ISSN 1040-4651
Editore: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koad233

Conditional GWAS of non-CG transposon methylation in Arabidopsis thaliana reveals major polymorphisms in five genes

Autori: Eriko Sasaki; Joanna Gunis; Ilka Reichardt-Gomez; Viktoria Nizhynska; Magnus Nordborg
Pubblicato in: PLOS Genetics, Numero 18(9), 2022, Pagina/e 1-24, ISSN 1553-7390
Editore: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010345

Common alleles of CMT2 and NRPE1 are major determinants of CHH methylation variation in Arabidopsis thaliana

Autori: Eriko Sasaki, Taiji Kawakatsu, Joseph R. Ecker, Magnus Nordborg
Pubblicato in: PLOS Genetics, Numero 15/12, 2019, Pagina/e e1008492, ISSN 1553-7390
Editore: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1008492

On the causes of gene-body methylation variation in Arabidopsis thaliana

Autori: Rahul Pisupati, Viktoria Nizhynska, Almudena Mollá Morales, Magnus Nordborg
Pubblicato in: PLOS Genetics, Numero 19, 2023, Pagina/e e1010728, ISSN 1553-7390
Editore: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010728

Genetic basis of Arabidopsis thaliana responses to infection by naïve and adapted isolates of turnip mosaic virus

Autori: Anamarija Butkovic, Thomas James Ellis, Ruben Gonzalez, Benjamin Jaegle, Magnus Nordborg, Santiago F Elena
Pubblicato in: eLife, Numero 12, 2024, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.89749