Elucidating the causes and consequences of the global pattern of epigenetic variation in Arabidopsis thaliana

Informations projet

EPICLINES

N° de convention de subvention: 789037

DOI

10.3030/789037

Projet clôturé

Date de signature de la CE 15 Mai 2018

Date de début 1 Juin 2018

Date de fin 31 Mai 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 498 468,00

Contribution de l’UE

€ 2 498 468,00

Coordonné par

GREGOR MENDEL INSTITUT FUR MOLEKULARE PFLANZENBIOLOGIE GMBH
Austria

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Non-peer reviewed articles (3)

Towards an unbiased characterization of genetic polymorphism

Auteurs: Anna A. Igolkina, Sebastian Vorbrugg, Fernando A. Rabanal, Hai-Jun Liu, Haim Ashkenazy, Aleksandra E. Kornienko, Joffrey Fitz, Max Collenberg, Christian Kubica, Almudena Mollá Morales, Benjamin Jaegle, Travis Wrightsman, Vitaly Voloshin, Victor Llaca, Viktoria Nizhynska, Ilka Reichardt, Christa Lanz, Felix Bemm, Pádraic J. Flood, Sileshi Nemomissa, Angela Hancock, Ya-Long Guo, Paul Kersey, Detle
Publié dans: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.05.30.596703

Alternative silencing states of Transposable Elements in Arabidopsis

Auteurs: Valentin Hure, Florence Piron-Prunier, Tamara Yehouessi, Clémentine Vitte, Aleksandra E. Kornienko, Gabrielle Adam, Magnus Nordborg, Angélique Déléris
Publié dans: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.03.16.585326

Bisulphite sequencing in the presence of cytosine-conversion errors

Auteurs: Thomas James Ellis, Viktoria Nyzhynska, Rahul Pisupati, Almudena Mollá-Morales, Magnus Nordborg
Publié dans: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.09.16.613193

Peer reviewed articles (6)

Extensive sequence duplication in Arabidopsis revealed by pseudo-heterozygosity

Auteurs: Benjamin Jaegle, Rahul Pisupati, Luz Mayela Soto-Jiménez, Robin Burns, Fernando A. Rabanal, Magnus Nordborg
Publié dans: Genome Biology, Numéro 24, 2023, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-023-02875-3

Population-level annotation of lncRNAs in Arabidopsis reveals extensive expression variation associated with transposable element–like silencing

Auteurs: Aleksandra E Kornienko, Viktoria Nizhynska, Almudena Molla Morales, Rahul Pisupati, Magnus Nordborg
Publié dans: The Plant Cell, Numéro 36, 2023, Page(s) 85-111, ISSN 1040-4651
Éditeur: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koad233

Conditional GWAS of non-CG transposon methylation in Arabidopsis thaliana reveals major polymorphisms in five genes

Auteurs: Eriko Sasaki; Joanna Gunis; Ilka Reichardt-Gomez; Viktoria Nizhynska; Magnus Nordborg
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 18(9), 2022, Page(s) 1-24, ISSN 1553-7390
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010345

Common alleles of CMT2 and NRPE1 are major determinants of CHH methylation variation in Arabidopsis thaliana

Auteurs: Eriko Sasaki, Taiji Kawakatsu, Joseph R. Ecker, Magnus Nordborg
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 15/12, 2019, Page(s) e1008492, ISSN 1553-7390
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1008492

On the causes of gene-body methylation variation in Arabidopsis thaliana

Auteurs: Rahul Pisupati, Viktoria Nizhynska, Almudena Mollá Morales, Magnus Nordborg
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 19, 2023, Page(s) e1010728, ISSN 1553-7390
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010728

Genetic basis of Arabidopsis thaliana responses to infection by naïve and adapted isolates of turnip mosaic virus

Auteurs: Anamarija Butkovic, Thomas James Ellis, Ruben Gonzalez, Benjamin Jaegle, Magnus Nordborg, Santiago F Elena
Publié dans: eLife, Numéro 12, 2024, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.89749