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Folding Pathways of DNA G-quadruplexes in Crowding Conditions, and Implications for Mass Spectrometry-based Ligand Screening Assays

Obiettivo

Nucleic acids come in many forms aside from the Watson-Crick duplex. For example, guanine-rich DNA strands can form G-quadruplex structures, which have become attractive targets for small molecule ligands. It is now proven that G-quadruplexes can form in cells. Today most biophysical and structural studies on G-quadruplex folding are carried out in dilute aqueous solutions, but recent works suggest that the folding of some G-quadruplexes may differ in a crowded environment such as the cell environment. In the same way, most in vitro ligand binding assays are today carried out in dilute aqueous solutions. The aim of the project is to assess whether and how the folding pathways of G-quadruplexes differs in dilute and crowded conditions, and whether the community should revise the experimental design of ligand screening assays. We will focus on mass spectrometry-based assays, which have the unique advantage to give a direct read-out of ligand binding stoichiometry, quantity, and the variety of structural ensembles hiding behind the free and bound nucleic acid. The research program involves (1) developing mass spectrometry in more “native” conditions in the sense that we will add co-solutes to mimic cellular crowding, (2) comparing the G-quadruplex folding pathways in dilute and crowded conditions, by combining for the first time mass spectrometry, nuclear magnetic resonance, and single-molecule FRET (Förster resonance energy transfer), and (3) evaluating the impact of crowding on both traditional melting assays and mass spectrometry-based ligand screening assays. Our project will contribute to unveil fundamental principles of nucleic acid folding. It will also foster collaboration between three European institutes specialized in complementary biophysical and structural approaches to study G-quadruplexes. Finally, our project will also contribute to society by improving analytical approaches that are highly relevant to pharmacology.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Programma(i)

Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

MSCA-IF-EF-ST - Standard EF

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2017

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Coordinatore

INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE LA RECHERCHE MEDICALE
Contributo netto dell'UE

Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.

€ 173 076,00
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

€ 173 076,00
Il mio fascicolo 0 0