Bacteriophage inhibition of antibiotic-resistant pathogenic microbes and founding for novel therapeutic strategies

Informations projet

PHARMS

N° de convention de subvention: 803077

DOI

10.3030/803077

Projet clôturé

Date de signature de la CE 12 Novembre 2018

Date de début 1 Janvier 2019

Date de fin 31 Decembre 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 499 650,00

Contribution de l’UE

€ 1 499 650,00

Coordonné par

HELMHOLTZ ZENTRUM MUENCHEN DEUTSCHES FORSCHUNGSZENTRUM FUER GESUNDHEIT UND UMWELT GMBH
Germany

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Publications

Peer reviewed articles (21)

Proteomics reveals antiviral host response and NETosis during acute COVID-19 in high-risk patients

Auteurs: Alina Bauer, Elisabeth Pachl, Johannes C. Hellmuth, Nikolaus Kneidinger, Motaharehsadat Heydarian, Marion Frankenberger, Hans C. Stubbe, Bernhard Ryffel, Agnese Petrera, Stefanie M. Hauck, Jürgen Behr, Rainer Kaiser, Clemens Scherer, Li Deng, Daniel Teupser, Narges Ahmidi, Maximilian Muenchhoff, Benjamin Schubert, Anne Hilgendorff
Publié dans: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Basis of Disease, Numéro 1869, 2024, Page(s) 166592, ISSN 0925-4439
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbadis.2022.166592

The role of virome in the gastrointestinal tract and beyond

Auteurs: Kawtar Tiamani; Shiqi Luo; Sarah Schulz; Jinling Xue; Rita Costa; Mohammadali Khan Mirzaei; Li Deng
Publié dans: FEMS Microbiol. Rev. 46:fuac027 (2022), Numéro 46:6, 2022, Page(s) 1-12, ISSN 0168-6445
Éditeur: Blackwell
DOI: 10.1093/femsre/fuac027

Bacteria and bacteriophage consortia are associated with protective intestinal metabolites in patients receiving stem cell transplantation

Auteurs: Erik Thiele Orberg, Elisabeth Meedt, Andreas Hiergeist, Jinling Xue, Paul Heinrich, Jinlong Ru, Sakhila Ghimire, Oriana Miltiadous, Sarah Lindner, Melanie Tiefgraber, Sophia Göldel, Tina Eismann, Alix Schwarz, Sascha Göttert, Sebastian Jarosch, Katja Steiger, Christian Schulz, Michael Gigl, Julius C. Fischer, Klaus-Peter Janssen, Michael Quante, Simon Heidegger, Peter Herhaus, Mareike Verbeek, J
Publié dans: Nature Cancer, Numéro 5, 2024, Page(s) 187-208, ISSN 2662-1347
Éditeur: Nature
DOI: 10.1038/s43018-023-00669-x

Gut virome profiling identifies an association between temperate phages and colorectal cancer promoted by Helicobacter pylori infection

Auteurs: Luo S, Ru J, Mirzaei MK, Xue J, Peng X, Ralser A, Mejías-Luque R, Gerhard M, Deng L
Publié dans: Gut Microbes, Numéro 15:2, 2023, Page(s) 2257291, ISSN 1949-0976
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19490976.2023.2257291

Gut Phage Database: phage mining in the cave of wonders

Auteurs: Unterer M, Khan Mirzaei M, Li Deng
Publié dans: Signal Transduction and Targeted Therapy, Numéro 6/1, 2021, Page(s) 193, ISSN 2059-3635
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41392-021-00615-2

Proteomics reveals antiviral host response and NETosis during acute COVID-19 in high-risk patients.

Auteurs: Bauer A, Pachl E, Hellmuth JC, Kneidinger N, Heydarian M, Frankenberger M, Stubbe HC, Ryffel B, Petrera A, Hauck SM, Behr J, Kaiser R, Scherer C, Deng L, Teupser D, Ahmidi N, Muenchhoff M, Schubert B, Hilgendorff A.
Publié dans: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Basis of Disease, Numéro 1869:2, 2023, Page(s) 166592, ISSN 0925-4439
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbadis.2022.166592

New technologies for developing phage-based tools to manipulate the human microbiome

Auteurs: Khan Mirzaei M, Li Deng
Publié dans: Trends Microbiol, Numéro 30/2, 2022, Page(s) 131-142, ISSN 0966-842x
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2021.04.007

Challenges of Studying the Human Virome - Relevant Emerging Technologies

Auteurs: Khan Mirzaei M, Xue J, Costa R, Ru J, Schulz S, Taranu ZE, Li Deng
Publié dans: Trends Microbiol, Numéro 29/2, 2021, Page(s) 171-181, ISSN 0966-842x
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2020.05.021

DeepsmirUD: Prediction of Regulatory Effects on microRNA Expression Mediated by Small Molecules Using Deep Learning

Auteurs: Jianfeng Sun, Jinlong Ru, Lorenzo Ramos-Mucci, Fei Qi, Zihao Chen, Suyuan Chen, Adam P. Cribbs, Li Deng, Xia Wang
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro 24, 2025, Page(s) 1878, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24031878

Emerging technologies in the study of the virome

Auteurs: Sophie E Smith; Wanqi Huang; Kawtar Tiamani; Magdalena Unterer; Mohammadali Khan Mirzaei; Li Deng
Publié dans: Crossref, Numéro 54, 2022, Page(s) 101231, ISSN 1879-6257
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.coviro.2022.101231

Bacteriophages Isolated from Stunted Children Can Regulate Gut Bacterial Communities in an Age-Specific Manner.

Auteurs: Mohammadali Khan Mirzaei; Md. Anik Ashfaq Khan; Prakash Ghosh; Zofia E. Taranu; Mariia Taguer; Jinlong Ru; Rajashree Chowdhury; Md. Mamun Kabir; Li Deng; Dinesh Mondal; Corinne F. Maurice
Publié dans: Cell Host & Microbe, Numéro 27/2, 2020, Page(s) 199-212.e5, ISSN 1931-3128
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2020.01.004

ITN—VIROINF: Understanding (Harmful) Virus-Host Interactions by Linking Virology and Bioinformatics

Auteurs: Goettsch, Winfried Beerenwinkel, Niko Deng, Li Dölken, Lars Dutilh, Bas E. Erhard, Florian Kaderali, Lars von Kleist, Max Marquet, Roland Matthijnssens, Jelle McCallin, Shawna McMahon, Dino Rattei, Thomas Van Rij, Ronald P. Robertson, David L. Schwemmle, Martin Stern-Ginossar, Noam Marz, Manja
Publié dans: Viruses, Numéro 13/5, 2021, Page(s) 766, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v13050766

Helicobacter pylori promotes colorectal carcinogenesis by deregulating intestinal immunity and inducing a mucus-degrading microbiota signature

Auteurs: Ralser A, Dietl A, Jarosch S, Engelsberger V, Wanisch A, Janssen KP, Middelhoff M, Vieth M, Quante M, Haller D, Busch DH, Deng L, Mejías-Luque R, Gerhard M.
Publié dans: Gut, Numéro 72:7, 2023, Page(s) 1258-1270, ISSN 1468-3288
Éditeur: BMJ Publishing Group Ltd & British Society of Gastroenterology
DOI: 10.1136/gutjnl-2022-328075

Sustainable Microbiome: a symphony orchestrated by synthetic phages

Auteurs: Mohammadali Khan Mirzaei, Li Deng
Publié dans: Microbial Biotechnology, 2020, ISSN 1751-7915
Éditeur: Society for Applied Microbiology and John Wiley & Sons Ltd
DOI: 10.1111/1751-7915.13697

Targeted Single-Phage Isolation Reveals Phage-Dependent Heterogeneous Infection Dynamics

Auteurs: Magdalena Unterer; Mohammadali Khan Mirzaei; Li Deng
Publié dans: Crossref, Numéro 11:3, 2023, Page(s) e05149-22, ISSN 2165-0497
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/spectrum.05149-22

Helicobacter pylori infection alters gut virome by expanding temperate phages linked to increased risk of colorectal cancer

Auteurs: Luo S, Ru J, Khan Mirzaei M, Xue J, Peng X, Ralser A, Hadi JL, Mejías-Luque R, Gerhard M, Deng L*
Publié dans: Gut, 2023, ISSN 1468-3288
Éditeur: BMJ Publishing Group Ltd & British Society of Gastroenterology
DOI: 10.1136/gutjnl-2023-330362

ViroProfiler: a containerized bioinformatics pipeline for viral metagenomic data analysis

Auteurs: Jinlong Ru; Mohammadali Khan Mirzaei; Jinling Xue; Xue Peng; Li Deng
Publié dans: Crossref, Numéro 15, 2023, Page(s) 2192522, ISSN 1949-0984
Éditeur: Taylor & Francis
DOI: 10.1080/19490976.2023.2192522

Differences in Gut Virome Related to Barrett Esophagus and Esophageal Adenocarcinoma

Auteurs: Ma T, Ru J, Xue J, Schulz S, Khan Mirzaei M, Janssen K-P, Quante M, Li Deng
Publié dans: Microorganisms, Numéro 9/8, 2021, ISSN 2076-2607
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/microorganisms9081701

Phage Therapy in Germany—Update 2023

Auteurs: Willy C, Bugert JJ, Classen AY, Deng L, Düchting A, Gross J, Hammerl JA, Korf IHE, Kühn C, Lieberknecht-Jouy S, Rohde C, Rupp M, Vehreschild MJGT, Vogele K, Wienecke S, Witzenrath M, Würstle S, Ziehr H, Moelling K, Broecker F.
Publié dans: Viruses, Numéro 15:2, 2023, Page(s) 588, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v15020588

A rigorous assessment and comparison of enumeration methods for environmental viruses

Auteurs: Judith Kaletta, Carolin Pickl, Christian Griebler, Andreas Klingl, Rainer Kurmayer, Li Deng
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-75490-y

Defining the human gut host–phage network through single-cell viral tagging

Auteurs: Mária Džunková, Soo Jen Low, Joshua N. Daly, Li Deng, Christian Rinke, Philip Hugenholtz
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 4/12, 2019, Page(s) 2192-2203, ISSN 2058-5276
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41564-019-0526-2