Bacteriophage inhibition of antibiotic-resistant pathogenic microbes and founding for novel therapeutic strategies

Projektinformationen

PHARMS

ID Finanzhilfevereinbarung: 803077

DOI

10.3030/803077

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 12 November 2018

Startdatum 1 Januar 2019

Enddatum 31 Dezember 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 499 650,00

EU-Beitrag

€ 1 499 650,00

Koordiniert durch

HELMHOLTZ ZENTRUM MUENCHEN DEUTSCHES FORSCHUNGSZENTRUM FUER GESUNDHEIT UND UMWELT GMBH
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (21)

Proteomics reveals antiviral host response and NETosis during acute COVID-19 in high-risk patients

Autoren: Alina Bauer, Elisabeth Pachl, Johannes C. Hellmuth, Nikolaus Kneidinger, Motaharehsadat Heydarian, Marion Frankenberger, Hans C. Stubbe, Bernhard Ryffel, Agnese Petrera, Stefanie M. Hauck, Jürgen Behr, Rainer Kaiser, Clemens Scherer, Li Deng, Daniel Teupser, Narges Ahmidi, Maximilian Muenchhoff, Benjamin Schubert, Anne Hilgendorff
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Basis of Disease, Ausgabe 1869, 2024, Seite(n) 166592, ISSN 0925-4439
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbadis.2022.166592

The role of virome in the gastrointestinal tract and beyond

Autoren: Kawtar Tiamani; Shiqi Luo; Sarah Schulz; Jinling Xue; Rita Costa; Mohammadali Khan Mirzaei; Li Deng
Veröffentlicht in: FEMS Microbiol. Rev. 46:fuac027 (2022), Ausgabe 46:6, 2022, Seite(n) 1-12, ISSN 0168-6445
Herausgeber: Blackwell
DOI: 10.1093/femsre/fuac027

Bacteria and bacteriophage consortia are associated with protective intestinal metabolites in patients receiving stem cell transplantation

Autoren: Erik Thiele Orberg, Elisabeth Meedt, Andreas Hiergeist, Jinling Xue, Paul Heinrich, Jinlong Ru, Sakhila Ghimire, Oriana Miltiadous, Sarah Lindner, Melanie Tiefgraber, Sophia Göldel, Tina Eismann, Alix Schwarz, Sascha Göttert, Sebastian Jarosch, Katja Steiger, Christian Schulz, Michael Gigl, Julius C. Fischer, Klaus-Peter Janssen, Michael Quante, Simon Heidegger, Peter Herhaus, Mareike Verbeek, J
Veröffentlicht in: Nature Cancer, Ausgabe 5, 2024, Seite(n) 187-208, ISSN 2662-1347
Herausgeber: Nature
DOI: 10.1038/s43018-023-00669-x

Gut virome profiling identifies an association between temperate phages and colorectal cancer promoted by Helicobacter pylori infection

Autoren: Luo S, Ru J, Mirzaei MK, Xue J, Peng X, Ralser A, Mejías-Luque R, Gerhard M, Deng L
Veröffentlicht in: Gut Microbes, Ausgabe 15:2, 2023, Seite(n) 2257291, ISSN 1949-0976
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19490976.2023.2257291

Gut Phage Database: phage mining in the cave of wonders

Autoren: Unterer M, Khan Mirzaei M, Li Deng
Veröffentlicht in: Signal Transduction and Targeted Therapy, Ausgabe 6/1, 2021, Seite(n) 193, ISSN 2059-3635
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41392-021-00615-2

Proteomics reveals antiviral host response and NETosis during acute COVID-19 in high-risk patients.

Autoren: Bauer A, Pachl E, Hellmuth JC, Kneidinger N, Heydarian M, Frankenberger M, Stubbe HC, Ryffel B, Petrera A, Hauck SM, Behr J, Kaiser R, Scherer C, Deng L, Teupser D, Ahmidi N, Muenchhoff M, Schubert B, Hilgendorff A.
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Basis of Disease, Ausgabe 1869:2, 2023, Seite(n) 166592, ISSN 0925-4439
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbadis.2022.166592

New technologies for developing phage-based tools to manipulate the human microbiome

Autoren: Khan Mirzaei M, Li Deng
Veröffentlicht in: Trends Microbiol, Ausgabe 30/2, 2022, Seite(n) 131-142, ISSN 0966-842x
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2021.04.007

Challenges of Studying the Human Virome - Relevant Emerging Technologies

Autoren: Khan Mirzaei M, Xue J, Costa R, Ru J, Schulz S, Taranu ZE, Li Deng
Veröffentlicht in: Trends Microbiol, Ausgabe 29/2, 2021, Seite(n) 171-181, ISSN 0966-842x
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2020.05.021

DeepsmirUD: Prediction of Regulatory Effects on microRNA Expression Mediated by Small Molecules Using Deep Learning

Autoren: Jianfeng Sun, Jinlong Ru, Lorenzo Ramos-Mucci, Fei Qi, Zihao Chen, Suyuan Chen, Adam P. Cribbs, Li Deng, Xia Wang
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 24, 2025, Seite(n) 1878, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24031878

Emerging technologies in the study of the virome

Autoren: Sophie E Smith; Wanqi Huang; Kawtar Tiamani; Magdalena Unterer; Mohammadali Khan Mirzaei; Li Deng
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 54, 2022, Seite(n) 101231, ISSN 1879-6257
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.coviro.2022.101231

Bacteriophages Isolated from Stunted Children Can Regulate Gut Bacterial Communities in an Age-Specific Manner.

Autoren: Mohammadali Khan Mirzaei; Md. Anik Ashfaq Khan; Prakash Ghosh; Zofia E. Taranu; Mariia Taguer; Jinlong Ru; Rajashree Chowdhury; Md. Mamun Kabir; Li Deng; Dinesh Mondal; Corinne F. Maurice
Veröffentlicht in: Cell Host & Microbe, Ausgabe 27/2, 2020, Seite(n) 199-212.e5, ISSN 1931-3128
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2020.01.004

ITN—VIROINF: Understanding (Harmful) Virus-Host Interactions by Linking Virology and Bioinformatics

Autoren: Goettsch, Winfried Beerenwinkel, Niko Deng, Li Dölken, Lars Dutilh, Bas E. Erhard, Florian Kaderali, Lars von Kleist, Max Marquet, Roland Matthijnssens, Jelle McCallin, Shawna McMahon, Dino Rattei, Thomas Van Rij, Ronald P. Robertson, David L. Schwemmle, Martin Stern-Ginossar, Noam Marz, Manja
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 13/5, 2021, Seite(n) 766, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v13050766

Helicobacter pylori promotes colorectal carcinogenesis by deregulating intestinal immunity and inducing a mucus-degrading microbiota signature

Autoren: Ralser A, Dietl A, Jarosch S, Engelsberger V, Wanisch A, Janssen KP, Middelhoff M, Vieth M, Quante M, Haller D, Busch DH, Deng L, Mejías-Luque R, Gerhard M.
Veröffentlicht in: Gut, Ausgabe 72:7, 2023, Seite(n) 1258-1270, ISSN 1468-3288
Herausgeber: BMJ Publishing Group Ltd & British Society of Gastroenterology
DOI: 10.1136/gutjnl-2022-328075

Sustainable Microbiome: a symphony orchestrated by synthetic phages

Autoren: Mohammadali Khan Mirzaei, Li Deng
Veröffentlicht in: Microbial Biotechnology, 2020, ISSN 1751-7915
Herausgeber: Society for Applied Microbiology and John Wiley & Sons Ltd
DOI: 10.1111/1751-7915.13697

Targeted Single-Phage Isolation Reveals Phage-Dependent Heterogeneous Infection Dynamics

Autoren: Magdalena Unterer; Mohammadali Khan Mirzaei; Li Deng
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 11:3, 2023, Seite(n) e05149-22, ISSN 2165-0497
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/spectrum.05149-22

Helicobacter pylori infection alters gut virome by expanding temperate phages linked to increased risk of colorectal cancer

Autoren: Luo S, Ru J, Khan Mirzaei M, Xue J, Peng X, Ralser A, Hadi JL, Mejías-Luque R, Gerhard M, Deng L*
Veröffentlicht in: Gut, 2023, ISSN 1468-3288
Herausgeber: BMJ Publishing Group Ltd & British Society of Gastroenterology
DOI: 10.1136/gutjnl-2023-330362

ViroProfiler: a containerized bioinformatics pipeline for viral metagenomic data analysis

Autoren: Jinlong Ru; Mohammadali Khan Mirzaei; Jinling Xue; Xue Peng; Li Deng
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 15, 2023, Seite(n) 2192522, ISSN 1949-0984
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.1080/19490976.2023.2192522

Differences in Gut Virome Related to Barrett Esophagus and Esophageal Adenocarcinoma

Autoren: Ma T, Ru J, Xue J, Schulz S, Khan Mirzaei M, Janssen K-P, Quante M, Li Deng
Veröffentlicht in: Microorganisms, Ausgabe 9/8, 2021, ISSN 2076-2607
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/microorganisms9081701

Phage Therapy in Germany—Update 2023

Autoren: Willy C, Bugert JJ, Classen AY, Deng L, Düchting A, Gross J, Hammerl JA, Korf IHE, Kühn C, Lieberknecht-Jouy S, Rohde C, Rupp M, Vehreschild MJGT, Vogele K, Wienecke S, Witzenrath M, Würstle S, Ziehr H, Moelling K, Broecker F.
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 15:2, 2023, Seite(n) 588, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v15020588

A rigorous assessment and comparison of enumeration methods for environmental viruses

Autoren: Judith Kaletta, Carolin Pickl, Christian Griebler, Andreas Klingl, Rainer Kurmayer, Li Deng
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-75490-y

Defining the human gut host–phage network through single-cell viral tagging

Autoren: Mária Džunková, Soo Jen Low, Joshua N. Daly, Li Deng, Christian Rinke, Philip Hugenholtz
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 4/12, 2019, Seite(n) 2192-2203, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41564-019-0526-2