The Molecular Dynamics of Membrane Contact Sites

Información del proyecto

MCS-MD

Identificador del acuerdo de subvención: 803952

DOI

10.3030/803952

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 17 Octubre 2018

Fecha de inicio 1 Junio 2019

Fecha de finalización 31 Diciembre 2024

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 497 719,00

Aportación de la UE

€ 1 497 719,00

Coordinado por

UNIVERSITE DE FRIBOURG
Switzerland

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Publicaciones

Peer reviewed articles (17)

Estimating the accuracy of the MARTINI model towards the investigation of Peripheral Protein-Membrane Interactions

Autores: Sriraksha Srinivasan, Valeria Zoni, Stefano Vanni
Publicado en: Faraday Discussions, 2020, ISSN 1359-6640
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0fd00058b

Recharging your fats: CHARMM36 parameters for neutral lipids triacylglycerol and diacylglycerol

Autores: Pablo Campomanes, Janak Prabhu, Valeria Zoni, Stefano Vanni
Publicado en: Biophysical Reports, Edición 1, 2021, Página(s) 100034, ISSN 2667-0747
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.bpr.2021.100034

Structure of the yeast ceramide synthase

Autores: Jan-Hannes Schäfer, Lena Clausmeyer, Carolin Körner, Bianca M. Esch, Verena N. Wolf, Jennifer Sapia, Yara Ahmed, Stefan Walter, Stefano Vanni, Dovile Januliene, Arne Moeller, Florian Fröhlich
Publicado en: Nature Structural & Molecular Biology, 2024, ISSN 1545-9993
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-024-01415-2

Pragmatic Coarse-Graining of Proteins: Models and Applications

Autores: Luís Borges-Araújo; Ilias Patmanidis; Akhil P. Singh; Lucianna H. S. Santos; Adam K. Sieradzan; Stefano Vanni; Cezary Czaplewski; Sergio Pantano; Wataru Shinoda; Luca Monticelli; Adam Liwo; Siewert J. Marrink; Paulo C. T. Souza
Publicado en: Journal of Chemical Theory and Computation, 2023, ISSN 1549-9618
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00733

Computational Approaches to Investigate and Design Lipid-binding Domains for Membrane Biosensing

Autores: Sriraksha Srinivasan, Stefano Vanni
Publicado en: CHIMIA, Edición 75, 2021, Página(s) 1031-36, ISSN 0009-4293
Editor: Schweizerische Chemische Gedellschaft
DOI: 10.2533/chimia.2021.1031

An S-acylated N-terminus and a conserved loop regulate the activity of the ABHD17 deacylase

Autores: Sydney Holme, Jennifer Sapia, Michael Davey, Stefano Vanni, Elizabeth Conibear
Publicado en: Journal of Cell Biology, Edición 224, 2025, ISSN 0021-9525
Editor: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202405042

The conformational plasticity of structurally unrelated lipid transport proteins correlates with their mode of action

Autores: Sriraksha Srinivasan, Andrea Di Luca, Daniel Álvarez, Arun T. John Peter, Charlotte Gehin, Museer A. Lone, Thorsten Hornemann, Giovanni D’Angelo, Stefano Vanni
Publicado en: PLOS Biology, Edición 22, 2024, Página(s) e3002737, ISSN 1545-7885
Editor: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002737

Lipid scrambling is a general feature of protein insertases

Autores: Dazhi Li, Cristian Rocha-Roa, Matthew A. Schilling, Karin M. Reinisch, Stefano Vanni
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, Edición 121, 2024, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2319476121

In situ architecture of the ER–mitochondria encounter structure

Autores: Michael R. Wozny, Andrea Di Luca, Dustin R. Morado, Andrea Picco, Rasha Khaddaj, Pablo Campomanes, Lazar Ivanović, Patrick C. Hoffmann, Elizabeth A. Miller, Stefano Vanni and Wanda Kukulski
Publicado en: Nature, 2023, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06050-3

A conserved function of Human DLC3 and Drosophila Cv-c in testis development

Autores: Sol Sotillos, Isabel von der Decken, Ivan Domenech Mercadé, Sriraksha Srinivasan, Dmytro Sirokha, Ludmila Livshits, Stefano Vanni, Serge Nef, Anna Biason-Lauber, Daniel Rodríguez Gutiérrez, James Castelli-Gair Hombría
Publicado en: eLife, Edición 11, 2023, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.82343

An <i>in silico</i> osmotic pressure approach allows characterization of pressure–area isotherms of lipid monolayers at low molecular areas

Autores: Janak Prabhu; Akhil Pratap Singh; Stefano Vanni
Publicado en: Soft Matter, 2023, ISSN 1744-683X
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2sm01419j

A Coarse-Grained SPICA Makeover for Solvated and Bare Sodium and Chloride Ions

Autores: Janak Prabhu, Matteo Frigerio, Emanuele Petretto, Pablo Campomanes, Stefan Salentinig, Stefano Vanni
Publicado en: Journal of Chemical Theory and Computation, Edición 20, 2024, Página(s) 7624-7634, ISSN 1549-9618
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.4c00529

Rescaling protein-protein interactions improves Martini 3 for flexible proteins in solution

Autores: F. Emil Thomasen, Tórur Skaalum, Ashutosh Kumar, Sriraksha Srinivasan, Stefano Vanni, Kresten Lindorff-Larsen
Publicado en: Nature Communications, Edición 15, 6645, 2024, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.05.29.542689

Molecular dynamics simulations of intracellular lipid droplets: a new tool in the toolbox

Autores: Jennifer Sapia, Stefano Vanni
Publicado en: FEBS Letters, Edición 598, 2024, Página(s) 1143-1153, ISSN 0014-5793
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1873-3468.14879

Unbiased MD simulations identify lipid binding sites in lipid transfer proteins

Autores: Sriraksha Srinivasan, Daniel Álvarez, Arun T. John Peter, Stefano Vanni
Publicado en: Journal of Cell Biology, Edición 223, 2024, ISSN 0021-9525
Editor: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202312055

DNA Self-Assembly of Single Molecules with Deterministic Position and Orientation

Autores: Aleksandra K. Adamczyk; Teun A. P. M. Huijben; Miguel Sison; Andrea Di Luca; Germán Chiarelli; Stefano Vanni; Sophie Brasselet; Kim I. Mortensen; Fernando D. Stefani; Mauricio Pilo-Pais; Guillermo P. Acuna
Publicado en: Nano letters, 2022, ISSN 1530-6984
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.2c06936

Computational modeling of membrane trafficking processes: From large molecular assemblies to chemical specificity

Autores: Jennifer Sapia, Daniel Alvarez, Stefano Vanni
Publicado en: Current Opinion in Cell Biology, 2023, ISSN 0955-0674
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ceb.2023.102205

Other (3)

Amphipathic helices sense the inner nuclear membrane environment through lipid packing defects

Autores: Shoken Lee, Anabel-Lise Le Roux, Mira Mors, Stefano Vanni, Pere Roca-Cusachs, Shirin Bahmanyar
Publicado en: BioRxiv, 2024
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.11.14.623600

Pex30-dependent membrane contacts sites maintain ER lipid homeostasis

Autores: Joana Veríssimo Ferreira, Yara Ahmed, Tiaan Heunis, Aamna Jain, Errin Johnson, Markus Raeschle, Robert Ernst, Stefano Vanni, Pedro Carvalho
Publicado en: BioRxiv, 2025
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.02.12.637848

Dietary control of peripheral adipose storage capacity through membrane lipid remodelling

Autores: Marcus J. Tol, Yuta Shimanaka, Alexander H. Bedard, Jennifer Sapia, Liujuan Cui, Mariana Colaço-Gaspar, Peter Hofer, Alessandra Ferrari, Kevin Qian, John P. Kennelly, Stephen D. Lee, Yajing Gao, Xu Xiao, Jie Gao, Julia J. Mack, Thomas A. Weston, Calvin Pan, Aldons J. Lusis, Kevin J. Williams, Baolong Su, Daniel P. Pike, Alex Reed, Natalia Milosevich, Benjamin F. Cravatt, Makoto Arita, Stephen G.
Publicado en: BioRxiv, 2024
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.10.25.620374