The Molecular Dynamics of Membrane Contact Sites

Informazioni relative al progetto

MCS-MD

ID dell’accordo di sovvenzione: 803952

DOI

10.3030/803952

Progetto chiuso

Data della firma CE 17 Ottobre 2018

Data di avvio 1 Giugno 2019

Data di completamento 31 Dicembre 2024

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 497 719,00

Contributo UE

€ 1 497 719,00

Coordinato da

UNIVERSITE DE FRIBOURG
Switzerland

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (17)

Estimating the accuracy of the MARTINI model towards the investigation of Peripheral Protein-Membrane Interactions

Autori: Sriraksha Srinivasan, Valeria Zoni, Stefano Vanni
Pubblicato in: Faraday Discussions, 2020, ISSN 1359-6640
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0fd00058b

Recharging your fats: CHARMM36 parameters for neutral lipids triacylglycerol and diacylglycerol

Autori: Pablo Campomanes, Janak Prabhu, Valeria Zoni, Stefano Vanni
Pubblicato in: Biophysical Reports, Numero 1, 2021, Pagina/e 100034, ISSN 2667-0747
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.bpr.2021.100034

Structure of the yeast ceramide synthase

Autori: Jan-Hannes Schäfer, Lena Clausmeyer, Carolin Körner, Bianca M. Esch, Verena N. Wolf, Jennifer Sapia, Yara Ahmed, Stefan Walter, Stefano Vanni, Dovile Januliene, Arne Moeller, Florian Fröhlich
Pubblicato in: Nature Structural & Molecular Biology, 2024, ISSN 1545-9993
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-024-01415-2

Pragmatic Coarse-Graining of Proteins: Models and Applications

Autori: Luís Borges-Araújo; Ilias Patmanidis; Akhil P. Singh; Lucianna H. S. Santos; Adam K. Sieradzan; Stefano Vanni; Cezary Czaplewski; Sergio Pantano; Wataru Shinoda; Luca Monticelli; Adam Liwo; Siewert J. Marrink; Paulo C. T. Souza
Pubblicato in: Journal of Chemical Theory and Computation, 2023, ISSN 1549-9618
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00733

Computational Approaches to Investigate and Design Lipid-binding Domains for Membrane Biosensing

Autori: Sriraksha Srinivasan, Stefano Vanni
Pubblicato in: CHIMIA, Numero 75, 2021, Pagina/e 1031-36, ISSN 0009-4293
Editore: Schweizerische Chemische Gedellschaft
DOI: 10.2533/chimia.2021.1031

An S-acylated N-terminus and a conserved loop regulate the activity of the ABHD17 deacylase

Autori: Sydney Holme, Jennifer Sapia, Michael Davey, Stefano Vanni, Elizabeth Conibear
Pubblicato in: Journal of Cell Biology, Numero 224, 2025, ISSN 0021-9525
Editore: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202405042

The conformational plasticity of structurally unrelated lipid transport proteins correlates with their mode of action

Autori: Sriraksha Srinivasan, Andrea Di Luca, Daniel Álvarez, Arun T. John Peter, Charlotte Gehin, Museer A. Lone, Thorsten Hornemann, Giovanni D’Angelo, Stefano Vanni
Pubblicato in: PLOS Biology, Numero 22, 2024, Pagina/e e3002737, ISSN 1545-7885
Editore: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002737

Lipid scrambling is a general feature of protein insertases

Autori: Dazhi Li, Cristian Rocha-Roa, Matthew A. Schilling, Karin M. Reinisch, Stefano Vanni
Pubblicato in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numero 121, 2024, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2319476121

In situ architecture of the ER–mitochondria encounter structure

Autori: Michael R. Wozny, Andrea Di Luca, Dustin R. Morado, Andrea Picco, Rasha Khaddaj, Pablo Campomanes, Lazar Ivanović, Patrick C. Hoffmann, Elizabeth A. Miller, Stefano Vanni and Wanda Kukulski
Pubblicato in: Nature, 2023, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06050-3

A conserved function of Human DLC3 and Drosophila Cv-c in testis development

Autori: Sol Sotillos, Isabel von der Decken, Ivan Domenech Mercadé, Sriraksha Srinivasan, Dmytro Sirokha, Ludmila Livshits, Stefano Vanni, Serge Nef, Anna Biason-Lauber, Daniel Rodríguez Gutiérrez, James Castelli-Gair Hombría
Pubblicato in: eLife, Numero 11, 2023, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.82343

An <i>in silico</i> osmotic pressure approach allows characterization of pressure–area isotherms of lipid monolayers at low molecular areas

Autori: Janak Prabhu; Akhil Pratap Singh; Stefano Vanni
Pubblicato in: Soft Matter, 2023, ISSN 1744-683X
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2sm01419j

A Coarse-Grained SPICA Makeover for Solvated and Bare Sodium and Chloride Ions

Autori: Janak Prabhu, Matteo Frigerio, Emanuele Petretto, Pablo Campomanes, Stefan Salentinig, Stefano Vanni
Pubblicato in: Journal of Chemical Theory and Computation, Numero 20, 2024, Pagina/e 7624-7634, ISSN 1549-9618
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.4c00529

Rescaling protein-protein interactions improves Martini 3 for flexible proteins in solution

Autori: F. Emil Thomasen, Tórur Skaalum, Ashutosh Kumar, Sriraksha Srinivasan, Stefano Vanni, Kresten Lindorff-Larsen
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 6645, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.05.29.542689

Molecular dynamics simulations of intracellular lipid droplets: a new tool in the toolbox

Autori: Jennifer Sapia, Stefano Vanni
Pubblicato in: FEBS Letters, Numero 598, 2024, Pagina/e 1143-1153, ISSN 0014-5793
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1873-3468.14879

Unbiased MD simulations identify lipid binding sites in lipid transfer proteins

Autori: Sriraksha Srinivasan, Daniel Álvarez, Arun T. John Peter, Stefano Vanni
Pubblicato in: Journal of Cell Biology, Numero 223, 2024, ISSN 0021-9525
Editore: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202312055

DNA Self-Assembly of Single Molecules with Deterministic Position and Orientation

Autori: Aleksandra K. Adamczyk; Teun A. P. M. Huijben; Miguel Sison; Andrea Di Luca; Germán Chiarelli; Stefano Vanni; Sophie Brasselet; Kim I. Mortensen; Fernando D. Stefani; Mauricio Pilo-Pais; Guillermo P. Acuna
Pubblicato in: Nano letters, 2022, ISSN 1530-6984
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.2c06936

Computational modeling of membrane trafficking processes: From large molecular assemblies to chemical specificity

Autori: Jennifer Sapia, Daniel Alvarez, Stefano Vanni
Pubblicato in: Current Opinion in Cell Biology, 2023, ISSN 0955-0674
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ceb.2023.102205

Other (3)

Amphipathic helices sense the inner nuclear membrane environment through lipid packing defects

Autori: Shoken Lee, Anabel-Lise Le Roux, Mira Mors, Stefano Vanni, Pere Roca-Cusachs, Shirin Bahmanyar
Pubblicato in: BioRxiv, 2024
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.11.14.623600

Pex30-dependent membrane contacts sites maintain ER lipid homeostasis

Autori: Joana Veríssimo Ferreira, Yara Ahmed, Tiaan Heunis, Aamna Jain, Errin Johnson, Markus Raeschle, Robert Ernst, Stefano Vanni, Pedro Carvalho
Pubblicato in: BioRxiv, 2025
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.02.12.637848

Dietary control of peripheral adipose storage capacity through membrane lipid remodelling

Autori: Marcus J. Tol, Yuta Shimanaka, Alexander H. Bedard, Jennifer Sapia, Liujuan Cui, Mariana Colaço-Gaspar, Peter Hofer, Alessandra Ferrari, Kevin Qian, John P. Kennelly, Stephen D. Lee, Yajing Gao, Xu Xiao, Jie Gao, Julia J. Mack, Thomas A. Weston, Calvin Pan, Aldons J. Lusis, Kevin J. Williams, Baolong Su, Daniel P. Pike, Alex Reed, Natalia Milosevich, Benjamin F. Cravatt, Makoto Arita, Stephen G.
Pubblicato in: BioRxiv, 2024
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.10.25.620374