The Molecular Dynamics of Membrane Contact Sites

Projektinformationen

MCS-MD

ID Finanzhilfevereinbarung: 803952

DOI

10.3030/803952

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 17 Oktober 2018

Startdatum 1 Juni 2019

Enddatum 31 Dezember 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 497 719,00

EU-Beitrag

€ 1 497 719,00

Koordiniert durch

UNIVERSITE DE FRIBOURG
Switzerland

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (17)

Estimating the accuracy of the MARTINI model towards the investigation of Peripheral Protein-Membrane Interactions

Autoren: Sriraksha Srinivasan, Valeria Zoni, Stefano Vanni
Veröffentlicht in: Faraday Discussions, 2020, ISSN 1359-6640
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0fd00058b

Recharging your fats: CHARMM36 parameters for neutral lipids triacylglycerol and diacylglycerol

Autoren: Pablo Campomanes, Janak Prabhu, Valeria Zoni, Stefano Vanni
Veröffentlicht in: Biophysical Reports, Ausgabe 1, 2021, Seite(n) 100034, ISSN 2667-0747
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.bpr.2021.100034

Structure of the yeast ceramide synthase

Autoren: Jan-Hannes Schäfer, Lena Clausmeyer, Carolin Körner, Bianca M. Esch, Verena N. Wolf, Jennifer Sapia, Yara Ahmed, Stefan Walter, Stefano Vanni, Dovile Januliene, Arne Moeller, Florian Fröhlich
Veröffentlicht in: Nature Structural & Molecular Biology, 2024, ISSN 1545-9993
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-024-01415-2

Pragmatic Coarse-Graining of Proteins: Models and Applications

Autoren: Luís Borges-Araújo; Ilias Patmanidis; Akhil P. Singh; Lucianna H. S. Santos; Adam K. Sieradzan; Stefano Vanni; Cezary Czaplewski; Sergio Pantano; Wataru Shinoda; Luca Monticelli; Adam Liwo; Siewert J. Marrink; Paulo C. T. Souza
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, 2023, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00733

Computational Approaches to Investigate and Design Lipid-binding Domains for Membrane Biosensing

Autoren: Sriraksha Srinivasan, Stefano Vanni
Veröffentlicht in: CHIMIA, Ausgabe 75, 2021, Seite(n) 1031-36, ISSN 0009-4293
Herausgeber: Schweizerische Chemische Gedellschaft
DOI: 10.2533/chimia.2021.1031

An S-acylated N-terminus and a conserved loop regulate the activity of the ABHD17 deacylase

Autoren: Sydney Holme, Jennifer Sapia, Michael Davey, Stefano Vanni, Elizabeth Conibear
Veröffentlicht in: Journal of Cell Biology, Ausgabe 224, 2025, ISSN 0021-9525
Herausgeber: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202405042

The conformational plasticity of structurally unrelated lipid transport proteins correlates with their mode of action

Autoren: Sriraksha Srinivasan, Andrea Di Luca, Daniel Álvarez, Arun T. John Peter, Charlotte Gehin, Museer A. Lone, Thorsten Hornemann, Giovanni D’Angelo, Stefano Vanni
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 22, 2024, Seite(n) e3002737, ISSN 1545-7885
Herausgeber: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002737

Lipid scrambling is a general feature of protein insertases

Autoren: Dazhi Li, Cristian Rocha-Roa, Matthew A. Schilling, Karin M. Reinisch, Stefano Vanni
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 121, 2024, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2319476121

In situ architecture of the ER–mitochondria encounter structure

Autoren: Michael R. Wozny, Andrea Di Luca, Dustin R. Morado, Andrea Picco, Rasha Khaddaj, Pablo Campomanes, Lazar Ivanović, Patrick C. Hoffmann, Elizabeth A. Miller, Stefano Vanni and Wanda Kukulski
Veröffentlicht in: Nature, 2023, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06050-3

A conserved function of Human DLC3 and Drosophila Cv-c in testis development

Autoren: Sol Sotillos, Isabel von der Decken, Ivan Domenech Mercadé, Sriraksha Srinivasan, Dmytro Sirokha, Ludmila Livshits, Stefano Vanni, Serge Nef, Anna Biason-Lauber, Daniel Rodríguez Gutiérrez, James Castelli-Gair Hombría
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 11, 2023, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.82343

An <i>in silico</i> osmotic pressure approach allows characterization of pressure–area isotherms of lipid monolayers at low molecular areas

Autoren: Janak Prabhu; Akhil Pratap Singh; Stefano Vanni
Veröffentlicht in: Soft Matter, 2023, ISSN 1744-683X
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2sm01419j

A Coarse-Grained SPICA Makeover for Solvated and Bare Sodium and Chloride Ions

Autoren: Janak Prabhu, Matteo Frigerio, Emanuele Petretto, Pablo Campomanes, Stefan Salentinig, Stefano Vanni
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) 7624-7634, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.4c00529

Rescaling protein-protein interactions improves Martini 3 for flexible proteins in solution

Autoren: F. Emil Thomasen, Tórur Skaalum, Ashutosh Kumar, Sriraksha Srinivasan, Stefano Vanni, Kresten Lindorff-Larsen
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 6645, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.05.29.542689

Molecular dynamics simulations of intracellular lipid droplets: a new tool in the toolbox

Autoren: Jennifer Sapia, Stefano Vanni
Veröffentlicht in: FEBS Letters, Ausgabe 598, 2024, Seite(n) 1143-1153, ISSN 0014-5793
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1873-3468.14879

Unbiased MD simulations identify lipid binding sites in lipid transfer proteins

Autoren: Sriraksha Srinivasan, Daniel Álvarez, Arun T. John Peter, Stefano Vanni
Veröffentlicht in: Journal of Cell Biology, Ausgabe 223, 2024, ISSN 0021-9525
Herausgeber: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202312055

DNA Self-Assembly of Single Molecules with Deterministic Position and Orientation

Autoren: Aleksandra K. Adamczyk; Teun A. P. M. Huijben; Miguel Sison; Andrea Di Luca; Germán Chiarelli; Stefano Vanni; Sophie Brasselet; Kim I. Mortensen; Fernando D. Stefani; Mauricio Pilo-Pais; Guillermo P. Acuna
Veröffentlicht in: Nano letters, 2022, ISSN 1530-6984
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.2c06936

Computational modeling of membrane trafficking processes: From large molecular assemblies to chemical specificity

Autoren: Jennifer Sapia, Daniel Alvarez, Stefano Vanni
Veröffentlicht in: Current Opinion in Cell Biology, 2023, ISSN 0955-0674
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ceb.2023.102205

Other (3)

Amphipathic helices sense the inner nuclear membrane environment through lipid packing defects

Autoren: Shoken Lee, Anabel-Lise Le Roux, Mira Mors, Stefano Vanni, Pere Roca-Cusachs, Shirin Bahmanyar
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.11.14.623600

Pex30-dependent membrane contacts sites maintain ER lipid homeostasis

Autoren: Joana Veríssimo Ferreira, Yara Ahmed, Tiaan Heunis, Aamna Jain, Errin Johnson, Markus Raeschle, Robert Ernst, Stefano Vanni, Pedro Carvalho
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2025
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.02.12.637848

Dietary control of peripheral adipose storage capacity through membrane lipid remodelling

Autoren: Marcus J. Tol, Yuta Shimanaka, Alexander H. Bedard, Jennifer Sapia, Liujuan Cui, Mariana Colaço-Gaspar, Peter Hofer, Alessandra Ferrari, Kevin Qian, John P. Kennelly, Stephen D. Lee, Yajing Gao, Xu Xiao, Jie Gao, Julia J. Mack, Thomas A. Weston, Calvin Pan, Aldons J. Lusis, Kevin J. Williams, Baolong Su, Daniel P. Pike, Alex Reed, Natalia Milosevich, Benjamin F. Cravatt, Makoto Arita, Stephen G.
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.10.25.620374