The Molecular Dynamics of Membrane Contact Sites

Informations projet

MCS-MD

N° de convention de subvention: 803952

DOI

10.3030/803952

Projet clôturé

Date de signature de la CE 17 Octobre 2018

Date de début 1 Juin 2019

Date de fin 31 Decembre 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 497 719,00

Contribution de l’UE

€ 1 497 719,00

Coordonné par

UNIVERSITE DE FRIBOURG
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (17)

Estimating the accuracy of the MARTINI model towards the investigation of Peripheral Protein-Membrane Interactions

Auteurs: Sriraksha Srinivasan, Valeria Zoni, Stefano Vanni
Publié dans: Faraday Discussions, 2020, ISSN 1359-6640
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0fd00058b

Recharging your fats: CHARMM36 parameters for neutral lipids triacylglycerol and diacylglycerol

Auteurs: Pablo Campomanes, Janak Prabhu, Valeria Zoni, Stefano Vanni
Publié dans: Biophysical Reports, Numéro 1, 2021, Page(s) 100034, ISSN 2667-0747
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.bpr.2021.100034

Structure of the yeast ceramide synthase

Auteurs: Jan-Hannes Schäfer, Lena Clausmeyer, Carolin Körner, Bianca M. Esch, Verena N. Wolf, Jennifer Sapia, Yara Ahmed, Stefan Walter, Stefano Vanni, Dovile Januliene, Arne Moeller, Florian Fröhlich
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, 2024, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-024-01415-2

Pragmatic Coarse-Graining of Proteins: Models and Applications

Auteurs: Luís Borges-Araújo; Ilias Patmanidis; Akhil P. Singh; Lucianna H. S. Santos; Adam K. Sieradzan; Stefano Vanni; Cezary Czaplewski; Sergio Pantano; Wataru Shinoda; Luca Monticelli; Adam Liwo; Siewert J. Marrink; Paulo C. T. Souza
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, 2023, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00733

Computational Approaches to Investigate and Design Lipid-binding Domains for Membrane Biosensing

Auteurs: Sriraksha Srinivasan, Stefano Vanni
Publié dans: CHIMIA, Numéro 75, 2021, Page(s) 1031-36, ISSN 0009-4293
Éditeur: Schweizerische Chemische Gedellschaft
DOI: 10.2533/chimia.2021.1031

An S-acylated N-terminus and a conserved loop regulate the activity of the ABHD17 deacylase

Auteurs: Sydney Holme, Jennifer Sapia, Michael Davey, Stefano Vanni, Elizabeth Conibear
Publié dans: Journal of Cell Biology, Numéro 224, 2025, ISSN 0021-9525
Éditeur: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202405042

The conformational plasticity of structurally unrelated lipid transport proteins correlates with their mode of action

Auteurs: Sriraksha Srinivasan, Andrea Di Luca, Daniel Álvarez, Arun T. John Peter, Charlotte Gehin, Museer A. Lone, Thorsten Hornemann, Giovanni D’Angelo, Stefano Vanni
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 22, 2024, Page(s) e3002737, ISSN 1545-7885
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002737

Lipid scrambling is a general feature of protein insertases

Auteurs: Dazhi Li, Cristian Rocha-Roa, Matthew A. Schilling, Karin M. Reinisch, Stefano Vanni
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 121, 2024, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2319476121

In situ architecture of the ER–mitochondria encounter structure

Auteurs: Michael R. Wozny, Andrea Di Luca, Dustin R. Morado, Andrea Picco, Rasha Khaddaj, Pablo Campomanes, Lazar Ivanović, Patrick C. Hoffmann, Elizabeth A. Miller, Stefano Vanni and Wanda Kukulski
Publié dans: Nature, 2023, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06050-3

A conserved function of Human DLC3 and Drosophila Cv-c in testis development

Auteurs: Sol Sotillos, Isabel von der Decken, Ivan Domenech Mercadé, Sriraksha Srinivasan, Dmytro Sirokha, Ludmila Livshits, Stefano Vanni, Serge Nef, Anna Biason-Lauber, Daniel Rodríguez Gutiérrez, James Castelli-Gair Hombría
Publié dans: eLife, Numéro 11, 2023, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.82343

An <i>in silico</i> osmotic pressure approach allows characterization of pressure–area isotherms of lipid monolayers at low molecular areas

Auteurs: Janak Prabhu; Akhil Pratap Singh; Stefano Vanni
Publié dans: Soft Matter, 2023, ISSN 1744-683X
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2sm01419j

A Coarse-Grained SPICA Makeover for Solvated and Bare Sodium and Chloride Ions

Auteurs: Janak Prabhu, Matteo Frigerio, Emanuele Petretto, Pablo Campomanes, Stefan Salentinig, Stefano Vanni
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, Numéro 20, 2024, Page(s) 7624-7634, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.4c00529

Rescaling protein-protein interactions improves Martini 3 for flexible proteins in solution

Auteurs: F. Emil Thomasen, Tórur Skaalum, Ashutosh Kumar, Sriraksha Srinivasan, Stefano Vanni, Kresten Lindorff-Larsen
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 6645, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.05.29.542689

Molecular dynamics simulations of intracellular lipid droplets: a new tool in the toolbox

Auteurs: Jennifer Sapia, Stefano Vanni
Publié dans: FEBS Letters, Numéro 598, 2024, Page(s) 1143-1153, ISSN 0014-5793
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1873-3468.14879

Unbiased MD simulations identify lipid binding sites in lipid transfer proteins

Auteurs: Sriraksha Srinivasan, Daniel Álvarez, Arun T. John Peter, Stefano Vanni
Publié dans: Journal of Cell Biology, Numéro 223, 2024, ISSN 0021-9525
Éditeur: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202312055

DNA Self-Assembly of Single Molecules with Deterministic Position and Orientation

Auteurs: Aleksandra K. Adamczyk; Teun A. P. M. Huijben; Miguel Sison; Andrea Di Luca; Germán Chiarelli; Stefano Vanni; Sophie Brasselet; Kim I. Mortensen; Fernando D. Stefani; Mauricio Pilo-Pais; Guillermo P. Acuna
Publié dans: Nano letters, 2022, ISSN 1530-6984
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.2c06936

Computational modeling of membrane trafficking processes: From large molecular assemblies to chemical specificity

Auteurs: Jennifer Sapia, Daniel Alvarez, Stefano Vanni
Publié dans: Current Opinion in Cell Biology, 2023, ISSN 0955-0674
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ceb.2023.102205

Other (3)

Amphipathic helices sense the inner nuclear membrane environment through lipid packing defects

Auteurs: Shoken Lee, Anabel-Lise Le Roux, Mira Mors, Stefano Vanni, Pere Roca-Cusachs, Shirin Bahmanyar
Publié dans: BioRxiv, 2024
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.11.14.623600

Pex30-dependent membrane contacts sites maintain ER lipid homeostasis

Auteurs: Joana Veríssimo Ferreira, Yara Ahmed, Tiaan Heunis, Aamna Jain, Errin Johnson, Markus Raeschle, Robert Ernst, Stefano Vanni, Pedro Carvalho
Publié dans: BioRxiv, 2025
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.02.12.637848

Dietary control of peripheral adipose storage capacity through membrane lipid remodelling

Auteurs: Marcus J. Tol, Yuta Shimanaka, Alexander H. Bedard, Jennifer Sapia, Liujuan Cui, Mariana Colaço-Gaspar, Peter Hofer, Alessandra Ferrari, Kevin Qian, John P. Kennelly, Stephen D. Lee, Yajing Gao, Xu Xiao, Jie Gao, Julia J. Mack, Thomas A. Weston, Calvin Pan, Aldons J. Lusis, Kevin J. Williams, Baolong Su, Daniel P. Pike, Alex Reed, Natalia Milosevich, Benjamin F. Cravatt, Makoto Arita, Stephen G.
Publié dans: BioRxiv, 2024
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.10.25.620374