The Molecular Dynamics of Membrane Contact Sites

Informacje na temat projektu

MCS-MD

Identyfikator umowy o grant: 803952

DOI

10.3030/803952

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 17 Października 2018

Data rozpoczęcia 1 Czerwca 2019

Data zakończenia 31 Grudnia 2024

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 497 719,00

Wkład UE

€ 1 497 719,00

Koordynowany przez

UNIVERSITE DE FRIBOURG
Switzerland

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (17)

Estimating the accuracy of the MARTINI model towards the investigation of Peripheral Protein-Membrane Interactions

Autorzy: Sriraksha Srinivasan, Valeria Zoni, Stefano Vanni
Opublikowane w: Faraday Discussions, 2020, ISSN 1359-6640
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0fd00058b

Recharging your fats: CHARMM36 parameters for neutral lipids triacylglycerol and diacylglycerol

Autorzy: Pablo Campomanes, Janak Prabhu, Valeria Zoni, Stefano Vanni
Opublikowane w: Biophysical Reports, Numer 1, 2021, Strona(/y) 100034, ISSN 2667-0747
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.bpr.2021.100034

Structure of the yeast ceramide synthase

Autorzy: Jan-Hannes Schäfer, Lena Clausmeyer, Carolin Körner, Bianca M. Esch, Verena N. Wolf, Jennifer Sapia, Yara Ahmed, Stefan Walter, Stefano Vanni, Dovile Januliene, Arne Moeller, Florian Fröhlich
Opublikowane w: Nature Structural & Molecular Biology, 2024, ISSN 1545-9993
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-024-01415-2

Pragmatic Coarse-Graining of Proteins: Models and Applications

Autorzy: Luís Borges-Araújo; Ilias Patmanidis; Akhil P. Singh; Lucianna H. S. Santos; Adam K. Sieradzan; Stefano Vanni; Cezary Czaplewski; Sergio Pantano; Wataru Shinoda; Luca Monticelli; Adam Liwo; Siewert J. Marrink; Paulo C. T. Souza
Opublikowane w: Journal of Chemical Theory and Computation, 2023, ISSN 1549-9618
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00733

Computational Approaches to Investigate and Design Lipid-binding Domains for Membrane Biosensing

Autorzy: Sriraksha Srinivasan, Stefano Vanni
Opublikowane w: CHIMIA, Numer 75, 2021, Strona(/y) 1031-36, ISSN 0009-4293
Wydawca: Schweizerische Chemische Gedellschaft
DOI: 10.2533/chimia.2021.1031

An S-acylated N-terminus and a conserved loop regulate the activity of the ABHD17 deacylase

Autorzy: Sydney Holme, Jennifer Sapia, Michael Davey, Stefano Vanni, Elizabeth Conibear
Opublikowane w: Journal of Cell Biology, Numer 224, 2025, ISSN 0021-9525
Wydawca: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202405042

The conformational plasticity of structurally unrelated lipid transport proteins correlates with their mode of action

Autorzy: Sriraksha Srinivasan, Andrea Di Luca, Daniel Álvarez, Arun T. John Peter, Charlotte Gehin, Museer A. Lone, Thorsten Hornemann, Giovanni D’Angelo, Stefano Vanni
Opublikowane w: PLOS Biology, Numer 22, 2024, Strona(/y) e3002737, ISSN 1545-7885
Wydawca: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002737

Lipid scrambling is a general feature of protein insertases

Autorzy: Dazhi Li, Cristian Rocha-Roa, Matthew A. Schilling, Karin M. Reinisch, Stefano Vanni
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 121, 2024, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2319476121

In situ architecture of the ER–mitochondria encounter structure

Autorzy: Michael R. Wozny, Andrea Di Luca, Dustin R. Morado, Andrea Picco, Rasha Khaddaj, Pablo Campomanes, Lazar Ivanović, Patrick C. Hoffmann, Elizabeth A. Miller, Stefano Vanni and Wanda Kukulski
Opublikowane w: Nature, 2023, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06050-3

A conserved function of Human DLC3 and Drosophila Cv-c in testis development

Autorzy: Sol Sotillos, Isabel von der Decken, Ivan Domenech Mercadé, Sriraksha Srinivasan, Dmytro Sirokha, Ludmila Livshits, Stefano Vanni, Serge Nef, Anna Biason-Lauber, Daniel Rodríguez Gutiérrez, James Castelli-Gair Hombría
Opublikowane w: eLife, Numer 11, 2023, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.82343

An <i>in silico</i> osmotic pressure approach allows characterization of pressure–area isotherms of lipid monolayers at low molecular areas

Autorzy: Janak Prabhu; Akhil Pratap Singh; Stefano Vanni
Opublikowane w: Soft Matter, 2023, ISSN 1744-683X
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2sm01419j

A Coarse-Grained SPICA Makeover for Solvated and Bare Sodium and Chloride Ions

Autorzy: Janak Prabhu, Matteo Frigerio, Emanuele Petretto, Pablo Campomanes, Stefan Salentinig, Stefano Vanni
Opublikowane w: Journal of Chemical Theory and Computation, Numer 20, 2024, Strona(/y) 7624-7634, ISSN 1549-9618
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.4c00529

Rescaling protein-protein interactions improves Martini 3 for flexible proteins in solution

Autorzy: F. Emil Thomasen, Tórur Skaalum, Ashutosh Kumar, Sriraksha Srinivasan, Stefano Vanni, Kresten Lindorff-Larsen
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 15, 6645, 2024, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.05.29.542689

Molecular dynamics simulations of intracellular lipid droplets: a new tool in the toolbox

Autorzy: Jennifer Sapia, Stefano Vanni
Opublikowane w: FEBS Letters, Numer 598, 2024, Strona(/y) 1143-1153, ISSN 0014-5793
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1873-3468.14879

Unbiased MD simulations identify lipid binding sites in lipid transfer proteins

Autorzy: Sriraksha Srinivasan, Daniel Álvarez, Arun T. John Peter, Stefano Vanni
Opublikowane w: Journal of Cell Biology, Numer 223, 2024, ISSN 0021-9525
Wydawca: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202312055

DNA Self-Assembly of Single Molecules with Deterministic Position and Orientation

Autorzy: Aleksandra K. Adamczyk; Teun A. P. M. Huijben; Miguel Sison; Andrea Di Luca; Germán Chiarelli; Stefano Vanni; Sophie Brasselet; Kim I. Mortensen; Fernando D. Stefani; Mauricio Pilo-Pais; Guillermo P. Acuna
Opublikowane w: Nano letters, 2022, ISSN 1530-6984
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.2c06936

Computational modeling of membrane trafficking processes: From large molecular assemblies to chemical specificity

Autorzy: Jennifer Sapia, Daniel Alvarez, Stefano Vanni
Opublikowane w: Current Opinion in Cell Biology, 2023, ISSN 0955-0674
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ceb.2023.102205

Other (3)

Amphipathic helices sense the inner nuclear membrane environment through lipid packing defects

Autorzy: Shoken Lee, Anabel-Lise Le Roux, Mira Mors, Stefano Vanni, Pere Roca-Cusachs, Shirin Bahmanyar
Opublikowane w: BioRxiv, 2024
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.11.14.623600

Pex30-dependent membrane contacts sites maintain ER lipid homeostasis

Autorzy: Joana Veríssimo Ferreira, Yara Ahmed, Tiaan Heunis, Aamna Jain, Errin Johnson, Markus Raeschle, Robert Ernst, Stefano Vanni, Pedro Carvalho
Opublikowane w: BioRxiv, 2025
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.02.12.637848

Dietary control of peripheral adipose storage capacity through membrane lipid remodelling

Autorzy: Marcus J. Tol, Yuta Shimanaka, Alexander H. Bedard, Jennifer Sapia, Liujuan Cui, Mariana Colaço-Gaspar, Peter Hofer, Alessandra Ferrari, Kevin Qian, John P. Kennelly, Stephen D. Lee, Yajing Gao, Xu Xiao, Jie Gao, Julia J. Mack, Thomas A. Weston, Calvin Pan, Aldons J. Lusis, Kevin J. Williams, Baolong Su, Daniel P. Pike, Alex Reed, Natalia Milosevich, Benjamin F. Cravatt, Makoto Arita, Stephen G.
Opublikowane w: BioRxiv, 2024
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.10.25.620374