Genetics of Individuality

Projektinformationen

IndiGene

ID Finanzhilfevereinbarung: 810172

DOI

10.3030/810172

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 18 Januar 2019

Startdatum 1 Februar 2019

Enddatum 31 Juli 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 6 272 613,00

EU-Beitrag

€ 6 272 613,00

Koordiniert durch

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
Germany

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Data Management Plan for the Open Research Data Pilot

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (17)

Characterizing medaka visual features using a high-throughput optomotor response assay

Autoren: Risa Suzuki, Jia Zheng Woo, Thomas Thumberger, Gero Hofmann, Joachim Wittbrodt, Tinatini Tavhelidse-Suck
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 19, 2024, Seite(n) e0302092, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0302092

Genomic variations and epigenomic landscape of the Medaka Inbred Kiyosu-Karlsruhe (MIKK) panel

Autoren: Adrien Leger, Ian Brettell, Jack Monahan, Carl Barton, Nadeshda Wolf, Natalja Kusminski, Cathrin Herder, Narendar Aadepu, Clara Becker, Jakob Gierten, Omar T. Hammouda, Eva Hasel, Colin Lischik, Katharina Lust, Natalia Sokolova, Risa Suzuki, Tinatini Tavhelidse, Thomas Thumberger, Erika Tsingos, Philip Watson, Bettina Welz, Kiyoshi Naruse, Felix Loosli, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney & Tomas Fitzg
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 23, Article number: 58, 2022, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02602-4

Fish primary embryonic pluripotent cells assemble into retinal tissue mirroring in vivo early eye development

Autoren: Lucie Zilova, Venera Weinhardt, Tinatini Tavhelidse, Christina Schlagheck, Thomas Thumberger, Joachim Wittbrodt
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 10, 2021, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.66998

Boosting targeted genome editing using the hei-tag

Autoren: Thomas ThumbergerTinatini Tavhelidse-SuckJose Arturo Gutierrez-TrianaAlex CorneanRebekka MedertBettina WelzMarc FreichelJoachim Wittbrodt
Veröffentlicht in: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.70558

FlexLMM: a Nextflow linear mixed model framework for GWAS

Autoren: Saul Pierotti, Tomas Fitzgerald, Ewan Birney
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 41, 2025, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaf021

The Medaka Inbred Kiyosu-Karlsruhe (MIKK) panel

Autoren: Tomas Fitzgerald, Ian Brettell, Adrien Leger, Nadeshda Wolf, Natalja Kusminski, Jack Monahan, Carl Barton, Cathrin Herder, Narendar Aadepu, Jakob Gierten, Clara Becker, Omar T. Hammouda, Eva Hasel, Colin Lischik, Katharina Lust, Natalia Sokolova, Risa Suzuki, Erika Tsingos, Tinatini Tavhelidse, Thomas Thumberger, Philip Watson, Bettina Welz, Nadia Khouja, Kiyoshi Naruse, Ewan Birney, Joachim Wittb
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 23, Article number: 59, 2022, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02623-z

Genotype imputation in F2 crosses of inbred lines

Autoren: Saul Pierotti, Bettina Welz, Mireia Osuna-López, Tomas Fitzgerald, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney
Veröffentlicht in: Bioinformatics Advances, Ausgabe 4, 2024, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioadv/vbae107

Natural genetic variation quantitatively regulates heart rate and dimension

Autoren: Jakob Gierten, Bettina Welz, Tomas Fitzgerald, Thomas Thumberger, Rashi Agarwal, Oliver Hummel, Adrien Leger, Philipp Weber, Kiyoshi Naruse, David Hassel, Norbert Hübner, Ewan Birney, Joachim Wittbro
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-59425-7

Measurement and classification of bold–shy behaviours in medaka fish

Autoren: Saul Pierotti, Ian Brettell, Tomas Fitzgerald, Cathrin Herder, Narendar Aadepu, Christian Pylatiuk, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney, Felix Loosli
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 41, 2025, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaf342

Establishing an auxin-inducible GFP nanobody-based acute protein knockdown system to mimic hypomorphic mutations during early medaka embryogenesis

Autoren: Kaisa Pakari, Sevinç Jakab, Johanna Rasch, Encarnación Sánchez Salvador, Beate Wittbrodt, Christian Thiel, Joachim Wittbrodt, Thomas Thumberger
Veröffentlicht in: Biology Open, Ausgabe 14, 2025, ISSN 2046-6390
Herausgeber: The Company of Biologists
DOI: 10.1242/bio.062081

FEHAT: efficient, large scale and automated heartbeat detection in Medaka fish embryos

Autoren: Marcio Soares Ferreira, Sebastian Stricker, Tomas Fitzgerald, Jack Monahan, Fanny Defranoux, Philip Watson, Bettina Welz, Omar Hammouda, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 40, 2024, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae664

Automated high-throughput heartbeat quantification in medaka and zebrafish embryos under physiological conditions

Autoren: Jakob Gierten, Christian Pylatiuk, Omar T. Hammouda, Christian Schock, Johannes Stegmaier, Joachim Wittbrodt, Jochen Gehrig, Felix Loosli
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-58563-w

De novo PAM generation to reach initially inaccessible target sites for base editing

Autoren: Kaisa Pakari, Joachim Wittbrodt, Joachim Wittbrodt
Veröffentlicht in: Development, 2023, ISSN 0950-1991
Herausgeber: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.201115

Soft X-ray Tomography Reveals HSV-1-Induced Remodeling of Human B Cells

Autoren: Jian-Hua Chen, Bieke Vanslembrouck, Axel Ekman, Vesa Aho, Carolyn A. Larabell, Mark A. Le Gros, Maija Vihinen-Ranta, Venera Weinhardt
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 14, 2025, Seite(n) 2651, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v14122651

CRISPR-based knockout and base editing confirm the role of MYRF in heart development and congenital heart disease

Autoren: Lino Doering, Alex Cornean, Thomas Thumberger, Joergen Benjaminsen, Beate Wittbrodt, Tanja Kellner, Omar T. Hammouda, Matthias Gorenflo, Joachim Wittbrodt and Jakob Gierten
Veröffentlicht in: | Disease Models & Mechanisms, 2023, ISSN 1754-8403
Herausgeber: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dmm.049811

Precise in vivo functional analysis of DNA variants with base editing using ACEofBASEs target prediction

Autoren: Alex Cornean, Jakob Gierten, Bettina Welz, Juan Luis Mateo, Thomas Thumberger, Joachim Wittbrodt
Veröffentlicht in: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.72124

Visualisation of gene expression within the context of tissues using an X-ray computed tomography-based multimodal approach

Autoren: Kristaps Kairišs, Natalia Sokolova, Lucie Zilova, Christina Schlagheck, Robert Reinhardt, Tilo Baumbach, Tomáš Faragó, Thomas van de Kamp, Joachim Wittbrodt, Venera Weinhardt
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 14, 2024, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-58766-5