Genetics of Individuality

Informations projet

IndiGene

N° de convention de subvention: 810172

DOI

10.3030/810172

Projet clôturé

Date de signature de la CE 18 Janvier 2019

Date de début 1 Février 2019

Date de fin 31 Juillet 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 6 272 613,00

Contribution de l’UE

€ 6 272 613,00

Coordonné par

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
Germany

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Data Management Plan for the Open Research Data Pilot

Publications

Peer reviewed articles (17)

Characterizing medaka visual features using a high-throughput optomotor response assay

Auteurs: Risa Suzuki, Jia Zheng Woo, Thomas Thumberger, Gero Hofmann, Joachim Wittbrodt, Tinatini Tavhelidse-Suck
Publié dans: PLOS ONE, Numéro 19, 2024, Page(s) e0302092, ISSN 1932-6203
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0302092

Genomic variations and epigenomic landscape of the Medaka Inbred Kiyosu-Karlsruhe (MIKK) panel

Auteurs: Adrien Leger, Ian Brettell, Jack Monahan, Carl Barton, Nadeshda Wolf, Natalja Kusminski, Cathrin Herder, Narendar Aadepu, Clara Becker, Jakob Gierten, Omar T. Hammouda, Eva Hasel, Colin Lischik, Katharina Lust, Natalia Sokolova, Risa Suzuki, Tinatini Tavhelidse, Thomas Thumberger, Erika Tsingos, Philip Watson, Bettina Welz, Kiyoshi Naruse, Felix Loosli, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney & Tomas Fitzg
Publié dans: Genome Biology, Numéro 23, Article number: 58, 2022, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02602-4

Fish primary embryonic pluripotent cells assemble into retinal tissue mirroring in vivo early eye development

Auteurs: Lucie Zilova, Venera Weinhardt, Tinatini Tavhelidse, Christina Schlagheck, Thomas Thumberger, Joachim Wittbrodt
Publié dans: eLife, Numéro 10, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.66998

Boosting targeted genome editing using the hei-tag

Auteurs: Thomas ThumbergerTinatini Tavhelidse-SuckJose Arturo Gutierrez-TrianaAlex CorneanRebekka MedertBettina WelzMarc FreichelJoachim Wittbrodt
Publié dans: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.70558

FlexLMM: a Nextflow linear mixed model framework for GWAS

Auteurs: Saul Pierotti, Tomas Fitzgerald, Ewan Birney
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 41, 2025, ISSN 1367-4811
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaf021

The Medaka Inbred Kiyosu-Karlsruhe (MIKK) panel

Auteurs: Tomas Fitzgerald, Ian Brettell, Adrien Leger, Nadeshda Wolf, Natalja Kusminski, Jack Monahan, Carl Barton, Cathrin Herder, Narendar Aadepu, Jakob Gierten, Clara Becker, Omar T. Hammouda, Eva Hasel, Colin Lischik, Katharina Lust, Natalia Sokolova, Risa Suzuki, Erika Tsingos, Tinatini Tavhelidse, Thomas Thumberger, Philip Watson, Bettina Welz, Nadia Khouja, Kiyoshi Naruse, Ewan Birney, Joachim Wittb
Publié dans: Genome Biology, Numéro 23, Article number: 59, 2022, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02623-z

Genotype imputation in F2 crosses of inbred lines

Auteurs: Saul Pierotti, Bettina Welz, Mireia Osuna-López, Tomas Fitzgerald, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney
Publié dans: Bioinformatics Advances, Numéro 4, 2024, ISSN 2635-0041
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioadv/vbae107

Natural genetic variation quantitatively regulates heart rate and dimension

Auteurs: Jakob Gierten, Bettina Welz, Tomas Fitzgerald, Thomas Thumberger, Rashi Agarwal, Oliver Hummel, Adrien Leger, Philipp Weber, Kiyoshi Naruse, David Hassel, Norbert Hübner, Ewan Birney, Joachim Wittbro
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-59425-7

Measurement and classification of bold–shy behaviours in medaka fish

Auteurs: Saul Pierotti, Ian Brettell, Tomas Fitzgerald, Cathrin Herder, Narendar Aadepu, Christian Pylatiuk, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney, Felix Loosli
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 41, 2025, ISSN 1367-4811
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaf342

Establishing an auxin-inducible GFP nanobody-based acute protein knockdown system to mimic hypomorphic mutations during early medaka embryogenesis

Auteurs: Kaisa Pakari, Sevinç Jakab, Johanna Rasch, Encarnación Sánchez Salvador, Beate Wittbrodt, Christian Thiel, Joachim Wittbrodt, Thomas Thumberger
Publié dans: Biology Open, Numéro 14, 2025, ISSN 2046-6390
Éditeur: The Company of Biologists
DOI: 10.1242/bio.062081

FEHAT: efficient, large scale and automated heartbeat detection in Medaka fish embryos

Auteurs: Marcio Soares Ferreira, Sebastian Stricker, Tomas Fitzgerald, Jack Monahan, Fanny Defranoux, Philip Watson, Bettina Welz, Omar Hammouda, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 40, 2024, ISSN 1367-4811
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae664

Automated high-throughput heartbeat quantification in medaka and zebrafish embryos under physiological conditions

Auteurs: Jakob Gierten, Christian Pylatiuk, Omar T. Hammouda, Christian Schock, Johannes Stegmaier, Joachim Wittbrodt, Jochen Gehrig, Felix Loosli
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-58563-w

De novo PAM generation to reach initially inaccessible target sites for base editing

Auteurs: Kaisa Pakari, Joachim Wittbrodt, Joachim Wittbrodt
Publié dans: Development, 2023, ISSN 0950-1991
Éditeur: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.201115

Soft X-ray Tomography Reveals HSV-1-Induced Remodeling of Human B Cells

Auteurs: Jian-Hua Chen, Bieke Vanslembrouck, Axel Ekman, Vesa Aho, Carolyn A. Larabell, Mark A. Le Gros, Maija Vihinen-Ranta, Venera Weinhardt
Publié dans: Viruses, Numéro 14, 2025, Page(s) 2651, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v14122651

CRISPR-based knockout and base editing confirm the role of MYRF in heart development and congenital heart disease

Auteurs: Lino Doering, Alex Cornean, Thomas Thumberger, Joergen Benjaminsen, Beate Wittbrodt, Tanja Kellner, Omar T. Hammouda, Matthias Gorenflo, Joachim Wittbrodt and Jakob Gierten
Publié dans: | Disease Models & Mechanisms, 2023, ISSN 1754-8403
Éditeur: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dmm.049811

Precise in vivo functional analysis of DNA variants with base editing using ACEofBASEs target prediction

Auteurs: Alex Cornean, Jakob Gierten, Bettina Welz, Juan Luis Mateo, Thomas Thumberger, Joachim Wittbrodt
Publié dans: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.72124

Visualisation of gene expression within the context of tissues using an X-ray computed tomography-based multimodal approach

Auteurs: Kristaps Kairišs, Natalia Sokolova, Lucie Zilova, Christina Schlagheck, Robert Reinhardt, Tilo Baumbach, Tomáš Faragó, Thomas van de Kamp, Joachim Wittbrodt, Venera Weinhardt
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 14, 2024, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-58766-5