Genetics of Individuality

Informacje na temat projektu

IndiGene

Identyfikator umowy o grant: 810172

DOI

10.3030/810172

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 18 Stycznia 2019

Data rozpoczęcia 1 Lutego 2019

Data zakończenia 31 Lipca 2025

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 6 272 613,00

Wkład UE

€ 6 272 613,00

Koordynowany przez

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
Germany

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Data Management Plan for the Open Research Data Pilot

Publikacje

Peer reviewed articles (17)

Characterizing medaka visual features using a high-throughput optomotor response assay

Autorzy: Risa Suzuki, Jia Zheng Woo, Thomas Thumberger, Gero Hofmann, Joachim Wittbrodt, Tinatini Tavhelidse-Suck
Opublikowane w: PLOS ONE, Numer 19, 2024, Strona(/y) e0302092, ISSN 1932-6203
Wydawca: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0302092

Genomic variations and epigenomic landscape of the Medaka Inbred Kiyosu-Karlsruhe (MIKK) panel

Autorzy: Adrien Leger, Ian Brettell, Jack Monahan, Carl Barton, Nadeshda Wolf, Natalja Kusminski, Cathrin Herder, Narendar Aadepu, Clara Becker, Jakob Gierten, Omar T. Hammouda, Eva Hasel, Colin Lischik, Katharina Lust, Natalia Sokolova, Risa Suzuki, Tinatini Tavhelidse, Thomas Thumberger, Erika Tsingos, Philip Watson, Bettina Welz, Kiyoshi Naruse, Felix Loosli, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney & Tomas Fitzg
Opublikowane w: Genome Biology, Numer 23, Article number: 58, 2022, ISSN 1474-760X
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02602-4

Fish primary embryonic pluripotent cells assemble into retinal tissue mirroring in vivo early eye development

Autorzy: Lucie Zilova, Venera Weinhardt, Tinatini Tavhelidse, Christina Schlagheck, Thomas Thumberger, Joachim Wittbrodt
Opublikowane w: eLife, Numer 10, 2021, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.66998

Boosting targeted genome editing using the hei-tag

Autorzy: Thomas ThumbergerTinatini Tavhelidse-SuckJose Arturo Gutierrez-TrianaAlex CorneanRebekka MedertBettina WelzMarc FreichelJoachim Wittbrodt
Opublikowane w: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.70558

FlexLMM: a Nextflow linear mixed model framework for GWAS

Autorzy: Saul Pierotti, Tomas Fitzgerald, Ewan Birney
Opublikowane w: Bioinformatics, Numer 41, 2025, ISSN 1367-4811
Wydawca: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaf021

The Medaka Inbred Kiyosu-Karlsruhe (MIKK) panel

Autorzy: Tomas Fitzgerald, Ian Brettell, Adrien Leger, Nadeshda Wolf, Natalja Kusminski, Jack Monahan, Carl Barton, Cathrin Herder, Narendar Aadepu, Jakob Gierten, Clara Becker, Omar T. Hammouda, Eva Hasel, Colin Lischik, Katharina Lust, Natalia Sokolova, Risa Suzuki, Erika Tsingos, Tinatini Tavhelidse, Thomas Thumberger, Philip Watson, Bettina Welz, Nadia Khouja, Kiyoshi Naruse, Ewan Birney, Joachim Wittb
Opublikowane w: Genome Biology, Numer 23, Article number: 59, 2022, ISSN 1474-760X
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02623-z

Genotype imputation in F2 crosses of inbred lines

Autorzy: Saul Pierotti, Bettina Welz, Mireia Osuna-López, Tomas Fitzgerald, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney
Opublikowane w: Bioinformatics Advances, Numer 4, 2024, ISSN 2635-0041
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioadv/vbae107

Natural genetic variation quantitatively regulates heart rate and dimension

Autorzy: Jakob Gierten, Bettina Welz, Tomas Fitzgerald, Thomas Thumberger, Rashi Agarwal, Oliver Hummel, Adrien Leger, Philipp Weber, Kiyoshi Naruse, David Hassel, Norbert Hübner, Ewan Birney, Joachim Wittbro
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 16, 2025, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-59425-7

Measurement and classification of bold–shy behaviours in medaka fish

Autorzy: Saul Pierotti, Ian Brettell, Tomas Fitzgerald, Cathrin Herder, Narendar Aadepu, Christian Pylatiuk, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney, Felix Loosli
Opublikowane w: Bioinformatics, Numer 41, 2025, ISSN 1367-4811
Wydawca: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaf342

Establishing an auxin-inducible GFP nanobody-based acute protein knockdown system to mimic hypomorphic mutations during early medaka embryogenesis

Autorzy: Kaisa Pakari, Sevinç Jakab, Johanna Rasch, Encarnación Sánchez Salvador, Beate Wittbrodt, Christian Thiel, Joachim Wittbrodt, Thomas Thumberger
Opublikowane w: Biology Open, Numer 14, 2025, ISSN 2046-6390
Wydawca: The Company of Biologists
DOI: 10.1242/bio.062081

FEHAT: efficient, large scale and automated heartbeat detection in Medaka fish embryos

Autorzy: Marcio Soares Ferreira, Sebastian Stricker, Tomas Fitzgerald, Jack Monahan, Fanny Defranoux, Philip Watson, Bettina Welz, Omar Hammouda, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney
Opublikowane w: Bioinformatics, Numer 40, 2024, ISSN 1367-4811
Wydawca: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae664

Automated high-throughput heartbeat quantification in medaka and zebrafish embryos under physiological conditions

Autorzy: Jakob Gierten, Christian Pylatiuk, Omar T. Hammouda, Christian Schock, Johannes Stegmaier, Joachim Wittbrodt, Jochen Gehrig, Felix Loosli
Opublikowane w: Scientific Reports, Numer 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-58563-w

De novo PAM generation to reach initially inaccessible target sites for base editing

Autorzy: Kaisa Pakari, Joachim Wittbrodt, Joachim Wittbrodt
Opublikowane w: Development, 2023, ISSN 0950-1991
Wydawca: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.201115

Soft X-ray Tomography Reveals HSV-1-Induced Remodeling of Human B Cells

Autorzy: Jian-Hua Chen, Bieke Vanslembrouck, Axel Ekman, Vesa Aho, Carolyn A. Larabell, Mark A. Le Gros, Maija Vihinen-Ranta, Venera Weinhardt
Opublikowane w: Viruses, Numer 14, 2025, Strona(/y) 2651, ISSN 1999-4915
Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v14122651

CRISPR-based knockout and base editing confirm the role of MYRF in heart development and congenital heart disease

Autorzy: Lino Doering, Alex Cornean, Thomas Thumberger, Joergen Benjaminsen, Beate Wittbrodt, Tanja Kellner, Omar T. Hammouda, Matthias Gorenflo, Joachim Wittbrodt and Jakob Gierten
Opublikowane w: | Disease Models & Mechanisms, 2023, ISSN 1754-8403
Wydawca: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dmm.049811

Precise in vivo functional analysis of DNA variants with base editing using ACEofBASEs target prediction

Autorzy: Alex Cornean, Jakob Gierten, Bettina Welz, Juan Luis Mateo, Thomas Thumberger, Joachim Wittbrodt
Opublikowane w: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.72124

Visualisation of gene expression within the context of tissues using an X-ray computed tomography-based multimodal approach

Autorzy: Kristaps Kairišs, Natalia Sokolova, Lucie Zilova, Christina Schlagheck, Robert Reinhardt, Tilo Baumbach, Tomáš Faragó, Thomas van de Kamp, Joachim Wittbrodt, Venera Weinhardt
Opublikowane w: Scientific Reports, Numer 14, 2024, ISSN 2045-2322
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-58766-5