Decoding Context-Dependent Genetic Networks in vivo

Informations projet

DECODE

N° de convention de subvention: 810296

DOI

10.3030/810296

Date de signature de la CE 6 Avril 2019

Date de début 1 Juillet 2019

Date de fin 30 Juin 2027

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 10 625 000,00

Contribution de l’UE

€ 10 625 000,00

Coordonné par

DEUTSCHES KREBSFORSCHUNGSZENTRUM HEIDELBERG
Germany

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (30)

Aged intestinal stem cells propagate cell-intrinsic sources of inflammaging in mice

Auteurs: Maja C. Funk, Jan G. Gleixner, Florian Heigwer, Dominik Vonficht, Erica Valentini, Zeynep Aydin, Elena Tonin, Stefania Del Prete, Sylvia Mahara, Yannick Throm, Jenny Hetzer, Danijela Heide, Oliver Stegle, Duncan T. Odom, Angelika Feldmann, Simon Haas, Mathias Heikenwalder, Michael Boutros
Publié dans: Developmental Cell, Numéro 58, 2025, Page(s) 2914-2929.e7, ISSN 1534-5807
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2023.11.013

Principles and challenges of modeling temporal and spatial omics data

Auteurs: Britta Velten, Oliver Stegle
Publié dans: Nature Methods, Numéro 20, 2023, Page(s) 1462-1474, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01992-y

The Hidden Architects: Nitric Oxide and Redox Dynamics in Plant Stem Cell Homeostasis

Auteurs: Jian Zeng, Xin'Ai Zhao, Jan U. Lohmann
Publié dans: BioEssays, Numéro 47, 2025, ISSN 0265-9247
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.70048

Chromatin accessibility illuminates single-cell regulatory dynamics of rice root tips

Auteurs: Dan Feng, Zhe Liang, Yifan Wang, Jiaying Yao, Zan Yuan, Guihua Hu, Ruihong Qu, Shang Xie, Dongwei Li, Liwen Yang, Xinai Zhao, Yanfei Ma, Jan U Lohmann, Xiaofeng Gu
Publié dans: BMC Biology, Numéro 20/1, 2022, Page(s) 274, ISSN 1471-2229
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-022-01473-2

Multiplexed conditional genome editing with Cas12a in Drosophila

Auteurs: Fillip Port, Maja Starostecka, Michael Boutros
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 117/37, 2020, Page(s) 22890-22899, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2004655117

Deep-learning-based gene perturbation effect prediction does not yet outperform simple linear baselines

Auteurs: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber, Simon Anders
Publié dans: Nature Methods, Numéro 22, 2025, Page(s) 1657-1661, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02772-6

Tissue-Specific CRISPR-Cas9 Screening in Drosophila

Auteurs: Fillip Port, Michael Boutros
Publié dans: Methods in Molecular Biology, Numéro 19406029, 2022, Page(s) 157-176, ISSN 1940-6029
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1007/978-1-0716-2541-5_7

The Role of Organelles in Intestinal Function, Physiology, and Disease

Auteurs: Siamak Redhai, Michael Boutros
Publié dans: Trends in Cell Biology, Numéro 09628924, 2021, Page(s) 485-499, ISSN 0962-8924
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcb.2021.01.003

Systematic discovery of biomolecular condensate-specific protein phosphorylation

Auteurs: Sindhuja Sridharan, Alberto Hernandez-Armendariz, Nils Kurzawa, Clement M. Potel, Danish Memon, Pedro Beltrao, Marcus Bantscheff, Wolfgang Huber, Sara Cuylen-Haering, Mikhail M. Savitski
Publié dans: Nature Chemical Biology, Numéro 18, 2022, Page(s) 1104-1114, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-022-01062-y

Comparison of transformations for single-cell RNA-seq data

Auteurs: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Publié dans: Nature Methods, Numéro 20/5, 2023, Page(s) 665-672, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01814-1

A global genetic interaction network by single-cell imaging and machine learning

Auteurs: Florian Heigwer, Christian Scheeder, Josephine Bageritz, Schayan Yousefian, Benedikt Rauscher, Christina Laufer, Sergi Beneyto-Calabuig, Maja Christina Funk, Vera Peters, Maria Boulougouri, Jana Bilanovic, Thilo Miersch, Barbara Schmitt, Claudia Blass, Fillip Port, Michael Boutros
Publié dans: Cell Systems, Numéro 14/5, 2023, Page(s) 346–362, ISSN 2405-4712
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2023.03.003

CellRegMap: a statistical framework for mapping context-specific regulatory variants using scRNA-seq

Auteurs: Anna S E Cuomo, Tobias Heinen, Danai Vagiaki, Danilo Horta, John C Marioni, Oliver Stegle
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 17444292, 2022, Page(s) e10663, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110663

A large-scale resource for tissue-specific CRISPR mutagenesis in Drosophila

Auteurs: Fillip Port, Claudia Strein, Mona Stricker, Benedikt Rauscher, Florian Heigwer, Jun Zhou, Celine Beyersdörffer, Jana Frei, Amy Hess, Katharina Kern, Laura Lange, Nora Langner, Roberta Malamud, Bojana Pavlović, Kristin Rädecke, Lukas Schmitt, Lukas Voos, Erica Valentini, Michael Boutros
Publié dans: eLife, Numéro 9, 2020, Page(s) e53865, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.53865

Metabolic balance in colorectal cancer is maintained by optimal Wnt signaling levels

Auteurs: Katharina Imkeller; Giulia Ambrosi; Nancy Klemm; Ainara Claveras Cabezudo; Luisa Henkel; Wolfgang Huber; Michael Boutros
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 17444292, 2022, Page(s) e10874, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110874

Glyoxal as an alternative fixative for single-cell RNA sequencing

Auteurs: Josephine Bageritz, Niklas Krausse, Schayan Yousefian, Svenja Leible, Erica Valentini, Michael Boutros
Publié dans: G3: Genes, Genomes, Genetics, Numéro 13, 2023, Page(s) jkad160, ISSN 2160-1836
Éditeur: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkad160

Cell2fate infers RNA velocity modules to improve cell fate prediction

Auteurs: Alexander Aivazidis, Fani Memi, Vitalii Kleshchevnikov, Sezgin Er, Brian Clarke, Oliver Stegle, Omer Ali Bayraktar
Publié dans: Nature Methods, Numéro 22, 2025, Page(s) 698-707, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02608-3

Conditional CRISPR-Cas Genome Editing in Drosophila to Generate Intestinal Tumors

Auteurs: Shivohum Bahuguna, Siamak Redhai, Jun Zhou, Tianyu Wang, Fillip Port, Michael Boutros
Publié dans: Cells, Numéro 20734409, 2021, Page(s) 3156, ISSN 2073-4409
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/cells10113156

The dynamic genetic determinants of increased transcriptional divergence in spermatids

Auteurs: Jasper Panten, Tobias Heinen, Christina Ernst, Nils Eling, Rebecca E. Wagner, Maja Satorius, John C. Marioni, Oliver Stegle, Duncan T. Odom
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45133-1

Identifying temporal and spatial patterns of variation from multimodal data using MEFISTO

Auteurs: Britta Velten; Jana M. Braunger; Ricard Argelaguet; Damien Arnol; Jakob Wirbel; Danila Bredikhin; Georg Zeller; Oliver Stegle
Publié dans: Nature Methods, Numéro 15487105, 2022, Page(s) 179-186, ISSN 1548-7105
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41592-021-01343-9

scDALI: modeling allelic heterogeneity in single cells reveals context-specific genetic regulation

Auteurs: Tobias Heinen, Stefano Secchia, James P Reddington, Bingqing Zhao, Eileen E M Furlong, Oliver Stegle
Publié dans: Genome Biology, Numéro 23/1, 2022, Page(s) 8, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMed Central Ltd. Part of Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-021-02593-8

Analysis of multi-condition single-cell data with latent embedding multivariate regression

Auteurs: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 57, 2025, Page(s) 659-667, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-024-01996-0

MicroRNA control of stem cell reconstitution and growth in root regeneration

Auteurs: J. L. Baulies, R. E. Rodríguez, F. E. Lazzara, D. Liebsch, X. Zhao, J. Zeng, L. Bald, C. Schommer, J. U. Lohmann, J. F. Palatnik
Publié dans: Nature Plants, Numéro 11, 2025, Page(s) 531-542, ISSN 2055-0278
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41477-025-01922-0

A single-cell multi-omics atlas of rice

Auteurs: Xiangyu Wang, Huanwei Huang, Sanjie Jiang, Jingmin Kang, Dongwei Li, Kailai Wang, Shang Xie, Cheng Tong, Chaofan Liu, Guihua Hu, Haoqian Li, Cong Li, Liwen Yang, Yike Ding, Shang-Tong Li, Faming Wang, Jan U. Lohmann, Zhe Liang, Xiaofeng Gu
Publié dans: Nature, Numéro 644, 2025, Page(s) 722-730, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09251-0

MUON: multimodal omics analysis framework

Auteurs: Danila Bredikhin; Ilia Kats; Oliver Stegle
Publié dans: Genome Biology, Numéro 23/1, 2022, Page(s) 42, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMed Central Ltd. Part of Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-021-02577-8

glmGamPoi: fitting Gamma-Poisson generalized linear models on single cell count data

Auteurs: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 36/24, 2020, Page(s) 5701-5702, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa1009

Transcriptional landscape of rice roots at the single-cell resolution

Auteurs: Qing Liu, Zhe Liang, Dan Feng, Sanjie Jiang, Yifan Wang, Zhuoying Du, Ruoxi Li, Guihua Hu, Pingxian Zhang, Yanfei Ma, Jan U. Lohmann, Xiaofeng Gu
Publié dans: Molecular Plant, Numéro 14/3, 2021, Page(s) 384-394, ISSN 1674-2052
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2020.12.014

A temperature-tolerant CRISPR base editor mediates highly efficient and precise gene editing in Drosophila

Auteurs: Roman M Doll, Michael Boutros, Fillip Port
Publié dans: Science Advances, Numéro 9/35, 2023, Page(s) eadj1568, ISSN 2375-2548
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.adj1568

FISHFactor: a probabilistic factor model for spatial transcriptomics data with subcellular resolution

Auteurs: Florin C. Walter; Oliver Stegle; Britta Velten
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 39/5, 2023, Page(s) btad183, ISSN 1367-4811
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad183

Nitric oxide controls shoot meristem activity via regulation of DNA methylation.

Auteurs: Jian Zeng, Xin’Ai Zhao, Zhe Liang, Inés Hidalgo, Michael Gebert, Pengfei Fan, Christian Wenzl, Sebastian G. Gornik, Jan U. Lohmann
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14/1, 2023, Page(s) 8001, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43705-1

Best practices for the execution, analysis, and data storage of plant single-cell/nucleus transcriptomics

Auteurs: Carolin Grones, Thomas Eekhout, Dongbo Shi, Manuel Neumann, Lea S. Berg, Yuji Ke, Rachel Shahan, Kevin L. Cox Jr, Fabio Gomez-Cano, Hilde Nelissen, Jan U. Lohmann, Stefania Giacomello, Olivier C. Martin, Benjamin Cole, Jia-Wei Wang, Kerstin Kaufmann, Michael T. Raissig, Gergo Palfalvi, Thomas Greb, Marc Libault, Bert De Rybel
Publié dans: Plant Cell, Numéro 36/4, 2024, Page(s) 812-828, ISSN 1040-4651
Éditeur: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koae003