Decoding Context-Dependent Genetic Networks in vivo

Información del proyecto

DECODE

Identificador del acuerdo de subvención: 810296

DOI

10.3030/810296

Fecha de la firma de la CE 6 Abril 2019

Fecha de inicio 1 Julio 2019

Fecha de finalización 30 Junio 2027

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 10 625 000,00

Aportación de la UE

€ 10 625 000,00

Coordinado por

DEUTSCHES KREBSFORSCHUNGSZENTRUM HEIDELBERG
Germany

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Publicaciones

Peer reviewed articles (30)

Aged intestinal stem cells propagate cell-intrinsic sources of inflammaging in mice

Autores: Maja C. Funk, Jan G. Gleixner, Florian Heigwer, Dominik Vonficht, Erica Valentini, Zeynep Aydin, Elena Tonin, Stefania Del Prete, Sylvia Mahara, Yannick Throm, Jenny Hetzer, Danijela Heide, Oliver Stegle, Duncan T. Odom, Angelika Feldmann, Simon Haas, Mathias Heikenwalder, Michael Boutros
Publicado en: Developmental Cell, Edición 58, 2025, Página(s) 2914-2929.e7, ISSN 1534-5807
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2023.11.013

Principles and challenges of modeling temporal and spatial omics data

Autores: Britta Velten, Oliver Stegle
Publicado en: Nature Methods, Edición 20, 2023, Página(s) 1462-1474, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01992-y

The Hidden Architects: Nitric Oxide and Redox Dynamics in Plant Stem Cell Homeostasis

Autores: Jian Zeng, Xin'Ai Zhao, Jan U. Lohmann
Publicado en: BioEssays, Edición 47, 2025, ISSN 0265-9247
Editor: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.70048

Chromatin accessibility illuminates single-cell regulatory dynamics of rice root tips

Autores: Dan Feng, Zhe Liang, Yifan Wang, Jiaying Yao, Zan Yuan, Guihua Hu, Ruihong Qu, Shang Xie, Dongwei Li, Liwen Yang, Xinai Zhao, Yanfei Ma, Jan U Lohmann, Xiaofeng Gu
Publicado en: BMC Biology, Edición 20/1, 2022, Página(s) 274, ISSN 1471-2229
Editor: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-022-01473-2

Multiplexed conditional genome editing with Cas12a in Drosophila

Autores: Fillip Port, Maja Starostecka, Michael Boutros
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, Edición 117/37, 2020, Página(s) 22890-22899, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2004655117

Deep-learning-based gene perturbation effect prediction does not yet outperform simple linear baselines

Autores: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber, Simon Anders
Publicado en: Nature Methods, Edición 22, 2025, Página(s) 1657-1661, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02772-6

Tissue-Specific CRISPR-Cas9 Screening in Drosophila

Autores: Fillip Port, Michael Boutros
Publicado en: Methods in Molecular Biology, Edición 19406029, 2022, Página(s) 157-176, ISSN 1940-6029
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1007/978-1-0716-2541-5_7

The Role of Organelles in Intestinal Function, Physiology, and Disease

Autores: Siamak Redhai, Michael Boutros
Publicado en: Trends in Cell Biology, Edición 09628924, 2021, Página(s) 485-499, ISSN 0962-8924
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcb.2021.01.003

Systematic discovery of biomolecular condensate-specific protein phosphorylation

Autores: Sindhuja Sridharan, Alberto Hernandez-Armendariz, Nils Kurzawa, Clement M. Potel, Danish Memon, Pedro Beltrao, Marcus Bantscheff, Wolfgang Huber, Sara Cuylen-Haering, Mikhail M. Savitski
Publicado en: Nature Chemical Biology, Edición 18, 2022, Página(s) 1104-1114, ISSN 1552-4450
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-022-01062-y

Comparison of transformations for single-cell RNA-seq data

Autores: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Publicado en: Nature Methods, Edición 20/5, 2023, Página(s) 665-672, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01814-1

A global genetic interaction network by single-cell imaging and machine learning

Autores: Florian Heigwer, Christian Scheeder, Josephine Bageritz, Schayan Yousefian, Benedikt Rauscher, Christina Laufer, Sergi Beneyto-Calabuig, Maja Christina Funk, Vera Peters, Maria Boulougouri, Jana Bilanovic, Thilo Miersch, Barbara Schmitt, Claudia Blass, Fillip Port, Michael Boutros
Publicado en: Cell Systems, Edición 14/5, 2023, Página(s) 346–362, ISSN 2405-4712
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2023.03.003

CellRegMap: a statistical framework for mapping context-specific regulatory variants using scRNA-seq

Autores: Anna S E Cuomo, Tobias Heinen, Danai Vagiaki, Danilo Horta, John C Marioni, Oliver Stegle
Publicado en: Molecular Systems Biology, Edición 17444292, 2022, Página(s) e10663, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110663

A large-scale resource for tissue-specific CRISPR mutagenesis in Drosophila

Autores: Fillip Port, Claudia Strein, Mona Stricker, Benedikt Rauscher, Florian Heigwer, Jun Zhou, Celine Beyersdörffer, Jana Frei, Amy Hess, Katharina Kern, Laura Lange, Nora Langner, Roberta Malamud, Bojana Pavlović, Kristin Rädecke, Lukas Schmitt, Lukas Voos, Erica Valentini, Michael Boutros
Publicado en: eLife, Edición 9, 2020, Página(s) e53865, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.53865

Metabolic balance in colorectal cancer is maintained by optimal Wnt signaling levels

Autores: Katharina Imkeller; Giulia Ambrosi; Nancy Klemm; Ainara Claveras Cabezudo; Luisa Henkel; Wolfgang Huber; Michael Boutros
Publicado en: Molecular Systems Biology, Edición 17444292, 2022, Página(s) e10874, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110874

Glyoxal as an alternative fixative for single-cell RNA sequencing

Autores: Josephine Bageritz, Niklas Krausse, Schayan Yousefian, Svenja Leible, Erica Valentini, Michael Boutros
Publicado en: G3: Genes, Genomes, Genetics, Edición 13, 2023, Página(s) jkad160, ISSN 2160-1836
Editor: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkad160

Cell2fate infers RNA velocity modules to improve cell fate prediction

Autores: Alexander Aivazidis, Fani Memi, Vitalii Kleshchevnikov, Sezgin Er, Brian Clarke, Oliver Stegle, Omer Ali Bayraktar
Publicado en: Nature Methods, Edición 22, 2025, Página(s) 698-707, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02608-3

Conditional CRISPR-Cas Genome Editing in Drosophila to Generate Intestinal Tumors

Autores: Shivohum Bahuguna, Siamak Redhai, Jun Zhou, Tianyu Wang, Fillip Port, Michael Boutros
Publicado en: Cells, Edición 20734409, 2021, Página(s) 3156, ISSN 2073-4409
Editor: MDPI
DOI: 10.3390/cells10113156

The dynamic genetic determinants of increased transcriptional divergence in spermatids

Autores: Jasper Panten, Tobias Heinen, Christina Ernst, Nils Eling, Rebecca E. Wagner, Maja Satorius, John C. Marioni, Oliver Stegle, Duncan T. Odom
Publicado en: Nature Communications, Edición 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45133-1

Identifying temporal and spatial patterns of variation from multimodal data using MEFISTO

Autores: Britta Velten; Jana M. Braunger; Ricard Argelaguet; Damien Arnol; Jakob Wirbel; Danila Bredikhin; Georg Zeller; Oliver Stegle
Publicado en: Nature Methods, Edición 15487105, 2022, Página(s) 179-186, ISSN 1548-7105
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41592-021-01343-9

scDALI: modeling allelic heterogeneity in single cells reveals context-specific genetic regulation

Autores: Tobias Heinen, Stefano Secchia, James P Reddington, Bingqing Zhao, Eileen E M Furlong, Oliver Stegle
Publicado en: Genome Biology, Edición 23/1, 2022, Página(s) 8, ISSN 1474-760X
Editor: BioMed Central Ltd. Part of Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-021-02593-8

Analysis of multi-condition single-cell data with latent embedding multivariate regression

Autores: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Publicado en: Nature Genetics, Edición 57, 2025, Página(s) 659-667, ISSN 1061-4036
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-024-01996-0

MicroRNA control of stem cell reconstitution and growth in root regeneration

Autores: J. L. Baulies, R. E. Rodríguez, F. E. Lazzara, D. Liebsch, X. Zhao, J. Zeng, L. Bald, C. Schommer, J. U. Lohmann, J. F. Palatnik
Publicado en: Nature Plants, Edición 11, 2025, Página(s) 531-542, ISSN 2055-0278
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41477-025-01922-0

A single-cell multi-omics atlas of rice

Autores: Xiangyu Wang, Huanwei Huang, Sanjie Jiang, Jingmin Kang, Dongwei Li, Kailai Wang, Shang Xie, Cheng Tong, Chaofan Liu, Guihua Hu, Haoqian Li, Cong Li, Liwen Yang, Yike Ding, Shang-Tong Li, Faming Wang, Jan U. Lohmann, Zhe Liang, Xiaofeng Gu
Publicado en: Nature, Edición 644, 2025, Página(s) 722-730, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09251-0

MUON: multimodal omics analysis framework

Autores: Danila Bredikhin; Ilia Kats; Oliver Stegle
Publicado en: Genome Biology, Edición 23/1, 2022, Página(s) 42, ISSN 1474-760X
Editor: BioMed Central Ltd. Part of Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-021-02577-8

glmGamPoi: fitting Gamma-Poisson generalized linear models on single cell count data

Autores: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Publicado en: Bioinformatics, Edición 36/24, 2020, Página(s) 5701-5702, ISSN 1367-4803
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa1009

Transcriptional landscape of rice roots at the single-cell resolution

Autores: Qing Liu, Zhe Liang, Dan Feng, Sanjie Jiang, Yifan Wang, Zhuoying Du, Ruoxi Li, Guihua Hu, Pingxian Zhang, Yanfei Ma, Jan U. Lohmann, Xiaofeng Gu
Publicado en: Molecular Plant, Edición 14/3, 2021, Página(s) 384-394, ISSN 1674-2052
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2020.12.014

A temperature-tolerant CRISPR base editor mediates highly efficient and precise gene editing in Drosophila

Autores: Roman M Doll, Michael Boutros, Fillip Port
Publicado en: Science Advances, Edición 9/35, 2023, Página(s) eadj1568, ISSN 2375-2548
Editor: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.adj1568

FISHFactor: a probabilistic factor model for spatial transcriptomics data with subcellular resolution

Autores: Florin C. Walter; Oliver Stegle; Britta Velten
Publicado en: Bioinformatics, Edición 39/5, 2023, Página(s) btad183, ISSN 1367-4811
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad183

Nitric oxide controls shoot meristem activity via regulation of DNA methylation.

Autores: Jian Zeng, Xin’Ai Zhao, Zhe Liang, Inés Hidalgo, Michael Gebert, Pengfei Fan, Christian Wenzl, Sebastian G. Gornik, Jan U. Lohmann
Publicado en: Nature Communications, Edición 14/1, 2023, Página(s) 8001, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43705-1

Best practices for the execution, analysis, and data storage of plant single-cell/nucleus transcriptomics

Autores: Carolin Grones, Thomas Eekhout, Dongbo Shi, Manuel Neumann, Lea S. Berg, Yuji Ke, Rachel Shahan, Kevin L. Cox Jr, Fabio Gomez-Cano, Hilde Nelissen, Jan U. Lohmann, Stefania Giacomello, Olivier C. Martin, Benjamin Cole, Jia-Wei Wang, Kerstin Kaufmann, Michael T. Raissig, Gergo Palfalvi, Thomas Greb, Marc Libault, Bert De Rybel
Publicado en: Plant Cell, Edición 36/4, 2024, Página(s) 812-828, ISSN 1040-4651
Editor: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koae003