Decoding Context-Dependent Genetic Networks in vivo

Informazioni relative al progetto

DECODE

ID dell’accordo di sovvenzione: 810296

DOI

10.3030/810296

Data della firma CE 6 Aprile 2019

Data di avvio 1 Luglio 2019

Data di completamento 30 Giugno 2027

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 10 625 000,00

Contributo UE

€ 10 625 000,00

Coordinato da

DEUTSCHES KREBSFORSCHUNGSZENTRUM HEIDELBERG
Germany

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (30)

Aged intestinal stem cells propagate cell-intrinsic sources of inflammaging in mice

Autori: Maja C. Funk, Jan G. Gleixner, Florian Heigwer, Dominik Vonficht, Erica Valentini, Zeynep Aydin, Elena Tonin, Stefania Del Prete, Sylvia Mahara, Yannick Throm, Jenny Hetzer, Danijela Heide, Oliver Stegle, Duncan T. Odom, Angelika Feldmann, Simon Haas, Mathias Heikenwalder, Michael Boutros
Pubblicato in: Developmental Cell, Numero 58, 2025, Pagina/e 2914-2929.e7, ISSN 1534-5807
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2023.11.013

Principles and challenges of modeling temporal and spatial omics data

Autori: Britta Velten, Oliver Stegle
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 20, 2023, Pagina/e 1462-1474, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01992-y

The Hidden Architects: Nitric Oxide and Redox Dynamics in Plant Stem Cell Homeostasis

Autori: Jian Zeng, Xin'Ai Zhao, Jan U. Lohmann
Pubblicato in: BioEssays, Numero 47, 2025, ISSN 0265-9247
Editore: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.70048

Chromatin accessibility illuminates single-cell regulatory dynamics of rice root tips

Autori: Dan Feng, Zhe Liang, Yifan Wang, Jiaying Yao, Zan Yuan, Guihua Hu, Ruihong Qu, Shang Xie, Dongwei Li, Liwen Yang, Xinai Zhao, Yanfei Ma, Jan U Lohmann, Xiaofeng Gu
Pubblicato in: BMC Biology, Numero 20/1, 2022, Pagina/e 274, ISSN 1471-2229
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-022-01473-2

Multiplexed conditional genome editing with Cas12a in Drosophila

Autori: Fillip Port, Maja Starostecka, Michael Boutros
Pubblicato in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numero 117/37, 2020, Pagina/e 22890-22899, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2004655117

Deep-learning-based gene perturbation effect prediction does not yet outperform simple linear baselines

Autori: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber, Simon Anders
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 22, 2025, Pagina/e 1657-1661, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02772-6

Tissue-Specific CRISPR-Cas9 Screening in Drosophila

Autori: Fillip Port, Michael Boutros
Pubblicato in: Methods in Molecular Biology, Numero 19406029, 2022, Pagina/e 157-176, ISSN 1940-6029
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1007/978-1-0716-2541-5_7

The Role of Organelles in Intestinal Function, Physiology, and Disease

Autori: Siamak Redhai, Michael Boutros
Pubblicato in: Trends in Cell Biology, Numero 09628924, 2021, Pagina/e 485-499, ISSN 0962-8924
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcb.2021.01.003

Systematic discovery of biomolecular condensate-specific protein phosphorylation

Autori: Sindhuja Sridharan, Alberto Hernandez-Armendariz, Nils Kurzawa, Clement M. Potel, Danish Memon, Pedro Beltrao, Marcus Bantscheff, Wolfgang Huber, Sara Cuylen-Haering, Mikhail M. Savitski
Pubblicato in: Nature Chemical Biology, Numero 18, 2022, Pagina/e 1104-1114, ISSN 1552-4450
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-022-01062-y

Comparison of transformations for single-cell RNA-seq data

Autori: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 20/5, 2023, Pagina/e 665-672, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01814-1

A global genetic interaction network by single-cell imaging and machine learning

Autori: Florian Heigwer, Christian Scheeder, Josephine Bageritz, Schayan Yousefian, Benedikt Rauscher, Christina Laufer, Sergi Beneyto-Calabuig, Maja Christina Funk, Vera Peters, Maria Boulougouri, Jana Bilanovic, Thilo Miersch, Barbara Schmitt, Claudia Blass, Fillip Port, Michael Boutros
Pubblicato in: Cell Systems, Numero 14/5, 2023, Pagina/e 346–362, ISSN 2405-4712
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2023.03.003

CellRegMap: a statistical framework for mapping context-specific regulatory variants using scRNA-seq

Autori: Anna S E Cuomo, Tobias Heinen, Danai Vagiaki, Danilo Horta, John C Marioni, Oliver Stegle
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, Numero 17444292, 2022, Pagina/e e10663, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110663

A large-scale resource for tissue-specific CRISPR mutagenesis in Drosophila

Autori: Fillip Port, Claudia Strein, Mona Stricker, Benedikt Rauscher, Florian Heigwer, Jun Zhou, Celine Beyersdörffer, Jana Frei, Amy Hess, Katharina Kern, Laura Lange, Nora Langner, Roberta Malamud, Bojana Pavlović, Kristin Rädecke, Lukas Schmitt, Lukas Voos, Erica Valentini, Michael Boutros
Pubblicato in: eLife, Numero 9, 2020, Pagina/e e53865, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.53865

Metabolic balance in colorectal cancer is maintained by optimal Wnt signaling levels

Autori: Katharina Imkeller; Giulia Ambrosi; Nancy Klemm; Ainara Claveras Cabezudo; Luisa Henkel; Wolfgang Huber; Michael Boutros
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, Numero 17444292, 2022, Pagina/e e10874, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110874

Glyoxal as an alternative fixative for single-cell RNA sequencing

Autori: Josephine Bageritz, Niklas Krausse, Schayan Yousefian, Svenja Leible, Erica Valentini, Michael Boutros
Pubblicato in: G3: Genes, Genomes, Genetics, Numero 13, 2023, Pagina/e jkad160, ISSN 2160-1836
Editore: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkad160

Cell2fate infers RNA velocity modules to improve cell fate prediction

Autori: Alexander Aivazidis, Fani Memi, Vitalii Kleshchevnikov, Sezgin Er, Brian Clarke, Oliver Stegle, Omer Ali Bayraktar
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 22, 2025, Pagina/e 698-707, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02608-3

Conditional CRISPR-Cas Genome Editing in Drosophila to Generate Intestinal Tumors

Autori: Shivohum Bahuguna, Siamak Redhai, Jun Zhou, Tianyu Wang, Fillip Port, Michael Boutros
Pubblicato in: Cells, Numero 20734409, 2021, Pagina/e 3156, ISSN 2073-4409
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/cells10113156

The dynamic genetic determinants of increased transcriptional divergence in spermatids

Autori: Jasper Panten, Tobias Heinen, Christina Ernst, Nils Eling, Rebecca E. Wagner, Maja Satorius, John C. Marioni, Oliver Stegle, Duncan T. Odom
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45133-1

Identifying temporal and spatial patterns of variation from multimodal data using MEFISTO

Autori: Britta Velten; Jana M. Braunger; Ricard Argelaguet; Damien Arnol; Jakob Wirbel; Danila Bredikhin; Georg Zeller; Oliver Stegle
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 15487105, 2022, Pagina/e 179-186, ISSN 1548-7105
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41592-021-01343-9

scDALI: modeling allelic heterogeneity in single cells reveals context-specific genetic regulation

Autori: Tobias Heinen, Stefano Secchia, James P Reddington, Bingqing Zhao, Eileen E M Furlong, Oliver Stegle
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 23/1, 2022, Pagina/e 8, ISSN 1474-760X
Editore: BioMed Central Ltd. Part of Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-021-02593-8

Analysis of multi-condition single-cell data with latent embedding multivariate regression

Autori: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Pubblicato in: Nature Genetics, Numero 57, 2025, Pagina/e 659-667, ISSN 1061-4036
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-024-01996-0

MicroRNA control of stem cell reconstitution and growth in root regeneration

Autori: J. L. Baulies, R. E. Rodríguez, F. E. Lazzara, D. Liebsch, X. Zhao, J. Zeng, L. Bald, C. Schommer, J. U. Lohmann, J. F. Palatnik
Pubblicato in: Nature Plants, Numero 11, 2025, Pagina/e 531-542, ISSN 2055-0278
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41477-025-01922-0

A single-cell multi-omics atlas of rice

Autori: Xiangyu Wang, Huanwei Huang, Sanjie Jiang, Jingmin Kang, Dongwei Li, Kailai Wang, Shang Xie, Cheng Tong, Chaofan Liu, Guihua Hu, Haoqian Li, Cong Li, Liwen Yang, Yike Ding, Shang-Tong Li, Faming Wang, Jan U. Lohmann, Zhe Liang, Xiaofeng Gu
Pubblicato in: Nature, Numero 644, 2025, Pagina/e 722-730, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09251-0

MUON: multimodal omics analysis framework

Autori: Danila Bredikhin; Ilia Kats; Oliver Stegle
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 23/1, 2022, Pagina/e 42, ISSN 1474-760X
Editore: BioMed Central Ltd. Part of Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-021-02577-8

glmGamPoi: fitting Gamma-Poisson generalized linear models on single cell count data

Autori: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Pubblicato in: Bioinformatics, Numero 36/24, 2020, Pagina/e 5701-5702, ISSN 1367-4803
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa1009

Transcriptional landscape of rice roots at the single-cell resolution

Autori: Qing Liu, Zhe Liang, Dan Feng, Sanjie Jiang, Yifan Wang, Zhuoying Du, Ruoxi Li, Guihua Hu, Pingxian Zhang, Yanfei Ma, Jan U. Lohmann, Xiaofeng Gu
Pubblicato in: Molecular Plant, Numero 14/3, 2021, Pagina/e 384-394, ISSN 1674-2052
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2020.12.014

A temperature-tolerant CRISPR base editor mediates highly efficient and precise gene editing in Drosophila

Autori: Roman M Doll, Michael Boutros, Fillip Port
Pubblicato in: Science Advances, Numero 9/35, 2023, Pagina/e eadj1568, ISSN 2375-2548
Editore: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.adj1568

FISHFactor: a probabilistic factor model for spatial transcriptomics data with subcellular resolution

Autori: Florin C. Walter; Oliver Stegle; Britta Velten
Pubblicato in: Bioinformatics, Numero 39/5, 2023, Pagina/e btad183, ISSN 1367-4811
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad183

Nitric oxide controls shoot meristem activity via regulation of DNA methylation.

Autori: Jian Zeng, Xin’Ai Zhao, Zhe Liang, Inés Hidalgo, Michael Gebert, Pengfei Fan, Christian Wenzl, Sebastian G. Gornik, Jan U. Lohmann
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 14/1, 2023, Pagina/e 8001, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43705-1

Best practices for the execution, analysis, and data storage of plant single-cell/nucleus transcriptomics

Autori: Carolin Grones, Thomas Eekhout, Dongbo Shi, Manuel Neumann, Lea S. Berg, Yuji Ke, Rachel Shahan, Kevin L. Cox Jr, Fabio Gomez-Cano, Hilde Nelissen, Jan U. Lohmann, Stefania Giacomello, Olivier C. Martin, Benjamin Cole, Jia-Wei Wang, Kerstin Kaufmann, Michael T. Raissig, Gergo Palfalvi, Thomas Greb, Marc Libault, Bert De Rybel
Pubblicato in: Plant Cell, Numero 36/4, 2024, Pagina/e 812-828, ISSN 1040-4651
Editore: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koae003