European Commission logo
polski polski
CORDIS - Wyniki badań wspieranych przez UE
CORDIS

Decoding Context-Dependent Genetic Networks in vivo

Publikacje

Chromatin accessibility illuminates single-cell regulatory dynamics of rice root tips

Autorzy: Dan Feng, Zhe Liang, Yifan Wang, Jiaying Yao, Zan Yuan, Guihua Hu, Ruihong Qu, Shang Xie, Dongwei Li, Liwen Yang, Xinai Zhao, Yanfei Ma, Jan U Lohmann, Xiaofeng Gu
Opublikowane w: BMC Biology, Numer 20/1, 2022, Strona(/y) 274, ISSN 1471-2229
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-022-01473-2

Multiplexed conditional genome editing with Cas12a in Drosophila

Autorzy: Fillip Port, Maja Starostecka, Michael Boutros
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 117/37, 2020, Strona(/y) 22890-22899, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2004655117

Tissue-Specific CRISPR-Cas9 Screening in Drosophila

Autorzy: Fillip Port, Michael Boutros
Opublikowane w: Methods in Molecular Biology, Numer 19406029, 2022, Strona(/y) 157-176, ISSN 1940-6029
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1007/978-1-0716-2541-5_7

The Role of Organelles in Intestinal Function, Physiology, and Disease

Autorzy: Siamak Redhai, Michael Boutros
Opublikowane w: Trends in Cell Biology, Numer 09628924, 2021, Strona(/y) 485-499, ISSN 0962-8924
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcb.2021.01.003

Comparison of transformations for single-cell RNA-seq data

Autorzy: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 20/5, 2023, Strona(/y) 665-672, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01814-1

A global genetic interaction network by single-cell imaging and machine learning

Autorzy: Florian Heigwer, Christian Scheeder, Josephine Bageritz, Schayan Yousefian, Benedikt Rauscher, Christina Laufer, Sergi Beneyto-Calabuig, Maja Christina Funk, Vera Peters, Maria Boulougouri, Jana Bilanovic, Thilo Miersch, Barbara Schmitt, Claudia Blass, Fillip Port, Michael Boutros
Opublikowane w: Cell Systems, Numer 14/5, 2023, Strona(/y) 346–362, ISSN 2405-4712
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2023.03.003

CellRegMap: a statistical framework for mapping context-specific regulatory variants using scRNA-seq

Autorzy: Anna S E Cuomo, Tobias Heinen, Danai Vagiaki, Danilo Horta, John C Marioni, Oliver Stegle
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 17444292, 2022, Strona(/y) e10663, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110663

A large-scale resource for tissue-specific CRISPR mutagenesis in Drosophila

Autorzy: Fillip Port, Claudia Strein, Mona Stricker, Benedikt Rauscher, Florian Heigwer, Jun Zhou, Celine Beyersdörffer, Jana Frei, Amy Hess, Katharina Kern, Laura Lange, Nora Langner, Roberta Malamud, Bojana Pavlović, Kristin Rädecke, Lukas Schmitt, Lukas Voos, Erica Valentini, Michael Boutros
Opublikowane w: eLife, Numer 9, 2020, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.53865

Metabolic balance in colorectal cancer is maintained by optimal Wnt signaling levels

Autorzy: Katharina Imkeller; Giulia Ambrosi; Nancy Klemm; Ainara Claveras Cabezudo; Luisa Henkel; Wolfgang Huber; Michael Boutros
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 17444292, 2022, Strona(/y) e10874, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110874

Conditional CRISPR-Cas Genome Editing in Drosophila to Generate Intestinal Tumors

Autorzy: Shivohum Bahuguna, Siamak Redhai, Jun Zhou, Tianyu Wang, Fillip Port, Michael Boutros
Opublikowane w: Cells, Numer 20734409, 2021, Strona(/y) 3156, ISSN 2073-4409
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/cells10113156

Identifying temporal and spatial patterns of variation from multimodal data using MEFISTO

Autorzy: Britta Velten; Jana M. Braunger; Ricard Argelaguet; Damien Arnol; Jakob Wirbel; Danila Bredikhin; Georg Zeller; Oliver Stegle
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 15487105, 2022, Strona(/y) 179-186, ISSN 1548-7105
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41592-021-01343-9

scDALI: modeling allelic heterogeneity in single cells reveals context-specific genetic regulation

Autorzy: Tobias Heinen, Stefano Secchia, James P Reddington, Bingqing Zhao, Eileen E M Furlong, Oliver Stegle
Opublikowane w: Genome Biology, Numer 23/1, 2022, Strona(/y) 8, ISSN 1474-760X
Wydawca: BioMed Central Ltd. Part of Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-021-02593-8

MUON: multimodal omics analysis framework

Autorzy: Danila Bredikhin; Ilia Kats; Oliver Stegle
Opublikowane w: Genome Biology, Numer 23/1, 2022, Strona(/y) 42, ISSN 1474-760X
Wydawca: BioMed Central Ltd. Part of Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-021-02577-8

glmGamPoi: fitting Gamma-Poisson generalized linear models on single cell count data

Autorzy: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Opublikowane w: Bioinformatics, Numer 36/24, 2020, Strona(/y) 5701-5702, ISSN 1367-4803
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa1009

Transcriptional landscape of rice roots at the single-cell resolution

Autorzy: Qing Liu, Zhe Liang, Dan Feng, Sanjie Jiang, Yifan Wang, Zhuoying Du, Ruoxi Li, Guihua Hu, Pingxian Zhang, Yanfei Ma, Jan U. Lohmann, Xiaofeng Gu
Opublikowane w: Molecular Plant, Numer 14/3, 2021, Strona(/y) 384-394, ISSN 1674-2052
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2020.12.014

A temperature-tolerant CRISPR base editor mediates highly efficient and precise gene editing in Drosophila

Autorzy: Roman M Doll, Michael Boutros, Fillip Port
Opublikowane w: Science Advances, Numer 9/35, 2023, Strona(/y) eadj1568, ISSN 2375-2548
Wydawca: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.adj1568

FISHFactor: a probabilistic factor model for spatial transcriptomics data with subcellular resolution

Autorzy: Florin C. Walter; Oliver Stegle; Britta Velten
Opublikowane w: Bioinformatics, Numer 39/5, 2023, Strona(/y) btad183, ISSN 1367-4811
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad183

Nitric oxide controls shoot meristem activity via regulation of DNA methylation.

Autorzy: Jian Zeng, Xin’Ai Zhao, Zhe Liang, Inés Hidalgo, Michael Gebert, Pengfei Fan, Christian Wenzl, Sebastian G. Gornik, Jan U. Lohmann
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 14/1, 2023, Strona(/y) 8001, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43705-1

Best practices for the execution, analysis, and data storage of plant single-cell/nucleus transcriptomics

Autorzy: Carolin Grones, Thomas Eekhout, Dongbo Shi, Manuel Neumann, Lea S. Berg, Yuji Ke, Rachel Shahan, Kevin L. Cox Jr, Fabio Gomez-Cano, Hilde Nelissen, Jan U. Lohmann, Stefania Giacomello, Olivier C. Martin, Benjamin Cole, Jia-Wei Wang, Kerstin Kaufmann, Michael T. Raissig, Gergo Palfalvi, Thomas Greb, Marc Libault, Bert De Rybel
Opublikowane w: Plant Cell, Numer 36/4, 2024, Strona(/y) 812-828, ISSN 1040-4651
Wydawca: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koae003

Wyszukiwanie danych OpenAIRE...

Podczas wyszukiwania danych OpenAIRE wystąpił błąd

Brak wyników