Decoding Context-Dependent Genetic Networks in vivo

Informacje na temat projektu

DECODE

Identyfikator umowy o grant: 810296

DOI

10.3030/810296

Data podpisania przez KE 6 Kwietnia 2019

Data rozpoczęcia 1 Lipca 2019

Data zakończenia 30 Czerwca 2027

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 10 625 000,00

Wkład UE

€ 10 625 000,00

Koordynowany przez

DEUTSCHES KREBSFORSCHUNGSZENTRUM HEIDELBERG
Germany

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (30)

Aged intestinal stem cells propagate cell-intrinsic sources of inflammaging in mice

Autorzy: Maja C. Funk, Jan G. Gleixner, Florian Heigwer, Dominik Vonficht, Erica Valentini, Zeynep Aydin, Elena Tonin, Stefania Del Prete, Sylvia Mahara, Yannick Throm, Jenny Hetzer, Danijela Heide, Oliver Stegle, Duncan T. Odom, Angelika Feldmann, Simon Haas, Mathias Heikenwalder, Michael Boutros
Opublikowane w: Developmental Cell, Numer 58, 2025, Strona(/y) 2914-2929.e7, ISSN 1534-5807
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2023.11.013

Principles and challenges of modeling temporal and spatial omics data

Autorzy: Britta Velten, Oliver Stegle
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 20, 2023, Strona(/y) 1462-1474, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01992-y

The Hidden Architects: Nitric Oxide and Redox Dynamics in Plant Stem Cell Homeostasis

Autorzy: Jian Zeng, Xin'Ai Zhao, Jan U. Lohmann
Opublikowane w: BioEssays, Numer 47, 2025, ISSN 0265-9247
Wydawca: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.70048

Chromatin accessibility illuminates single-cell regulatory dynamics of rice root tips

Autorzy: Dan Feng, Zhe Liang, Yifan Wang, Jiaying Yao, Zan Yuan, Guihua Hu, Ruihong Qu, Shang Xie, Dongwei Li, Liwen Yang, Xinai Zhao, Yanfei Ma, Jan U Lohmann, Xiaofeng Gu
Opublikowane w: BMC Biology, Numer 20/1, 2022, Strona(/y) 274, ISSN 1471-2229
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-022-01473-2

Multiplexed conditional genome editing with Cas12a in Drosophila

Autorzy: Fillip Port, Maja Starostecka, Michael Boutros
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 117/37, 2020, Strona(/y) 22890-22899, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2004655117

Deep-learning-based gene perturbation effect prediction does not yet outperform simple linear baselines

Autorzy: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber, Simon Anders
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 22, 2025, Strona(/y) 1657-1661, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02772-6

Tissue-Specific CRISPR-Cas9 Screening in Drosophila

Autorzy: Fillip Port, Michael Boutros
Opublikowane w: Methods in Molecular Biology, Numer 19406029, 2022, Strona(/y) 157-176, ISSN 1940-6029
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1007/978-1-0716-2541-5_7

The Role of Organelles in Intestinal Function, Physiology, and Disease

Autorzy: Siamak Redhai, Michael Boutros
Opublikowane w: Trends in Cell Biology, Numer 09628924, 2021, Strona(/y) 485-499, ISSN 0962-8924
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcb.2021.01.003

Systematic discovery of biomolecular condensate-specific protein phosphorylation

Autorzy: Sindhuja Sridharan, Alberto Hernandez-Armendariz, Nils Kurzawa, Clement M. Potel, Danish Memon, Pedro Beltrao, Marcus Bantscheff, Wolfgang Huber, Sara Cuylen-Haering, Mikhail M. Savitski
Opublikowane w: Nature Chemical Biology, Numer 18, 2022, Strona(/y) 1104-1114, ISSN 1552-4450
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-022-01062-y

Comparison of transformations for single-cell RNA-seq data

Autorzy: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 20/5, 2023, Strona(/y) 665-672, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01814-1

A global genetic interaction network by single-cell imaging and machine learning

Autorzy: Florian Heigwer, Christian Scheeder, Josephine Bageritz, Schayan Yousefian, Benedikt Rauscher, Christina Laufer, Sergi Beneyto-Calabuig, Maja Christina Funk, Vera Peters, Maria Boulougouri, Jana Bilanovic, Thilo Miersch, Barbara Schmitt, Claudia Blass, Fillip Port, Michael Boutros
Opublikowane w: Cell Systems, Numer 14/5, 2023, Strona(/y) 346–362, ISSN 2405-4712
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2023.03.003

CellRegMap: a statistical framework for mapping context-specific regulatory variants using scRNA-seq

Autorzy: Anna S E Cuomo, Tobias Heinen, Danai Vagiaki, Danilo Horta, John C Marioni, Oliver Stegle
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 17444292, 2022, Strona(/y) e10663, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110663

A large-scale resource for tissue-specific CRISPR mutagenesis in Drosophila

Autorzy: Fillip Port, Claudia Strein, Mona Stricker, Benedikt Rauscher, Florian Heigwer, Jun Zhou, Celine Beyersdörffer, Jana Frei, Amy Hess, Katharina Kern, Laura Lange, Nora Langner, Roberta Malamud, Bojana Pavlović, Kristin Rädecke, Lukas Schmitt, Lukas Voos, Erica Valentini, Michael Boutros
Opublikowane w: eLife, Numer 9, 2020, Strona(/y) e53865, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.53865

Metabolic balance in colorectal cancer is maintained by optimal Wnt signaling levels

Autorzy: Katharina Imkeller; Giulia Ambrosi; Nancy Klemm; Ainara Claveras Cabezudo; Luisa Henkel; Wolfgang Huber; Michael Boutros
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 17444292, 2022, Strona(/y) e10874, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110874

Glyoxal as an alternative fixative for single-cell RNA sequencing

Autorzy: Josephine Bageritz, Niklas Krausse, Schayan Yousefian, Svenja Leible, Erica Valentini, Michael Boutros
Opublikowane w: G3: Genes, Genomes, Genetics, Numer 13, 2023, Strona(/y) jkad160, ISSN 2160-1836
Wydawca: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkad160

Cell2fate infers RNA velocity modules to improve cell fate prediction

Autorzy: Alexander Aivazidis, Fani Memi, Vitalii Kleshchevnikov, Sezgin Er, Brian Clarke, Oliver Stegle, Omer Ali Bayraktar
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 22, 2025, Strona(/y) 698-707, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02608-3

Conditional CRISPR-Cas Genome Editing in Drosophila to Generate Intestinal Tumors

Autorzy: Shivohum Bahuguna, Siamak Redhai, Jun Zhou, Tianyu Wang, Fillip Port, Michael Boutros
Opublikowane w: Cells, Numer 20734409, 2021, Strona(/y) 3156, ISSN 2073-4409
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/cells10113156

The dynamic genetic determinants of increased transcriptional divergence in spermatids

Autorzy: Jasper Panten, Tobias Heinen, Christina Ernst, Nils Eling, Rebecca E. Wagner, Maja Satorius, John C. Marioni, Oliver Stegle, Duncan T. Odom
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 15, 2024, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45133-1

Identifying temporal and spatial patterns of variation from multimodal data using MEFISTO

Autorzy: Britta Velten; Jana M. Braunger; Ricard Argelaguet; Damien Arnol; Jakob Wirbel; Danila Bredikhin; Georg Zeller; Oliver Stegle
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 15487105, 2022, Strona(/y) 179-186, ISSN 1548-7105
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41592-021-01343-9

scDALI: modeling allelic heterogeneity in single cells reveals context-specific genetic regulation

Autorzy: Tobias Heinen, Stefano Secchia, James P Reddington, Bingqing Zhao, Eileen E M Furlong, Oliver Stegle
Opublikowane w: Genome Biology, Numer 23/1, 2022, Strona(/y) 8, ISSN 1474-760X
Wydawca: BioMed Central Ltd. Part of Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-021-02593-8

Analysis of multi-condition single-cell data with latent embedding multivariate regression

Autorzy: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Opublikowane w: Nature Genetics, Numer 57, 2025, Strona(/y) 659-667, ISSN 1061-4036
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-024-01996-0

MicroRNA control of stem cell reconstitution and growth in root regeneration

Autorzy: J. L. Baulies, R. E. Rodríguez, F. E. Lazzara, D. Liebsch, X. Zhao, J. Zeng, L. Bald, C. Schommer, J. U. Lohmann, J. F. Palatnik
Opublikowane w: Nature Plants, Numer 11, 2025, Strona(/y) 531-542, ISSN 2055-0278
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41477-025-01922-0

A single-cell multi-omics atlas of rice

Autorzy: Xiangyu Wang, Huanwei Huang, Sanjie Jiang, Jingmin Kang, Dongwei Li, Kailai Wang, Shang Xie, Cheng Tong, Chaofan Liu, Guihua Hu, Haoqian Li, Cong Li, Liwen Yang, Yike Ding, Shang-Tong Li, Faming Wang, Jan U. Lohmann, Zhe Liang, Xiaofeng Gu
Opublikowane w: Nature, Numer 644, 2025, Strona(/y) 722-730, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09251-0

MUON: multimodal omics analysis framework

Autorzy: Danila Bredikhin; Ilia Kats; Oliver Stegle
Opublikowane w: Genome Biology, Numer 23/1, 2022, Strona(/y) 42, ISSN 1474-760X
Wydawca: BioMed Central Ltd. Part of Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-021-02577-8

glmGamPoi: fitting Gamma-Poisson generalized linear models on single cell count data

Autorzy: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Opublikowane w: Bioinformatics, Numer 36/24, 2020, Strona(/y) 5701-5702, ISSN 1367-4803
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa1009

Transcriptional landscape of rice roots at the single-cell resolution

Autorzy: Qing Liu, Zhe Liang, Dan Feng, Sanjie Jiang, Yifan Wang, Zhuoying Du, Ruoxi Li, Guihua Hu, Pingxian Zhang, Yanfei Ma, Jan U. Lohmann, Xiaofeng Gu
Opublikowane w: Molecular Plant, Numer 14/3, 2021, Strona(/y) 384-394, ISSN 1674-2052
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2020.12.014

A temperature-tolerant CRISPR base editor mediates highly efficient and precise gene editing in Drosophila

Autorzy: Roman M Doll, Michael Boutros, Fillip Port
Opublikowane w: Science Advances, Numer 9/35, 2023, Strona(/y) eadj1568, ISSN 2375-2548
Wydawca: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.adj1568

FISHFactor: a probabilistic factor model for spatial transcriptomics data with subcellular resolution

Autorzy: Florin C. Walter; Oliver Stegle; Britta Velten
Opublikowane w: Bioinformatics, Numer 39/5, 2023, Strona(/y) btad183, ISSN 1367-4811
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad183

Nitric oxide controls shoot meristem activity via regulation of DNA methylation.

Autorzy: Jian Zeng, Xin’Ai Zhao, Zhe Liang, Inés Hidalgo, Michael Gebert, Pengfei Fan, Christian Wenzl, Sebastian G. Gornik, Jan U. Lohmann
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 14/1, 2023, Strona(/y) 8001, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43705-1

Best practices for the execution, analysis, and data storage of plant single-cell/nucleus transcriptomics

Autorzy: Carolin Grones, Thomas Eekhout, Dongbo Shi, Manuel Neumann, Lea S. Berg, Yuji Ke, Rachel Shahan, Kevin L. Cox Jr, Fabio Gomez-Cano, Hilde Nelissen, Jan U. Lohmann, Stefania Giacomello, Olivier C. Martin, Benjamin Cole, Jia-Wei Wang, Kerstin Kaufmann, Michael T. Raissig, Gergo Palfalvi, Thomas Greb, Marc Libault, Bert De Rybel
Opublikowane w: Plant Cell, Numer 36/4, 2024, Strona(/y) 812-828, ISSN 1040-4651
Wydawca: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koae003