Decoding Context-Dependent Genetic Networks in vivo

Projektinformationen

DECODE

ID Finanzhilfevereinbarung: 810296

DOI

10.3030/810296

EK-Unterschriftsdatum 6 April 2019

Startdatum 1 Juli 2019

Enddatum 30 Juni 2027

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 10 625 000,00

EU-Beitrag

€ 10 625 000,00

Koordiniert durch

DEUTSCHES KREBSFORSCHUNGSZENTRUM HEIDELBERG
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (30)

Aged intestinal stem cells propagate cell-intrinsic sources of inflammaging in mice

Autoren: Maja C. Funk, Jan G. Gleixner, Florian Heigwer, Dominik Vonficht, Erica Valentini, Zeynep Aydin, Elena Tonin, Stefania Del Prete, Sylvia Mahara, Yannick Throm, Jenny Hetzer, Danijela Heide, Oliver Stegle, Duncan T. Odom, Angelika Feldmann, Simon Haas, Mathias Heikenwalder, Michael Boutros
Veröffentlicht in: Developmental Cell, Ausgabe 58, 2025, Seite(n) 2914-2929.e7, ISSN 1534-5807
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2023.11.013

Principles and challenges of modeling temporal and spatial omics data

Autoren: Britta Velten, Oliver Stegle
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 20, 2023, Seite(n) 1462-1474, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01992-y

The Hidden Architects: Nitric Oxide and Redox Dynamics in Plant Stem Cell Homeostasis

Autoren: Jian Zeng, Xin'Ai Zhao, Jan U. Lohmann
Veröffentlicht in: BioEssays, Ausgabe 47, 2025, ISSN 0265-9247
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.70048

Chromatin accessibility illuminates single-cell regulatory dynamics of rice root tips

Autoren: Dan Feng, Zhe Liang, Yifan Wang, Jiaying Yao, Zan Yuan, Guihua Hu, Ruihong Qu, Shang Xie, Dongwei Li, Liwen Yang, Xinai Zhao, Yanfei Ma, Jan U Lohmann, Xiaofeng Gu
Veröffentlicht in: BMC Biology, Ausgabe 20/1, 2022, Seite(n) 274, ISSN 1471-2229
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-022-01473-2

Multiplexed conditional genome editing with Cas12a in Drosophila

Autoren: Fillip Port, Maja Starostecka, Michael Boutros
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 117/37, 2020, Seite(n) 22890-22899, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2004655117

Deep-learning-based gene perturbation effect prediction does not yet outperform simple linear baselines

Autoren: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber, Simon Anders
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 22, 2025, Seite(n) 1657-1661, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02772-6

Tissue-Specific CRISPR-Cas9 Screening in Drosophila

Autoren: Fillip Port, Michael Boutros
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, Ausgabe 19406029, 2022, Seite(n) 157-176, ISSN 1940-6029
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1007/978-1-0716-2541-5_7

The Role of Organelles in Intestinal Function, Physiology, and Disease

Autoren: Siamak Redhai, Michael Boutros
Veröffentlicht in: Trends in Cell Biology, Ausgabe 09628924, 2021, Seite(n) 485-499, ISSN 0962-8924
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcb.2021.01.003

Systematic discovery of biomolecular condensate-specific protein phosphorylation

Autoren: Sindhuja Sridharan, Alberto Hernandez-Armendariz, Nils Kurzawa, Clement M. Potel, Danish Memon, Pedro Beltrao, Marcus Bantscheff, Wolfgang Huber, Sara Cuylen-Haering, Mikhail M. Savitski
Veröffentlicht in: Nature Chemical Biology, Ausgabe 18, 2022, Seite(n) 1104-1114, ISSN 1552-4450
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-022-01062-y

Comparison of transformations for single-cell RNA-seq data

Autoren: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 20/5, 2023, Seite(n) 665-672, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01814-1

A global genetic interaction network by single-cell imaging and machine learning

Autoren: Florian Heigwer, Christian Scheeder, Josephine Bageritz, Schayan Yousefian, Benedikt Rauscher, Christina Laufer, Sergi Beneyto-Calabuig, Maja Christina Funk, Vera Peters, Maria Boulougouri, Jana Bilanovic, Thilo Miersch, Barbara Schmitt, Claudia Blass, Fillip Port, Michael Boutros
Veröffentlicht in: Cell Systems, Ausgabe 14/5, 2023, Seite(n) 346–362, ISSN 2405-4712
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2023.03.003

CellRegMap: a statistical framework for mapping context-specific regulatory variants using scRNA-seq

Autoren: Anna S E Cuomo, Tobias Heinen, Danai Vagiaki, Danilo Horta, John C Marioni, Oliver Stegle
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 17444292, 2022, Seite(n) e10663, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110663

A large-scale resource for tissue-specific CRISPR mutagenesis in Drosophila

Autoren: Fillip Port, Claudia Strein, Mona Stricker, Benedikt Rauscher, Florian Heigwer, Jun Zhou, Celine Beyersdörffer, Jana Frei, Amy Hess, Katharina Kern, Laura Lange, Nora Langner, Roberta Malamud, Bojana Pavlović, Kristin Rädecke, Lukas Schmitt, Lukas Voos, Erica Valentini, Michael Boutros
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 9, 2020, Seite(n) e53865, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.53865

Metabolic balance in colorectal cancer is maintained by optimal Wnt signaling levels

Autoren: Katharina Imkeller; Giulia Ambrosi; Nancy Klemm; Ainara Claveras Cabezudo; Luisa Henkel; Wolfgang Huber; Michael Boutros
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 17444292, 2022, Seite(n) e10874, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110874

Glyoxal as an alternative fixative for single-cell RNA sequencing

Autoren: Josephine Bageritz, Niklas Krausse, Schayan Yousefian, Svenja Leible, Erica Valentini, Michael Boutros
Veröffentlicht in: G3: Genes, Genomes, Genetics, Ausgabe 13, 2023, Seite(n) jkad160, ISSN 2160-1836
Herausgeber: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkad160

Cell2fate infers RNA velocity modules to improve cell fate prediction

Autoren: Alexander Aivazidis, Fani Memi, Vitalii Kleshchevnikov, Sezgin Er, Brian Clarke, Oliver Stegle, Omer Ali Bayraktar
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 22, 2025, Seite(n) 698-707, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02608-3

Conditional CRISPR-Cas Genome Editing in Drosophila to Generate Intestinal Tumors

Autoren: Shivohum Bahuguna, Siamak Redhai, Jun Zhou, Tianyu Wang, Fillip Port, Michael Boutros
Veröffentlicht in: Cells, Ausgabe 20734409, 2021, Seite(n) 3156, ISSN 2073-4409
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/cells10113156

The dynamic genetic determinants of increased transcriptional divergence in spermatids

Autoren: Jasper Panten, Tobias Heinen, Christina Ernst, Nils Eling, Rebecca E. Wagner, Maja Satorius, John C. Marioni, Oliver Stegle, Duncan T. Odom
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45133-1

Identifying temporal and spatial patterns of variation from multimodal data using MEFISTO

Autoren: Britta Velten; Jana M. Braunger; Ricard Argelaguet; Damien Arnol; Jakob Wirbel; Danila Bredikhin; Georg Zeller; Oliver Stegle
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 15487105, 2022, Seite(n) 179-186, ISSN 1548-7105
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41592-021-01343-9

scDALI: modeling allelic heterogeneity in single cells reveals context-specific genetic regulation

Autoren: Tobias Heinen, Stefano Secchia, James P Reddington, Bingqing Zhao, Eileen E M Furlong, Oliver Stegle
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 23/1, 2022, Seite(n) 8, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMed Central Ltd. Part of Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-021-02593-8

Analysis of multi-condition single-cell data with latent embedding multivariate regression

Autoren: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 57, 2025, Seite(n) 659-667, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-024-01996-0

MicroRNA control of stem cell reconstitution and growth in root regeneration

Autoren: J. L. Baulies, R. E. Rodríguez, F. E. Lazzara, D. Liebsch, X. Zhao, J. Zeng, L. Bald, C. Schommer, J. U. Lohmann, J. F. Palatnik
Veröffentlicht in: Nature Plants, Ausgabe 11, 2025, Seite(n) 531-542, ISSN 2055-0278
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41477-025-01922-0

A single-cell multi-omics atlas of rice

Autoren: Xiangyu Wang, Huanwei Huang, Sanjie Jiang, Jingmin Kang, Dongwei Li, Kailai Wang, Shang Xie, Cheng Tong, Chaofan Liu, Guihua Hu, Haoqian Li, Cong Li, Liwen Yang, Yike Ding, Shang-Tong Li, Faming Wang, Jan U. Lohmann, Zhe Liang, Xiaofeng Gu
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 644, 2025, Seite(n) 722-730, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09251-0

MUON: multimodal omics analysis framework

Autoren: Danila Bredikhin; Ilia Kats; Oliver Stegle
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 23/1, 2022, Seite(n) 42, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMed Central Ltd. Part of Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-021-02577-8

glmGamPoi: fitting Gamma-Poisson generalized linear models on single cell count data

Autoren: Constantin Ahlmann-Eltze, Wolfgang Huber
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 36/24, 2020, Seite(n) 5701-5702, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa1009

Transcriptional landscape of rice roots at the single-cell resolution

Autoren: Qing Liu, Zhe Liang, Dan Feng, Sanjie Jiang, Yifan Wang, Zhuoying Du, Ruoxi Li, Guihua Hu, Pingxian Zhang, Yanfei Ma, Jan U. Lohmann, Xiaofeng Gu
Veröffentlicht in: Molecular Plant, Ausgabe 14/3, 2021, Seite(n) 384-394, ISSN 1674-2052
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2020.12.014

A temperature-tolerant CRISPR base editor mediates highly efficient and precise gene editing in Drosophila

Autoren: Roman M Doll, Michael Boutros, Fillip Port
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 9/35, 2023, Seite(n) eadj1568, ISSN 2375-2548
Herausgeber: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.adj1568

FISHFactor: a probabilistic factor model for spatial transcriptomics data with subcellular resolution

Autoren: Florin C. Walter; Oliver Stegle; Britta Velten
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 39/5, 2023, Seite(n) btad183, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad183

Nitric oxide controls shoot meristem activity via regulation of DNA methylation.

Autoren: Jian Zeng, Xin’Ai Zhao, Zhe Liang, Inés Hidalgo, Michael Gebert, Pengfei Fan, Christian Wenzl, Sebastian G. Gornik, Jan U. Lohmann
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14/1, 2023, Seite(n) 8001, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43705-1

Best practices for the execution, analysis, and data storage of plant single-cell/nucleus transcriptomics

Autoren: Carolin Grones, Thomas Eekhout, Dongbo Shi, Manuel Neumann, Lea S. Berg, Yuji Ke, Rachel Shahan, Kevin L. Cox Jr, Fabio Gomez-Cano, Hilde Nelissen, Jan U. Lohmann, Stefania Giacomello, Olivier C. Martin, Benjamin Cole, Jia-Wei Wang, Kerstin Kaufmann, Michael T. Raissig, Gergo Palfalvi, Thomas Greb, Marc Libault, Bert De Rybel
Veröffentlicht in: Plant Cell, Ausgabe 36/4, 2024, Seite(n) 812-828, ISSN 1040-4651
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koae003