Infinite Protein Self-Assembly in Health and Disease

Informations projet

Agglomerates

N° de convention de subvention: 819318

DOI

10.3030/819318

Projet clôturé

Date de signature de la CE 25 Février 2019

Date de début 1 Avril 2019

Date de fin 31 Mars 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 574 819,00

Contribution de l’UE

€ 2 574 819,00

Coordonné par

UNIVERSITE DE GENEVE
Switzerland

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (24)

Uncovering the mechanism for polar sequestration of the major bacterial sugar regulator by high-throughput screens and 3D interaction modeling

Auteurs: Nitsan Albocher-Kedem, Meta Heidenreich, Amir Fadel, Elizabeta Sirotkin, Omer Goldberger, Anat Nussbaum-Shochat, Emmanuel D. Levy, Ora Schueler-Furman, Maya Schuldiner, Orna Amster-Choder
Publié dans: Cell Reports, Numéro 44, 2026, Page(s) 115436, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2025.115436

How gene duplication diversifies the landscape of protein oligomeric state and function

Auteurs: Saurav Mallik, Dan S Tawfik, Emmanuel D Levy
Publié dans: Current Opinion in Genetics & Development, Numéro 76, 2025, Page(s) 101966, ISSN 0959-437X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2022.101966

Protein Abundance Biases the Amino Acid Composition of Disordered Regions to Minimize Non-functional Interactions

Auteurs: Benjamin Dubreuil, Or Matalon, Emmanuel D. Levy
Publié dans: Journal of Molecular Biology, Numéro 431/24, 2019, Page(s) 4978-4992, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2019.08.008

Mutational biases favor complexity increases in protein interaction networks after gene duplication

Auteurs: Angel F Cisneros, Lou Nielly-Thibault, Saurav Mallik, Emmanuel D Levy, Christian R Landry
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 20, 2026, Page(s) 549-572, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00030-z

Mutant libraries reveal negative design shielding proteins from supramolecular self-assembly and relocalization in cells

Auteurs: Hector Garcia Seisdedos, Tal Levin, Gal Shapira, Saskia Freud, Emmanuel D. Levy
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 119, 2022, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2101117119

Proteomic analysis reveals the direct recruitment of intrinsically disordered regions to stress granules in S. cerevisiae.

Auteurs: Mang Zhu; Erich R. Kuechler; Joyce Zhang; Or Matalon; Benjamin Dubreuil; Analise Hofmann; Christopher J. R. Loewen; Emmanuel D. Levy; Joerg Gsponer; Thibault Mayor
Publié dans: Journal of Cell Science, Numéro 1, 2020, ISSN 0021-9533
Éditeur: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.244657

Mapping interactions between disordered regions reveals promiscuity in biomolecular condensate formation

Auteurs: Atar Gilat, Alexander I. Alexandrov, Benjamin Dubreuil, Emmanuel D. Levy
Publié dans: Nature Communications, Numéro 17, 2026, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-026-73800-y

Rapid and sensitive protein complex alignment with Foldseek-Multimer

Auteurs: Woosub Kim, Milot Mirdita, Eli Levy Karin, Cameron L. M. Gilchrist, Hugo Schweke, Johannes Söding, Emmanuel D. Levy, Martin Steinegger
Publié dans: Nature Methods, Numéro 22, 2025, Page(s) 469-472, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02593-7

Designer protein assemblies with tunable phase diagrams in living cells

Auteurs: Meta Heidenreich, Joseph M. Georgeson, Emanuele Locatelli, Lorenzo Rovigatti, Saroj Kumar Nandi, Avital Steinberg, Yotam Nadav, Eyal Shimoni, Samuel A. Safran, Jonathan P. K. Doye, Emmanuel D. Levy
Publié dans: Nature Chemical Biology, 2020, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-020-0576-z

An atlas of protein homo-oligomerization across domains of life

Auteurs: Hugo Schweke, Tal Levin, Martin Pacesa, Casper A. Goverde, Prasun Kumar, Yoan Duhoo, Lars J. Dornfeld, Benjamin Dubreuil, Sandrine Georgeon, Sergey Ovchinnikov, Derek N. Woolfson, Bruno E. Correia, Su
Publié dans: Cell, 2024, ISSN 1097-4172
Éditeur: elsevier
DOI: 10.1101/2023.06.09.544317

QSalignWeb: A Server to Predict and Analyze Protein Quaternary Structure

Auteurs: Sucharita Dey, Jaime Prilusky, Emmanuel D. Levy
Publié dans: Frontiers in Molecular Biosciences, Numéro 8, 2022, ISSN 2296-889X
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fmolb.2021.787510

<scp>CC⁺</scp>: A searchable database of validated coiled coils in <scp>PDB</scp> structures and <scp>AlphaFold2</scp> models

Auteurs: Prasun Kumar; Rokas Petrenas; William M. Dawson; Hugo Schweke; Emmanuel D. Levy; Derek N. Woolfson
Publié dans: Crossref, Numéro 5, 2023, ISSN 0961-8368
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4789

Discriminating physiological from non‐physiological interfaces in structures of protein complexes: A community‐wide study

Auteurs: Hugo Schweke; Qifang Xu; Gerardo Tauriello; Lorenzo Pantolini; Torsten Schwede; Frédéric Cazals; Alix Lhéritier; Juan Fernandez‐Recio; Luis Angel Rodríguez‐Lumbreras; Ora Schueler‐Furman; Julia K. Varga; Brian Jiménez‐García; Manon F. Réau; Alexandre M. J. J. Bonvin; Castrense Savojardo; Pier‐Luigi Martelli; Rita Casadio; Jérôme Tubiana; Haim J. Wolfson; Romina Oliva; Didier Bar
Publié dans: Crossref, Numéro 5, 2023, ISSN 1615-9853
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202200323

Principles of cotranslational mitochondrial protein import

Auteurs: Zikun Zhu, Saurav Mallik, Taylor A. Stevens, Riming Huang, Emmanuel D. Levy, Shu-ou Shan
Publié dans: Cell, Numéro 188, 2026, Page(s) 5605-5617.e14, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2025.07.021

Molecular and environmental determinants of biomolecular condensate formation

Auteurs: José A. Villegas, Meta Heidenreich, Emmanuel D. Levy
Publié dans: Nature Chem. Bio., 2022, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-022-01175-4

PDB-wide identification of physiological hetero-oligomeric assemblies based on conserved quaternary structure geometry

Auteurs: Sucharita Dey, Emmanuel D. Levy
Publié dans: Structure, Numéro 29/11, 2021, Page(s) 1303-1311.e3, ISSN 0969-2126
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2021.07.012

<scp>CC⁺</scp>: A searchable database of validated coiled coils in <scp>PDB</scp> structures and <scp>AlphaFold2</scp> models

Auteurs: Prasun Kumar; Rokas Petrenas; William M. Dawson; Hugo Schweke; Emmanuel D. Levy; Derek N. Woolfson
Publié dans: Protein Science, Numéro 12, 2023, ISSN 0961-8368
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press

Affinity and Valence Impact the Extent and Symmetry of Phase Separation of Multivalent Proteins

Auteurs: Saroj Kumar Nandi; Daniel Österle; Meta Heidenreich; Emmanuel D. Levy; Samuel A. Safran
Publié dans: Crossref, Numéro 2, 2022, ISSN 0031-9007
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevlett.129.128102

Structural determinants of co-translational protein complex assembly

Auteurs: Saurav Mallik, Johannes Venezian, Arseniy Lobov, Meta Heidenreich, Hector Garcia-Seisdedos, Todd O. Yeates, Ayala Shiber, Emmanuel D. Levy
Publié dans: Cell, 2026, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1101/2024.01.20.576408

PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data

Auteurs: Mihaly Varadi; Stephen Anyango; David R. Armstrong; John M. Berrisford; Preeti Choudhary; Mandar Deshpande; Nurul Nadzirin; Sreenath Nair; Lukáš Pravda; Ahsan Tanweer; Bissan Al-Lazikani; Claudia Andreini; Geoffrey J. Barton; David Bednar; Karel Berka; Tom L. Blundell; Kelly P Brock; José María Carazo; Jiri Damborsky; Alessia David; Sucharita Dey; Roland L. Dunbrack; Juan Fernandez Recio; Fran
Publié dans: D534-D542, Numéro 2, 2021, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab988

A unified statistical potential reveals that amino acid stickiness governs nonspecific recruitment of client proteins into condensates

Auteurs: José A. Villegas; Emmanuel D. Levy
Publié dans: Crossref, Numéro 1, 2022, ISSN 0961-8368
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4361

Abundance Imparts Evolutionary Constraints of Similar Magnitude on the Buried, Surface, and Disordered Regions of Proteins

Auteurs: Benjamin Dubreuil, Emmanuel D. Levy
Publié dans: Frontiers in Molecular Biosciences, Numéro 8, 2021, ISSN 2296-889X
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fmolb.2021.626729

A pharmacological modality to sequester homomeric proteins

Auteurs: Ella Livnah, Ohad Suss, Adi Rogel, Atar Gilat, Yuval Abdan, Jose D Villegas, Barr Tivon, Shira Albeck, Tamar Unger, Ofra Golani, Inna Goliand, David Margulies, Emmanuel D Levy, Nir London
Publié dans: Nature chemical biology, 2026, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2025.03.05.641597

Mutation-induced filaments of folded proteins are inert and non-toxic in a cellular system

Auteurs: Tal Levin, Hector Garcia-Seisdedos, Arseniy Lobov, Matthias Wojtynek, Alexander Alexandrov, Ghil Jona, Dikla Levi, Ohad Medalia, Emmanuel D Levy
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 21, 2026, Page(s) 1306-1324, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-025-00144-y

Other (1)

The phase separation landscape of genome-wide genetic perturbations

Auteurs: Meta Heidenreich, Saurabh Mathur, Tong Shu, Ying Xie, David Sriker, Benjamin Dubreuil, Liam Holt, Emmanuel D. Levy
Publié dans: 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2024.10.25.620319