Infinite Protein Self-Assembly in Health and Disease

Información del proyecto

Agglomerates

Identificador del acuerdo de subvención: 819318

DOI

10.3030/819318

Fecha de la firma de la CE 25 Febrero 2019

Fecha de inicio 1 Abril 2019

Fecha de finalización 31 Marzo 2026

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 574 819,00

Aportación de la UE

€ 2 574 819,00

Coordinado por

UNIVERSITE DE GENEVE
Switzerland

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Publicaciones

Peer reviewed articles (14)

Protein Abundance Biases the Amino Acid Composition of Disordered Regions to Minimize Non-functional Interactions

Autores: Benjamin Dubreuil, Or Matalon, Emmanuel D. Levy
Publicado en: Journal of Molecular Biology, Edición 431/24, 2019, Página(s) 4978-4992, ISSN 0022-2836
Editor: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2019.08.008

Mutant libraries reveal negative design shielding proteins from supramolecular self-assembly and relocalization in cells

Autores: Hector Garcia Seisdedos, Tal Levin, Gal Shapira, Saskia Freud, Emmanuel D. Levy
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, Edición 119, 2022, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2101117119

Proteomic analysis reveals the direct recruitment of intrinsically disordered regions to stress granules in S. cerevisiae.

Autores: Mang Zhu; Erich R. Kuechler; Joyce Zhang; Or Matalon; Benjamin Dubreuil; Analise Hofmann; Christopher J. R. Loewen; Emmanuel D. Levy; Joerg Gsponer; Thibault Mayor
Publicado en: Journal of Cell Science, Edición 1, 2020, ISSN 0021-9533
Editor: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.244657

Rapid and sensitive protein complex alignment with Foldseek-Multimer

Autores: Woosub Kim, Milot Mirdita, Eli Levy Karin, Cameron L. M. Gilchrist, Hugo Schweke, Johannes Söding, Emmanuel D. Levy, Martin Steinegger
Publicado en: Nature Methods, Edición 22, 2025, Página(s) 469-472, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02593-7

Designer protein assemblies with tunable phase diagrams in living cells

Autores: Meta Heidenreich, Joseph M. Georgeson, Emanuele Locatelli, Lorenzo Rovigatti, Saroj Kumar Nandi, Avital Steinberg, Yotam Nadav, Eyal Shimoni, Samuel A. Safran, Jonathan P. K. Doye, Emmanuel D. Levy
Publicado en: Nature Chemical Biology, 2020, ISSN 1552-4450
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-020-0576-z

An atlas of protein homo-oligomerization across domains of life

Autores: Hugo Schweke, Tal Levin, Martin Pacesa, Casper A. Goverde, Prasun Kumar, Yoan Duhoo, Lars J. Dornfeld, Benjamin Dubreuil, Sandrine Georgeon, Sergey Ovchinnikov, Derek N. Woolfson, Bruno E. Correia, Su
Publicado en: Cell, 2024, ISSN 1097-4172
Editor: elsevier
DOI: 10.1101/2023.06.09.544317

<scp>CC⁺</scp>: A searchable database of validated coiled coils in <scp>PDB</scp> structures and <scp>AlphaFold2</scp> models

Autores: Prasun Kumar; Rokas Petrenas; William M. Dawson; Hugo Schweke; Emmanuel D. Levy; Derek N. Woolfson
Publicado en: Crossref, Edición 5, 2023, ISSN 0961-8368
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4789

Discriminating physiological from non‐physiological interfaces in structures of protein complexes: A community‐wide study

Autores: Hugo Schweke; Qifang Xu; Gerardo Tauriello; Lorenzo Pantolini; Torsten Schwede; Frédéric Cazals; Alix Lhéritier; Juan Fernandez‐Recio; Luis Angel Rodríguez‐Lumbreras; Ora Schueler‐Furman; Julia K. Varga; Brian Jiménez‐García; Manon F. Réau; Alexandre M. J. J. Bonvin; Castrense Savojardo; Pier‐Luigi Martelli; Rita Casadio; Jérôme Tubiana; Haim J. Wolfson; Romina Oliva; Didier Bar
Publicado en: Crossref, Edición 5, 2023, ISSN 1615-9853
Editor: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202200323

Molecular and environmental determinants of biomolecular condensate formation

Autores: José A. Villegas, Meta Heidenreich, Emmanuel D. Levy
Publicado en: Nature Chem. Bio., 2022, ISSN 1552-4450
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-022-01175-4

PDB-wide identification of physiological hetero-oligomeric assemblies based on conserved quaternary structure geometry

Autores: Sucharita Dey, Emmanuel D. Levy
Publicado en: Structure, Edición 29/11, 2021, Página(s) 1303-1311.e3, ISSN 0969-2126
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2021.07.012

Affinity and Valence Impact the Extent and Symmetry of Phase Separation of Multivalent Proteins

Autores: Saroj Kumar Nandi; Daniel Österle; Meta Heidenreich; Emmanuel D. Levy; Samuel A. Safran
Publicado en: Crossref, Edición 2, 2022, ISSN 0031-9007
Editor: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevlett.129.128102

PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data

Autores: Mihaly Varadi; Stephen Anyango; David R. Armstrong; John M. Berrisford; Preeti Choudhary; Mandar Deshpande; Nurul Nadzirin; Sreenath Nair; Lukáš Pravda; Ahsan Tanweer; Bissan Al-Lazikani; Claudia Andreini; Geoffrey J. Barton; David Bednar; Karel Berka; Tom L. Blundell; Kelly P Brock; José María Carazo; Jiri Damborsky; Alessia David; Sucharita Dey; Roland L. Dunbrack; Juan Fernandez Recio; Fran
Publicado en: D534-D542, Edición 2, 2021, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab988

A unified statistical potential reveals that amino acid stickiness governs nonspecific recruitment of client proteins into condensates

Autores: José A. Villegas; Emmanuel D. Levy
Publicado en: Crossref, Edición 1, 2022, ISSN 0961-8368
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4361

Abundance Imparts Evolutionary Constraints of Similar Magnitude on the Buried, Surface, and Disordered Regions of Proteins

Autores: Benjamin Dubreuil, Emmanuel D. Levy
Publicado en: Frontiers in Molecular Biosciences, Edición 8, 2021, ISSN 2296-889X
Editor: Frontiers
DOI: 10.3389/fmolb.2021.626729