Infinite Protein Self-Assembly in Health and Disease

Informacje na temat projektu

Agglomerates

Identyfikator umowy o grant: 819318

DOI

10.3030/819318

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 25 Lutego 2019

Data rozpoczęcia 1 Kwietnia 2019

Data zakończenia 31 Marca 2026

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 2 574 819,00

Wkład UE

€ 2 574 819,00

Koordynowany przez

UNIVERSITE DE GENEVE
Switzerland

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (24)

Uncovering the mechanism for polar sequestration of the major bacterial sugar regulator by high-throughput screens and 3D interaction modeling

Autorzy: Nitsan Albocher-Kedem, Meta Heidenreich, Amir Fadel, Elizabeta Sirotkin, Omer Goldberger, Anat Nussbaum-Shochat, Emmanuel D. Levy, Ora Schueler-Furman, Maya Schuldiner, Orna Amster-Choder
Opublikowane w: Cell Reports, Numer 44, 2026, Strona(/y) 115436, ISSN 2211-1247
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2025.115436

How gene duplication diversifies the landscape of protein oligomeric state and function

Autorzy: Saurav Mallik, Dan S Tawfik, Emmanuel D Levy
Opublikowane w: Current Opinion in Genetics & Development, Numer 76, 2025, Strona(/y) 101966, ISSN 0959-437X
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2022.101966

Protein Abundance Biases the Amino Acid Composition of Disordered Regions to Minimize Non-functional Interactions

Autorzy: Benjamin Dubreuil, Or Matalon, Emmanuel D. Levy
Opublikowane w: Journal of Molecular Biology, Numer 431/24, 2019, Strona(/y) 4978-4992, ISSN 0022-2836
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2019.08.008

Mutational biases favor complexity increases in protein interaction networks after gene duplication

Autorzy: Angel F Cisneros, Lou Nielly-Thibault, Saurav Mallik, Emmanuel D Levy, Christian R Landry
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 20, 2026, Strona(/y) 549-572, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00030-z

Mutant libraries reveal negative design shielding proteins from supramolecular self-assembly and relocalization in cells

Autorzy: Hector Garcia Seisdedos, Tal Levin, Gal Shapira, Saskia Freud, Emmanuel D. Levy
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 119, 2022, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2101117119

Proteomic analysis reveals the direct recruitment of intrinsically disordered regions to stress granules in S. cerevisiae.

Autorzy: Mang Zhu; Erich R. Kuechler; Joyce Zhang; Or Matalon; Benjamin Dubreuil; Analise Hofmann; Christopher J. R. Loewen; Emmanuel D. Levy; Joerg Gsponer; Thibault Mayor
Opublikowane w: Journal of Cell Science, Numer 1, 2020, ISSN 0021-9533
Wydawca: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.244657

Mapping interactions between disordered regions reveals promiscuity in biomolecular condensate formation

Autorzy: Atar Gilat, Alexander I. Alexandrov, Benjamin Dubreuil, Emmanuel D. Levy
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 17, 2026, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-026-73800-y

Rapid and sensitive protein complex alignment with Foldseek-Multimer

Autorzy: Woosub Kim, Milot Mirdita, Eli Levy Karin, Cameron L. M. Gilchrist, Hugo Schweke, Johannes Söding, Emmanuel D. Levy, Martin Steinegger
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 22, 2025, Strona(/y) 469-472, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02593-7

Designer protein assemblies with tunable phase diagrams in living cells

Autorzy: Meta Heidenreich, Joseph M. Georgeson, Emanuele Locatelli, Lorenzo Rovigatti, Saroj Kumar Nandi, Avital Steinberg, Yotam Nadav, Eyal Shimoni, Samuel A. Safran, Jonathan P. K. Doye, Emmanuel D. Levy
Opublikowane w: Nature Chemical Biology, 2020, ISSN 1552-4450
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-020-0576-z

An atlas of protein homo-oligomerization across domains of life

Autorzy: Hugo Schweke, Tal Levin, Martin Pacesa, Casper A. Goverde, Prasun Kumar, Yoan Duhoo, Lars J. Dornfeld, Benjamin Dubreuil, Sandrine Georgeon, Sergey Ovchinnikov, Derek N. Woolfson, Bruno E. Correia, Su
Opublikowane w: Cell, 2024, ISSN 1097-4172
Wydawca: elsevier
DOI: 10.1101/2023.06.09.544317

QSalignWeb: A Server to Predict and Analyze Protein Quaternary Structure

Autorzy: Sucharita Dey, Jaime Prilusky, Emmanuel D. Levy
Opublikowane w: Frontiers in Molecular Biosciences, Numer 8, 2022, ISSN 2296-889X
Wydawca: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fmolb.2021.787510

<scp>CC⁺</scp>: A searchable database of validated coiled coils in <scp>PDB</scp> structures and <scp>AlphaFold2</scp> models

Autorzy: Prasun Kumar; Rokas Petrenas; William M. Dawson; Hugo Schweke; Emmanuel D. Levy; Derek N. Woolfson
Opublikowane w: Crossref, Numer 5, 2023, ISSN 0961-8368
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4789

Discriminating physiological from non‐physiological interfaces in structures of protein complexes: A community‐wide study

Autorzy: Hugo Schweke; Qifang Xu; Gerardo Tauriello; Lorenzo Pantolini; Torsten Schwede; Frédéric Cazals; Alix Lhéritier; Juan Fernandez‐Recio; Luis Angel Rodríguez‐Lumbreras; Ora Schueler‐Furman; Julia K. Varga; Brian Jiménez‐García; Manon F. Réau; Alexandre M. J. J. Bonvin; Castrense Savojardo; Pier‐Luigi Martelli; Rita Casadio; Jérôme Tubiana; Haim J. Wolfson; Romina Oliva; Didier Bar
Opublikowane w: Crossref, Numer 5, 2023, ISSN 1615-9853
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202200323

Principles of cotranslational mitochondrial protein import

Autorzy: Zikun Zhu, Saurav Mallik, Taylor A. Stevens, Riming Huang, Emmanuel D. Levy, Shu-ou Shan
Opublikowane w: Cell, Numer 188, 2026, Strona(/y) 5605-5617.e14, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2025.07.021

Molecular and environmental determinants of biomolecular condensate formation

Autorzy: José A. Villegas, Meta Heidenreich, Emmanuel D. Levy
Opublikowane w: Nature Chem. Bio., 2022, ISSN 1552-4450
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-022-01175-4

PDB-wide identification of physiological hetero-oligomeric assemblies based on conserved quaternary structure geometry

Autorzy: Sucharita Dey, Emmanuel D. Levy
Opublikowane w: Structure, Numer 29/11, 2021, Strona(/y) 1303-1311.e3, ISSN 0969-2126
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2021.07.012

<scp>CC⁺</scp>: A searchable database of validated coiled coils in <scp>PDB</scp> structures and <scp>AlphaFold2</scp> models

Autorzy: Prasun Kumar; Rokas Petrenas; William M. Dawson; Hugo Schweke; Emmanuel D. Levy; Derek N. Woolfson
Opublikowane w: Protein Science, Numer 12, 2023, ISSN 0961-8368
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press

Affinity and Valence Impact the Extent and Symmetry of Phase Separation of Multivalent Proteins

Autorzy: Saroj Kumar Nandi; Daniel Österle; Meta Heidenreich; Emmanuel D. Levy; Samuel A. Safran
Opublikowane w: Crossref, Numer 2, 2022, ISSN 0031-9007
Wydawca: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevlett.129.128102

Structural determinants of co-translational protein complex assembly

Autorzy: Saurav Mallik, Johannes Venezian, Arseniy Lobov, Meta Heidenreich, Hector Garcia-Seisdedos, Todd O. Yeates, Ayala Shiber, Emmanuel D. Levy
Opublikowane w: Cell, 2026, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1101/2024.01.20.576408

PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data

Autorzy: Mihaly Varadi; Stephen Anyango; David R. Armstrong; John M. Berrisford; Preeti Choudhary; Mandar Deshpande; Nurul Nadzirin; Sreenath Nair; Lukáš Pravda; Ahsan Tanweer; Bissan Al-Lazikani; Claudia Andreini; Geoffrey J. Barton; David Bednar; Karel Berka; Tom L. Blundell; Kelly P Brock; José María Carazo; Jiri Damborsky; Alessia David; Sucharita Dey; Roland L. Dunbrack; Juan Fernandez Recio; Fran
Opublikowane w: D534-D542, Numer 2, 2021, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab988

A unified statistical potential reveals that amino acid stickiness governs nonspecific recruitment of client proteins into condensates

Autorzy: José A. Villegas; Emmanuel D. Levy
Opublikowane w: Crossref, Numer 1, 2022, ISSN 0961-8368
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4361

Abundance Imparts Evolutionary Constraints of Similar Magnitude on the Buried, Surface, and Disordered Regions of Proteins

Autorzy: Benjamin Dubreuil, Emmanuel D. Levy
Opublikowane w: Frontiers in Molecular Biosciences, Numer 8, 2021, ISSN 2296-889X
Wydawca: Frontiers
DOI: 10.3389/fmolb.2021.626729

A pharmacological modality to sequester homomeric proteins

Autorzy: Ella Livnah, Ohad Suss, Adi Rogel, Atar Gilat, Yuval Abdan, Jose D Villegas, Barr Tivon, Shira Albeck, Tamar Unger, Ofra Golani, Inna Goliand, David Margulies, Emmanuel D Levy, Nir London
Opublikowane w: Nature chemical biology, 2026, ISSN 1552-4450
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2025.03.05.641597

Mutation-induced filaments of folded proteins are inert and non-toxic in a cellular system

Autorzy: Tal Levin, Hector Garcia-Seisdedos, Arseniy Lobov, Matthias Wojtynek, Alexander Alexandrov, Ghil Jona, Dikla Levi, Ohad Medalia, Emmanuel D Levy
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 21, 2026, Strona(/y) 1306-1324, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-025-00144-y

Other (1)

The phase separation landscape of genome-wide genetic perturbations

Autorzy: Meta Heidenreich, Saurabh Mathur, Tong Shu, Ying Xie, David Sriker, Benjamin Dubreuil, Liam Holt, Emmanuel D. Levy
Opublikowane w: 2026
Wydawca: openRxiv
DOI: 10.1101/2024.10.25.620319