Infinite Protein Self-Assembly in Health and Disease

Projektinformationen

Agglomerates

ID Finanzhilfevereinbarung: 819318

DOI

10.3030/819318

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 25 Februar 2019

Startdatum 1 April 2019

Enddatum 31 März 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 574 819,00

EU-Beitrag

€ 2 574 819,00

Koordiniert durch

UNIVERSITE DE GENEVE
Switzerland

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (24)

Uncovering the mechanism for polar sequestration of the major bacterial sugar regulator by high-throughput screens and 3D interaction modeling

Autoren: Nitsan Albocher-Kedem, Meta Heidenreich, Amir Fadel, Elizabeta Sirotkin, Omer Goldberger, Anat Nussbaum-Shochat, Emmanuel D. Levy, Ora Schueler-Furman, Maya Schuldiner, Orna Amster-Choder
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 44, 2026, Seite(n) 115436, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2025.115436

How gene duplication diversifies the landscape of protein oligomeric state and function

Autoren: Saurav Mallik, Dan S Tawfik, Emmanuel D Levy
Veröffentlicht in: Current Opinion in Genetics & Development, Ausgabe 76, 2025, Seite(n) 101966, ISSN 0959-437X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2022.101966

Protein Abundance Biases the Amino Acid Composition of Disordered Regions to Minimize Non-functional Interactions

Autoren: Benjamin Dubreuil, Or Matalon, Emmanuel D. Levy
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, Ausgabe 431/24, 2019, Seite(n) 4978-4992, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2019.08.008

Mutational biases favor complexity increases in protein interaction networks after gene duplication

Autoren: Angel F Cisneros, Lou Nielly-Thibault, Saurav Mallik, Emmanuel D Levy, Christian R Landry
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 20, 2026, Seite(n) 549-572, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00030-z

Mutant libraries reveal negative design shielding proteins from supramolecular self-assembly and relocalization in cells

Autoren: Hector Garcia Seisdedos, Tal Levin, Gal Shapira, Saskia Freud, Emmanuel D. Levy
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 119, 2022, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2101117119

Proteomic analysis reveals the direct recruitment of intrinsically disordered regions to stress granules in S. cerevisiae.

Autoren: Mang Zhu; Erich R. Kuechler; Joyce Zhang; Or Matalon; Benjamin Dubreuil; Analise Hofmann; Christopher J. R. Loewen; Emmanuel D. Levy; Joerg Gsponer; Thibault Mayor
Veröffentlicht in: Journal of Cell Science, Ausgabe 1, 2020, ISSN 0021-9533
Herausgeber: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.244657

Mapping interactions between disordered regions reveals promiscuity in biomolecular condensate formation

Autoren: Atar Gilat, Alexander I. Alexandrov, Benjamin Dubreuil, Emmanuel D. Levy
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 17, 2026, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-026-73800-y

Rapid and sensitive protein complex alignment with Foldseek-Multimer

Autoren: Woosub Kim, Milot Mirdita, Eli Levy Karin, Cameron L. M. Gilchrist, Hugo Schweke, Johannes Söding, Emmanuel D. Levy, Martin Steinegger
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 22, 2025, Seite(n) 469-472, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02593-7

Designer protein assemblies with tunable phase diagrams in living cells

Autoren: Meta Heidenreich, Joseph M. Georgeson, Emanuele Locatelli, Lorenzo Rovigatti, Saroj Kumar Nandi, Avital Steinberg, Yotam Nadav, Eyal Shimoni, Samuel A. Safran, Jonathan P. K. Doye, Emmanuel D. Levy
Veröffentlicht in: Nature Chemical Biology, 2020, ISSN 1552-4450
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-020-0576-z

An atlas of protein homo-oligomerization across domains of life

Autoren: Hugo Schweke, Tal Levin, Martin Pacesa, Casper A. Goverde, Prasun Kumar, Yoan Duhoo, Lars J. Dornfeld, Benjamin Dubreuil, Sandrine Georgeon, Sergey Ovchinnikov, Derek N. Woolfson, Bruno E. Correia, Su
Veröffentlicht in: Cell, 2024, ISSN 1097-4172
Herausgeber: elsevier
DOI: 10.1101/2023.06.09.544317

QSalignWeb: A Server to Predict and Analyze Protein Quaternary Structure

Autoren: Sucharita Dey, Jaime Prilusky, Emmanuel D. Levy
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, Ausgabe 8, 2022, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fmolb.2021.787510

<scp>CC⁺</scp>: A searchable database of validated coiled coils in <scp>PDB</scp> structures and <scp>AlphaFold2</scp> models

Autoren: Prasun Kumar; Rokas Petrenas; William M. Dawson; Hugo Schweke; Emmanuel D. Levy; Derek N. Woolfson
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 5, 2023, ISSN 0961-8368
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4789

Discriminating physiological from non‐physiological interfaces in structures of protein complexes: A community‐wide study

Autoren: Hugo Schweke; Qifang Xu; Gerardo Tauriello; Lorenzo Pantolini; Torsten Schwede; Frédéric Cazals; Alix Lhéritier; Juan Fernandez‐Recio; Luis Angel Rodríguez‐Lumbreras; Ora Schueler‐Furman; Julia K. Varga; Brian Jiménez‐García; Manon F. Réau; Alexandre M. J. J. Bonvin; Castrense Savojardo; Pier‐Luigi Martelli; Rita Casadio; Jérôme Tubiana; Haim J. Wolfson; Romina Oliva; Didier Bar
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 5, 2023, ISSN 1615-9853
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202200323

Principles of cotranslational mitochondrial protein import

Autoren: Zikun Zhu, Saurav Mallik, Taylor A. Stevens, Riming Huang, Emmanuel D. Levy, Shu-ou Shan
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 188, 2026, Seite(n) 5605-5617.e14, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2025.07.021

Molecular and environmental determinants of biomolecular condensate formation

Autoren: José A. Villegas, Meta Heidenreich, Emmanuel D. Levy
Veröffentlicht in: Nature Chem. Bio., 2022, ISSN 1552-4450
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-022-01175-4

PDB-wide identification of physiological hetero-oligomeric assemblies based on conserved quaternary structure geometry

Autoren: Sucharita Dey, Emmanuel D. Levy
Veröffentlicht in: Structure, Ausgabe 29/11, 2021, Seite(n) 1303-1311.e3, ISSN 0969-2126
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2021.07.012

<scp>CC⁺</scp>: A searchable database of validated coiled coils in <scp>PDB</scp> structures and <scp>AlphaFold2</scp> models

Autoren: Prasun Kumar; Rokas Petrenas; William M. Dawson; Hugo Schweke; Emmanuel D. Levy; Derek N. Woolfson
Veröffentlicht in: Protein Science, Ausgabe 12, 2023, ISSN 0961-8368
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press

Affinity and Valence Impact the Extent and Symmetry of Phase Separation of Multivalent Proteins

Autoren: Saroj Kumar Nandi; Daniel Österle; Meta Heidenreich; Emmanuel D. Levy; Samuel A. Safran
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 2, 2022, ISSN 0031-9007
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevlett.129.128102

Structural determinants of co-translational protein complex assembly

Autoren: Saurav Mallik, Johannes Venezian, Arseniy Lobov, Meta Heidenreich, Hector Garcia-Seisdedos, Todd O. Yeates, Ayala Shiber, Emmanuel D. Levy
Veröffentlicht in: Cell, 2026, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1101/2024.01.20.576408

PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data

Autoren: Mihaly Varadi; Stephen Anyango; David R. Armstrong; John M. Berrisford; Preeti Choudhary; Mandar Deshpande; Nurul Nadzirin; Sreenath Nair; Lukáš Pravda; Ahsan Tanweer; Bissan Al-Lazikani; Claudia Andreini; Geoffrey J. Barton; David Bednar; Karel Berka; Tom L. Blundell; Kelly P Brock; José María Carazo; Jiri Damborsky; Alessia David; Sucharita Dey; Roland L. Dunbrack; Juan Fernandez Recio; Fran
Veröffentlicht in: D534-D542, Ausgabe 2, 2021, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab988

A unified statistical potential reveals that amino acid stickiness governs nonspecific recruitment of client proteins into condensates

Autoren: José A. Villegas; Emmanuel D. Levy
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 1, 2022, ISSN 0961-8368
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4361

Abundance Imparts Evolutionary Constraints of Similar Magnitude on the Buried, Surface, and Disordered Regions of Proteins

Autoren: Benjamin Dubreuil, Emmanuel D. Levy
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, Ausgabe 8, 2021, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fmolb.2021.626729

A pharmacological modality to sequester homomeric proteins

Autoren: Ella Livnah, Ohad Suss, Adi Rogel, Atar Gilat, Yuval Abdan, Jose D Villegas, Barr Tivon, Shira Albeck, Tamar Unger, Ofra Golani, Inna Goliand, David Margulies, Emmanuel D Levy, Nir London
Veröffentlicht in: Nature chemical biology, 2026, ISSN 1552-4450
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2025.03.05.641597

Mutation-induced filaments of folded proteins are inert and non-toxic in a cellular system

Autoren: Tal Levin, Hector Garcia-Seisdedos, Arseniy Lobov, Matthias Wojtynek, Alexander Alexandrov, Ghil Jona, Dikla Levi, Ohad Medalia, Emmanuel D Levy
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 21, 2026, Seite(n) 1306-1324, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-025-00144-y

Other (1)

The phase separation landscape of genome-wide genetic perturbations

Autoren: Meta Heidenreich, Saurabh Mathur, Tong Shu, Ying Xie, David Sriker, Benjamin Dubreuil, Liam Holt, Emmanuel D. Levy
Veröffentlicht in: 2026
Herausgeber: openRxiv
DOI: 10.1101/2024.10.25.620319