Understanding Circumventing Antibiotic REsistance

Información del proyecto

uCARE

Identificador del acuerdo de subvención: 819454

DOI

10.3030/819454

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 14 Febrero 2019

Fecha de inicio 1 Marzo 2019

Fecha de finalización 31 Agosto 2024

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 986 004,00

Aportación de la UE

€ 1 986 004,00

Coordinado por

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
Germany

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Publicaciones

Peer reviewed articles (10)

SARS-CoV-2 infection remodels the host protein thermal stability landscape.

Autores: Joel Selkrig; Megan L. Stanifer; André Mateus; Karin Mitosch; Inigo Barrio-Hernandez; Mandy Rettel; Heeyoung Kim; Carlos G P Voogdt; Philipp Walch; Philipp Walch; Carmon Kee; Nils Kurzawa; Nils Kurzawa; Frank Stein; Clement M. Potel; Anna Jarzab; Bernhard Kuster; Ralf Bartenschlager; Ralf Bartenschlager; Steeve Boulant; Steeve Boulant; Pedro Beltrao; Athanasios Typas; Mikhail M. Savitski
Publicado en: Molecular Systems Biology, Vol 17, Iss 2, Pp n/a-n/a (2021), Edición 1, 2021, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.21203/rs.3.rs-105193/v1

Harnessing gut microbial communities to unravel microbiome functions

Autores: Samir Giri, Handuo Shi, Athanasios Typas, Kerwyn Casey Huang
Publicado en: Current Opinion in Microbiology, Edición 83, 2025, Página(s) 102578, ISSN 1369-5274
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2024.102578

Randomly barcoded transposon mutant libraries for gut commensals II: Applying libraries for functional genetics

Autores: Carlos Geert Pieter Voogdt, Surya Tripathi, Stefan Oliver Bassler, Saria A. McKeithen-Mead, Emma R. Guiberson, Alexandra Koumoutsi, Afonso Martins Bravo, Cullen Buie, Michael Zimmermann, Justin L. Sonnenburg, Athanasios Typas, Adam M. Deutschbauer, Anthony L. Shiver, Kerwyn Casey Huang
Publicado en: Cell Reports, Edición 43, 2024, Página(s) 113519, ISSN 2211-1247
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113519

Unravelling the collateral damage of antibiotics on gut bacteria

Autores: Lisa Maier, Camille V. Goemans, Jakob Wirbel, Michael Kuhn, Claudia Eberl, Mihaela Pruteanu, Patrick Müller, Sarela Garcia-Santamarina, Elisabetta Cacace, Boyao Zhang, Cordula Gekeler, Tisya Banerjee, Exene Erin Anderson, Alessio Milanese, Ulrike Löber, Sofia K. Forslund, Kiran Raosaheb Patil, Michael Zimmermann, Bärbel Stecher, Georg Zeller, Peer Bork, Athanasios Typas
Publicado en: Nature, Edición 599/7883, 2021, Página(s) 120-124, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-03986-2

Bioactivity assessment of natural compounds using machine learning models trained on target similarity between drugs

Autores: Vinita Periwal, Stefan Bassler, Sergej Andrejev, Natalia Gabrielli, Kaustubh Raosaheb Patil, Athanasios Typas, Kiran Raosaheb Pati
Publicado en: PLOS Computational Biology, 2023, ISSN 1553-7358
Editor: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010029

Randomly barcoded transposon mutant libraries for gut commensals I: Strategies for efficient library construction

Autores: Surya Tripathi, Carlos Geert Pieter Voogdt, Stefan Oliver Bassler, Mary Anderson, Po-Hsun Huang, Nazgul Sakenova, Tümay Capraz, Sunit Jain, Alexandra Koumoutsi, Afonso Martins Bravo, Valentine Trotter, Michael Zimmerman, Justin L. Sonnenburg, Cullen Buie, Athanasios Typas, Adam M. Deutschbauer, Anthony L. Shiver, Kerwyn Casey Huang
Publicado en: Cell Reports, Edición 43, 2024, Página(s) 113517, ISSN 2211-1247
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113517

High-throughput anaerobic screening for identifying compounds acting against gut bacteria in monocultures or communities

Autores: Patrick Müller, Jacobo de la Cuesta-Zuluaga, Michael Kuhn, Maral Baghai Arassi, Tim Treis, Sonja Blasche, Michael Zimmermann, Peer Bork, Kiran Raosaheb Patil, Athanasios Typas, Sarela Garcia-Santamarina, Lisa Maier
Publicado en: Nature Protocols, Edición 19, 2024, Página(s) 668-699, ISSN 1754-2189
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-023-00926-4

Emergence of community behaviors in the gut microbiota upon drug treatment

Autores: Sarela Garcia-Santamarina, Michael Kuhn, Saravanan Devendran, Lisa Maier, Marja Driessen, André Mateus, Eleonora Mastrorilli, Ana Rita Brochado, Mikhail M. Savitski, Kiran R. Patil, Michael Zimmermann, Peer Bork, Athanasios Typas
Publicado en: Cell, Edición 187, 2024, Página(s) 6346-6357.e20, ISSN 0092-8674
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2024.08.037

Systematic mapping of antibiotic cross-resistance and collateral sensitivity with chemical genetics

Autores: Nazgul Sakenova, Elisabetta Cacace, Askarbek Orakov, Florian Huber, Vallo Varik, George Kritikos, Jan Michiels, Peer Bork, Pascale Cossart, Camille V. Goemans, Athanasios Typas
Publicado en: Nature Microbiology, Edición 10, 2025, Página(s) 202-216, ISSN 2058-5276
Editor: Springer Nature Limited
DOI: 10.1038/s41564-024-01857-w

Towards a mechanistic understanding of reciprocal drug–microbiome interactions

Autores: Michael Zimmermann, Kiran Raosaheb Patil, Athanasios Typas, Lisa Maier
Publicado en: Molecular Systems Biology, Edición 17/3, 2021, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202010116

Other (1)

Emergence of community behaviors in the gut microbiota upon drug treatment

Autores: Sarela Garcia-Santamarina, Michael Kuhn, Saravanan Devendran, Lisa Maier, Marja Driessen, André Mateus, Eleonora Mastrorilli, Ana Rita Brochado, Mikhail M. Savitski, Kiran R. Patil, Michael Zimmermann, Peer Bork, Athanasios Typas
Publicado en: bioRxiv, 2023
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.06.13.544832

Derechos de propiedad intelectual

Patent (1)

COMPOUNDS AND PHARMACEUTICAL COMPOSITIONS FOR PREVENTION AND/OR TREATMENT OF DYSBIOSIS AND ANTIBACTERIAL ANTIDOTES FOR MICROBIOME-PROTECTION

Número de solicitud/publicación: 19 216548
Fecha: 2019-12-16
Solicitante(s): EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY