Understanding Circumventing Antibiotic REsistance

Projektinformationen

uCARE

ID Finanzhilfevereinbarung: 819454

DOI

10.3030/819454

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 14 Februar 2019

Startdatum 1 März 2019

Enddatum 31 August 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 986 004,00

EU-Beitrag

€ 1 986 004,00

Koordiniert durch

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (10)

SARS-CoV-2 infection remodels the host protein thermal stability landscape.

Autoren: Joel Selkrig; Megan L. Stanifer; André Mateus; Karin Mitosch; Inigo Barrio-Hernandez; Mandy Rettel; Heeyoung Kim; Carlos G P Voogdt; Philipp Walch; Philipp Walch; Carmon Kee; Nils Kurzawa; Nils Kurzawa; Frank Stein; Clement M. Potel; Anna Jarzab; Bernhard Kuster; Ralf Bartenschlager; Ralf Bartenschlager; Steeve Boulant; Steeve Boulant; Pedro Beltrao; Athanasios Typas; Mikhail M. Savitski
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Vol 17, Iss 2, Pp n/a-n/a (2021), Ausgabe 1, 2021, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.21203/rs.3.rs-105193/v1

Harnessing gut microbial communities to unravel microbiome functions

Autoren: Samir Giri, Handuo Shi, Athanasios Typas, Kerwyn Casey Huang
Veröffentlicht in: Current Opinion in Microbiology, Ausgabe 83, 2025, Seite(n) 102578, ISSN 1369-5274
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2024.102578

Randomly barcoded transposon mutant libraries for gut commensals II: Applying libraries for functional genetics

Autoren: Carlos Geert Pieter Voogdt, Surya Tripathi, Stefan Oliver Bassler, Saria A. McKeithen-Mead, Emma R. Guiberson, Alexandra Koumoutsi, Afonso Martins Bravo, Cullen Buie, Michael Zimmermann, Justin L. Sonnenburg, Athanasios Typas, Adam M. Deutschbauer, Anthony L. Shiver, Kerwyn Casey Huang
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 43, 2024, Seite(n) 113519, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113519

Unravelling the collateral damage of antibiotics on gut bacteria

Autoren: Lisa Maier, Camille V. Goemans, Jakob Wirbel, Michael Kuhn, Claudia Eberl, Mihaela Pruteanu, Patrick Müller, Sarela Garcia-Santamarina, Elisabetta Cacace, Boyao Zhang, Cordula Gekeler, Tisya Banerjee, Exene Erin Anderson, Alessio Milanese, Ulrike Löber, Sofia K. Forslund, Kiran Raosaheb Patil, Michael Zimmermann, Bärbel Stecher, Georg Zeller, Peer Bork, Athanasios Typas
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 599/7883, 2021, Seite(n) 120-124, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-03986-2

Bioactivity assessment of natural compounds using machine learning models trained on target similarity between drugs

Autoren: Vinita Periwal, Stefan Bassler, Sergej Andrejev, Natalia Gabrielli, Kaustubh Raosaheb Patil, Athanasios Typas, Kiran Raosaheb Pati
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, 2023, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010029

Randomly barcoded transposon mutant libraries for gut commensals I: Strategies for efficient library construction

Autoren: Surya Tripathi, Carlos Geert Pieter Voogdt, Stefan Oliver Bassler, Mary Anderson, Po-Hsun Huang, Nazgul Sakenova, Tümay Capraz, Sunit Jain, Alexandra Koumoutsi, Afonso Martins Bravo, Valentine Trotter, Michael Zimmerman, Justin L. Sonnenburg, Cullen Buie, Athanasios Typas, Adam M. Deutschbauer, Anthony L. Shiver, Kerwyn Casey Huang
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 43, 2024, Seite(n) 113517, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113517

High-throughput anaerobic screening for identifying compounds acting against gut bacteria in monocultures or communities

Autoren: Patrick Müller, Jacobo de la Cuesta-Zuluaga, Michael Kuhn, Maral Baghai Arassi, Tim Treis, Sonja Blasche, Michael Zimmermann, Peer Bork, Kiran Raosaheb Patil, Athanasios Typas, Sarela Garcia-Santamarina, Lisa Maier
Veröffentlicht in: Nature Protocols, Ausgabe 19, 2024, Seite(n) 668-699, ISSN 1754-2189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-023-00926-4

Emergence of community behaviors in the gut microbiota upon drug treatment

Autoren: Sarela Garcia-Santamarina, Michael Kuhn, Saravanan Devendran, Lisa Maier, Marja Driessen, André Mateus, Eleonora Mastrorilli, Ana Rita Brochado, Mikhail M. Savitski, Kiran R. Patil, Michael Zimmermann, Peer Bork, Athanasios Typas
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 187, 2024, Seite(n) 6346-6357.e20, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2024.08.037

Systematic mapping of antibiotic cross-resistance and collateral sensitivity with chemical genetics

Autoren: Nazgul Sakenova, Elisabetta Cacace, Askarbek Orakov, Florian Huber, Vallo Varik, George Kritikos, Jan Michiels, Peer Bork, Pascale Cossart, Camille V. Goemans, Athanasios Typas
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 10, 2025, Seite(n) 202-216, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Springer Nature Limited
DOI: 10.1038/s41564-024-01857-w

Towards a mechanistic understanding of reciprocal drug–microbiome interactions

Autoren: Michael Zimmermann, Kiran Raosaheb Patil, Athanasios Typas, Lisa Maier
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 17/3, 2021, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202010116

Other (1)

Emergence of community behaviors in the gut microbiota upon drug treatment

Autoren: Sarela Garcia-Santamarina, Michael Kuhn, Saravanan Devendran, Lisa Maier, Marja Driessen, André Mateus, Eleonora Mastrorilli, Ana Rita Brochado, Mikhail M. Savitski, Kiran R. Patil, Michael Zimmermann, Peer Bork, Athanasios Typas
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.06.13.544832

Rechte des geistigen Eigentums

Patent (1)

COMPOUNDS AND PHARMACEUTICAL COMPOSITIONS FOR PREVENTION AND/OR TREATMENT OF DYSBIOSIS AND ANTIBACTERIAL ANTIDOTES FOR MICROBIOME-PROTECTION

Antrags-/Publikationsnummer: 19 216548
Datum: 2019-12-16
Antragsteller: EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY