Understanding Circumventing Antibiotic REsistance

Informazioni relative al progetto

uCARE

ID dell’accordo di sovvenzione: 819454

DOI

10.3030/819454

Progetto chiuso

Data della firma CE 14 Febbraio 2019

Data di avvio 1 Marzo 2019

Data di completamento 31 Agosto 2024

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 986 004,00

Contributo UE

€ 1 986 004,00

Coordinato da

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
Germany

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (10)

SARS-CoV-2 infection remodels the host protein thermal stability landscape.

Autori: Joel Selkrig; Megan L. Stanifer; André Mateus; Karin Mitosch; Inigo Barrio-Hernandez; Mandy Rettel; Heeyoung Kim; Carlos G P Voogdt; Philipp Walch; Philipp Walch; Carmon Kee; Nils Kurzawa; Nils Kurzawa; Frank Stein; Clement M. Potel; Anna Jarzab; Bernhard Kuster; Ralf Bartenschlager; Ralf Bartenschlager; Steeve Boulant; Steeve Boulant; Pedro Beltrao; Athanasios Typas; Mikhail M. Savitski
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, Vol 17, Iss 2, Pp n/a-n/a (2021), Numero 1, 2021, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.21203/rs.3.rs-105193/v1

Harnessing gut microbial communities to unravel microbiome functions

Autori: Samir Giri, Handuo Shi, Athanasios Typas, Kerwyn Casey Huang
Pubblicato in: Current Opinion in Microbiology, Numero 83, 2025, Pagina/e 102578, ISSN 1369-5274
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2024.102578

Randomly barcoded transposon mutant libraries for gut commensals II: Applying libraries for functional genetics

Autori: Carlos Geert Pieter Voogdt, Surya Tripathi, Stefan Oliver Bassler, Saria A. McKeithen-Mead, Emma R. Guiberson, Alexandra Koumoutsi, Afonso Martins Bravo, Cullen Buie, Michael Zimmermann, Justin L. Sonnenburg, Athanasios Typas, Adam M. Deutschbauer, Anthony L. Shiver, Kerwyn Casey Huang
Pubblicato in: Cell Reports, Numero 43, 2024, Pagina/e 113519, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113519

Unravelling the collateral damage of antibiotics on gut bacteria

Autori: Lisa Maier, Camille V. Goemans, Jakob Wirbel, Michael Kuhn, Claudia Eberl, Mihaela Pruteanu, Patrick Müller, Sarela Garcia-Santamarina, Elisabetta Cacace, Boyao Zhang, Cordula Gekeler, Tisya Banerjee, Exene Erin Anderson, Alessio Milanese, Ulrike Löber, Sofia K. Forslund, Kiran Raosaheb Patil, Michael Zimmermann, Bärbel Stecher, Georg Zeller, Peer Bork, Athanasios Typas
Pubblicato in: Nature, Numero 599/7883, 2021, Pagina/e 120-124, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-03986-2

Bioactivity assessment of natural compounds using machine learning models trained on target similarity between drugs

Autori: Vinita Periwal, Stefan Bassler, Sergej Andrejev, Natalia Gabrielli, Kaustubh Raosaheb Patil, Athanasios Typas, Kiran Raosaheb Pati
Pubblicato in: PLOS Computational Biology, 2023, ISSN 1553-7358
Editore: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010029

Randomly barcoded transposon mutant libraries for gut commensals I: Strategies for efficient library construction

Autori: Surya Tripathi, Carlos Geert Pieter Voogdt, Stefan Oliver Bassler, Mary Anderson, Po-Hsun Huang, Nazgul Sakenova, Tümay Capraz, Sunit Jain, Alexandra Koumoutsi, Afonso Martins Bravo, Valentine Trotter, Michael Zimmerman, Justin L. Sonnenburg, Cullen Buie, Athanasios Typas, Adam M. Deutschbauer, Anthony L. Shiver, Kerwyn Casey Huang
Pubblicato in: Cell Reports, Numero 43, 2024, Pagina/e 113517, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113517

High-throughput anaerobic screening for identifying compounds acting against gut bacteria in monocultures or communities

Autori: Patrick Müller, Jacobo de la Cuesta-Zuluaga, Michael Kuhn, Maral Baghai Arassi, Tim Treis, Sonja Blasche, Michael Zimmermann, Peer Bork, Kiran Raosaheb Patil, Athanasios Typas, Sarela Garcia-Santamarina, Lisa Maier
Pubblicato in: Nature Protocols, Numero 19, 2024, Pagina/e 668-699, ISSN 1754-2189
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-023-00926-4

Emergence of community behaviors in the gut microbiota upon drug treatment

Autori: Sarela Garcia-Santamarina, Michael Kuhn, Saravanan Devendran, Lisa Maier, Marja Driessen, André Mateus, Eleonora Mastrorilli, Ana Rita Brochado, Mikhail M. Savitski, Kiran R. Patil, Michael Zimmermann, Peer Bork, Athanasios Typas
Pubblicato in: Cell, Numero 187, 2024, Pagina/e 6346-6357.e20, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2024.08.037

Systematic mapping of antibiotic cross-resistance and collateral sensitivity with chemical genetics

Autori: Nazgul Sakenova, Elisabetta Cacace, Askarbek Orakov, Florian Huber, Vallo Varik, George Kritikos, Jan Michiels, Peer Bork, Pascale Cossart, Camille V. Goemans, Athanasios Typas
Pubblicato in: Nature Microbiology, Numero 10, 2025, Pagina/e 202-216, ISSN 2058-5276
Editore: Springer Nature Limited
DOI: 10.1038/s41564-024-01857-w

Towards a mechanistic understanding of reciprocal drug–microbiome interactions

Autori: Michael Zimmermann, Kiran Raosaheb Patil, Athanasios Typas, Lisa Maier
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, Numero 17/3, 2021, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202010116

Other (1)

Emergence of community behaviors in the gut microbiota upon drug treatment

Autori: Sarela Garcia-Santamarina, Michael Kuhn, Saravanan Devendran, Lisa Maier, Marja Driessen, André Mateus, Eleonora Mastrorilli, Ana Rita Brochado, Mikhail M. Savitski, Kiran R. Patil, Michael Zimmermann, Peer Bork, Athanasios Typas
Pubblicato in: bioRxiv, 2023
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.06.13.544832

Diritti di proprietà intellettuale

Patent (1)

COMPOUNDS AND PHARMACEUTICAL COMPOSITIONS FOR PREVENTION AND/OR TREATMENT OF DYSBIOSIS AND ANTIBACTERIAL ANTIDOTES FOR MICROBIOME-PROTECTION

Numero candidatura/pubblicazione: 19 216548
Data: 2019-12-16
Candidato/i: EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY