Understanding Circumventing Antibiotic REsistance

Informations projet

uCARE

N° de convention de subvention: 819454

DOI

10.3030/819454

Projet clôturé

Date de signature de la CE 14 Février 2019

Date de début 1 Mars 2019

Date de fin 31 Août 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 986 004,00

Contribution de l’UE

€ 1 986 004,00

Coordonné par

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
Germany

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Publications

Peer reviewed articles (10)

SARS-CoV-2 infection remodels the host protein thermal stability landscape.

Auteurs: Joel Selkrig; Megan L. Stanifer; André Mateus; Karin Mitosch; Inigo Barrio-Hernandez; Mandy Rettel; Heeyoung Kim; Carlos G P Voogdt; Philipp Walch; Philipp Walch; Carmon Kee; Nils Kurzawa; Nils Kurzawa; Frank Stein; Clement M. Potel; Anna Jarzab; Bernhard Kuster; Ralf Bartenschlager; Ralf Bartenschlager; Steeve Boulant; Steeve Boulant; Pedro Beltrao; Athanasios Typas; Mikhail M. Savitski
Publié dans: Molecular Systems Biology, Vol 17, Iss 2, Pp n/a-n/a (2021), Numéro 1, 2021, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.21203/rs.3.rs-105193/v1

Harnessing gut microbial communities to unravel microbiome functions

Auteurs: Samir Giri, Handuo Shi, Athanasios Typas, Kerwyn Casey Huang
Publié dans: Current Opinion in Microbiology, Numéro 83, 2025, Page(s) 102578, ISSN 1369-5274
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2024.102578

Randomly barcoded transposon mutant libraries for gut commensals II: Applying libraries for functional genetics

Auteurs: Carlos Geert Pieter Voogdt, Surya Tripathi, Stefan Oliver Bassler, Saria A. McKeithen-Mead, Emma R. Guiberson, Alexandra Koumoutsi, Afonso Martins Bravo, Cullen Buie, Michael Zimmermann, Justin L. Sonnenburg, Athanasios Typas, Adam M. Deutschbauer, Anthony L. Shiver, Kerwyn Casey Huang
Publié dans: Cell Reports, Numéro 43, 2024, Page(s) 113519, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113519

Unravelling the collateral damage of antibiotics on gut bacteria

Auteurs: Lisa Maier, Camille V. Goemans, Jakob Wirbel, Michael Kuhn, Claudia Eberl, Mihaela Pruteanu, Patrick Müller, Sarela Garcia-Santamarina, Elisabetta Cacace, Boyao Zhang, Cordula Gekeler, Tisya Banerjee, Exene Erin Anderson, Alessio Milanese, Ulrike Löber, Sofia K. Forslund, Kiran Raosaheb Patil, Michael Zimmermann, Bärbel Stecher, Georg Zeller, Peer Bork, Athanasios Typas
Publié dans: Nature, Numéro 599/7883, 2021, Page(s) 120-124, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-03986-2

Bioactivity assessment of natural compounds using machine learning models trained on target similarity between drugs

Auteurs: Vinita Periwal, Stefan Bassler, Sergej Andrejev, Natalia Gabrielli, Kaustubh Raosaheb Patil, Athanasios Typas, Kiran Raosaheb Pati
Publié dans: PLOS Computational Biology, 2023, ISSN 1553-7358
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010029

Randomly barcoded transposon mutant libraries for gut commensals I: Strategies for efficient library construction

Auteurs: Surya Tripathi, Carlos Geert Pieter Voogdt, Stefan Oliver Bassler, Mary Anderson, Po-Hsun Huang, Nazgul Sakenova, Tümay Capraz, Sunit Jain, Alexandra Koumoutsi, Afonso Martins Bravo, Valentine Trotter, Michael Zimmerman, Justin L. Sonnenburg, Cullen Buie, Athanasios Typas, Adam M. Deutschbauer, Anthony L. Shiver, Kerwyn Casey Huang
Publié dans: Cell Reports, Numéro 43, 2024, Page(s) 113517, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113517

High-throughput anaerobic screening for identifying compounds acting against gut bacteria in monocultures or communities

Auteurs: Patrick Müller, Jacobo de la Cuesta-Zuluaga, Michael Kuhn, Maral Baghai Arassi, Tim Treis, Sonja Blasche, Michael Zimmermann, Peer Bork, Kiran Raosaheb Patil, Athanasios Typas, Sarela Garcia-Santamarina, Lisa Maier
Publié dans: Nature Protocols, Numéro 19, 2024, Page(s) 668-699, ISSN 1754-2189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-023-00926-4

Emergence of community behaviors in the gut microbiota upon drug treatment

Auteurs: Sarela Garcia-Santamarina, Michael Kuhn, Saravanan Devendran, Lisa Maier, Marja Driessen, André Mateus, Eleonora Mastrorilli, Ana Rita Brochado, Mikhail M. Savitski, Kiran R. Patil, Michael Zimmermann, Peer Bork, Athanasios Typas
Publié dans: Cell, Numéro 187, 2024, Page(s) 6346-6357.e20, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2024.08.037

Systematic mapping of antibiotic cross-resistance and collateral sensitivity with chemical genetics

Auteurs: Nazgul Sakenova, Elisabetta Cacace, Askarbek Orakov, Florian Huber, Vallo Varik, George Kritikos, Jan Michiels, Peer Bork, Pascale Cossart, Camille V. Goemans, Athanasios Typas
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 10, 2025, Page(s) 202-216, ISSN 2058-5276
Éditeur: Springer Nature Limited
DOI: 10.1038/s41564-024-01857-w

Towards a mechanistic understanding of reciprocal drug–microbiome interactions

Auteurs: Michael Zimmermann, Kiran Raosaheb Patil, Athanasios Typas, Lisa Maier
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 17/3, 2021, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202010116

Other (1)

Emergence of community behaviors in the gut microbiota upon drug treatment

Auteurs: Sarela Garcia-Santamarina, Michael Kuhn, Saravanan Devendran, Lisa Maier, Marja Driessen, André Mateus, Eleonora Mastrorilli, Ana Rita Brochado, Mikhail M. Savitski, Kiran R. Patil, Michael Zimmermann, Peer Bork, Athanasios Typas
Publié dans: bioRxiv, 2023
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.06.13.544832

Droits de propriété intellectuelle

Patent (1)

COMPOUNDS AND PHARMACEUTICAL COMPOSITIONS FOR PREVENTION AND/OR TREATMENT OF DYSBIOSIS AND ANTIBACTERIAL ANTIDOTES FOR MICROBIOME-PROTECTION

Numéro de demande/publication: 19 216548
Date: 2019-12-16
Demandeur(s): EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY