Descripción del proyecto
Información sobre la cinética del ciclo de vida del ARN
Los métodos de secuenciación de ARN convencionales proporcionan información sobre los cambios cualitativos y cuantitativos de todos los tipos de ARN de una célula. Esto significa que no es posible discriminar con resolución temporal entre tipos de ARN recién sintetizados y ya existentes. El proyecto SLAMseq, financiado con fondos europeos, se centrará en el método de alquilación ligada a tiol para la secuenciación metabólica del ARN (SLAMseq), desarrollado recientemente, que permite la cuantificación del ARN recién sintetizado. Sus investigadores no solo proporcionarán información sobre la cinética de la expresión génica, sino que además emplearán el método SLAMseq para determinar la biogénesis y la sustitución de diferentes moléculas de ARN, como los microARN.
Objetivo
Current gene expression profiling by massive parallel RNA sequencing provides insight into relative abundance of RNA molecules but fails to resolve the underlying principles in gene regulation that are reflected in the intracellular kinetics of RNA biogenesis, processing and turnover. In the ERC-StG 'miRLIFE', we have developed a novel technology – SLAMseq – that uncovers a chemically modified nucleoside analog by sequencing. When coupled to metabolic RNA labeling and targeted RNA sequencing, SLAMseq provides unprecedented insights into the intracellular kinetics of gene expression in a rapid, scalable and cost-effective manner. Preliminary data show that the SLAMseq technology can be used to modify other nucleoside analogs and be applied for non-targeted RNA seq protocols. In this PoC, we aim to validate and prove this broader applicability of SLAMseq in order to enable and commercialize genome-wide, time-resolved transcriptomics. In this way, metabolic RNA sequencing will revolutionise biomedical research by providing experimental access to the molecular basis of human malignancies and treatments thereof.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
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Programa(s)
Régimen de financiación
ERC-POC - Proof of Concept GrantInstitución de acogida
1030 Wien
Austria