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SLAMseq: Temporal resolution in gene expression profiling across multiple platforms

Projektbeschreibung

Einblick in die Kinetik des RNA-Lebenszyklus

Konventionelle RNA-Sequenzierungsmethoden geben Aufschluss über die qualitativen und quantitativen Veränderungen aller RNA-Spezies in einer Zelle. Es ist also nicht möglich, zeitaufgelöst zwischen neu synthetisierten und bestehenden RNA-Spezies zu unterscheiden. Im Mittelpunkt des EU-finanzierten Projekts SLAMseq steht die kürzlich entwickelte Methode der Thiol-verknüpften Alkylierung für die metabolische Sequenzierung von RNA (SLAMseq), die eine Quantifizierung der neu synthetisierten RNA gestattet. Neben Einblicken in die Kinetik der Genexpression werden die Forschenden SLAMseq einsetzen, um die Biogenese und den Umsatz verschiedener RNA-Moleküle, wie z. B. microRNAs, zu bestimmen.

Ziel

Current gene expression profiling by massive parallel RNA sequencing provides insight into relative abundance of RNA molecules but fails to resolve the underlying principles in gene regulation that are reflected in the intracellular kinetics of RNA biogenesis, processing and turnover. In the ERC-StG 'miRLIFE', we have developed a novel technology – SLAMseq – that uncovers a chemically modified nucleoside analog by sequencing. When coupled to metabolic RNA labeling and targeted RNA sequencing, SLAMseq provides unprecedented insights into the intracellular kinetics of gene expression in a rapid, scalable and cost-effective manner. Preliminary data show that the SLAMseq technology can be used to modify other nucleoside analogs and be applied for non-targeted RNA seq protocols. In this PoC, we aim to validate and prove this broader applicability of SLAMseq in order to enable and commercialize genome-wide, time-resolved transcriptomics. In this way, metabolic RNA sequencing will revolutionise biomedical research by providing experimental access to the molecular basis of human malignancies and treatments thereof.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

Programm/Programme

Thema/Themen

Finanzierungsplan

ERC-POC - Proof of Concept Grant

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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

(öffnet in neuem Fenster) ERC-2018-PoC

Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigen

Gastgebende Einrichtung

INSTITUT FUER MOLEKULARE BIOTECHNOLOGIE GMBH
Netto-EU-Beitrag
€ 150 000,00
Adresse
DR BOHRGASSE 3
1030 Wien
Österreich
Region
Ostösterreich Wien Wien
Aktivitätstyp
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Links
Gesamtkosten
€ 150 000,00

Begünstigte (1)