Breaking borders, Functional genetic screens of structural regulatory DNA elements

Informations projet

Breakborder

N° de convention de subvention: 832844

DOI

10.3030/832844

Projet clôturé

Date de signature de la CE 23 Mai 2019

Date de début 1 Septembre 2019

Date de fin 31 Août 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 497 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 497 000,00

Coordonné par

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (11)

A comprehensive enhancer screen identifies TRAM2 as a key and novel mediator of YAP oncogenesis

Auteurs: Li Li, Alejandro P. Ugalde, Colinda L. G. J. Scheele, Sebastian M. Dieter, Remco Nagel, Jin Ma, Abhijeet Pataskar, Gozde Korkmaz, Ran Elkon, Miao-Ping Chien, Li You, Pin-Rui Su, Onno B. Bleijerveld, Maarten Altelaar, Lyubomir Momchev, Zohar Manber, Ruiqi Han, Pieter C. van Breugel, Rui Lopes, Peter ten Dijke, Jacco van Rheenen, Reuven Agami
Publié dans: Genome Biology, Numéro 22/1, 2021, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-021-02272-8

A CRISPR-Cas9 screen identifies essential CTCF anchor sites for estrogen receptor-driven breast cancer cell proliferation

Auteurs: Gozde Korkmaz, Zohar Manber, Rui Lopes, Stefan Prekovic, Karianne Schuurman, Yongsoo Kim, Hans Teunissen, Koen Flach, Elzo de Wit, Giorgio G Galli, Wilbert Zwart, Ran Elkon, Reuven Agami
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 47/18, 2019, Page(s) 9557-9572, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz675

DNA damage induces p53-independent apoptosis through ribosome stalling

Auteurs: Nicolaas J. Boon, Rafaela A. Oliveira, Pierré-René Körner, Adva Kochavi, Sander Mertens, Yuval Malka, Rhianne Voogd, Suzanne E. M. van der Horst, Maarten A. Huismans, Lidwien P. Smabers, Jonne M. Draper, Lodewyk F. A. Wessels, Peter Haahr, Jeanine M. L. Roodhart, Ton N. M. Schumacher, Hugo J. Snippert, Reuven Agami, Thijn R. Brummelkamp
Publié dans: Science, Numéro 384, 2024, Page(s) 785-792, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adh7950

Molecular mechanisms of non-genetic aberrant peptide production in cancer

Auteurs: Demi Wernaart, Amos Fumagalli, Reuven Agami
Publié dans: Oncogene, Numéro 43, 2024, Page(s) 2053-2062, ISSN 0950-9232
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41388-024-03069-2

Arginine deprivation enriches lung cancer proteomes with cysteine by inducing arginine-to-cysteine substitutants

Auteurs: Chao Yang, Abhijeet Pataskar, Xiaodong Feng, Jasmine Montenegro Navarro, Inés Paniagua, Jacqueline J.L. Jacobs, Esther A. Zaal, Celia R. Berkers, Onno B. Bleijerveld, Reuven Agami
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 84, 2024, Page(s) 1904-1916.e7, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.04.012

Tryptophan depletion results in tryptophan-to-phenylalanine substitutants

Auteurs: Abhijeet Pataskar, Julien Champagne, Remco Nagel, Juliana Kenski, Maarja Laos, Justine Michaux, Hui Song Pak, Onno B. Bleijerveld, Kelly Mordente, Jasmine Montenegro Navarro, Naomi Blommaert, Morten M. Nielsen, Domenica Lovecchio, Everett Stone, George Georgiou, Mark C. de Gooijer, Olaf van Tellingen, Maarten Altelaar, Robbie P. Joosten, Anastassis Perrakis, Johanna Olweus, Michal Bassani-Sternber
Publié dans: Nature, 2022, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-04499-2

Oncogene-dependent sloppiness in mRNA translation

Auteurs: Julien Champagne, Abhijeet Pataskar, Naomi Blommaert, Remco Nagel, Demi Wernaart, Sofia Ramalho, Juliana Kenski, Onno B Bleijerveld, Esther A Zaal, Celia R Berkers, Maarten Altelaar, Daniel S Peeper, William J Faller, Reuven Agami
Publié dans: Molecular Cell, 2021, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.09.002

Alternative cleavage and polyadenylation generates downstream uncapped RNA isoforms with translation potential

Auteurs: Yuval Malka, Ferhat Alkan, Shinyeong Ju, Pierre-Rene Körner, Abhijeet Pataskar, Eldad Shulman, Fabricio Loayza-Puch, Julien Champagne, Casper Wenzel, William James Faller, Ran Elkon, Cheolju Lee, Reuven Agami
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 82, 2024, Page(s) 3840-3855.e8, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.09.036

Boosting Antitumor Immunity with an Expanded Neoepitope Landscape

Auteurs: Remco Nagel, Abhijeet Pataskar, Julien Champagne, Reuven Agami
Publié dans: Cancer Research, Numéro 82, 2023, Page(s) 3637-3649, ISSN 0008-5472
Éditeur: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/0008-5472.can-22-1525

Proteome diversification by mRNA translation in cancer

Auteurs: Adva Kochavi, Domenica Lovecchio, William James Faller, Reuven Agami
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 83, 2024, Page(s) 469-480, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.11.014

Anti-tumour immunity induces aberrant peptide presentation in melanoma

Auteurs: Osnat Bartok, Abhijeet Pataskar, Remco Nagel, Maarja Laos, Eden Goldfarb, Deborah Hayoun, Ronen Levy, Pierre-Rene Körner, Inger Z. M. Kreuger, Julien Champagne, Esther A. Zaal, Onno B. Bleijerveld, Xinyao Huang, Juliana Kenski, Jennifer Wargo, Alexander Brandis, Yishai Levin, Orel Mizrahi, Michal Alon, Sacha Lebon, Weiwen Yang, Morten M. Nielsen, Noam Stern-Ginossar, Maarten Altelaar, Celia R. Be
Publié dans: Nature, Numéro 590/7845, 2021, Page(s) 332-337, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-03054-1

Non-peer reviewed articles (1)

Two-layer design protects genes from mutations in their enhancers

Auteurs: Ran Elkon, Reuven Agami
Publié dans: Nature, Numéro 609, 2022, Page(s) 477-478, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/d41586-022-02341-3