Breaking borders, Functional genetic screens of structural regulatory DNA elements

Informazioni relative al progetto

Breakborder

ID dell’accordo di sovvenzione: 832844

DOI

10.3030/832844

Progetto chiuso

Data della firma CE 23 Maggio 2019

Data di avvio 1 Settembre 2019

Data di completamento 31 Agosto 2024

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 497 000,00

Contributo UE

€ 2 497 000,00

Coordinato da

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (11)

A comprehensive enhancer screen identifies TRAM2 as a key and novel mediator of YAP oncogenesis

Autori: Li Li, Alejandro P. Ugalde, Colinda L. G. J. Scheele, Sebastian M. Dieter, Remco Nagel, Jin Ma, Abhijeet Pataskar, Gozde Korkmaz, Ran Elkon, Miao-Ping Chien, Li You, Pin-Rui Su, Onno B. Bleijerveld, Maarten Altelaar, Lyubomir Momchev, Zohar Manber, Ruiqi Han, Pieter C. van Breugel, Rui Lopes, Peter ten Dijke, Jacco van Rheenen, Reuven Agami
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 22/1, 2021, ISSN 1474-760X
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-021-02272-8

A CRISPR-Cas9 screen identifies essential CTCF anchor sites for estrogen receptor-driven breast cancer cell proliferation

Autori: Gozde Korkmaz, Zohar Manber, Rui Lopes, Stefan Prekovic, Karianne Schuurman, Yongsoo Kim, Hans Teunissen, Koen Flach, Elzo de Wit, Giorgio G Galli, Wilbert Zwart, Ran Elkon, Reuven Agami
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 47/18, 2019, Pagina/e 9557-9572, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz675

DNA damage induces p53-independent apoptosis through ribosome stalling

Autori: Nicolaas J. Boon, Rafaela A. Oliveira, Pierré-René Körner, Adva Kochavi, Sander Mertens, Yuval Malka, Rhianne Voogd, Suzanne E. M. van der Horst, Maarten A. Huismans, Lidwien P. Smabers, Jonne M. Draper, Lodewyk F. A. Wessels, Peter Haahr, Jeanine M. L. Roodhart, Ton N. M. Schumacher, Hugo J. Snippert, Reuven Agami, Thijn R. Brummelkamp
Pubblicato in: Science, Numero 384, 2024, Pagina/e 785-792, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adh7950

Molecular mechanisms of non-genetic aberrant peptide production in cancer

Autori: Demi Wernaart, Amos Fumagalli, Reuven Agami
Pubblicato in: Oncogene, Numero 43, 2024, Pagina/e 2053-2062, ISSN 0950-9232
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41388-024-03069-2

Arginine deprivation enriches lung cancer proteomes with cysteine by inducing arginine-to-cysteine substitutants

Autori: Chao Yang, Abhijeet Pataskar, Xiaodong Feng, Jasmine Montenegro Navarro, Inés Paniagua, Jacqueline J.L. Jacobs, Esther A. Zaal, Celia R. Berkers, Onno B. Bleijerveld, Reuven Agami
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 84, 2024, Pagina/e 1904-1916.e7, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.04.012

Tryptophan depletion results in tryptophan-to-phenylalanine substitutants

Autori: Abhijeet Pataskar, Julien Champagne, Remco Nagel, Juliana Kenski, Maarja Laos, Justine Michaux, Hui Song Pak, Onno B. Bleijerveld, Kelly Mordente, Jasmine Montenegro Navarro, Naomi Blommaert, Morten M. Nielsen, Domenica Lovecchio, Everett Stone, George Georgiou, Mark C. de Gooijer, Olaf van Tellingen, Maarten Altelaar, Robbie P. Joosten, Anastassis Perrakis, Johanna Olweus, Michal Bassani-Sternber
Pubblicato in: Nature, 2022, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-04499-2

Oncogene-dependent sloppiness in mRNA translation

Autori: Julien Champagne, Abhijeet Pataskar, Naomi Blommaert, Remco Nagel, Demi Wernaart, Sofia Ramalho, Juliana Kenski, Onno B Bleijerveld, Esther A Zaal, Celia R Berkers, Maarten Altelaar, Daniel S Peeper, William J Faller, Reuven Agami
Pubblicato in: Molecular Cell, 2021, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.09.002

Alternative cleavage and polyadenylation generates downstream uncapped RNA isoforms with translation potential

Autori: Yuval Malka, Ferhat Alkan, Shinyeong Ju, Pierre-Rene Körner, Abhijeet Pataskar, Eldad Shulman, Fabricio Loayza-Puch, Julien Champagne, Casper Wenzel, William James Faller, Ran Elkon, Cheolju Lee, Reuven Agami
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 82, 2024, Pagina/e 3840-3855.e8, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.09.036

Boosting Antitumor Immunity with an Expanded Neoepitope Landscape

Autori: Remco Nagel, Abhijeet Pataskar, Julien Champagne, Reuven Agami
Pubblicato in: Cancer Research, Numero 82, 2023, Pagina/e 3637-3649, ISSN 0008-5472
Editore: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/0008-5472.can-22-1525

Proteome diversification by mRNA translation in cancer

Autori: Adva Kochavi, Domenica Lovecchio, William James Faller, Reuven Agami
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 83, 2024, Pagina/e 469-480, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.11.014

Anti-tumour immunity induces aberrant peptide presentation in melanoma

Autori: Osnat Bartok, Abhijeet Pataskar, Remco Nagel, Maarja Laos, Eden Goldfarb, Deborah Hayoun, Ronen Levy, Pierre-Rene Körner, Inger Z. M. Kreuger, Julien Champagne, Esther A. Zaal, Onno B. Bleijerveld, Xinyao Huang, Juliana Kenski, Jennifer Wargo, Alexander Brandis, Yishai Levin, Orel Mizrahi, Michal Alon, Sacha Lebon, Weiwen Yang, Morten M. Nielsen, Noam Stern-Ginossar, Maarten Altelaar, Celia R. Be
Pubblicato in: Nature, Numero 590/7845, 2021, Pagina/e 332-337, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-03054-1

Non-peer reviewed articles (1)

Two-layer design protects genes from mutations in their enhancers

Autori: Ran Elkon, Reuven Agami
Pubblicato in: Nature, Numero 609, 2022, Pagina/e 477-478, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/d41586-022-02341-3