Breaking borders, Functional genetic screens of structural regulatory DNA elements

Información del proyecto

Breakborder

Identificador del acuerdo de subvención: 832844

DOI

10.3030/832844

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 23 Mayo 2019

Fecha de inicio 1 Septiembre 2019

Fecha de finalización 31 Agosto 2024

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 497 000,00

Aportación de la UE

€ 2 497 000,00

Coordinado por

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

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Publicaciones

Peer reviewed articles (11)

A comprehensive enhancer screen identifies TRAM2 as a key and novel mediator of YAP oncogenesis

Autores: Li Li, Alejandro P. Ugalde, Colinda L. G. J. Scheele, Sebastian M. Dieter, Remco Nagel, Jin Ma, Abhijeet Pataskar, Gozde Korkmaz, Ran Elkon, Miao-Ping Chien, Li You, Pin-Rui Su, Onno B. Bleijerveld, Maarten Altelaar, Lyubomir Momchev, Zohar Manber, Ruiqi Han, Pieter C. van Breugel, Rui Lopes, Peter ten Dijke, Jacco van Rheenen, Reuven Agami
Publicado en: Genome Biology, Edición 22/1, 2021, ISSN 1474-760X
Editor: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-021-02272-8

A CRISPR-Cas9 screen identifies essential CTCF anchor sites for estrogen receptor-driven breast cancer cell proliferation

Autores: Gozde Korkmaz, Zohar Manber, Rui Lopes, Stefan Prekovic, Karianne Schuurman, Yongsoo Kim, Hans Teunissen, Koen Flach, Elzo de Wit, Giorgio G Galli, Wilbert Zwart, Ran Elkon, Reuven Agami
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición 47/18, 2019, Página(s) 9557-9572, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz675

DNA damage induces p53-independent apoptosis through ribosome stalling

Autores: Nicolaas J. Boon, Rafaela A. Oliveira, Pierré-René Körner, Adva Kochavi, Sander Mertens, Yuval Malka, Rhianne Voogd, Suzanne E. M. van der Horst, Maarten A. Huismans, Lidwien P. Smabers, Jonne M. Draper, Lodewyk F. A. Wessels, Peter Haahr, Jeanine M. L. Roodhart, Ton N. M. Schumacher, Hugo J. Snippert, Reuven Agami, Thijn R. Brummelkamp
Publicado en: Science, Edición 384, 2024, Página(s) 785-792, ISSN 0036-8075
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adh7950

Molecular mechanisms of non-genetic aberrant peptide production in cancer

Autores: Demi Wernaart, Amos Fumagalli, Reuven Agami
Publicado en: Oncogene, Edición 43, 2024, Página(s) 2053-2062, ISSN 0950-9232
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41388-024-03069-2

Arginine deprivation enriches lung cancer proteomes with cysteine by inducing arginine-to-cysteine substitutants

Autores: Chao Yang, Abhijeet Pataskar, Xiaodong Feng, Jasmine Montenegro Navarro, Inés Paniagua, Jacqueline J.L. Jacobs, Esther A. Zaal, Celia R. Berkers, Onno B. Bleijerveld, Reuven Agami
Publicado en: Molecular Cell, Edición 84, 2024, Página(s) 1904-1916.e7, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.04.012

Tryptophan depletion results in tryptophan-to-phenylalanine substitutants

Autores: Abhijeet Pataskar, Julien Champagne, Remco Nagel, Juliana Kenski, Maarja Laos, Justine Michaux, Hui Song Pak, Onno B. Bleijerveld, Kelly Mordente, Jasmine Montenegro Navarro, Naomi Blommaert, Morten M. Nielsen, Domenica Lovecchio, Everett Stone, George Georgiou, Mark C. de Gooijer, Olaf van Tellingen, Maarten Altelaar, Robbie P. Joosten, Anastassis Perrakis, Johanna Olweus, Michal Bassani-Sternber
Publicado en: Nature, 2022, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-04499-2

Oncogene-dependent sloppiness in mRNA translation

Autores: Julien Champagne, Abhijeet Pataskar, Naomi Blommaert, Remco Nagel, Demi Wernaart, Sofia Ramalho, Juliana Kenski, Onno B Bleijerveld, Esther A Zaal, Celia R Berkers, Maarten Altelaar, Daniel S Peeper, William J Faller, Reuven Agami
Publicado en: Molecular Cell, 2021, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.09.002

Alternative cleavage and polyadenylation generates downstream uncapped RNA isoforms with translation potential

Autores: Yuval Malka, Ferhat Alkan, Shinyeong Ju, Pierre-Rene Körner, Abhijeet Pataskar, Eldad Shulman, Fabricio Loayza-Puch, Julien Champagne, Casper Wenzel, William James Faller, Ran Elkon, Cheolju Lee, Reuven Agami
Publicado en: Molecular Cell, Edición 82, 2024, Página(s) 3840-3855.e8, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.09.036

Boosting Antitumor Immunity with an Expanded Neoepitope Landscape

Autores: Remco Nagel, Abhijeet Pataskar, Julien Champagne, Reuven Agami
Publicado en: Cancer Research, Edición 82, 2023, Página(s) 3637-3649, ISSN 0008-5472
Editor: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/0008-5472.can-22-1525

Proteome diversification by mRNA translation in cancer

Autores: Adva Kochavi, Domenica Lovecchio, William James Faller, Reuven Agami
Publicado en: Molecular Cell, Edición 83, 2024, Página(s) 469-480, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.11.014

Anti-tumour immunity induces aberrant peptide presentation in melanoma

Autores: Osnat Bartok, Abhijeet Pataskar, Remco Nagel, Maarja Laos, Eden Goldfarb, Deborah Hayoun, Ronen Levy, Pierre-Rene Körner, Inger Z. M. Kreuger, Julien Champagne, Esther A. Zaal, Onno B. Bleijerveld, Xinyao Huang, Juliana Kenski, Jennifer Wargo, Alexander Brandis, Yishai Levin, Orel Mizrahi, Michal Alon, Sacha Lebon, Weiwen Yang, Morten M. Nielsen, Noam Stern-Ginossar, Maarten Altelaar, Celia R. Be
Publicado en: Nature, Edición 590/7845, 2021, Página(s) 332-337, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-03054-1

Non-peer reviewed articles (1)

Two-layer design protects genes from mutations in their enhancers

Autores: Ran Elkon, Reuven Agami
Publicado en: Nature, Edición 609, 2022, Página(s) 477-478, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/d41586-022-02341-3