Mechanistic basis of nucleation and spreading underlying a Polycomb-mediated epigenetic switch

Projektinformationen

EPISWITCH

ID Finanzhilfevereinbarung: 833254

DOI

10.3030/833254

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 17 April 2019

Startdatum 1 September 2019

Enddatum 31 August 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 101 325,00

EU-Beitrag

€ 2 101 325,00

Koordiniert durch

JOHN INNES CENTRE
United Kingdom

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Leistungen

Open Research Data Pilot (1)

Data Managaement Plan

Data Management Plan

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (14)

Distinct accessory roles of<i>Arabidopsis</i>VEL proteins in Polycomb silencing

Autoren: Elsa Franco-Echevarría, Mathias Nielsen, Anna Schulten, Jitender Cheema, Tomos E. Morgan, Mariann Bienz, Caroline Dean
Veröffentlicht in: Genes &amp; Development, Ausgabe 37, 2023, Seite(n) 801-817, ISSN 0890-9369
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.350814.123

In vivo single-molecule analysis reveals COOLAIR RNA structural diversity

Autoren: Yang M, Zhu P, Cheema J, Bloomer R, Mikulski P, Liu Q, Zhang Y, Dean C, Ding Y
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 00280836, 2022, Seite(n) 394-399, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05135-9

The 3′ processing of antisense RNAs physically links to chromatin-based transcriptional control

Autoren: Xiaofeng Fang, Zhe Wu, Oleg Raitskin, Kimberly Webb, Philipp Voigt, Tiancong Lu, Martin Howard, Caroline Dean
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 117/26, 2020, Seite(n) 15316-15321, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2007268117

Causal role of a promoter polymorphism in natural variation of the Arabidopsis floral repressor gene FLC

Autoren: Pan Zhu, Michael Schon, Julia Questa, Michael Nodine, Caroline Dean
Veröffentlicht in: Current Biology, Ausgabe 33, 2025, Seite(n) 4381-4391.e3, ISSN 0960-9822
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2023.08.079

Cold-induced nucleosome dynamics linked to silencing of Arabidopsis FLC

Autoren: Miguel Montez, Danling Zhu, Jan Huertas, M. Julia Maristany, Bas Rutjens, Mathias Nielsen, Rosana Collepardo-Guevara, Caroline Dean
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-60735-z

<i>COOLAIR</i> and PRC2 function in parallel to silence <i>FLC</i> during vernalization

Autoren: Mathias Nielsen, Govind Menon, Yusheng Zhao, Eduardo Mateo-Bonmati, Philip Wolff, Shaoli Zhou, Martin Howard, Caroline Dean
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 121, 2024, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2311474121

VAL1 acts as an assembly platform co-ordinating co-transcriptional repression and chromatin regulation at Arabidopsis FLC.

Autoren: Mikulski P, Wolff P, Lu T, Nielsen M, Zhu D, Franco-Echevarria E, Questa J, Dean C
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 20411723, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-32897-7

Plant vernalization proteins contain unusual PHD superdomains without histone H3 binding activity

Autoren: Franco-Echevarría E, Rutherford TJ, Fiedler M, Dean C, Bienz M
Veröffentlicht in: Journal of Biological Chemistry, Ausgabe 102540, 2022, ISSN 0021-9258
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.jbc.2022.102540

VEL-dependent polymerization maintains the chromatin association of Polycomb proteins for the switch to epigenetic silencing

Autoren: Anna Schulten, Geng-Jen Jang, Alex Payne-Dwyer, Marc Fiedler, Mathias L. Nielsen, Eduardo Mateo-Bonmatí, Mariann Bienz, Mark C. Leake, Caroline Dean
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 85, 2026, Seite(n) 3321-3332.e5, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2025.08.002

The intersection of DNA replication with antisense 3' RNA processing in Arabidopsis FLC chromatin silencing

Autoren: Baxter CL, Šviković S, Sale JE, Dean C, Costa S
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe Vol. 118 No. 28, 2021, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2107483118

R-loop resolution promotes co-transcriptional chromatin silencing

Autoren: Congyao Xu, Zhe Wu, Hong-Chao Duan, Xiaofeng Fang, Guifang Jia, Caroline Dean
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-22083-6

Digital paradigm for Polycomb epigenetic switching and memory

Autoren: Menon G, Schulten A., Dean C., Howard M.
Veröffentlicht in: Current Opinion in Plant Biology, Ausgabe Volume 61, 2021, Seite(n) 102012, ISSN 1369-5266
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.pbi.2021.102012

Cold-induced Arabidopsis FRIGIDA nuclear condensates for FLC repression

Autoren: Zhu P, Lister, C, Dean C
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 599, 2021, Seite(n) 657-661, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-04062-5

Antagonistic cotranscriptional regulation through ARGONAUTE1 and the THO/TREX complex orchestrates FLC transcriptional output

Autoren: Xu C, Fang X, Lu T, Dean C
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe Vol. 118 No. 47, 2021, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2113757118