Exploiting the Tumor Proteome Activity Status for Future Cancer Therapies

Projektinformationen

TOPAS

ID Finanzhilfevereinbarung: 833710

DOI

10.3030/833710

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 7 Juni 2019

Startdatum 1 September 2019

Enddatum 31 August 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 272 055,00

EU-Beitrag

€ 2 272 055,00

Koordiniert durch

TECHNISCHE UNIVERSITAET MUENCHEN
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (17)

Proteome activity landscapes of tumor cell lines determine drug responses

Autoren: Martin Frejno, Chen Meng, Benjamin Ruprecht, Thomas Oellerich, Sebastian Scheich, Karin Kleigrewe, Enken Drecoll, Patroklos Samaras, Alexander Hogrebe, Dominic Helm, Julia Mergner, Jana Zecha, Stephanie Heinzlmeir, Mathias Wilhelm, Julia Dorn, Hans-Michael Kvasnicka, Hubert Serve, Wilko Weichert, Bernhard Kuster
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-17336-9

Decrypting the molecular basis of cellular drug phenotypes by dose-resolved expression proteomics

Autoren: Stephan Eckert, Nicola Berner, Karl Kramer, Annika Schneider, Julian Müller, Severin Lechner, Sarah Brajkovic, Amirhossein Sakhteman, Christian Graetz, Jonas Fackler, Michael Dudek, Michael W. Pfaffl, Percy Knolle, Stephanie Wilhelm, Bernhard Kuster
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, 2024, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-024-02218-y

Data, Reagents, Assays and Merits of Proteomics for SARS-CoV-2 Research and Testing

Autoren: Jana Zecha, Chien-Yun Lee, Florian P. Bayer, Chen Meng, Vincent Grass, Johannes Zerweck, Karsten Schnatbaum, Thomas Michler, Andreas Pichlmair, Christina Ludwig, Bernhard Kuster
Veröffentlicht in: Molecular & Cellular Proteomics, Ausgabe 19/9, 2020, Seite(n) 1503-1522, ISSN 1535-9476
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.ra120.002164

CurveCurator: a recalibrated F-statistic to assess, classify, and explore significance of dose-response curves

Autoren: Bayer FP, Gander M, Kuster B, The M
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14(1), 2023, Seite(n) 7902, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43696-z

Evaluation of Disposable Trap Column nanoLC-FAIMS-MS/MS for the Proteomic Analysis of FFPE Tissue

Autoren: Stephan Eckert, Yun-Chien Chang, Florian P Bayer, Matthew The, Peer-Hendrik Kuhn, Wilko Weichert, Bernhard Kuster
Veröffentlicht in: Journal of Proteome Research, Ausgabe 20(12), 2021, Seite(n) 5402-5411, ISSN 1535-3893
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.1c00695

Robust Microflow LC-MS/MS for Proteome Analysis: 38 000 Runs and Counting

Autoren: Bian Y, Bayer FP, Chang YC, Meng C, Hoefer S, Deng N, Zheng R, Boychenko O, Kuster B.
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, 2021, ISSN 0003-2700
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c00257

Identification of 7 000-9 000 Proteins from Cell Lines and Tissues by Single-Shot Microflow LC-MS/MS.

Autoren: Yangyang Bian; Yangyang Bian; Piero Giansanti; Julia Mergner; Runsheng Zheng; Mathias Wilhelm; Alexander Boychenko; Bernhard Kuster
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, Ausgabe 93(25), 2021, Seite(n) 8687-8692, ISSN 0003-2700
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c00738

ProteomicsDB: toward a FAIR open-source resource for life-science research

Autoren: Lautenbacher, L., Samaras, P., Muller, J., Grafberger, A., Shraideh, M., Rank, J., Fuchs, S. T., Schmidt, T. K., The, M., Dallago, C., Wittges, H., Rost, B., Krcmar, H., Kuster, B. & Wilhelm, M.
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2022, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab1026

Mass spectrometry-based draft of the mouse proteome

Autoren: Piero Giansanti, Patroklos Samaras, Yangyang Bian, Chen Meng, Andrea Coluccio, Martin Frejno, Hannah Jakubowsky, Sophie Dobiasch, Rashmi R Hazarika, Julia Rechenberger, Julia Calzada-Wack, Johannes Krumm, Sebastian Mueller, Chien-Yun Lee, Nicole Wimberger, Ludwig Lautenbacher, Zonera Hassan, Yun-Chien Chang, Chiara Falcomatà, Florian P Bayer, Stefanie Bärthel, Tobias Schmidt, Roland Rad, Stephan
Veröffentlicht in: Nature Methods, 2022, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-022-01526-y

Chemical proteomics reveals the target landscape of 1,000 kinase inhibitors.

Autoren: Reinecke M, Brear P, Vornholz L, Berger BT, Seefried F, Wilhelm S, Samaras P, Gyenis L, Litchfield DW, Médard G, Müller S, Ruland J, Hyvönen M, Wilhelm M, Kuster B.
Veröffentlicht in: Nature Chemical Biology, 2023, ISSN 1552-4450
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-023-01459-3

SIMSI-Transfer: Software-Assisted Reduction of Missing Values in Phosphoproteomic and Proteomic Isobaric Labeling Data Using Tandem Mass Spectrum Clustering

Autoren: Firas Hamood, Florian P Bayer, Mathias Wilhelm, Bernhard Kuster, Matthew The
Veröffentlicht in: Molecular & Cellular Proteomics, Ausgabe 21(8), 2022, Seite(n) 100238, ISSN 1535-9476
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2022.100238

Decrypting drug actions and protein modifications by dose- and time-resolved proteomics

Autoren: Zecha J, Bayer FP, Wiechmann S, Woortman J, Berner N, Müller J, Schneider A, Kramer K, Abril-Gil M, Hopf T, Reichart L, Chen L, Hansen FM, Lechner S, Samaras P, Eckert S, Lautenbacher L, Reinecke M, Hamood F, Prokofeva P, Vornholz L, Falcomatà C, Dorsch M, Schröder A, Venhuizen A, Wilhelm S, Médard G, Stoehr G, Ruland J, Grüner BM, Saur D, Buchner M, Ruprecht B, Hahne H, The M, Wilhelm M, Kus
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 380(6640), 2023, Seite(n) 93–101, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.ade3925

Illuminating phenotypic drug responses of sarcoma cells to kinase inhibitors by phosphoproteomics

Autoren: Lee CY, The M, Meng C, Bayer FP, Putzker K, Müller J, Streubel J, Woortman J, Sakhteman A, Resch M, Schneider A, Wilhelm S, Kuster B
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 20(1), 2023, Seite(n) 28-55, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-023-00004-7

Reanalysis of ProteomicsDB Using an Accurate, Sensitive, and Scalable False Discovery Rate Estimation Approach for Protein Groups

Autoren: Matthew The, Patroklos Samaras, Bernhard Kuster, Mathias Wilhelm
Veröffentlicht in: Molecular & Cellular Proteomics, Ausgabe 21(12), 2022, Seite(n) 100437, ISSN 1535-9476
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2022.100437

Decrypting lysine deacetylase inhibitor action and protein modifications by dose-resolved proteomics

Autoren: Yun-Chien Chang, Christian Gnann, Raphael R. Steimbach, Florian P. Bayer, Severin Lechner, Amirhossein Sakhteman, Miriam Abele, Jana Zecha, Jakob Trendel, Matthew The, Emma Lundberg, Aubry K. Miller, Bernhard Kuster
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 43, 2024, Seite(n) 114272, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2024.114272

Linking post-translational modifications and protein turnover by site-resolved protein turnover profiling

Autoren: Jana Zecha, Wassim Gabriel, Ria Spalek, Yun-Chien Chang, Julia Mergner, Mathias Wilhelm, Florian Bassermann, Bernhard Kuster
Veröffentlicht in: Nature communications, Ausgabe 13(1), 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27639-0

Robust, reproducible and quantitative analysis of thousands of proteomes by micro-flow LC-MS/MS

Autoren: Yangyang Bian, Runsheng Zheng, Florian P. Bayer, Cassandra Wong, Yun-Chien Chang, Chen Meng, Daniel P. Zolg, Maria Reinecke,Jana Zecha, Svenja Wiechmann, Stephanie Heinzlmeir, Johannes Scherr, Bernhard Hemmer,Mike Baynham, Anne-Claude Gingras, Oleksandr Boychenko, and Bernhard Kuster
Veröffentlicht in: Nature communications, Ausgabe 11(1), 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-13973-x