The Quest of the Argonautes - from Myth to Reality

Informations projet

ARGO

N° de convention de subvention: 834279

DOI

10.3030/834279

Projet clôturé

Date de signature de la CE 20 Juin 2019

Date de début 1 Juillet 2019

Date de fin 30 Juin 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 177 157,50

Contribution de l’UE

€ 2 177 157,50

Coordonné par

WAGENINGEN UNIVERSITY
Netherlands

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Publications

Peer reviewed articles (14)

Alternative functions of CRISPR–Cas systems in the evolutionary arms race

Auteurs: Prarthana Mohanraju, Chinmoy Saha, Peter van Baarlen, Rogier Louwen, Raymond H. J. Staals, John van der Oost
Publié dans: Nature Reviews Microbiology, Numéro 20, 2022, Page(s) 351-364, ISSN 1740-1526
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-021-00663-z

Growth-uncoupled isoprenoid synthesis in Rhodobacter sphaeroides

Auteurs: Enrico Orsi; Enrico Orsi; Ioannis Mougiakos; Wilbert Post; Jules Beekwilder; Marco Dompé; Gerrit Eggink; John van der Oost; Servé W. M. Kengen; Ruud A. Weusthuis
Publié dans: Biotechnology for biofuels, Numéro 13/1, 2019, Page(s) 123, ISSN 1754-6834
Éditeur: BioMed Central Ltd.
DOI: 10.1186/s13068-020-01765-1

Type III-B CRISPR-Cas cascade of proteolytic cleavages

Auteurs: Jurre A. Steens, Jack P. K. Bravo, Carl Raymund P. Salazar, Caglar Yildiz, Afonso M. Amieiro, Stephan Köstlbacher, Stijn H. P. Prinsen, Ane S. Andres, Constantinos Patinios, Andreas Bardis, Arjan Barendregt, Richard A. Scheltema, Thijs J. G. Ettema, John van der Oost, David W. Taylor, Raymond H. J. Staals
Publié dans: Science, Numéro 383, 2024, Page(s) 512-519, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adk0378

Modulating CRISPR-Cas Genome Editing Using Guide-Complementary DNA Oligonucleotides

Auteurs: Thomas Swartjes, Peng Shang, Dennis T.M. van den Berg, Tim Künne, Niels Geijsen, Stan J.J. Brouns, John van der Oost, Raymond H.J. Staals, Richard A. Notebaart
Publié dans: The CRISPR Journal, Numéro 5, 2022, Page(s) 571-585, ISSN 2573-1599
Éditeur: Mary Ann Liebert
DOI: 10.1089/crispr.2022.0011

Characterization of the AcrIIC1 anti‒CRISPR protein for Cas9‒based genome engineering in E. coli

Auteurs: Despoina Trasanidou, Ana Potocnik, Patrick Barendse, Prarthana Mohanraju, Evgenios Bouzetos, Efthymios Karpouzis, Amber Desmet, Richard van Kranenburg, John van der Oost, Raymond H. J. Staals, Ioannis Mougiakos
Publié dans: Communications Biology, Numéro 6, 2023, Page(s) 1042, ISSN 2399-3642
Éditeur: Nature Springer
DOI: 10.1038/s42003-023-05418-5

The genome editing revolution

Auteurs: van der Oost, John; Patinios, Constantinos
Publié dans: Trends in Biotechnology, Numéro 41(3), 2022, Page(s) 396 - 409, ISSN 0167-7799
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibtech.2022.12.022

Editor's cut: DNA cleavage by CRISPR RNA-guided nucleases Cas9 and Cas12a

Auteurs: Thomas Swartjes; Raymond H.J. Staals; John van der Oost
Publié dans: Biochemical Society Transactions, Numéro 02646021, 2020, Page(s) 207–219, ISSN 0264-6021
Éditeur: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/bst20190563

Mechanistic and evolutionary insights into a type V-M CRISPR–Cas effector enzyme

Auteurs: Satoshi N. Omura, Ryoya Nakagawa, Christian Südfeld, Ricardo Villegas Warren, Wen Y. Wu, Hisato Hirano, Charlie Laffeber, Tsukasa Kusakizako, Yoshiaki Kise, Joyce H. G. Lebbink, Yuzuru Itoh, John van der Oost, Osamu Nureki
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, Numéro 30, 2023, Page(s) 1172-1182, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-023-01042-3

A hyperthermoactive-Cas9 editing tool reveals the role of a unique arsenite methyltransferase in the arsenic resistance system of Thermus thermophilus HB27

Auteurs: Giovanni Gallo; Ioannis Mougiakos; Bianco M; Carbonaro M; Andrea Carpentieri; Illiano A; Piero Pucci; Simonetta Bartolucci; van der Oost J; Gabriella Fiorentino
Publié dans: mBio, Numéro 21612129, 2021, Page(s) e02813-21, ISSN 2161-2129
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1101/2021.07.12.452139

(R)evolution-on-a-chip.

Auteurs: Bouzetos, Evgenios; Ganar, Ketan Ashok; Mastrobattista, Enrico; Deshpande, Siddharth; van der Oost, John; Afd Pharmaceutics; Pharmaceutics
Publié dans: Trends in Biotechnology, Numéro 40/1, 2022, Page(s) 60-67, ISSN 0167-7799
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibtech.2021.04.009

Efficient Cas9-based genome editing of Rhodobacter sphaeroides for metabolic engineering

Auteurs: Ioannis Mougiakos; Enrico Orsi; Mohammad Rifqi Ghiffary; Mohammad Rifqi Ghiffary; Wilbert Post; Alberto De Maria; Alberto De Maria; Belén Adiego-Pérez; Servé W. M. Kengen; Ruud A. Weusthuis; John van der Oost
Publié dans: Microbial Cell Factories, Numéro 18/1, 2019, ISSN 2076-2607
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1186/s12934-019-1255-1

Cryo-EM structure of the transposon-associated TnpB enzyme

Auteurs: Ryoya Nakagawa, Hisato Hirano, Satoshi N. Omura, Suchita Nety, Soumya Kannan, Han Altae-Tran, Xiao Yao, Yuriko Sakaguchi, Takayuki Ohira, Wen Y. Wu, Hiroshi Nakayama, Yutaro Shuto, Tatsuki Tanaka, Fumiya K. Sano, Tsukasa Kusakizako, Yoshiaki Kise, Yuzuru Itoh, Naoshi Dohmae, John van der Oost, Tsutomu Suzuki, Feng Zhang, Osamu Nureki
Publié dans: Nature, Numéro 616, 2023, Page(s) 390-397, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-05933-9

The miniature CRISPR-Cas12m effector binds DNA to block transcription

Auteurs: Wen Y. Wu, Prarthana Mohanraju, Chunyu Liao, Belén Adiego-Pérez, Sjoerd C.A. Creutzburg, Kira S. Makarova, Karlijn Keessen, Timon A. Lindeboom, Tahseen S. Khan, Stijn Prinsen, Rob Joosten, Winston X. Yan, Anzhela Migur, Charlie Laffeber, David A. Scott, Joyce H.G. Lebbink, Eugene V. Koonin, Chase L. Beisel, John van der Oost
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 82, 2024, Page(s) 4487-4502.e7, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.11.003

Streamlined CRISPR genome engineering in wild-type bacteria using SIBR-Cas.

Auteurs: Constantinos Patinios; Sjoerd C.A. Creutzburg; Adini Q Arifah; Belén Adiego-Pérez; Evans A Gyimah; Colin J. Ingham; Servé W. M. Kengen; John van der Oost; Raymond H.J. Staals
Publié dans: Nucleic acids research, Numéro 49/19, 2021, Page(s) 11392-11404, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/nar/gkab893

Non-peer reviewed articles (2)

First structural insights into CRISPR-Cas-guided DNA transposition

Auteurs: John van der Oost, Ioannis Mougiakos
Publié dans: Cell Research, Numéro 30, 2023, Page(s) 193-194, ISSN 1001-0602
Éditeur: Kexue Chubaneshe/Science Press
DOI: 10.1038/s41422-020-0284-y

Compact but mighty: Biology and applications of type III-E CRISPR-Cas systems

Auteurs: Jurre A. Steens, John van der Oost, Raymond H.J. Staals
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 82, 2024, Page(s) 4405-4406, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.11.007