The Quest of the Argonautes - from Myth to Reality

Projektinformationen

ARGO

ID Finanzhilfevereinbarung: 834279

DOI

10.3030/834279

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 20 Juni 2019

Startdatum 1 Juli 2019

Enddatum 30 Juni 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 177 157,50

EU-Beitrag

€ 2 177 157,50

Koordiniert durch

WAGENINGEN UNIVERSITY
Netherlands

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (14)

Alternative functions of CRISPR–Cas systems in the evolutionary arms race

Autoren: Prarthana Mohanraju, Chinmoy Saha, Peter van Baarlen, Rogier Louwen, Raymond H. J. Staals, John van der Oost
Veröffentlicht in: Nature Reviews Microbiology, Ausgabe 20, 2022, Seite(n) 351-364, ISSN 1740-1526
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-021-00663-z

Growth-uncoupled isoprenoid synthesis in Rhodobacter sphaeroides

Autoren: Enrico Orsi; Enrico Orsi; Ioannis Mougiakos; Wilbert Post; Jules Beekwilder; Marco Dompé; Gerrit Eggink; John van der Oost; Servé W. M. Kengen; Ruud A. Weusthuis
Veröffentlicht in: Biotechnology for biofuels, Ausgabe 13/1, 2019, Seite(n) 123, ISSN 1754-6834
Herausgeber: BioMed Central Ltd.
DOI: 10.1186/s13068-020-01765-1

Type III-B CRISPR-Cas cascade of proteolytic cleavages

Autoren: Jurre A. Steens, Jack P. K. Bravo, Carl Raymund P. Salazar, Caglar Yildiz, Afonso M. Amieiro, Stephan Köstlbacher, Stijn H. P. Prinsen, Ane S. Andres, Constantinos Patinios, Andreas Bardis, Arjan Barendregt, Richard A. Scheltema, Thijs J. G. Ettema, John van der Oost, David W. Taylor, Raymond H. J. Staals
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 383, 2024, Seite(n) 512-519, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adk0378

Modulating CRISPR-Cas Genome Editing Using Guide-Complementary DNA Oligonucleotides

Autoren: Thomas Swartjes, Peng Shang, Dennis T.M. van den Berg, Tim Künne, Niels Geijsen, Stan J.J. Brouns, John van der Oost, Raymond H.J. Staals, Richard A. Notebaart
Veröffentlicht in: The CRISPR Journal, Ausgabe 5, 2022, Seite(n) 571-585, ISSN 2573-1599
Herausgeber: Mary Ann Liebert
DOI: 10.1089/crispr.2022.0011

Characterization of the AcrIIC1 anti‒CRISPR protein for Cas9‒based genome engineering in E. coli

Autoren: Despoina Trasanidou, Ana Potocnik, Patrick Barendse, Prarthana Mohanraju, Evgenios Bouzetos, Efthymios Karpouzis, Amber Desmet, Richard van Kranenburg, John van der Oost, Raymond H. J. Staals, Ioannis Mougiakos
Veröffentlicht in: Communications Biology, Ausgabe 6, 2023, Seite(n) 1042, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Nature Springer
DOI: 10.1038/s42003-023-05418-5

The genome editing revolution

Autoren: van der Oost, John; Patinios, Constantinos
Veröffentlicht in: Trends in Biotechnology, Ausgabe 41(3), 2022, Seite(n) 396 - 409, ISSN 0167-7799
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibtech.2022.12.022

Editor's cut: DNA cleavage by CRISPR RNA-guided nucleases Cas9 and Cas12a

Autoren: Thomas Swartjes; Raymond H.J. Staals; John van der Oost
Veröffentlicht in: Biochemical Society Transactions, Ausgabe 02646021, 2020, Seite(n) 207–219, ISSN 0264-6021
Herausgeber: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/bst20190563

Mechanistic and evolutionary insights into a type V-M CRISPR–Cas effector enzyme

Autoren: Satoshi N. Omura, Ryoya Nakagawa, Christian Südfeld, Ricardo Villegas Warren, Wen Y. Wu, Hisato Hirano, Charlie Laffeber, Tsukasa Kusakizako, Yoshiaki Kise, Joyce H. G. Lebbink, Yuzuru Itoh, John van der Oost, Osamu Nureki
Veröffentlicht in: Nature Structural & Molecular Biology, Ausgabe 30, 2023, Seite(n) 1172-1182, ISSN 1545-9993
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-023-01042-3

A hyperthermoactive-Cas9 editing tool reveals the role of a unique arsenite methyltransferase in the arsenic resistance system of Thermus thermophilus HB27

Autoren: Giovanni Gallo; Ioannis Mougiakos; Bianco M; Carbonaro M; Andrea Carpentieri; Illiano A; Piero Pucci; Simonetta Bartolucci; van der Oost J; Gabriella Fiorentino
Veröffentlicht in: mBio, Ausgabe 21612129, 2021, Seite(n) e02813-21, ISSN 2161-2129
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1101/2021.07.12.452139

(R)evolution-on-a-chip.

Autoren: Bouzetos, Evgenios; Ganar, Ketan Ashok; Mastrobattista, Enrico; Deshpande, Siddharth; van der Oost, John; Afd Pharmaceutics; Pharmaceutics
Veröffentlicht in: Trends in Biotechnology, Ausgabe 40/1, 2022, Seite(n) 60-67, ISSN 0167-7799
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibtech.2021.04.009

Efficient Cas9-based genome editing of Rhodobacter sphaeroides for metabolic engineering

Autoren: Ioannis Mougiakos; Enrico Orsi; Mohammad Rifqi Ghiffary; Mohammad Rifqi Ghiffary; Wilbert Post; Alberto De Maria; Alberto De Maria; Belén Adiego-Pérez; Servé W. M. Kengen; Ruud A. Weusthuis; John van der Oost
Veröffentlicht in: Microbial Cell Factories, Ausgabe 18/1, 2019, ISSN 2076-2607
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1186/s12934-019-1255-1

Cryo-EM structure of the transposon-associated TnpB enzyme

Autoren: Ryoya Nakagawa, Hisato Hirano, Satoshi N. Omura, Suchita Nety, Soumya Kannan, Han Altae-Tran, Xiao Yao, Yuriko Sakaguchi, Takayuki Ohira, Wen Y. Wu, Hiroshi Nakayama, Yutaro Shuto, Tatsuki Tanaka, Fumiya K. Sano, Tsukasa Kusakizako, Yoshiaki Kise, Yuzuru Itoh, Naoshi Dohmae, John van der Oost, Tsutomu Suzuki, Feng Zhang, Osamu Nureki
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 616, 2023, Seite(n) 390-397, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-05933-9

The miniature CRISPR-Cas12m effector binds DNA to block transcription

Autoren: Wen Y. Wu, Prarthana Mohanraju, Chunyu Liao, Belén Adiego-Pérez, Sjoerd C.A. Creutzburg, Kira S. Makarova, Karlijn Keessen, Timon A. Lindeboom, Tahseen S. Khan, Stijn Prinsen, Rob Joosten, Winston X. Yan, Anzhela Migur, Charlie Laffeber, David A. Scott, Joyce H.G. Lebbink, Eugene V. Koonin, Chase L. Beisel, John van der Oost
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 82, 2024, Seite(n) 4487-4502.e7, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.11.003

Streamlined CRISPR genome engineering in wild-type bacteria using SIBR-Cas.

Autoren: Constantinos Patinios; Sjoerd C.A. Creutzburg; Adini Q Arifah; Belén Adiego-Pérez; Evans A Gyimah; Colin J. Ingham; Servé W. M. Kengen; John van der Oost; Raymond H.J. Staals
Veröffentlicht in: Nucleic acids research, Ausgabe 49/19, 2021, Seite(n) 11392-11404, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/nar/gkab893

Non-peer reviewed articles (2)

First structural insights into CRISPR-Cas-guided DNA transposition

Autoren: John van der Oost, Ioannis Mougiakos
Veröffentlicht in: Cell Research, Ausgabe 30, 2023, Seite(n) 193-194, ISSN 1001-0602
Herausgeber: Kexue Chubaneshe/Science Press
DOI: 10.1038/s41422-020-0284-y

Compact but mighty: Biology and applications of type III-E CRISPR-Cas systems

Autoren: Jurre A. Steens, John van der Oost, Raymond H.J. Staals
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 82, 2024, Seite(n) 4405-4406, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.11.007