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Untangling eco-evolutionary impacts on diatom genomes over timescales relevant to current climate change

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Publicaciones

Peer reviewed articles (37)
A roadmap for using the UN Decade of Ocean Science for Sustainable Development in support of science, policy, and action. (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Claudet, J., Bopp, L., Cheung, W. W. L., Devillers, R., Escobar-Briones, E., Haugan, P., Heymans, J. H., Masson-Delmotte, V., Matz-Luck, N., Miloslavich, P., Mullineaux, L., Visbeck, M., Watson, R., Zivian, A. M., Ansorge, I., Araujo, M., Arico, S., Bailly, D., Barbière, J., Barnerias, C., Bowler, C., Brun, V., Cazenave, A., Diver, C., Euzen, A., Thierno Gaye, A., Hilmi, N., Ménard, F., Moulin,
Publicado en: One Earth, Edición 1, 2020, Página(s) 123, ISSN 2590-3330
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.oneear.2019.10.012

Macroscale patterns of oceanic zooplankton composition and size structure. (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Brandão, M. C., Benedetti, F., Martini, S., Soviadan, Y. D., Irisson, J. O., Romagnan, J. B., Elineau, A., Desnos, C., Jalabert, L., Freire, A. S., Picheral, M., Guidi, L., Gorsky, G., Bowler, C., Karp-Boss, L., Henry, N., de Vargas, C., Sullivan, M. B., Tara Oceans Consortium Coordinators, Stemmann, L. and Lombard, F.
Publicado en: Sci Rep, Edición 11, 2021, Página(s) 15714, ISSN 2045-2322
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-94615-5

Global Trends in Marine Plankton Diversity across Kingdoms of Life. (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Ibarbalz, Federico M.; Henry, Nicolas; Brandão, Manoela C.; Martini, Séverine; Busseni, Greta; Byrne, Hannah; Coelho, Luis Pedro; Endo, Hisashi; Gasol, Josep M.; Gregory, Ann C.; Mahé, Frédéric; Rigonato, Janaina; Royo-Llonch, Marta; Salazar, Guillem; Sanz-Sáez, Isabel; Scalco, Eleonora; Soviadan, Dodji; Zayed, Ahmed A.; Zingone, Adriana; Labadie, Karine; Ferland, Joannie; Marec, Claudie; Ka
Publicado en: EISSN: 1097-4172, Edición 3, 2019, Página(s) 12345, ISSN 1097-4172
Editor: Cell Press
DOI: 10.3929/ethz-b-000378196

Large scale patterns of marine diatom richness: Drivers and trends in a changing ocean (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Busseni, G., Caputi, L., Piredda, R., Fremont, P., Mele, B. H., Campese, L., Scalco, E., de Vargas, C., Bowler, C., d'Ovidio, F., Zingone, A., Ribera d’Alcalà, M. Iudicone, D.
Publicado en: Global Ecol. Biogeo., Edición 1, 2020, Página(s) 1-14, ISSN 1466-822X
Editor: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/geb.13161

Priorities for ocean microbiome research (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Tara Ocean Foundation, Tara Oceans, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), European Marine Biological Resource Centre - European Research Infrastructure Consortium (EMBRC-ERIC). Corresponding author Bowler, C.
Publicado en: Nature Microbiology, Edición 7, 2022, Página(s) 937-947, ISSN 2058-5276
Editor: Springer
DOI: 10.1038/s41564-022-01145-5

Exploration of marine phytoplankton: from their historical appreciation to the omics era. (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Pierella Karlusich, J. J., Ibarbalz, F. M. and Bowler, C.
Publicado en: J Plankton Res, Edición 42, 2020, Página(s) 595-612, ISSN 0142-7873
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/plankt/fbaa049

Functional repertoire convergence of distantly related eukaryotic plankton lineages abundant in the sunlit ocean (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Delmont, T. O., Gaia, M., Hinsinger, D. D., Fremont, P., Vanni, C., Fernandez Guerra, A., Eren, A. M., Kourlaiev, A., d’Agata, L., Clayssen, Q., et al.
Publicado en: Cell Genomics, Edición 2, 2022, Página(s) 12345, ISSN 2666-979X
Editor: Cell Press
DOI: 10.1101/2020.10.15.341214

Genome wide natural variation of H3K27me3 selectively marks genes predicted to be important for cell differentiation in Phaeodactylum tricornutum (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Zhao, X, Rastogi A., Deton Cabanillas, A. F., Ait Mohamed, O., Cantrel, C., Lombard, B., Murik, O., Genovesio, A., Bowler, C., Bouyer, D., Loew, D., Lin, X., Veluchamy, A., Vieira, F. R. J. and Tirichine, L.
Publicado en: New Phytol, Edición 12, 2021, Página(s) 12345, ISSN 0028-646X
Editor: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/nph.17129

The possible fates of Fragilariopsis cylindrus (polar diatom) cells exposed to prolonged darkness (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Sciandra, T., Forget, M. H., Bruyant, F., Béguin, M., Lacour, T., Bowler, C. and Babin, M.
Publicado en: J Phycol, Edición 12, 2022, Página(s) 12345, ISSN 0022-3646
Editor: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jpy.13232

Genome-wide analysis of allele-specific expression of genes in the model diatom Phaeodactylum tricornutum. (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Hoguin, A., Rastogi, A. and Bowler, C. and Tirichine, L.
Publicado en: Sci Rep, Edición 11, 2021, Página(s) 2954, ISSN 2045-2322
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-82529-1

Mitotic recombination between homologous chromosomes drives genomic diversity in diatoms. (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Bulankova, P., Sekulić, M., Jallet, D., Nef, C., van Oosterhout, C., Delmont, T. O., Vercauteren, I., Osuna-Cruz, C. M., Vancaester, E., Mock, T., Sabbe, K., Daboussi, F., Bowler, C., Vyverman, W., Vandepoele, K. and De Veylder, L.
Publicado en: Curr Biol, Edición S0960-9822(21)00672-2, 2021, Página(s) S0960-9822(21)00672-2, ISSN 0960-9822
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2021.05.013

Contribution of genome-scale metabolic modelling to niche theory (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Régimbeau, A., Budinich, M., Larhlimi, A., Pierella Karlusich, J. J., Aumont, O., Memery, L., Bowler, C. and Eveillard, D.
Publicado en: Ecol Lett, Edición 25, 2022, Página(s) 1352-1364, ISSN 1461-023X
Editor: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/ele.13954

A robust approach to estimate relative phytoplankton cell abundances from metagenomes (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Juan José Pierella Karlusich; Eric Pelletier; Lucie Zinger; Fabien Lombard; Adriana Zingone; Sébastien Colin; Josep M. Gasol; Richard G. Dorrell; Nicolas Henry; Eleonora Scalco; Silvia G. Acinas; Patrick Wincker; Colomban Vargas; Chris Bowler
Publicado en: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03559541, Edición 1, 2022, Página(s) 123, ISSN 1755-0998
Editor: Wiley
DOI: 10.1111/1755-0998.13592

Coupling imaging and omics in plankton surveys: State-of-the-art, challenges, and future directions (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Pierella Karlusich, J. J., Lombard, F., Irisson, J.-O., Bowler, C. and Foster, R. A.
Publicado en: Frontiers Mar Sci, Edición 9, 2022, Página(s) 878803, ISSN 2296-7745
Editor: Frontiers
DOI: 10.3389/fmars.2022.878803

Probing the diversity of Polycomb and Trithorax proteins in cultured and environmentally sampled microalgae. (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Zhao, X., Deton Cabanillas, A.-F., Veluchamy, A., Bowler, C., Vieira, F. R. J. and Tirichine, L.
Publicado en: Frontiers Mar Sci, Edición 12, 2020, Página(s) 12345, ISSN 2296-7745
Editor: Frontiers
DOI: 10.3389/fmars.2020.00189

Tara Oceans: towards global ocean ecosystems biology. (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Shinichi Sunagawa; Silvia G. Acinas; Peer Bork; Peer Bork; Chris Bowler; Tara Oceans Coordinators; Damien Eveillard; Gabriel Gorsky; Lionel Guidi; Daniele Iudicone; Eric Karsenti; Fabien Lombard; Hiroyuki Ogata; Stephane Pesant; Matthew B. Sullivan; Patrick Wincker; Colomban de Vargas
Publicado en: "Nature Reviews Microbiology, Nature Publishing Group, 2020, 18, pp.428-445. ⟨10.1038/s41579-020-0364-5⟩", Edición 1, 2020, Página(s) 428-445, ISSN 1740-1534
Editor: Springer
DOI: 10.1038/s41579-020-0364-5

Compendium of 530 metagenome-assembled bacterial and archaeal genomes from the polar Arctic Ocean (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Royo-Llonch, M., Sánchez, P., Ruiz-González, C., Salazar, G., Pedrós-Alió, C., Sebastián, M., Labadie, K., Paoli, L., Ibarbalz, F. M., Zinger, L., Churcheward, B., Tara Oceans Coordinators, Chaffron, S., Eveillard, D., Karsenti, E., Sunagawa, S., Wincker, P., Karp-Boss, L., Bowler, C. and Acinas, S. G.
Publicado en: Nature Microbiology, Edición 6, 2021, Página(s) 1561-1574, ISSN 2058-5276
Editor: Springer
DOI: 10.1038/s41564-021-00979-9

Carbon Dioxide Concentration Mechanisms in Natural Populations of Marine Diatoms: Insights From Tara Oceans. (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Juan José Pierella Karlusich; Juan José Pierella Karlusich; Chris Bowler; Chris Bowler; Haimanti Biswas
Publicado en: Frontiers in Marine Sciences, Edición 5, 2021, Página(s) 657821, ISSN 1664-462X
Editor: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2021.657821

A genomics approach reveals the global genetic polymorphism, structure and functional diversity of ten accessions of the marine model diatom Phaeodactylum tricornutum (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Rastogi, A., Vieira, F. R. J., Deton-Cabanillas, A.-F., Veluchamy, A., Cantrel, C., Wang, G., Vanormelingen, P., Bowler, C., Piganeau, G., Hu, H. and Tirichine, L.
Publicado en: ISME J, Edición 12, 2020, Página(s) 12345, ISSN 1751-7370
Editor: Springer
DOI: 10.1038/s41396-019-0528-3

Phylogenomic fingerprinting of tempo and functions of horizontal gene transfer within ochrophytes (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Richard G. Dorrell, Adrien Villain, Benoît Perez-Lamarque, Guillemette Audren de Kerdrel, Giselle McCallum, Andrew K. Watson, Ouardia Ait-Mohamed, Adriana Alberti, Erwann Corre, Kyle R. Frischkorn, Juan J. Pierella Karlusich, Eric Pelletier, Hélène Morlon, Chris Bowler, Guillaume Blanc
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, Edición 118/4, 2021, Página(s) e2009974118, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2009974118

Genome-enabled phylogenetic and functional reconstruction of an araphid pennate diatom Plagiostriata sp. CCMP470, previously assigned as a radial centric diatom, and its bacterial commensal. (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Sato, S., Nanjappa, D., Dorrell, R. G., Vieira, F. R. J., Kazamia, E., Tirichine, L., Veluchamy, A., Heilig, R., Aury, J. M., Jaillon, O., Wincker, P., Fussy, Z., Obornik, M., Muñoz-Gómez, S. A., Mann, D. G., Bowler, C. and Zingone, A.
Publicado en: Sci Rep, Edición 10, 2020, Página(s) 9449, ISSN 2045-2322
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-65941-x

Whole-genome scanning reveals selection mechanisms in epipelagic Chaetoceros diatom populations (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Nef, C., Madoui, M.-A., Pelletier, E. and Bowler, C.
Publicado en: BioRxiv, Edición 12, 2022, Página(s) 12345, ISSN 2692-8205
Editor: BioRxiv
DOI: 10.1101/2022.05.19.492674

Global drivers of eukaryotic plankton biogeography in the sunlit ocean. (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Sommeria-Klein, G., Watteaux, R., Ibarbalz, F. M., Pierella Karlusich, J. J., Iudicone, D., Bowler, C. and Morlon, H.
Publicado en: Science, Edición 374, 2021, Página(s) 594-599, ISSN 1095-9203
Editor: AAAS
DOI: 10.1126/science.abb3717

Diatoms Are Selective Segregators in Global Ocean Planktonic Communities. (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Vincent, Flora; Bowler, Chris
Publicado en: mSystems, Vol 5, Iss 1 (2020), Edición 3, 2020, Página(s) 12345, ISSN 1069-5524
Editor: ASM
DOI: 10.1128/msystems.00444-19

Molecular biology for green recovery-A call for action. (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Rodríguez-Martínez, M., Nielsen, J., Dupont, S., Vamathevan, J., Glover, B. J., Crosswell, L. C., Rouse, B., Luisi, B. F., Bowler, C., Gasser, S. M., Arendt, D., Erb, T. J., de Lorenzo, V., Heard, E. and Patil, K. R.
Publicado en: PLoS Biol, Edición 20, 2022, Página(s) e3001623, ISSN 1544-9173
Editor: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001623

Within-Arctic horizontal gene transfer as a driver of convergent evolution in distantly related microalgae (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Dorrell, R. G., Kuo, A., Füssy, Z., Richardson, E., Salamov, A., Zarevski, N., Freyria, N. J., Ibarbalz, F. M., Jenkins, J., Pierella Karlusich, J. J., Steindorff, A. S., Edgar, R. E., Handley, L., Lail, K., Lipzen, A., Lombard, V., McFarlane, J., Nef, C., Novák Vanclová, A. M. G., Peng, Y., Plott, C., Potvin, M., Rocha Jimenez Vieira, F., Barry, K., Dacks, J. B., de Vargas, C., Henrissat, B.,
Publicado en: BioRxiv, Edición 1, 2022, Página(s) 12345, ISSN 2692-8205
Editor: BioRxiv
DOI: 10.1101/2021.07.31.454568

Paleo-diatom composition from Santa Barbara Basin deep-sea sediments: a comparison of 18S-V9 and diat-rbcL metabarcoding vs shotgun metagenomics (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Armbrecht, L., Eisenhofer, R., Utge, J., Sibert, E. C., Rocha, F., Ward, R., Pierella Karlusich, J. J., Tirichine, L., Norris, R., Summers, M. and Bowler, C.
Publicado en: ISME Comm, Edición 12, 2021, Página(s) 12345, ISSN 2730-6151
Editor: Springer
DOI: 10.1038/s43705-021-00070-8

Complex response of the Chlorarachniophyte Bigelowiella natans to iron availability (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Kotabova, E., Malych, R., Pierella Karlusich, J. J., Kazamia, E., Eichner, M., Mach, J., Lesuisse, E., Bowler, C., Prášil, O. and Sutak, R.
Publicado en: mSys, Edición 6, 2021, Página(s) e00738-00720, ISSN 1823-6782
Editor: Akademi Sains Malaysia
DOI: 10.1128/msystems.00738-20

Heterotrophic bacterial diazotrophs are more abundant than their cyanobacterial counterparts in metagenomes covering most of the sunlit ocean (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Delmont, T. O., Pierella Karlusich, J. J., Veseli, I., Fuessel, J., Eren, A. M., Foster, R. A., Bowler, C., Wincker, P. and Pelletier, E.
Publicado en: ISME J, Edición 16, 2021, Página(s) 927-936, ISSN 1751-7370
Editor: Springer
DOI: 10.1038/s41396-021-01135-1

Global identification of a marine diatom long noncoding natural antisense transcripts (NATs) and their response to phosphate fluctuations. (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Cruz de Carvalho, M. H. and Bowler, C.
Publicado en: Sci Rep, Edición 10, 2020, Página(s) 14110, ISSN 2045-2322
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-71002-0

Gene Expression Changes and Community Turnover Differentially Shape the Global Ocean Metatranscriptome (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Salazar, Guillem; Paoli, Lucas; Alberti, Adriana; Huerta-Cepas, Jaime; Ruscheweyh, Hans-Joachim; Cuenca, Miguelangel; Field, Christopher M.; Coelho, Luis Pedro; Cruaud, Corinne; Engelen, Stefan; Gregory, Ann C.; Labadie, Karine; Marec, Claudie; Pelletier, Eric; Royo-Llonch, Marta; Roux, Simon; Sánchez, Pablo; Uehara, Hideya; Zayed, Ahmed A.; Zeller, Georg; Carmichael, Margaux; Dimier, Céline; Fe
Publicado en: EISSN: 1097-4172, Edición 3, 2019, Página(s) 12345, ISSN 1097-4172
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.10.014

PhaeoNet: A Holistic RNAseq-Based Portrait of Transcriptional Coordination in the Model Diatom Phaeodactylum tricornutum. (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Ouardia Ait-Mohamed; Anna M. G. Novák Vanclová; Nathalie Joli; Yue Liang; Xue Zhao; Xue Zhao; Auguste Genovesio; Leila Tirichine; Leila Tirichine; Chris Bowler; Richard G. Dorrell
Publicado en: Frontiers in Plant Science, Vol 11 (2020), Edición 3, 2020, Página(s) 12345, ISSN 1664-462X
Editor: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2020.590949

Phytoplankton in the Tara Ocean (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Pierella Karlusich, J. J., Ibarbalz, F. M. and Bowler, C.
Publicado en: Annu. Rev. Mar. Sci., Edición 12, 2020, Página(s) 233-265, ISSN 1941-1405
Editor: Annual Reviews Inc.
DOI: 10.1146/annurev-marine-010419-010706

Environmental vulnerability of the global ocean epipelagic plankton community interactome (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Samuel Chaffron; Erwan Delage; Marko Budinich; Damien Vintache; Nicolas Henry; Charlotte Nef; Mathieu Ardyna; Mathieu Ardyna; Ahmed A. Zayed; Pedro C. Junger; Pierre E. Galand; Connie Lovejoy; Alison E. Murray; Hugo Sarmento; Tara Oceans Coordinators; Silvia G. Acinas; Marcel Babin; Marcel Babin; Daniele Iudicone; Olivier Jaillon; Eric Karsenti; Patrick Wincker; Lee Karp-Boss; Matthew B. Sullivan;
Publicado en: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03458184, Edición 2, 2021, Página(s) 12345, ISSN 2375-2548
Editor: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abg1921

Iron metabolism strategies in diatoms (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Gao, X., Bowler, C. and Kazamia, E.
Publicado en: J Exp Bot, Edición 72, 2021, Página(s) 2165-2180, ISSN 0022-0957
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/eraa575

Biosynthetic potential of the global ocean microbiome (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Paoli, L., Ruscheweyh, H.-J., Forneris, C. C., Hubrich. F., Kautsar, S., Bhushan, A., Lotti, A., Clayssen, Q., Salazar, G., Milanese, A., Carlström, C. I., Papadopoulou, C., Gehrig, D., Karasikov, M., Mustafa, H., Larralde, M., Carroll, L. M., Sánchez, P., Zayed, A. A., Cronin, D. R., Acinas, S. G., Bork, P., Bowler, C., Delmont, T. O., Gasol, J. M., Gossert, A. D., Kahles, A., Sullivan, M. B.,
Publicado en: Nature, Edición 607, 2022, Página(s) 111-118, ISSN 1476-4687
Editor: Springer
DOI: 10.1038/s41586-022-04862-3

Global distribution patterns of marine nitrogen-fixers by imaging and molecular methods (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Juan José Pierella Karlusich; Eric Pelletier; Fabien Lombard; Madeline Carsique; Etienne Dvorak; Sébastien Colin; Marc Picheral; Francisco M. Cornejo-Castillo; Silvia G. Acinas; Rainer Pepperkok; Eric Karsenti; Colomban de Vargas; Patrick Wincker; Chris Bowler; Rachel A Foster
Publicado en: Nature Communications, Edición 1, 2021, Página(s) 12345, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2020.10.17.343731

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