Untangling eco-evolutionary impacts on diatom genomes over timescales relevant to current climate change

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Veröffentlichungen

Relative enrichment of ammonium and its impacts on open-ocean phytoplankton community composition under a high-emissions scenario

Autoren: Pearse J. Buchanan, Juan J. Pierella Karlusich, Robyn E. Tuerena, Roxana Shafiee, E. Malcolm S. Woodward, Chris Bowler, Alessandro Tagliabue
Veröffentlicht in: Biogeosciences, Ausgabe 22, 2025, Seite(n) 4865-4883, ISSN 1726-4189
Herausgeber: Copernicus GmbH
DOI: 10.5194/bg-22-4865-2025

A roadmap for using the UN Decade of Ocean Science for Sustainable Development in support of science, policy, and action.

Autoren: Claudet, J., Bopp, L., Cheung, W. W. L., Devillers, R., Escobar-Briones, E., Haugan, P., Heymans, J. H., Masson-Delmotte, V., Matz-Luck, N., Miloslavich, P., Mullineaux, L., Visbeck, M., Watson, R., Zivian, A. M., Ansorge, I., Araujo, M., Arico, S., Bailly, D., Barbière, J., Barnerias, C., Bowler, C., Brun, V., Cazenave, A., Diver, C., Euzen, A., Thierno Gaye, A., Hilmi, N., Ménard, F., Moulin,
Veröffentlicht in: One Earth, Ausgabe 1, 2020, Seite(n) 123, ISSN 2590-3330
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.oneear.2019.10.012

Macroscale patterns of oceanic zooplankton composition and size structure.

Autoren: Brandão, M. C., Benedetti, F., Martini, S., Soviadan, Y. D., Irisson, J. O., Romagnan, J. B., Elineau, A., Desnos, C., Jalabert, L., Freire, A. S., Picheral, M., Guidi, L., Gorsky, G., Bowler, C., Karp-Boss, L., Henry, N., de Vargas, C., Sullivan, M. B., Tara Oceans Consortium Coordinators, Stemmann, L. and Lombard, F.
Veröffentlicht in: Sci Rep, Ausgabe 11, 2021, Seite(n) 15714, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-94615-5

Global Trends in Marine Plankton Diversity across Kingdoms of Life.

Autoren: Ibarbalz, Federico M.; Henry, Nicolas; Brandão, Manoela C.; Martini, Séverine; Busseni, Greta; Byrne, Hannah; Coelho, Luis Pedro; Endo, Hisashi; Gasol, Josep M.; Gregory, Ann C.; Mahé, Frédéric; Rigonato, Janaina; Royo-Llonch, Marta; Salazar, Guillem; Sanz-Sáez, Isabel; Scalco, Eleonora; Soviadan, Dodji; Zayed, Ahmed A.; Zingone, Adriana; Labadie, Karine; Ferland, Joannie; Marec, Claudie; Ka
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 3, 2019, Seite(n) 12345, ISSN 1097-4172
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.3929/ethz-b-000378196

New plastids, old proteins: repeated endosymbiotic acquisitions in kareniacean dinoflagellates

Autoren: Anna MG Novák Vanclová, Charlotte Nef, Zoltán Füssy, Adél Vancl, Fuhai Liu, Chris Bowler, Richard G Dorrell
Veröffentlicht in: EMBO Reports, Ausgabe 25, 2025, Seite(n) 1859-1885, ISSN 1469-3178
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s44319-024-00103-y

Large scale patterns of marine diatom richness: Drivers and trends in a changing ocean

Autoren: Busseni, G., Caputi, L., Piredda, R., Fremont, P., Mele, B. H., Campese, L., Scalco, E., de Vargas, C., Bowler, C., d'Ovidio, F., Zingone, A., Ribera d’Alcalà, M. Iudicone, D.
Veröffentlicht in: Global Ecol. Biogeo., Ausgabe 1, 2020, Seite(n) 1-14, ISSN 1466-822X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/geb.13161

Linking satellites to genes with machine learning to estimate phytoplankton community structure from space

Autoren: Roy El Hourany, Juan Pierella Karlusich, Lucie Zinger, Hubert Loisel, Marina Levy, Chris Bowler
Veröffentlicht in: Ocean Science, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) 217-239, ISSN 1812-0792
Herausgeber: Copernicus GmbH
DOI: 10.5194/os-20-217-2024

Pan-Arctic plankton community structure and its global connectivity

Autoren: Federico M. Ibarbalz, Nicolas Henry, Frédéric Mahé, Mathieu Ardyna, Adriana Zingone, Eleonora Scalco, Connie Lovejoy, Fabien Lombard, Olivier Jaillon, Daniele Iudicone, Shruti Malviya, null null, Matthew B. Sullivan, Samuel Chaffron, Eric Karsenti, Marcel Babin, Emmanuel Boss, Patrick Wincker, Lucie Zinger, Colomban de Vargas, Chris Bowler, Lee Karp-Boss
Veröffentlicht in: Elementa: Science of the Anthropocene, Ausgabe 11, 2023, ISSN 2325-1026
Herausgeber: University of California Press
DOI: 10.1525/elementa.2022.00060

Priorities for ocean microbiome research

Autoren: Tara Ocean Foundation, Tara Oceans, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), European Marine Biological Resource Centre - European Research Infrastructure Consortium (EMBRC-ERIC). Corresponding author Bowler, C.
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 7, 2022, Seite(n) 937-947, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s41564-022-01145-5

Exploration of marine phytoplankton: from their historical appreciation to the omics era.

Autoren: Pierella Karlusich, J. J., Ibarbalz, F. M. and Bowler, C.
Veröffentlicht in: J Plankton Res, Ausgabe 42, 2020, Seite(n) 595-612, ISSN 0142-7873
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/plankt/fbaa049

Functional repertoire convergence of distantly related eukaryotic plankton lineages abundant in the sunlit ocean

Autoren: Delmont, T. O., Gaia, M., Hinsinger, D. D., Fremont, P., Vanni, C., Fernandez Guerra, A., Eren, A. M., Kourlaiev, A., d’Agata, L., Clayssen, Q., et al.
Veröffentlicht in: Cell Genomics, Ausgabe 2, 2022, Seite(n) 12345, ISSN 2666-979X
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1101/2020.10.15.341214

Genome wide natural variation of H3K27me3 selectively marks genes predicted to be important for cell differentiation in Phaeodactylum tricornutum

Autoren: Zhao, X, Rastogi A., Deton Cabanillas, A. F., Ait Mohamed, O., Cantrel, C., Lombard, B., Murik, O., Genovesio, A., Bowler, C., Bouyer, D., Loew, D., Lin, X., Veluchamy, A., Vieira, F. R. J. and Tirichine, L.
Veröffentlicht in: New Phytol, Ausgabe 12, 2021, Seite(n) 12345, ISSN 0028-646X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/nph.17129

The possible fates of Fragilariopsis cylindrus (polar diatom) cells exposed to prolonged darkness

Autoren: Sciandra, T., Forget, M. H., Bruyant, F., Béguin, M., Lacour, T., Bowler, C. and Babin, M.
Veröffentlicht in: J Phycol, Ausgabe 12, 2022, Seite(n) 12345, ISSN 0022-3646
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jpy.13232

Genome-scale community modelling reveals conserved metabolic cross-feedings in epipelagic bacterioplankton communities

Autoren: Nils Giordano, Marinna Gaudin, Camille Trottier, Erwan Delage, Charlotte Nef, Chris Bowler, Samuel Chaffron
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-46374-w

Strengthening global-change science by integrating aeDNA with paleoecoinformatics

Autoren: John W. Williams, Trisha L. Spanbauer, Peter D. Heintzman, Jessica Blois, Eric Capo, Simon J. Goring, Marie-Eve Monchamp, Laura Parducci, Jordan M. Von Eggers, Inger Greve Alsos, Chris Bowler, Marco J.L. Coolen, Nicola Cullen, Sarah Crump, Laura Saskia Epp, Antonio Fernandez-Guerra, Eric Grimm, Ulrike Herzschuh, Alessandro Mereghetti, Rachel Sarah Meyer, Kevin Nota, Mikkel Winther Pedersen, Vilma
Veröffentlicht in: Trends in Ecology & Evolution, Ausgabe 38, 2025, Seite(n) 946-960, ISSN 0169-5347
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tree.2023.04.016

Diverse eukaryotic phytoplankton from around the Marquesas Islands documented by combined microscopy and molecular techniques

Autoren: Jana Veselá-Strejcová, Eleonora Scalco, Adriana Zingone, Sébastien Colin, Luigi Caputi, Diana Sarno, Jana Nebesářová, Chris Bowler, Julius Lukeš
Veröffentlicht in: Protist, Ausgabe 174, 2025, Seite(n) 125965, ISSN 1434-4610
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.protis.2023.125965

Genome-wide analysis of allele-specific expression of genes in the model diatom Phaeodactylum tricornutum.

Autoren: Hoguin, A., Rastogi, A. and Bowler, C. and Tirichine, L.
Veröffentlicht in: Sci Rep, Ausgabe 11, 2021, Seite(n) 2954, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-82529-1

Mitotic recombination between homologous chromosomes drives genomic diversity in diatoms.

Autoren: Bulankova, P., Sekulić, M., Jallet, D., Nef, C., van Oosterhout, C., Delmont, T. O., Vercauteren, I., Osuna-Cruz, C. M., Vancaester, E., Mock, T., Sabbe, K., Daboussi, F., Bowler, C., Vyverman, W., Vandepoele, K. and De Veylder, L.
Veröffentlicht in: Curr Biol, Ausgabe S0960-9822(21)00672-2, 2021, Seite(n) S0960-9822(21)00672-2, ISSN 0960-9822
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2021.05.013

Contribution of genome-scale metabolic modelling to niche theory

Autoren: Régimbeau, A., Budinich, M., Larhlimi, A., Pierella Karlusich, J. J., Aumont, O., Memery, L., Bowler, C. and Eveillard, D.
Veröffentlicht in: Ecol Lett, Ausgabe 25, 2022, Seite(n) 1352-1364, ISSN 1461-023X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/ele.13954

Unveiling the link between phytoplankton molecular physiology and biogeochemical cycling via genome-scale modeling

Autoren: Antoine Régimbeau, Olivier Aumont, Chris Bowler, Lionel Guidi, George A. Jackson, Eric Karsenti, Laurent Memery, Alessandro Tagliabue, Damien Eveillard
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 11, 2025, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.adq3593

A robust approach to estimate relative phytoplankton cell abundances from metagenomes

Autoren: Juan José Pierella Karlusich; Eric Pelletier; Lucie Zinger; Fabien Lombard; Adriana Zingone; Sébastien Colin; Josep M. Gasol; Richard G. Dorrell; Nicolas Henry; Eleonora Scalco; Silvia G. Acinas; Patrick Wincker; Colomban Vargas; Chris Bowler
Veröffentlicht in: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03559541, Ausgabe 1, 2022, Seite(n) 123, ISSN 1755-0998
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/1755-0998.13592

Incorporating microbiomes into the One Health Joint Plan of Action

Autoren: Estelle Couradeau, Jennifer B. H. Martiny, Fanette Fontaine, Christian Brechot, Marc Bonneville, Karel Callens, null null, Francesco Asnicar, Bill J. Baker, Gabriele Berg, Marc Bonneville, Chris Bowler, Christian Brechot, Karel Callens, Estelle Couradeau, Adam Boyar Carmer, Federica Cattapan, Karine Clement, Karen D. Corbin, Fanette Fontaine, Brooke Hansen, David Himmelgreen, Heribert Hirt, Shen J
Veröffentlicht in: mBio, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2150-7511
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mbio.01456-25

Predicting global distributions of eukaryotic plankton communities from satellite data

Autoren: Hiroto Kaneko, Hisashi Endo, Nicolas Henry, Cédric Berney, Frédéric Mahé, Julie Poulain, Karine Labadie, Odette Beluche, Roy El Hourany, null null, Silvia G Acinas, Marcel Babin, Peer Bork, Chris Bowler, Guy Cochrane, Colomban de Vargas, Gabriel Gorsky, Lionel Guidi, Nigel Grimsley, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels, Eric Karsenti, Fabrice Not, Nicole Poulton,
Veröffentlicht in: ISME Communications, Ausgabe 3, 2024, ISSN 2730-6151
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1038/s43705-023-00308-7

In vivo localization of iron starvation induced proteins under variable iron supplementation regimes in <scp>Phaeodactylum tricornutum</scp>

Autoren: Elena Kazamia, Jan Mach, Jeffrey B. McQuaid, Xia Gao, Tyler H. Coale, Ronald Malych, Jean‐Michel Camadro, Emmanuel Lesuisse, Andrew E. Allen, Chris Bowler, Robert Sutak
Veröffentlicht in: Plant Direct, Ausgabe 6, 2023, ISSN 2475-4455
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/pld3.472

High Growth Rate of Diatoms Explained by Reduced Carbon Requirement and Low Energy Cost of Silica Deposition

Autoren: Keisuke Inomura, Juan José Pierella Karlusich, Stephanie Dutkiewicz, Curtis Deutsch, Paul J. Harrison, Chris Bowler
Veröffentlicht in: Microbiology Spectrum, Ausgabe 11, 2023, ISSN 2165-0497
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/spectrum.03311-22

Coupling imaging and omics in plankton surveys: State-of-the-art, challenges, and future directions

Autoren: Pierella Karlusich, J. J., Lombard, F., Irisson, J.-O., Bowler, C. and Foster, R. A.
Veröffentlicht in: Frontiers Mar Sci, Ausgabe 9, 2022, Seite(n) 878803, ISSN 2296-7745
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fmars.2022.878803

Probing the diversity of Polycomb and Trithorax proteins in cultured and environmentally sampled microalgae.

Autoren: Zhao, X., Deton Cabanillas, A.-F., Veluchamy, A., Bowler, C., Vieira, F. R. J. and Tirichine, L.
Veröffentlicht in: Frontiers Mar Sci, Ausgabe 12, 2020, Seite(n) 12345, ISSN 2296-7745
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fmars.2020.00189

Tara Oceans: towards global ocean ecosystems biology.

Autoren: Shinichi Sunagawa; Silvia G. Acinas; Peer Bork; Peer Bork; Chris Bowler; Tara Oceans Coordinators; Damien Eveillard; Gabriel Gorsky; Lionel Guidi; Daniele Iudicone; Eric Karsenti; Fabien Lombard; Hiroyuki Ogata; Stephane Pesant; Matthew B. Sullivan; Patrick Wincker; Colomban de Vargas
Veröffentlicht in: "Nature Reviews Microbiology, Nature Publishing Group, 2020, 18, pp.428-445. ⟨10.1038/s41579-020-0364-5⟩", Ausgabe 1, 2020, Seite(n) 428-445, ISSN 1740-1534
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s41579-020-0364-5

Compendium of 530 metagenome-assembled bacterial and archaeal genomes from the polar Arctic Ocean

Autoren: Royo-Llonch, M., Sánchez, P., Ruiz-González, C., Salazar, G., Pedrós-Alió, C., Sebastián, M., Labadie, K., Paoli, L., Ibarbalz, F. M., Zinger, L., Churcheward, B., Tara Oceans Coordinators, Chaffron, S., Eveillard, D., Karsenti, E., Sunagawa, S., Wincker, P., Karp-Boss, L., Bowler, C. and Acinas, S. G.
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 6, 2021, Seite(n) 1561-1574, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s41564-021-00979-9

Hypometabolism to survive the long polar night and subsequent successful return to light in the diatom Fragilariopsis cylindrus

Autoren: Nathalie Joli, Lorenzo Concia, Karel Mocaer, Julie Guterman, Juliette Laude, Sebastien Guerin, Theo Sciandra, Flavienne Bruyant, Ouardia Ait‐Mohamed, Marine Beguin, Marie‐Helene Forget, Clara Bourbousse, Thomas Lacour, Benjamin Bailleul, Charlotte Nef, Mireille Savoie, Jean‐Eric Tremblay, Douglas A. Campbell, Johann Lavaud, Yannick Schwab, Marcel Babin, Chris Bowler
Veröffentlicht in: New Phytologist, Ausgabe 241, 2025, Seite(n) 2193-2208, ISSN 0028-646X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/nph.19387

Carbon Dioxide Concentration Mechanisms in Natural Populations of Marine Diatoms: Insights From Tara Oceans.

Autoren: Juan José Pierella Karlusich; Juan José Pierella Karlusich; Chris Bowler; Chris Bowler; Haimanti Biswas
Veröffentlicht in: Frontiers in Marine Sciences, Ausgabe 5, 2021, Seite(n) 657821, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2021.657821

Convergent evolution and horizontal gene transfer in Arctic Ocean microalgae

Autoren: Richard G Dorrell, Alan Kuo, Zoltan Füssy, Elisabeth H Richardson, Asaf Salamov, Nikola Zarevski, Nastasia J Freyria, Federico M Ibarbalz, Jerry Jenkins, Juan Jose Pierella Karlusich, Andrei Stecca Steindorff, Robyn E Edgar, Lori Handley, Kathleen Lail, Anna Lipzen, Vincent Lombard, John McFarlane, Charlotte Nef, Anna MG Novák Vanclová, Yi Peng, Chris Plott, Marianne Potvin, Fabio Rocha Jimenez
Veröffentlicht in: Life Science Alliance, Ausgabe 6, 2024, Seite(n) e202201833, ISSN 2575-1077
Herausgeber: Life Science Alliance, LLC
DOI: 10.26508/lsa.202201833

A genomics approach reveals the global genetic polymorphism, structure and functional diversity of ten accessions of the marine model diatom Phaeodactylum tricornutum

Autoren: Rastogi, A., Vieira, F. R. J., Deton-Cabanillas, A.-F., Veluchamy, A., Cantrel, C., Wang, G., Vanormelingen, P., Bowler, C., Piganeau, G., Hu, H. and Tirichine, L.
Veröffentlicht in: ISME J, Ausgabe 12, 2020, Seite(n) 12345, ISSN 1751-7370
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s41396-019-0528-3

LncPlankton: a comprehensive database of candidate lncRNAs from marine microbial eukaryotes

Autoren: Ahmed Debit, Pierre Vincens, Chris Bowler, Helena Cruz de Carvalho
Veröffentlicht in: NAR Genomics and Bioinformatics, Ausgabe 7, 2025, ISSN 2631-9268
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/nargab/lqaf159

Phylogenomic fingerprinting of tempo and functions of horizontal gene transfer within ochrophytes

Autoren: Richard G. Dorrell, Adrien Villain, Benoît Perez-Lamarque, Guillemette Audren de Kerdrel, Giselle McCallum, Andrew K. Watson, Ouardia Ait-Mohamed, Adriana Alberti, Erwann Corre, Kyle R. Frischkorn, Juan J. Pierella Karlusich, Eric Pelletier, Hélène Morlon, Chris Bowler, Guillaume Blanc
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 118/4, 2021, Seite(n) e2009974118, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2009974118

Genome-enabled phylogenetic and functional reconstruction of an araphid pennate diatom Plagiostriata sp. CCMP470, previously assigned as a radial centric diatom, and its bacterial commensal.

Autoren: Sato, S., Nanjappa, D., Dorrell, R. G., Vieira, F. R. J., Kazamia, E., Tirichine, L., Veluchamy, A., Heilig, R., Aury, J. M., Jaillon, O., Wincker, P., Fussy, Z., Obornik, M., Muñoz-Gómez, S. A., Mann, D. G., Bowler, C. and Zingone, A.
Veröffentlicht in: Sci Rep, Ausgabe 10, 2020, Seite(n) 9449, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-65941-x

Patterns and drivers of diatom diversity and abundance in the global ocean

Autoren: Juan J. Pierella Karlusich, Karen Cosnier, Lucie Zinger, Nicolas Henry, Charlotte Nef, Guillaume Bernard, Eleonora Scalco, Etienne Dvorak, null null, Silvia G. Acinas, Marcel Babin, Peer Bork, Emmanuel Boss, Chris Bowler, Guy Cochrane, Colomban de Vargas, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lionel Guidi, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Fabrice Not, Hi
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-58027-7

From nets to networks: tools for deciphering phytoplankton metabolic interactions within communities and their global significance

Autoren: Charlotte Nef, Juan José Pierella Karlusich, Chris Bowler
Veröffentlicht in: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Ausgabe 379, 2024, ISSN 0962-8436
Herausgeber: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2023.0172

<scp>DiatOmicBase</scp> : a versatile gene‐centered platform for mining functional omics data in diatom research

Autoren: Emilie Villar, Nathanaël Zweig, Pierre Vincens, Helena Cruz de Carvalho, Carole Duchene, Shun Liu, Raphael Monteil, Richard G. Dorrell, Michele Fabris, Klaas Vandepoele, Chris Bowler, Angela Falciatore
Veröffentlicht in: The Plant Journal, Ausgabe 121, 2026, ISSN 0960-7412
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.70061

Whole-genome scanning reveals selection mechanisms in epipelagic Chaetoceros diatom populations

Autoren: Nef, C., Madoui, M.-A., Pelletier, E. and Bowler, C.
Veröffentlicht in: BioRxiv, Ausgabe 12, 2022, Seite(n) 12345, ISSN 2692-8205
Herausgeber: BioRxiv
DOI: 10.1101/2022.05.19.492674

Global drivers of eukaryotic plankton biogeography in the sunlit ocean.

Autoren: Sommeria-Klein, G., Watteaux, R., Ibarbalz, F. M., Pierella Karlusich, J. J., Iudicone, D., Bowler, C. and Morlon, H.
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 374, 2021, Seite(n) 594-599, ISSN 1095-9203
Herausgeber: AAAS
DOI: 10.1126/science.abb3717

Diatoms Are Selective Segregators in Global Ocean Planktonic Communities.

Autoren: Vincent, Flora; Bowler, Chris
Veröffentlicht in: mSystems, Vol 5, Iss 1 (2020), Ausgabe 3, 2020, Seite(n) 12345, ISSN 1069-5524
Herausgeber: ASM
DOI: 10.1128/msystems.00444-19

Dynamic Relocalization and Divergent Expression of a Major Facilitator Carrier Subfamily in Diatoms

Autoren: Shun Liu, Victoria Powell, Shun‐Min Yang, France Lam, Chris Bowler, Miroslav Obornik, Richard G. Dorrell
Veröffentlicht in: Physiologia Plantarum, Ausgabe 177, 2025, ISSN 0031-9317
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/ppl.70355

Molecular biology for green recovery-A call for action.

Autoren: Rodríguez-Martínez, M., Nielsen, J., Dupont, S., Vamathevan, J., Glover, B. J., Crosswell, L. C., Rouse, B., Luisi, B. F., Bowler, C., Gasser, S. M., Arendt, D., Erb, T. J., de Lorenzo, V., Heard, E. and Patil, K. R.
Veröffentlicht in: PLoS Biol, Ausgabe 20, 2022, Seite(n) e3001623, ISSN 1544-9173
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001623

Within-Arctic horizontal gene transfer as a driver of convergent evolution in distantly related microalgae

Autoren: Dorrell, R. G., Kuo, A., Füssy, Z., Richardson, E., Salamov, A., Zarevski, N., Freyria, N. J., Ibarbalz, F. M., Jenkins, J., Pierella Karlusich, J. J., Steindorff, A. S., Edgar, R. E., Handley, L., Lail, K., Lipzen, A., Lombard, V., McFarlane, J., Nef, C., Novák Vanclová, A. M. G., Peng, Y., Plott, C., Potvin, M., Rocha Jimenez Vieira, F., Barry, K., Dacks, J. B., de Vargas, C., Henrissat, B.,
Veröffentlicht in: BioRxiv, Ausgabe 1, 2022, Seite(n) 12345, ISSN 2692-8205
Herausgeber: BioRxiv
DOI: 10.1101/2021.07.31.454568

A Global Ocean Opal Ballasting–Silicate Relationship

Autoren: B. B. Cael, C. Mark Moore, Joe Guest, Tereza Jarníková, Colleen B. Mouw, Chris Bowler, Edward Mawji, Stephanie A. Henson, Corinne Le Quéré
Veröffentlicht in: Geophysical Research Letters, Ausgabe 51, 2025, ISSN 0094-8276
Herausgeber: American Geophysical Union
DOI: 10.1029/2024gl110225

Paleo-diatom composition from Santa Barbara Basin deep-sea sediments: a comparison of 18S-V9 and diat-rbcL metabarcoding vs shotgun metagenomics

Autoren: Armbrecht, L., Eisenhofer, R., Utge, J., Sibert, E. C., Rocha, F., Ward, R., Pierella Karlusich, J. J., Tirichine, L., Norris, R., Summers, M. and Bowler, C.
Veröffentlicht in: ISME Comm, Ausgabe 12, 2021, Seite(n) 12345, ISSN 2730-6151
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s43705-021-00070-8

Metabolic imaging of Fragilariopsis cylindrus in polar night conditions using full-field optical transmission tomography (FFOTT)

Autoren: Nathalie Joli, Claude Boccara, Benjamin Bailleul, Chris Bowler, Martine Boccara
Veröffentlicht in: Biomedical Optics Express, Ausgabe 17, 2026, Seite(n) 1540, ISSN 2156-7085
Herausgeber: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.570645

Comparison of sedimentary ancient DNA (sedaDNA) extraction and shotgun metagenomic library preparation techniques

Autoren: Mathilde Bourreau, Prashasti Singh, Linda Armbrecht, Jose Utge, Chris Bowler, Manon Sabourdy, Carlota Escutia, Juliane Müller, Fernando Bohoyo, Xavier Crosta, Johan Etourneau
Veröffentlicht in: Marine Micropaleontology, Ausgabe 200, 2025, Seite(n) 102498, ISSN 0377-8398
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.marmicro.2025.102498

Complex response of the Chlorarachniophyte Bigelowiella natans to iron availability

Autoren: Kotabova, E., Malych, R., Pierella Karlusich, J. J., Kazamia, E., Eichner, M., Mach, J., Lesuisse, E., Bowler, C., Prášil, O. and Sutak, R.
Veröffentlicht in: mSys, Ausgabe 6, 2021, Seite(n) e00738-00720, ISSN 1823-6782
Herausgeber: Akademi Sains Malaysia
DOI: 10.1128/msystems.00738-20

Heterotrophic bacterial diazotrophs are more abundant than their cyanobacterial counterparts in metagenomes covering most of the sunlit ocean

Autoren: Delmont, T. O., Pierella Karlusich, J. J., Veseli, I., Fuessel, J., Eren, A. M., Foster, R. A., Bowler, C., Wincker, P. and Pelletier, E.
Veröffentlicht in: ISME J, Ausgabe 16, 2021, Seite(n) 927-936, ISSN 1751-7370
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s41396-021-01135-1

Complementary environmental analysis and functional characterization of lower glycolysis-gluconeogenesis in the diatom plastid

Autoren: Richard G Dorrell, Youjun Zhang, Yue Liang, Nolwenn Gueguen, Tomomi Nonoyama, Dany Croteau, Mathias Penot-Raquin, Sandrine Adiba, Benjamin Bailleul, Valérie Gros, Juan José Pierella Karlusich, Nathanaël Zweig, Alisdair R Fernie, Juliette Jouhet, Eric Maréchal, Chris Bowler
Veröffentlicht in: The Plant Cell, Ausgabe 36, 2024, Seite(n) 3584-3610, ISSN 1040-4651
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koae168

Diatom phytochromes integrate the underwater light spectrum to sense depth

Autoren: Carole Duchêne, Jean-Pierre Bouly, Juan José Pierella Karlusich, Emeline Vernay, Julien Sellés, Benjamin Bailleul, Chris Bowler, Maurizio Ribera d’Alcalà, Angela Falciatore, Marianne Jaubert
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 637, 2025, Seite(n) 691-697, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-08301-3

Global identification of a marine diatom long noncoding natural antisense transcripts (NATs) and their response to phosphate fluctuations.

Autoren: Cruz de Carvalho, M. H. and Bowler, C.
Veröffentlicht in: Sci Rep, Ausgabe 10, 2020, Seite(n) 14110, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-71002-0

Gene Expression Changes and Community Turnover Differentially Shape the Global Ocean Metatranscriptome

Autoren: Salazar, Guillem; Paoli, Lucas; Alberti, Adriana; Huerta-Cepas, Jaime; Ruscheweyh, Hans-Joachim; Cuenca, Miguelangel; Field, Christopher M.; Coelho, Luis Pedro; Cruaud, Corinne; Engelen, Stefan; Gregory, Ann C.; Labadie, Karine; Marec, Claudie; Pelletier, Eric; Royo-Llonch, Marta; Roux, Simon; Sánchez, Pablo; Uehara, Hideya; Zayed, Ahmed A.; Zeller, Georg; Carmichael, Margaux; Dimier, Céline; Fe
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 3, 2019, Seite(n) 12345, ISSN 1097-4172
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.10.014

PhaeoNet: A Holistic RNAseq-Based Portrait of Transcriptional Coordination in the Model Diatom Phaeodactylum tricornutum.

Autoren: Ouardia Ait-Mohamed; Anna M. G. Novák Vanclová; Nathalie Joli; Yue Liang; Xue Zhao; Xue Zhao; Auguste Genovesio; Leila Tirichine; Leila Tirichine; Chris Bowler; Richard G. Dorrell
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Science, Vol 11 (2020), Ausgabe 3, 2020, Seite(n) 12345, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2020.590949

Quantitative metagenomics for marine prokaryotes and photosynthetic eukaryotes

Autoren: Qicheng Bei, Nathan L R Williams, Laura E Furtado, Daria Di Blasi, Jelani Williams, Vanda Brotas, Glen Tarran, Andrew P Rees, Chris Bowler, Jed A Fuhrman
Veröffentlicht in: ISME Communications, Ausgabe 5, 2025, ISSN 2730-6151
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/ismeco/ycaf131

Phytoplankton in the Tara Ocean

Autoren: Pierella Karlusich, J. J., Ibarbalz, F. M. and Bowler, C.
Veröffentlicht in: Annu. Rev. Mar. Sci., Ausgabe 12, 2020, Seite(n) 233-265, ISSN 1941-1405
Herausgeber: Annual Reviews Inc.
DOI: 10.1146/annurev-marine-010419-010706

Environmental vulnerability of the global ocean epipelagic plankton community interactome

Autoren: Samuel Chaffron; Erwan Delage; Marko Budinich; Damien Vintache; Nicolas Henry; Charlotte Nef; Mathieu Ardyna; Mathieu Ardyna; Ahmed A. Zayed; Pedro C. Junger; Pierre E. Galand; Connie Lovejoy; Alison E. Murray; Hugo Sarmento; Tara Oceans Coordinators; Silvia G. Acinas; Marcel Babin; Marcel Babin; Daniele Iudicone; Olivier Jaillon; Eric Karsenti; Patrick Wincker; Lee Karp-Boss; Matthew B. Sullivan;
Veröffentlicht in: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03458184, Ausgabe 2, 2021, Seite(n) 12345, ISSN 2375-2548
Herausgeber: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abg1921

Iron metabolism strategies in diatoms

Autoren: Gao, X., Bowler, C. and Kazamia, E.
Veröffentlicht in: J Exp Bot, Ausgabe 72, 2021, Seite(n) 2165-2180, ISSN 0022-0957
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/eraa575

Biosynthetic potential of the global ocean microbiome

Autoren: Paoli, L., Ruscheweyh, H.-J., Forneris, C. C., Hubrich. F., Kautsar, S., Bhushan, A., Lotti, A., Clayssen, Q., Salazar, G., Milanese, A., Carlström, C. I., Papadopoulou, C., Gehrig, D., Karasikov, M., Mustafa, H., Larralde, M., Carroll, L. M., Sánchez, P., Zayed, A. A., Cronin, D. R., Acinas, S. G., Bork, P., Bowler, C., Delmont, T. O., Gasol, J. M., Gossert, A. D., Kahles, A., Sullivan, M. B.,
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 607, 2022, Seite(n) 111-118, ISSN 1476-4687
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s41586-022-04862-3

Global distribution patterns of marine nitrogen-fixers by imaging and molecular methods

Autoren: Juan José Pierella Karlusich; Eric Pelletier; Fabien Lombard; Madeline Carsique; Etienne Dvorak; Sébastien Colin; Marc Picheral; Francisco M. Cornejo-Castillo; Silvia G. Acinas; Rainer Pepperkok; Eric Karsenti; Colomban de Vargas; Patrick Wincker; Chris Bowler; Rachel A Foster
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 1, 2021, Seite(n) 12345, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2020.10.17.343731

A 2-million-year-old ecosystem in Greenland uncovered by environmental DNA

Autoren: Kurt H. Kjær, Mikkel Winther Pedersen, Bianca De Sanctis, Binia De Cahsan, Thorfinn S. Korneliussen, Christian S. Michelsen, Karina K. Sand, Stanislav Jelavić, Anthony H. Ruter, Astrid M. A. Schmidt, Kristian K. Kjeldsen, Alexey S. Tesakov, Ian Snowball, John C. Gosse, Inger G. Alsos, Yucheng Wang, Christoph Dockter, Magnus Rasmussen, Morten E. Jørgensen, Birgitte Skadhauge, Ana Prohaska, Jeppe
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 612, 2024, Seite(n) 283-291, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05453-y

Whole-genome scanning reveals environmental selection mechanisms that shape diversity in populations of the epipelagic diatom Chaetoceros

Autoren: Charlotte Nef, Mohammed-Amin Madoui, Éric Pelletier, Chris Bowler
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 20, 2023, Seite(n) e3001893, ISSN 1545-7885
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001893

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