Untangling eco-evolutionary impacts on diatom genomes over timescales relevant to current climate change

Projektinformationen

DIATOMIC

ID Finanzhilfevereinbarung: 835067

DOI

10.3030/835067

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 21 Mai 2019

Startdatum 1 November 2019

Enddatum 31 Oktober 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 495 753,00

EU-Beitrag

€ 2 495 753,00

Koordiniert durch

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (37)

A roadmap for using the UN Decade of Ocean Science for Sustainable Development in support of science, policy, and action.

Autoren: Claudet, J., Bopp, L., Cheung, W. W. L., Devillers, R., Escobar-Briones, E., Haugan, P., Heymans, J. H., Masson-Delmotte, V., Matz-Luck, N., Miloslavich, P., Mullineaux, L., Visbeck, M., Watson, R., Zivian, A. M., Ansorge, I., Araujo, M., Arico, S., Bailly, D., Barbière, J., Barnerias, C., Bowler, C., Brun, V., Cazenave, A., Diver, C., Euzen, A., Thierno Gaye, A., Hilmi, N., Ménard, F., Moulin,
Veröffentlicht in: One Earth, Ausgabe 1, 2020, Seite(n) 123, ISSN 2590-3330
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.oneear.2019.10.012

Macroscale patterns of oceanic zooplankton composition and size structure.

Autoren: Brandão, M. C., Benedetti, F., Martini, S., Soviadan, Y. D., Irisson, J. O., Romagnan, J. B., Elineau, A., Desnos, C., Jalabert, L., Freire, A. S., Picheral, M., Guidi, L., Gorsky, G., Bowler, C., Karp-Boss, L., Henry, N., de Vargas, C., Sullivan, M. B., Tara Oceans Consortium Coordinators, Stemmann, L. and Lombard, F.
Veröffentlicht in: Sci Rep, Ausgabe 11, 2021, Seite(n) 15714, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-94615-5

Global Trends in Marine Plankton Diversity across Kingdoms of Life.

Autoren: Ibarbalz, Federico M.; Henry, Nicolas; Brandão, Manoela C.; Martini, Séverine; Busseni, Greta; Byrne, Hannah; Coelho, Luis Pedro; Endo, Hisashi; Gasol, Josep M.; Gregory, Ann C.; Mahé, Frédéric; Rigonato, Janaina; Royo-Llonch, Marta; Salazar, Guillem; Sanz-Sáez, Isabel; Scalco, Eleonora; Soviadan, Dodji; Zayed, Ahmed A.; Zingone, Adriana; Labadie, Karine; Ferland, Joannie; Marec, Claudie; Ka
Veröffentlicht in: EISSN: 1097-4172, Ausgabe 3, 2019, Seite(n) 12345, ISSN 1097-4172
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.3929/ethz-b-000378196

Large scale patterns of marine diatom richness: Drivers and trends in a changing ocean

Autoren: Busseni, G., Caputi, L., Piredda, R., Fremont, P., Mele, B. H., Campese, L., Scalco, E., de Vargas, C., Bowler, C., d'Ovidio, F., Zingone, A., Ribera d’Alcalà, M. Iudicone, D.
Veröffentlicht in: Global Ecol. Biogeo., Ausgabe 1, 2020, Seite(n) 1-14, ISSN 1466-822X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/geb.13161

Priorities for ocean microbiome research

Autoren: Tara Ocean Foundation, Tara Oceans, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), European Marine Biological Resource Centre - European Research Infrastructure Consortium (EMBRC-ERIC). Corresponding author Bowler, C.
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 7, 2022, Seite(n) 937-947, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s41564-022-01145-5

Exploration of marine phytoplankton: from their historical appreciation to the omics era.

Autoren: Pierella Karlusich, J. J., Ibarbalz, F. M. and Bowler, C.
Veröffentlicht in: J Plankton Res, Ausgabe 42, 2020, Seite(n) 595-612, ISSN 0142-7873
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/plankt/fbaa049

Functional repertoire convergence of distantly related eukaryotic plankton lineages abundant in the sunlit ocean

Autoren: Delmont, T. O., Gaia, M., Hinsinger, D. D., Fremont, P., Vanni, C., Fernandez Guerra, A., Eren, A. M., Kourlaiev, A., d’Agata, L., Clayssen, Q., et al.
Veröffentlicht in: Cell Genomics, Ausgabe 2, 2022, Seite(n) 12345, ISSN 2666-979X
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1101/2020.10.15.341214

Genome wide natural variation of H3K27me3 selectively marks genes predicted to be important for cell differentiation in Phaeodactylum tricornutum

Autoren: Zhao, X, Rastogi A., Deton Cabanillas, A. F., Ait Mohamed, O., Cantrel, C., Lombard, B., Murik, O., Genovesio, A., Bowler, C., Bouyer, D., Loew, D., Lin, X., Veluchamy, A., Vieira, F. R. J. and Tirichine, L.
Veröffentlicht in: New Phytol, Ausgabe 12, 2021, Seite(n) 12345, ISSN 0028-646X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/nph.17129

The possible fates of Fragilariopsis cylindrus (polar diatom) cells exposed to prolonged darkness

Autoren: Sciandra, T., Forget, M. H., Bruyant, F., Béguin, M., Lacour, T., Bowler, C. and Babin, M.
Veröffentlicht in: J Phycol, Ausgabe 12, 2022, Seite(n) 12345, ISSN 0022-3646
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jpy.13232

Genome-wide analysis of allele-specific expression of genes in the model diatom Phaeodactylum tricornutum.

Autoren: Hoguin, A., Rastogi, A. and Bowler, C. and Tirichine, L.
Veröffentlicht in: Sci Rep, Ausgabe 11, 2021, Seite(n) 2954, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-82529-1

Mitotic recombination between homologous chromosomes drives genomic diversity in diatoms.

Autoren: Bulankova, P., Sekulić, M., Jallet, D., Nef, C., van Oosterhout, C., Delmont, T. O., Vercauteren, I., Osuna-Cruz, C. M., Vancaester, E., Mock, T., Sabbe, K., Daboussi, F., Bowler, C., Vyverman, W., Vandepoele, K. and De Veylder, L.
Veröffentlicht in: Curr Biol, Ausgabe S0960-9822(21)00672-2, 2021, Seite(n) S0960-9822(21)00672-2, ISSN 0960-9822
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2021.05.013

Contribution of genome-scale metabolic modelling to niche theory

Autoren: Régimbeau, A., Budinich, M., Larhlimi, A., Pierella Karlusich, J. J., Aumont, O., Memery, L., Bowler, C. and Eveillard, D.
Veröffentlicht in: Ecol Lett, Ausgabe 25, 2022, Seite(n) 1352-1364, ISSN 1461-023X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/ele.13954

A robust approach to estimate relative phytoplankton cell abundances from metagenomes

Autoren: Juan José Pierella Karlusich; Eric Pelletier; Lucie Zinger; Fabien Lombard; Adriana Zingone; Sébastien Colin; Josep M. Gasol; Richard G. Dorrell; Nicolas Henry; Eleonora Scalco; Silvia G. Acinas; Patrick Wincker; Colomban Vargas; Chris Bowler
Veröffentlicht in: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03559541, Ausgabe 1, 2022, Seite(n) 123, ISSN 1755-0998
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/1755-0998.13592

Coupling imaging and omics in plankton surveys: State-of-the-art, challenges, and future directions

Autoren: Pierella Karlusich, J. J., Lombard, F., Irisson, J.-O., Bowler, C. and Foster, R. A.
Veröffentlicht in: Frontiers Mar Sci, Ausgabe 9, 2022, Seite(n) 878803, ISSN 2296-7745
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fmars.2022.878803

Probing the diversity of Polycomb and Trithorax proteins in cultured and environmentally sampled microalgae.

Autoren: Zhao, X., Deton Cabanillas, A.-F., Veluchamy, A., Bowler, C., Vieira, F. R. J. and Tirichine, L.
Veröffentlicht in: Frontiers Mar Sci, Ausgabe 12, 2020, Seite(n) 12345, ISSN 2296-7745
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fmars.2020.00189

Tara Oceans: towards global ocean ecosystems biology.

Autoren: Shinichi Sunagawa; Silvia G. Acinas; Peer Bork; Peer Bork; Chris Bowler; Tara Oceans Coordinators; Damien Eveillard; Gabriel Gorsky; Lionel Guidi; Daniele Iudicone; Eric Karsenti; Fabien Lombard; Hiroyuki Ogata; Stephane Pesant; Matthew B. Sullivan; Patrick Wincker; Colomban de Vargas
Veröffentlicht in: "Nature Reviews Microbiology, Nature Publishing Group, 2020, 18, pp.428-445. ⟨10.1038/s41579-020-0364-5⟩", Ausgabe 1, 2020, Seite(n) 428-445, ISSN 1740-1534
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s41579-020-0364-5

Compendium of 530 metagenome-assembled bacterial and archaeal genomes from the polar Arctic Ocean

Autoren: Royo-Llonch, M., Sánchez, P., Ruiz-González, C., Salazar, G., Pedrós-Alió, C., Sebastián, M., Labadie, K., Paoli, L., Ibarbalz, F. M., Zinger, L., Churcheward, B., Tara Oceans Coordinators, Chaffron, S., Eveillard, D., Karsenti, E., Sunagawa, S., Wincker, P., Karp-Boss, L., Bowler, C. and Acinas, S. G.
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 6, 2021, Seite(n) 1561-1574, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s41564-021-00979-9

Carbon Dioxide Concentration Mechanisms in Natural Populations of Marine Diatoms: Insights From Tara Oceans.

Autoren: Juan José Pierella Karlusich; Juan José Pierella Karlusich; Chris Bowler; Chris Bowler; Haimanti Biswas
Veröffentlicht in: Frontiers in Marine Sciences, Ausgabe 5, 2021, Seite(n) 657821, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2021.657821

A genomics approach reveals the global genetic polymorphism, structure and functional diversity of ten accessions of the marine model diatom Phaeodactylum tricornutum

Autoren: Rastogi, A., Vieira, F. R. J., Deton-Cabanillas, A.-F., Veluchamy, A., Cantrel, C., Wang, G., Vanormelingen, P., Bowler, C., Piganeau, G., Hu, H. and Tirichine, L.
Veröffentlicht in: ISME J, Ausgabe 12, 2020, Seite(n) 12345, ISSN 1751-7370
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s41396-019-0528-3

Phylogenomic fingerprinting of tempo and functions of horizontal gene transfer within ochrophytes

Autoren: Richard G. Dorrell, Adrien Villain, Benoît Perez-Lamarque, Guillemette Audren de Kerdrel, Giselle McCallum, Andrew K. Watson, Ouardia Ait-Mohamed, Adriana Alberti, Erwann Corre, Kyle R. Frischkorn, Juan J. Pierella Karlusich, Eric Pelletier, Hélène Morlon, Chris Bowler, Guillaume Blanc
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 118/4, 2021, Seite(n) e2009974118, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2009974118

Genome-enabled phylogenetic and functional reconstruction of an araphid pennate diatom Plagiostriata sp. CCMP470, previously assigned as a radial centric diatom, and its bacterial commensal.

Autoren: Sato, S., Nanjappa, D., Dorrell, R. G., Vieira, F. R. J., Kazamia, E., Tirichine, L., Veluchamy, A., Heilig, R., Aury, J. M., Jaillon, O., Wincker, P., Fussy, Z., Obornik, M., Muñoz-Gómez, S. A., Mann, D. G., Bowler, C. and Zingone, A.
Veröffentlicht in: Sci Rep, Ausgabe 10, 2020, Seite(n) 9449, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-65941-x

Whole-genome scanning reveals selection mechanisms in epipelagic Chaetoceros diatom populations

Autoren: Nef, C., Madoui, M.-A., Pelletier, E. and Bowler, C.
Veröffentlicht in: BioRxiv, Ausgabe 12, 2022, Seite(n) 12345, ISSN 2692-8205
Herausgeber: BioRxiv
DOI: 10.1101/2022.05.19.492674

Global drivers of eukaryotic plankton biogeography in the sunlit ocean.

Autoren: Sommeria-Klein, G., Watteaux, R., Ibarbalz, F. M., Pierella Karlusich, J. J., Iudicone, D., Bowler, C. and Morlon, H.
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 374, 2021, Seite(n) 594-599, ISSN 1095-9203
Herausgeber: AAAS
DOI: 10.1126/science.abb3717

Diatoms Are Selective Segregators in Global Ocean Planktonic Communities.

Autoren: Vincent, Flora; Bowler, Chris
Veröffentlicht in: mSystems, Vol 5, Iss 1 (2020), Ausgabe 3, 2020, Seite(n) 12345, ISSN 1069-5524
Herausgeber: ASM
DOI: 10.1128/msystems.00444-19

Molecular biology for green recovery-A call for action.

Autoren: Rodríguez-Martínez, M., Nielsen, J., Dupont, S., Vamathevan, J., Glover, B. J., Crosswell, L. C., Rouse, B., Luisi, B. F., Bowler, C., Gasser, S. M., Arendt, D., Erb, T. J., de Lorenzo, V., Heard, E. and Patil, K. R.
Veröffentlicht in: PLoS Biol, Ausgabe 20, 2022, Seite(n) e3001623, ISSN 1544-9173
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001623

Within-Arctic horizontal gene transfer as a driver of convergent evolution in distantly related microalgae

Autoren: Dorrell, R. G., Kuo, A., Füssy, Z., Richardson, E., Salamov, A., Zarevski, N., Freyria, N. J., Ibarbalz, F. M., Jenkins, J., Pierella Karlusich, J. J., Steindorff, A. S., Edgar, R. E., Handley, L., Lail, K., Lipzen, A., Lombard, V., McFarlane, J., Nef, C., Novák Vanclová, A. M. G., Peng, Y., Plott, C., Potvin, M., Rocha Jimenez Vieira, F., Barry, K., Dacks, J. B., de Vargas, C., Henrissat, B.,
Veröffentlicht in: BioRxiv, Ausgabe 1, 2022, Seite(n) 12345, ISSN 2692-8205
Herausgeber: BioRxiv
DOI: 10.1101/2021.07.31.454568

Paleo-diatom composition from Santa Barbara Basin deep-sea sediments: a comparison of 18S-V9 and diat-rbcL metabarcoding vs shotgun metagenomics

Autoren: Armbrecht, L., Eisenhofer, R., Utge, J., Sibert, E. C., Rocha, F., Ward, R., Pierella Karlusich, J. J., Tirichine, L., Norris, R., Summers, M. and Bowler, C.
Veröffentlicht in: ISME Comm, Ausgabe 12, 2021, Seite(n) 12345, ISSN 2730-6151
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s43705-021-00070-8

Complex response of the Chlorarachniophyte Bigelowiella natans to iron availability

Autoren: Kotabova, E., Malych, R., Pierella Karlusich, J. J., Kazamia, E., Eichner, M., Mach, J., Lesuisse, E., Bowler, C., Prášil, O. and Sutak, R.
Veröffentlicht in: mSys, Ausgabe 6, 2021, Seite(n) e00738-00720, ISSN 1823-6782
Herausgeber: Akademi Sains Malaysia
DOI: 10.1128/msystems.00738-20

Heterotrophic bacterial diazotrophs are more abundant than their cyanobacterial counterparts in metagenomes covering most of the sunlit ocean

Autoren: Delmont, T. O., Pierella Karlusich, J. J., Veseli, I., Fuessel, J., Eren, A. M., Foster, R. A., Bowler, C., Wincker, P. and Pelletier, E.
Veröffentlicht in: ISME J, Ausgabe 16, 2021, Seite(n) 927-936, ISSN 1751-7370
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s41396-021-01135-1

Global identification of a marine diatom long noncoding natural antisense transcripts (NATs) and their response to phosphate fluctuations.

Autoren: Cruz de Carvalho, M. H. and Bowler, C.
Veröffentlicht in: Sci Rep, Ausgabe 10, 2020, Seite(n) 14110, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-71002-0

Gene Expression Changes and Community Turnover Differentially Shape the Global Ocean Metatranscriptome

Autoren: Salazar, Guillem; Paoli, Lucas; Alberti, Adriana; Huerta-Cepas, Jaime; Ruscheweyh, Hans-Joachim; Cuenca, Miguelangel; Field, Christopher M.; Coelho, Luis Pedro; Cruaud, Corinne; Engelen, Stefan; Gregory, Ann C.; Labadie, Karine; Marec, Claudie; Pelletier, Eric; Royo-Llonch, Marta; Roux, Simon; Sánchez, Pablo; Uehara, Hideya; Zayed, Ahmed A.; Zeller, Georg; Carmichael, Margaux; Dimier, Céline; Fe
Veröffentlicht in: EISSN: 1097-4172, Ausgabe 3, 2019, Seite(n) 12345, ISSN 1097-4172
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.10.014

PhaeoNet: A Holistic RNAseq-Based Portrait of Transcriptional Coordination in the Model Diatom Phaeodactylum tricornutum.

Autoren: Ouardia Ait-Mohamed; Anna M. G. Novák Vanclová; Nathalie Joli; Yue Liang; Xue Zhao; Xue Zhao; Auguste Genovesio; Leila Tirichine; Leila Tirichine; Chris Bowler; Richard G. Dorrell
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Science, Vol 11 (2020), Ausgabe 3, 2020, Seite(n) 12345, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2020.590949

Phytoplankton in the Tara Ocean

Autoren: Pierella Karlusich, J. J., Ibarbalz, F. M. and Bowler, C.
Veröffentlicht in: Annu. Rev. Mar. Sci., Ausgabe 12, 2020, Seite(n) 233-265, ISSN 1941-1405
Herausgeber: Annual Reviews Inc.
DOI: 10.1146/annurev-marine-010419-010706

Environmental vulnerability of the global ocean epipelagic plankton community interactome

Autoren: Samuel Chaffron; Erwan Delage; Marko Budinich; Damien Vintache; Nicolas Henry; Charlotte Nef; Mathieu Ardyna; Mathieu Ardyna; Ahmed A. Zayed; Pedro C. Junger; Pierre E. Galand; Connie Lovejoy; Alison E. Murray; Hugo Sarmento; Tara Oceans Coordinators; Silvia G. Acinas; Marcel Babin; Marcel Babin; Daniele Iudicone; Olivier Jaillon; Eric Karsenti; Patrick Wincker; Lee Karp-Boss; Matthew B. Sullivan;
Veröffentlicht in: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03458184, Ausgabe 2, 2021, Seite(n) 12345, ISSN 2375-2548
Herausgeber: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abg1921

Iron metabolism strategies in diatoms

Autoren: Gao, X., Bowler, C. and Kazamia, E.
Veröffentlicht in: J Exp Bot, Ausgabe 72, 2021, Seite(n) 2165-2180, ISSN 0022-0957
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/eraa575

Biosynthetic potential of the global ocean microbiome

Autoren: Paoli, L., Ruscheweyh, H.-J., Forneris, C. C., Hubrich. F., Kautsar, S., Bhushan, A., Lotti, A., Clayssen, Q., Salazar, G., Milanese, A., Carlström, C. I., Papadopoulou, C., Gehrig, D., Karasikov, M., Mustafa, H., Larralde, M., Carroll, L. M., Sánchez, P., Zayed, A. A., Cronin, D. R., Acinas, S. G., Bork, P., Bowler, C., Delmont, T. O., Gasol, J. M., Gossert, A. D., Kahles, A., Sullivan, M. B.,
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 607, 2022, Seite(n) 111-118, ISSN 1476-4687
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s41586-022-04862-3

Global distribution patterns of marine nitrogen-fixers by imaging and molecular methods

Autoren: Juan José Pierella Karlusich; Eric Pelletier; Fabien Lombard; Madeline Carsique; Etienne Dvorak; Sébastien Colin; Marc Picheral; Francisco M. Cornejo-Castillo; Silvia G. Acinas; Rainer Pepperkok; Eric Karsenti; Colomban de Vargas; Patrick Wincker; Chris Bowler; Rachel A Foster
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 1, 2021, Seite(n) 12345, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2020.10.17.343731